Network pharmacology (NP) is an innovative drug discovery method that provides a comprehensive view of drug-body interactions through complex biological networks. Each drug modulates specific network nodes, and understanding these interactions helps predict therapeutic effects and side effects. By integrating diverse data types and advanced computational methods, NP enables more accurate identification of new drug targets, accelerating the development of effective, targeted therapies. It also supports personalized medicine by tailoring treatments to individual biological profiles. This review
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Among all amino acids, the three aromatic systems including phenylalanine, tyrosine, and tryptophan are known to manifest UV light absorption at the higher wavelengths. Their fluorescent properties are important for protein detection and determination of the spatial structure. Based on ab initio quantum chemical calculations, the absorption spectra in the 0-12 eV UV range of these aromatic amino acids were interpreted, and the photochemistry of the lowest-lying excited states was studied. For that, molecular ground-state geometries were determined using both the coupled-cluster single and doub
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Electronic structure calculations using the density-functional theory (DFT) have been performed to analyse the effect of water molecules and protonation on the heme group of peroxidases in different redox (ferric, ferrous, compounds I and II) and spin states. Shared geometries, spectroscopic properties at the Soret region, and the thermodynamics of peroxidases are discussed. B3LYP and M06-2X density functionals with different basis sets were employed on a common molecular model of the active site (Fe-centred porphine and proximal imidazole). Computed Gibbs free energies indicate that the corre
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Molecular docking is widely used in computed drug discovery and biological target identification, but getting fast results can be tedious and often requires supercomputing solutions. AMIDE stands for AutoMated Inverse Docking Engine. It was initially developed in 2014 to perform inverse docking on High Performance Computing. AMIDE version 2 brings substantial speed-up improvement by using AutoDock-GPU and by pulling a total revision of programming workflow, leading to better performances, easier use, bug corrections, parallelization improvements and PC/HPC compatibility. In addition to inverse
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Designer benzodiazepines (DBZDs) represent a serious health concern and are increasingly reported in polydrug consumption-related fatalities. When new DBZDs are identified, very limited information is available on their pharmacodynamics. Here, computational models (i.e., quantitative structure-activity relationship/QSAR and Molecular Docking) were used to analyse DBZDs identified online by an automated web crawler (NPSfinder®) and to predict their possible activity/affinity on the gamma-aminobutyric acid A receptors (GABA-ARs). The computational software MOE was used to calculate 2D QSAR model
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding and controlling aqueous speciation of metal oxides are key for the discovery and development of novel materials, and challenge both experimental and computational approaches. Here we present a computational method, called POMSimulator, which is able to predict speciation phase diagrams (Conc. vs pH) for multispecies chemical equilibria in solution, and which we apply to molybdenum and tungsten isopolyoxoanions (IPAs). Starting from the MO4 monomers, and considering dimers, trimers, and larger species, the chemical reaction networks involved in the formation of [H32Mo36O128]8- and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The compaction of powder beds into solid bodies occurs by virtue of the formation of inter-particle bonds. The mechanical strength of the compact depends on the type of bonding interaction, as well as, the inter-particle contact area created in the compression process. A hybrid quasi-continuum computational approach has been implemented to study the bonding occurring in compressed granular assemblies. The approach resolves the powder bed on the particle level, allowing for the tracking of contact area generated by particle deformation and the computation of history-dependent inter-particle bon
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study integrates a Hermitian coupled-cluster downfolding technique with the Density Matrix Renormalization Group (DMRG) method to accurately treat both static and dynamic correlations in complex electronic systems. By calculating ground-state energies of active-space Hamiltonians via DMRG, we achieve efficient and accurate simulations of strongly correlated systems, demonstrated on molecular benchmarks including N2, benzene, porphyrin, and tetramethyleneethane. This combined approach offers a promising advancement in computational chemistry for complex chemical processes.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Betaxolol and its respective hydrochloride salt were studied in solution by computational calculations and infrared spectroscopy. The solution molecular conformations were taken to be the same as those exhibited by the compounds in the solid state given by X-ray diffraction and calculated after full geometry optimization by ab initio Hartree-Fock methods using the 6-31G(d) basis set. Infrared spectra of carbon tetrachloride solutions provide valuable information on the structure of the compounds in non-polar solvents at different concentrations.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Breast cancer remains one of the leading causes of cancer-related mortality among women worldwide, necessitating the development of safer and more targeted therapeutic strategies. This study computationally extends our previous experimental investigation of a peptide derived from Lacticaseibacillus casei by evaluating its interactions with two clinically relevant breast cancer targets, estrogen receptor alpha (ERα; PDB ID: 3ERT) and human epidermal growth factor receptor 2 (HER2; PDB ID: 1N8Z).
METHODS: The peptide structure was predicted using PEP-FOLD and its stereochemical qual
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Air pollution has emerged as a significant risk factor for acute kidney injury (AKI), yet the molecular mechanisms underlying this association remain poorly defined. This study aimed to elucidate the nephrotoxic effects of representative air pollutants and identify molecular targets involved in pollutant-induced AKI.
METHODS: We developed a multi-layered computational and experimental framework integrating omics-based target prediction, network toxicology, machine learning, Mendelian randomization (MR), single-cell profiling, molecular docking with dynamic simulations, and analysi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bisphenol A (BPA), a widely distributed endocrine-disrupting chemical (EDC), has been associated with altered pubertal timing in children, including precocious puberty (PP). However, the multi-target molecular mechanisms potentially linking BPA exposure to PP remain incompletely understood.
OBJECTIVE: To explore the potential multi-target mechanisms by which BPA may contribute to PP using an integrated computational framework.
METHODS: We combined network toxicology, protein-protein interaction (PPI) network analysis, molecular docking, and molecular dynamics (MD) simulations. Sh
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
SARS-CoV-2 triggered a worldwide medical crisis, affecting the world's social, emotional, physical, and economic equilibrium. However, treatment choices and targets for finding a solution to COVID-19's threat are becoming limited. A viable approach to combating the threat of COVID-19 is by unraveling newer pharmacological and therapeutic targets pertinent in the viral survival and adaptive mechanisms within the host biological milieu which in turn provides the opportunity to discover promising inhibitors against COVID-19. Therefore, using high-throughput virtual screening, manually curated com
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neurodegenerative diseases (NDs), including Alzheimer's disease, Parkinson's disease, Huntington's disease, and amyotrophic lateral sclerosis (ALS), represent a growing global health challenge characterized by progressive neuronal loss and a lack of definitive disease-modifying treatments. This review explores the emerging potential of targeting non-coding RNAs (ncRNAs), such as microRNAs (miRNAs), long non-coding RNAs (lncRNAs), and exosomal RNAs, to modulate pathogenic molecular pathways and address the underlying molecular origins of neurodegeneration. We evaluate the integration of advance
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The prediction of the binding affinity of proteins and ligands in computational drug discovery with high accuracy is critical when evaluating the effectiveness of potential therapeutic compounds. This research work introduces RLBindDeep, a novel deep learning architecture based on the amalgamation of the ResNet and LSTM architectures, for improved accuracy in predicting protein-ligand binding affinities. Most traditional methodologies utilizing conventional molecular docking techniques suffer from poor accuracy owing to semi-flexible modeling approaches and limited considerations of complex in
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Diabetes mellitus, a chronic metabolic disorder characterized by elevated blood glucose levels, has emerged as a significant global health burden. Chronic inflammation and insulin resistance are central to the pathogenesis of non-insulin- dependent (type 2) diabetes mellitus. PTGS2 (prostaglandin-endoperoxide synthase 2) has been implicated in inflammatory pathways associated with diabetic complications, making it a potential therapeutic target.
METHODS: Advanced computational methodologies were employed to identify potential natural compounds with anti-diabetic activity. Techni
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Surfactant monolayers at interfaces provide a platform to investigate molecular self-assembly in pseudo-two-dimensional systems. It has been previously reported by this group that Langmuir monolayers of octadecylgallate (ODG), a phenolic surfactant, display long-range headgroup-headgroup ordering observable using grazing-incidence X-ray diffraction. Such ordering is unusual in a surfactant with a small headgroup. To achieve rational design of such interfacial structures through tuning of the headgroup-headgroup distance and orientation, the cause of the ordering must be known. As these causes
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Water pollutants represent a growing environmental concern, yet their specific mechanisms in gastric cancer (GC) remain poorly understood. This study comprehensively investigates the multi-target mechanisms through which water pollutants promote gastric carcinogenesis using an integrated computational and bioinformatic approach. We screened 69 U.S. EPA-listed water contaminants for carcinogenicity using ADMETlab 3.0, ProTox-3, and IARC classifications, identifying seven high-risk pollutants. Their potential targets were predicted using five databases, and GC-related genes were identified from
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Once hailed as the cornerstone of modern medicine, antibiotics are now facing a critical reckoning as resistance outpaces innovation. The relentless rise of multidrug-resistant (MDR) pathogens, particularly the notorious ESKAPE group, has rendered many conventional antibiotics increasingly ineffective, transforming once-manageable infections into formidable clinical challenges. In response, researchers are pursuing diverse and inventive strategies to rejuvenate the antibiotic pipeline. Pharmacognostic exploration continues to uncover rare molecular scaffolds from nature's reservoirs, which are
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Commercial crustacean species represent some of the most economically valuable fishery products; however, their full potential remains underexploited due to the routine disposal of shellfish waste, which is rich in high-value bioactive compounds. Among these, carotenoid pigments have garnered increasing interest for their antioxidant and anti-inflammatory properties. In this study, we investigate the potential of recovering bioactive compounds from the shells of the European lobster (Homarus gammarus Linnaeus, 1758) and the Atlantic blue crab (Callinectes sapidus Rathbun, 1896), with a particu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования