Beta-arrestins (βarrs) are key regulators and transducers of G-protein coupled receptor signaling; however, little is known of how βarrs communicate with their downstream effectors. Here, we delineate structural mechanisms underlying βarr-mediated signal transduction. Using cryo-electron microscopy, we elucidate how βarr1 recruits and activates the non-receptor tyrosine kinase Src, a well-established signaling partner of βarrs. βarr1 engages Src SH3 through two distinct sites, each employing a different recognition mechanism: a polyproline motif in the N-domain and a non-proline-based interact
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The trimeric spike protein plays a crucial part in the lifecycle of SARS-CoV-2 by facilitating viral entry. The SARS-CoV-2 spike protein harbors a fatty-acid-binding pocket (FABP) at the interface between two adjacent receptor-binding domains. Ligand engagement at the FABP locks the spike into a non-infectious, closed conformation, thereby impairing the virus's ability to infect new cells. Herein, we summarize the small-molecule inhibitors targeting the FABP that have been described to date, analyzing their binding modes, SAR and mechanisms of action. Because this pocket is conserved across hi
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The recent outbreak of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection has been characterized by the World Health Organization (WHO) as a controllable global pandemic. The spike (S) glycoprotein mediates binding to the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor for virus entry and also services as the target of virus-neutralizing antibodies, making it an attractive and leading viral antigen for vaccine development. No vaccine against any human coronavirus is available to date. In learning from the experience of developin
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The bacterial ribosome represents the confirmed biological target for many known antibiotics that interfere with bacterial protein synthesis. Aminoglycosides represent a lead paradigm in RNA molecular recognition and constitute ideal starting points for the design and synthesis of novel RNA binders. Previous rational design approaches of RNA-targeting small molecules have been mainly concentrated on direct functionalization of aminoglycosidic substructures. Herein, we successfully designed and synthesized rigid spirocyclic scaffolds locked in a predicted ribosome-bound "bioactive" conformation
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacillus subtilis LrpC is a sequence-independent DNA-binding and DNA-bending protein, which binds both single-stranded (ss) and double-stranded (ds) DNA and facilitates the formation of higher order protein-DNA complexes in vitro. LrpC binds at different sites within the same DNA molecule promoting intramolecular ligation. When bound to separate molecules, it promotes intermolecular ligation, and joint molecule formation between a circular ssDNA and a homologous ssDNA-tailed linear dsDNA. LrpC binding showed a higher affinity for 4-way (Holliday) junctions in their open conformation, when comp
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The N-terminal domain of the E3L protein of vaccinia virus has sequence similarity to a family of Z-DNA binding proteins of defined three-dimensional structure and it is necessary for pathogenicity in mice. When other Z-DNA-binding domains are substituted for the similar E3L domain, the virus retains its lethality after intracranial inoculation. Mutations decreasing Z-DNA binding in the chimera correlate with decreases in viral pathogenicity, as do analogous mutations in wild-type E3L. A chimeric virus incorporating a related protein that does not bind Z-DNA is not pathogenic, but a mutation t
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aberrations in the WT1 tumour suppressor gene have been documented in a fraction of Wilms' tumours (WTs). Encoding a protein with four zinc fingers, the WT1 gene is expressed in the developing kidney, gonads, uterus, spleen, mesothelium and brain. Using polymerase chain reaction (PCR), single strand conformation polymorphism (SSCP) analysis and direct DNA sequencing, we analysed 156 diverse tumours for abnormalities of zinc finger 3 (ZF3), a mutational hotspot in WT1. Only one sample (WT) exhibited PCR-SSCP mobility shift. A CGA to TGA nonsense mutation at codon 390 with arginine being substit
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We have identified a number of as yet unknown structural abnormalities of the NF I-DNA binding site within the inverted terminal repetition of adenovirus DNA by probing it with a hydroxyl radical footprinting technique. NF I binding alters the accessibility of the deoxyribose moieties to hydroxyl radicals both at the 3' and at the 5' side of the recognition sequence 5'-TGG(N)6GCCAA-3'. A smooth bend at the 5' side of the binding sequence is already present in naked linear DNA and it is further enhanced by protein binding. This could be demonstrated not only by hydroxyl radical footprinting but
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The intrinsically disordered HIV-1 Tat protein binds the viral RNA transactivation response structure (TAR), which recruits transcriptional cofactors, amplifying viral mRNA expression. Limited Tat transactivation correlates with HIV-1 latency. Unfortunately, Tat inhibitors are not clinically available. The small molecule didehydro-cortistatin A (dCA) inhibits Tat, locking HIV-1 in persistent latency, blocking viral rebound. We generated chemical derivatives of dCA that rationalized molecular docking of dCA to an active and specific Tat conformer. These revealed the importance of the cyclohepte
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The COVID-19 pandemic requires a deep understanding of SARS-CoV-2, particularly how mutations in the spike receptor-binding domain (RBD) chain E affect its structure and function. Current methods lack comprehensive analysis of these mutations at different structural levels.
OBJECTIVE: This study aims to analyze the impact of specific COVID-19-associated point mutations (N501Y, L452R, N440K, K417N, and E484A) on the SARS-CoV-2 spike RBD structure and function using predictive modeling, including a graph-theoretic model, protein modeling techniques, and molecular dynamics simulation
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Strontium (Sr(2+)) has pronounced effects on stimulating bone formation and inhibiting bone resorption in bone regeneration. In this current study, the effect and the underlying mechanism involved of Sr(2+) on the biological activity of bone morphogenetic protein-2 (BMP-2) were studied in detail with pluripotent skeletal muscle myogenic progenitor C2C12 model cell line. The results indicated that Sr(2+) could bind recombinant human BMP-2 (rhBMP-2) rapidly, even in the presence of Ca(2+) and Mg(2+), and inhibited rhBMP-2-induced osteogenic differentiation in vitro and osteogenetic e
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The review discusses experimental findings and theoretical studies of photoreversible transformations of retinal-containing proteins (rhodopsins). Understanding these processes is essential for elucidating the mechanisms of photochemical and conformational transformations of these proteins. Particular emphasis is placed on visual rhodopsins, as photoreversibility plays a crucial role in its physiological regeneration in the rhabdoms of invertebrates and the cone photoreceptors of the vertebrate retina. In recent years, interest in the mechanisms of photoreversible reactions in retinal-containi
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
With more than one third of the human proteome being structurally disordered, intrinsically disordered proteins (IDPs) are key contributors … n. Through an artificial neural network capable of predicting backbone chemical shifts from Cα-only protein conformations, we present a generalized framework which does not rely on dihedral parameterization to equip one bead-per-aminoacid CG force fields with the ability to sample functional elements of secondary structure. When applied on a large set of IDPs in isola …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mucopolysaccharidosis Type I (MPS I) is a rare autosomal recessive lysosomal storage disorder caused by mutations in α-ʟ-iduronidase (IDUA) enzyme, a glycosylated hydrolase responsible for glycosaminoglycan (GAG) degradation. Pathogenic variants are associated with a broad clinical spectrum, from severe Hurler syndrome to attenuated Scheie phenotype. The missense mutations L490P and P533R cause attenuated-intermediate MPS I, retaining residual enzyme activity. To investigate the structural mechanisms underlying these phenotypes, we performed all-atom molecular dynamics simulations -18 trajecto
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Post Translational Modifications significantly influence conformational preferences and activity of proteins. In Protein Kinase-B (Akt2), numerous residues undergo phosphorylation and O-GlcNAcylation, in same region. This results in a crosstalk mechanism modulating Akt2 activity, and is dysregulated in metabolic diseases such as type-II diabetes. However, atomic level details of how such modifications influence Akt2 dynamics and activity is poorly understood. In this work, we employed in silico approaches to explore the conformational preferences and functional consequences of Akt2 in O-GlcNAc
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mutations in the visual receptor rhodopsin are a common cause of inherited retinal diseases. Many of these mutations occur within the transmembrane core of the receptor and can impact in its folding and function. In this study, we investigate two mutations associated with the retinal degenerative disease retinitis pigmentosa, T1083.23P and G1213.36R, both located in the third transmembrane helix of rhodopsin and in proximity to key structural residues essential for rhodopsin stability and proper folding. We find that the G1213.36R mutant fails to regenerate with 11-cis-retinal, suggesting that
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Fc region of immunoglobulin E (IgE-Fc) is an important therapeutic target due to the antibody's critical role in allergic disorders through interactions with high-affinity (FcεRI) and low-affinity (CD23) receptors. IgE-Fc is known to be conformationally flexible, undergoing large-scale structural changes that modulate receptor binding and downstream biological functions. The mechanistic basis for how ligands induce these allosteric changes is not fully understood. In this study, we investigate structure-function relationships of IgE by characterizing four closely related anti-IgE-Fc Fab fr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The receptor-binding domains (RBDs) of the SARS-CoV-2 spike trimer exhibit "up" and "down" conformations often targeted by neutralizing antibodies. Only in the "up" configuration can RBDs bind to the ACE2 receptor of the host cell and initiate the process of viral multiplication. Here, we identify a lead compound (3-oxo-valproate-coenzyme A conjugate or Val-CoA) that stabilizes the spike trimer with RBDs in the down conformation. Val-CoA interacts with three R408 residues, one from each RBD, which significantly reduces the inter-subunit R408-R408 distance by ∼ 13 Å and closes the central pore
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: CpxR is a critical regulator in bacterial adaptation to various harmful stresses, and is known to regulate bacterial resistance to commonly used antibiotics, such as aminoglycosides, β-lactams and polypeptides. However, the detailed study of functional residues of CpxR remains insufficient.
OBJECTIVES: To investigate the contribution of Lys219 to CpxR's function in regulating antibiotic resistance of Escherichia coli.
METHODS: We performed sequence alignment and conservative analysis of the CpxR protein and constructed mutant strains. We then performed electrophoretic mobility sh
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The COVID-19 main protease (Mpro), one of the conserved proteins of the novel coronavirus is crucial for its replication and so is a very lucrative drug target. Till now, there is no drug molecule that has been convincingly identified as the inhibitor of the function of this protein. The current pandemic situation demands a shortcut to quickly reach to a lead compound or a drug, which may not be the best but might serve as an interim solution at least. Following this notion, the present investigation uses virtual screening to find a molecule which is alraedy approved as a drug for some other d
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования