The precise diagnosis for bovine spongiform encephalopathy (BSE) is crucial for preventing new transmission to humans. Several testing procedures are reported for determining protease-resistant prion protein in various tissues as a major hallmark of prion diseases such as BSE, scrapie, and Creutzfeldt-Jakob disease. However, contamination of materials from tissues or degradation of the specimens sometimes disturbs the accuracy of the assay. Here, we have developed a novel method for solid-phase immunoassay of the disease-specific conformational isoform, PrP(Sc), using filtration blotting of pr
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We develop a protocol for estimating the free energy difference between different conformations of the same polypeptide chain. The conformational free energy evaluation combines the CHARMM force field with a continuum treatment of the solvent. In almost all cases studied, experimentally determined structures are predicted to be more stable than misfolded "decoys." This is due in part to the fact that the Coulomb energy of the native protein is consistently lower than that of the decoys. The solvation free energy generally favors the decoys, although the total electrostatic free energy (sum of
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In striated muscle, the protein troponin complex turns contraction on and off in a calcium-dependent manner. The calcium-sensing component of the complex is troponin C, which is expressed from the TNNC1 gene in both cardiac muscle and slow-twitch skeletal muscle (identical transcript in both tissues) and the TNNC2 gene in fast-twitch skeletal muscle. Cardiac troponin C (cTnC) is made up of two globular EF-hand domains connected by a flexible linker. The structural C-domain (cCTnC) contains two high affinity calcium-binding sites that are always occupied by Ca(2+) or Mg(2+) under physiologic co
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mevalonate kinase catalyzes the ATP-dependent phosphorylation of mevalonic acid to form mevalonate 5-phosphate, a key intermediate in the pathways of isoprenoids and sterols. Deficiency in mevalonate kinase activity has been linked to mevalonic aciduria and hyperimmunoglobulinemia D/periodic fever syndrome (HIDS). The crystal structure of rat mevalonate kinase in complex with MgATP has been determined at 2.4-A resolution. Each monomer of this dimeric protein is composed of two domains with its active site located at the domain interface. The enzyme-bound ATP adopts an anti conformation, in con
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: 2C is a highly conserved picornaviral non-structural protein with ATPase activity and plays a multifunctional role in the viral life cycle as a promising target for anti-picornavirus drug development. While the structure-function of enteroviral 2Cs have been well studied, cardioviral 2Cs remain largely uncharacterized. Here, an endogenous ATP molecule was identified in the crystal structure of 2C from encephalomyocarditis virus (EMCV, Cardiovirus A). The ATP is bound into the ATPase active site with a unique compact conformation. Notably, the γ-phosphate of ATP directly interacts w
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human fibroblast growth factor family consists of 22 factors and five transmembrane receptors. Of the 22 factors, eighteen are secreted while four of them function exclusively within the cell. Four of the fibroblast growth factor receptors (FGFRs) possess intracellular protein-tyrosine kinase activity while the fifth (FGFRL1) has a short 105-residue intracellular non-enzymatic component. The FGFR protein kinase domain consists of a bi-lobed structure that is similar to that of all other protein kinases. FGFR gene alterations occur in a wide variety of cancers including those of the urinary
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The past two years have seen the extension of our knowledge on the cellular prion protein structure with new NMR data on both the hamster and human proteins. In addition, the folding dynamics of two cellular prion proteins have been elucidated. There are now several examples of recombinant prion proteins that are able to adopt different conformations in solution and recent work on the molecular basis of prion strains has done much to consolidate the protein-only hypothesis. Important advances in relating disease to structure have also been made through the identification of the minimal prion p
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Uncertainty estimates are increasingly used to prioritize molecules, yet their reliability under chemical scaffold shift is poorly characterized. We benchmarked prediction intervals and downstream selection policies across six human protein targets using 20,327 target-specific ChEMBL 37 compound records (19,972 globally unique ChEMBL molecule identifiers) and 7731 target-specific Bemis-Murcko scaffold instances, two model classes, and 20 scaffold-disjoint train/calibration/test partitions per target. We compared raw random-forest ensemble intervals, standard split conformal intervals, similari
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The prefusion conformation of viral glycoproteins is a key target for vaccine development because it can induce strong neutralizing antibody responses. Nevertheless, these structures are frequently metastable and susceptible to conformational alterations that diminish immunogenic efficacy. Progress in structural vaccinology has facilitated the meticulous design of viral proteins to maintain their prefusion conformation, thus improving vaccination effectiveness. This study emphasizes essential methodologies in precision vaccine design focused on preserving the structural integrity, solubility,
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Food-derived peptide libraries generated by protein hydrolysis are heterogeneous, making screening costly and difficult to scale across assay endpoints. Existing computational approaches rely on sequence information and often fail to capture conformational determinants or maintain robust performance under limited and partially disjoint data settings. We present a structure-sequence synergistic learning framework for prioritizing functional peptide candidates from food protein hydrolysates. The framework combines a pre-trained protein language model for contextual sequence encoding with a geome
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Drug-target interaction (DTI) prediction is central to drug discovery, target identification, and drug repurposing. With the rapid growth of … trial drug discovery pipelines and discuss key challenges such as data distribution shifts, dynamic protein conformational variability, and insufficient experimental validation. This survey aims to provide a systematic reference for future algorithm design, mechanism exploration, and real-world drug discovery applications.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The very amino-terminal domain of the huntingtin protein is directly located upstream of the protein's polyglutamine tract, plays a decisive role in several important properties of this large protein and in the development of Huntington's disease. This huntingtin 1-17 domain is on the one hand known to markedly increase polyglutamine aggregation rates and on the other hand has been shown to be involved in cellular membrane interactions. Here, we determined the high-resolution structure of huntingtin 1-17 in dodecyl phosphocholine micelles and the topology of its helical domain in oriented phos
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The M2 proton channel of influenza A is the target of the antiviral drugs amantadine and rimantadine, whose effectiveness has been abolished by a single-site mutation of Ser31 to Asn in the transmembrane domain of the protein. Recent high-resolution structures of the M2 transmembrane domain obtained from detergent-solubilized protein in solution and crystal environments gave conflicting drug binding sites. We present magic-angle-spinning solid-state NMR results of Ser31 and a number of other residues in the M2 transmembrane peptide (M2TMP) bound to lipid bilayers. Comparison of the spectra of
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The effects of mono- and divalent metal ions on the DNA gyrase B subunit, on its 43 kDa and 47 kDa domains, and on two mutants in the Toprim domain (D498A and D500C) were investigated by means of circular dichroism and protein melting experiments. Both types of metal ion, with the notable exception of Mn2+, did not affect the conformational properties of the enzyme subunit at room temperature, but were able to produce selective and differential effects on protein stability. In particular, monovalent (K+) ions increased the stability of the gyrase B structure, whereas destabilising effects were
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The SARS-CoV-2 pandemic has driven the emergence of many viral variants carrying multiple mutations, particularly in the spike glycoprotein, which enhance viral adaptability and may alter the structure and functionality of the protein. Here, we present, to the best of our knowledge, the first systematic and comparative structural analysis of monomeric spike protein subunit 1 from three distinct SARS-CoV-2 variants at physiological pH (7.4). A multimodal approach was employed, integrating experimental techniques, including Attenuated Total Reflection Infrared and circular dichroism spectroscopi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Complement C5 is the target of the monoclonal antibody eculizumab, used in complement dysregulating disorders, like the rare disease Paroxysmal Nocturnal Hemoglobinuria (PNH). PNH is an acquired hematopoietic stem cell condition characterized by aberrant destruction of erythrocytes, chronic hemolytic anemia, and thromboembolism propensity. C5 is a protein component of the complement system which is part of the immune system of the body and plays a prominent role in the destruction of red blood cells, misidentifying them as a threat. This work describes the application of molecular dynamics sim
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hsp90 is a ubiquitous, homodimer and modular molecular chaperone. Each Hsp90 protomer has three different domains, named the N-terminal domain (NTD), middle domain (MD) and C-terminal domain (CTD). The Hsp90 molecular cycle involves ATP binding and hydrolysis, which drive conformational changes. Hsp90 is critical for the viability of eukaryotic organisms, including the protozoan that causes the severe form of malaria, Plasmodium falciparum, the growth and differentiation of which are compromised when Hsp90 is inhibited. Here, we characterize the structure of a recombinant P. falciparum Hsp90 (
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Molecular chaperones monitor protein homeostasis and defend against the misfolding and aggregation of proteins that is associated with protein conformational disorders. In these diseases, a variety of different aggregate structures can form. These are called prion strains, or variants, in prion diseases, and cause variation in disease pathogenesis. Here, we use variants of the yeast prions [RNQ+] and [PSI+] to explore the interactions of chaperones with distinct aggregate structures. We found that prion variants show striking variation in their relationship with Hsp40s. Specifically, the yeast…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
α-Synuclein (αS) is a protein with multiple conformations and interactions. Natively unfolded in solution, αS accumulates as amyloid in neurological tissue in Parkinson disease and interacts with membranes under both physiological and pathological conditions. Here, we used cryoelectron microscopy in conjunction with electron paramagnetic resonance (EPR) and other techniques to characterize the ability of αS to remodel vesicles. At molar ratios of 1:5 to 1:40 for protein/lipid (1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol), large spherical vesicles are converted into cylindrical micelles ~
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаResearch Support, N.I.H., IntramuralПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The pathogenesis of prion (PrP) diseases is thought to be related to conformational changes of a normal cellular protein, PrPC, into a protease resistant protein called PrPSc, which is infectious by itself. A difficulty with this 'protein only' hypothesis is the existence of numerous PrP strains, that require PrPSc to have multiple conformations. Sporadic Creutzfeldt-Jakob disease (CJD), which accounts for nearly 80% of human prionoses, was reported to include at least two 'strains' termed types 1 and 2 which differ by electrophoretic patterns of their proteinase K (PK)-resistant fragments (Pr
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования