INTRODUCTION: Despite advances in medical science, pancreatic cancer is still among the deadliest forms of cancer, and only 10% of patients survive because they are usually diagnosed late and do not respond to standard treatments. Inhibition of microtubule behaviour by disrupting their dimeric structures is a potential treatment for pancreatic cancer. This study aims to identify new inhibitors that will bind to the tubulin dimer using an integrative computational drug discovery approach.
MATERIALS AND METHODS: An advanced series of in silico experiments was conducted using molecular docking,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Neurodegenerative and psychiatric disorders, including Alzheimer's disease (AD), Parkinson's disease (PD), Huntington's disease (HD), and schizophrenia (SZ), are characterized by progressive neuronal loss and synaptic dysfunction. Despite their severity, effective disease-modifying treatments remain unavailable, largely due to the elusive nature of their underlying molecular mechanisms.
METHODS: To elucidate these mechanisms, we conducted an integrative systems biology analysis incorporating transcriptomic datasets, in silico proteomic networks, and inferred metabolomic profiles.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein tyrosine phosphatase B (PtpB) is a virulence-associated phosphotyrosine phosphatase secreted by Mycobacterium tuberculosis (Mtb), known to disrupt host immune signaling by dephosphorylating key proteins. Targeting PtpB represents a rational strategy for anti-TB drug discovery. This study presents an integrative computational framework for identifying and evaluating small-molecule inhibitors of Mtb PtpB. QSAR models were constructed using four molecular fingerprint types, CDK, PubChem, MACCS, and AtomPairs2DCount, as regression models predicting pIC50 values. Multiple machine learning a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Finite-temperature lattice free energy differences between polymorphs of molecular crystals are fundamental to understanding and predicting the relative stability relationships underpinning polymorphism, yet are computationally expensive to obtain. Here, we implement and critically assess machine-learning-enabled targeted free energy calculations derived from flow-based generative models to compute the free energy difference between two ice crystal polymorphs (Ice XI and Ic), modeled with a fully flexible empirical classical force field. We demonstrate that even when remapping from an analytic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The clinical actions of sugammadex have been well studied, but the detailed molecular mechanism of the drug encapsulation process has not been systematically documented. The hypothesis was that sugammadex would attract rocuronium and vecuronium via interaction with the sugammadex side-chain "tentacles," as previously suggested.
METHODS: Computational molecular dynamics simulations were done to investigate docking of sugammadex with rocuronium and vecuronium. To validate these methods, strength of binding was assessed between sugammadex and a heterogeneous group of nine other drugs
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antibiotic-resistant bacterial pathogens are a very challenging problem nowadays. Helicobacter pylori is one of the most widespread and successful human pathogens since it colonizes half of the world population causing chronic and atrophic gastritis, peptic ulcer, mucosa-associated lymphoid tissue-lymphoma, and even gastric adenocarcinoma. Moreover, it displays resistance to numerous antibiotics. One of the H. pylori pivotal transcription factors, HP1043, plays a fundamental role in regulating essential cellular processes. Like other bacterial transcription factors, HP1043 does not display a e
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Dupuytren's disease is an inherited disorder in which patients develop fibrotic contractures of the hand. Current treatment strategies include surgical excision or enzymatic digestion of fibrotic tissue. MicroRNAs, which are key posttranscriptional regulators of genes expression, have been shown to play an important regulatory role in disorders of fibrosis. Therefore in this investigation, we apply high throughput next generation RNA sequencing strategies to characterize microRNA expression in diseased and healthy palmar fascia to elucidate molecular mechanisms responsible for path
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Choline chloride-based deep eutectic solvents (DESs) are being investigated as redox flow battery electrolytes, where solvent viscosity plays a central role in governing ionic mobility, mass transport, and pumping efficiency. In this combined experimental and computational study, a series of DESs formed from choline chloride and butanediol isomer hydrogen bond donors (HBDs) is examined to probe how HBD molecular geometry affects liquid structure and dynamics while holding the molecular formula and hydroxyl group count constant. Density, viscosity, ionic conductivity, and ET(30) polarity are me
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Immune checkpoint blockers have revolutionized cancer therapy, offering a promising treatment option for various malignancies. However, response rates vary widely across cancer types, and a significant proportion of patients do not benefit from this therapy. While numerous clinical and molecular biomarkers have been proposed to predict response at baseline, few offer sufficient accuracy and generalizability across tumor types. Advances in molecular profiling, particularly single-cell and spatial transcriptomics, now enable high-resolution analysis of the tumor microenvironment, revealing inter
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Elastin-like polypeptides (ELPs) are versatile biopolymers for constructing synthetic cell membranes. Applications in biosynthesis, molecular secretion, and payload delivery require an understanding of the solute transport across ELP membranes. In this work, we integrate coarse-grained molecular dynamics simulations with the inhomogeneous solubility-diffusion (ISD) model to investigate the passive permeation of small solutes across ELP membranes of varying sequence composition and stability. We observe that mechanically robust ELP bilayers remain highly permeable to small solutes but exhibit a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA polymerases are crucial for the replication and repair of genetic material. Advances in recombinant DNA technology and protein engineering have enabled the production of enzymes with specific catalytic properties tailored to the requirements of molecular diagnostics, next-generation sequencing, and synthetic biology. This review discusses the classification and structural-functional organization of DNA polymerases, with an emphasis on the thermostable members of Families A and B, which are of great practical importance. The main systems for heterologous expression and methods for purifying
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The selective detection of small, highly hydrophilic metabolites differing only in stereochemistry represents a major challenge in biosensor development. Here, we present a computational investigation to elucidate the molecular basis of the experimentally observed selectivity of a protein-based electrochemical biosensor toward myo-inositol over D-chiro-inositol. Although the two stereoisomers differ only in the orientation of a single hydroxyl group, they induce distinct dynamic effects on the protein recognition element. Molecular docking revealed comparable binding regions and similar affini
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Coronavirus disease 2019 (COVID-19) produced devastating health and economic impacts worldwide. While progress has been made in vaccine development, effective antiviral treatments remain limited, particularly those targeting the papain-like protease (PLpro) of SARS-CoV-2. PLpro plays a key role in viral replication and immune evasion, making it an attractive yet underexplored target for drug repurposing. In this study, we combined machine learning, molecular dynamics, and molecular docking to identify potential PLpro inhibitors in existing drugs. We performed long-timescale molecular dynamics
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chagas disease, caused by the protozoan Trypanosoma cruzi, affects millions globally, leading to severe cardiac and gastrointestinal complications in its chronic phase. The invasion of host cells by T. cruzi is mediated by the interaction between the parasite's glycoprotein gp82 and the human receptor lysosome-associated membrane protein 2 (LAMP2). While experimental studies have identified a few residues involved in this interaction, a comprehensive molecular-level understanding has been lacking. In this study, we present a 1.44-million-atom computational model of the gp82 complex, including
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fatty degenerative osteonecrosis of the jaw (FDOJ) is a chronic, aseptic inflammatory condition that is characterized by molecular disruptions in bone metabolism and necrotic bone marrow within the jawbone cavities. In contrast to the overt clinical signs typically observed in osteopathies, FDOJ frequently presents with a "silent inflammation" phenotype. The electronic databases PubMed, Scopus, and Embase were searched using appropriate search terms, and the methodology was performed according to PRISMA-ScR guidelines. The elevated expression of inflammatory mediators, particularly C-C motif C
СтатьяScoping ReviewПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Breast cancer, the prevailing malignant tumor among women, is linked to progesterone and its receptor (PR) in both tumorigenesis and treatment responsiveness. Despite thorough investigation, the precise molecular mechanisms of progesterone in breast cancer remain unclear. The human progesterone receptor (PR) serves as an essential therapeutic target for breast cancer treatment, warranting the rapid design of small molecule therapeutics that can effectively inhibit HPR. By employing cutting-edge computational techniques like molecular screening, simulation, and free energy calculation, the proc
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the present study, the binding affinity of 52 bioactive secondary metabolites from Wedelia trilobata towards the anti-apoptotic B-cell lymphoma-2 (Bcl-2) protein (PDB: 2W3L) structure was identified by using in silico molecular docking and molecular dynamics simulation. The molecular docking results demonstrated that the binding energies of docked compounds with Bcl-2 protein ranged from -5.3 kcal/mol to -10.1 kcal/mol. However, the lowest binding energy (-10.1 kcal/mol) was offered by Friedelin against Bcl-2 protein when compared to other metabolites and the standard drug Obatoclax (-8.4 k
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The monkeypox virus (MPXV) has become a major threat due to the increasing global caseload and the ongoing multi-country outbreak in non-endemic territories. Due to limited research in this avenue and the lack of intervention strategies, the present study was aimed to virtually screen bioactive phytochemicals against envelope proteins of MPXV via rigorous computational approaches. Molecular docking, molecular dynamic (MD) simulations, and MM/PBSA analysis were used to investigate the binding affinity of 12 phytochemicals against three envelope proteins of MPXV, viz., D13, A26, and H3. Silibini
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Skin sensitization (allergic contact dermatitis) is a widespread problem arising from the contact of chemicals with the skin. The detection of molecular features with undesired effect for skin is complex task owing to unclear biochemical mechanisms and unclearness of conditions of action of chemicals to skin. The development of computational methods for estimation of this endpoint in order to reduce animal testing is recommended (Cosmetics Directive EC regulation 1907/2006; EU Regulation, Regulation, 1223/2009). The CORAL software (http://www.insilico.eu/coral) gives good predictive models for
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The presented "PubChemQC B3LYP/6-31G*//PM6" data set is composed of the electronic properties of 85,938,443 molecules, encompassing a broad spectrum of molecules from essential compounds to biomolecules with a molecular weight up to 1000. These molecules account for 94.0% of the original PubChem Compound catalog as of August 29, 2016. The electronic properties, including orbitals, orbital energies, total energies, dipole moments, and other pertinent properties, were computed by using the B3LYP/6-31G* and PM6 methods. The data set, available in three formats, namely, GAMESS quantum chemistry pr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования