Epigenetic features, such as histone modifications and higher-order genome organization, are fundamental determinants of cell-specific gene expression. However, while the HL-1 cell line is a widely utilized model for cardiac research, a comprehensive and integrated epigenomic reference for this line remains scarce in public databases. Our dataset comprises multi-omic profiles including H3K4me3, H3K27ac, and CTCF ChIP-seq together with matched RNA-seq data, where H3K4me3, H3K27ac, and CTCF are widely recognized markers of active promoters, distal enhancers, and chromatin architectural boundarie
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNMT1 variants are linked to complex neurodegenerative syndromes, yet their variant-specific functional and epigenomic consequences remain poorly defined. DNMT1 variants were identified in eight patients using gene-panel or whole-exome sequencing. Functional effects were assessed by site-directed mutagenesis and transient expression in HEK293T cells. Genome-wide methylation profiling of peripheral blood leukocyte DNA was performed using Nanopore sequencing, enabling direct quantification of 5-methylcytosine (5mC). CpG island-level differential methylation and gene set enrichment analysis (GSEA
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aging leads to functional decline across tissues, often accompanied by profound changes in cellular composition and cell-intrinsic molecular states. However, a comprehensive catalog of how the population of individual cell types change with age and the associated epigenomic dynamics is lacking. Here, we constructed a single-cell chromatin accessibility atlas consisting of ~7 million cells from 21 tissue types spanning three age groups in both sexes. This dataset revealed 536 main cell types and 1,828 finer-grained subtypes, defined by unique chromatin accessibility landscapes at ~1.3 million c
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent attention to the "replicability crisis" in research has led to greater efforts to outline research practices that might improve the quality of research results. Steps to improve replicability through standardisation and control of covariates can be field specific. In this review, we highlight lessons learned through our own and other genome-wide studies of genetic, epigenetic and gene expression variation in the placenta. We share our understanding of the impact of placental genetics, possible confounders, sources of sampling variation, dataset stratification, and adjustment for covaria
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mitochondrial dysfunction plays a central role in epithelial damage and persistent inflammation in ulcerative colitis (UC), but the transcriptional mechanisms that govern mitochondrial quality control in the intestinal epithelium remain poorly defined. Here, we identify Activating Transcription Factor 7 (ATF7) as a key regulator of mitophagy in colonic epithelial cells. Integrative transcriptomic and epigenomic analyses of patient-derived mucosal samples revealed marked ATF7 downregulation and widespread activation of inflammatory pathways. Chromatin immunoprecipitation and luciferase reporter
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Developing high-resolution reference maps of disease-susceptible spatial niches is a critical step to mitigating the profound effects of lung disease. Here, we present an integrated multimodal single-nucleus human lung atlas (snHLA) profiling 746,047 nuclei from 49 mapped lung blocks spanning clinically relevant distal airways, alveoli, and interstitium across 11 healthy adults. Integrating snRNA-seq and SNARE-seq2, which co-assays chromatin accessibility and gene expression from the same nucleus, we resolved 70 molecularly distinct populations and captured 332,846 accessible chromatin regions
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Mediators, genomic and epigenomic characteristics involving in metabolism of arachidonic acid by cyclooxygenase (COX) and lipoxygenase (ALOX) and hepatic activation of clopidogrel have been individually suggested as factors associated with resistance against aspirin and clopidogrel. The present multi-center prospective cohort study evaluated whether the mediators, genomic and epigenomic characteristics participating in arachidonic acid metabolism and clopidogrel activation could be factors that improve the prediction of the aspirin and clopidogrel resistance in addition to cardiova
СтатьяМногоцентровое исследованиеПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: In recent years, various vaccines, including Papilloguard, have been introduced to prevent transmission of this virus. This vaccine has shown good immunogenicity and efficacy profile in phase III study; however, its safety remains controversial. This study aimed to investigate the complications and adverse events associated with the Papilloguard vaccine in the Iranian population.
METHODS: In this survey study, 1,028 volunteers (690 (67.1%) female and 338 (32.9%) males, mean age 33.8±7.01), who had received the Papilloguard vaccine and whose basic information was recorded in the Pa
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Light and temperature are two key environmental factors that control plant growth and adaptation by influencing biomolecular events. This review highlights the latest milestones on the role of light and high temperatures in modulating the epigenetic and epitranscriptomic landscape of Arabidopsis to trigger developmental and adaptive responses to a changing environment. Recent discoveries on how light and high temperature signals are integrated in the nucleus to modulate gene expression are discussed, as well as highlighting research gaps and future perspectives in further understanding how to
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
It is a generally accepted model that environmental influences can exert their effects, at least in part, by changing the molecular regulators of transcription that are described as epigenetic. As there is biochemical evidence that some epigenetic regulators of transcription can maintain their states long term and through cell division, an epigenetic model encompasses the idea of maintenance of the effect of an exposure long after it is no longer present. The evidence supporting this model is mostly from the observation of alterations of molecular regulators of transcription following exposure
СтатьяОбзорПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Using a systems-level, multi-omics approach, we reveal several genes associated with arachnoid cysts and identify four phenotypic subtypes of arachnoid cysts, the severity of which correlates with the presence of protein-damaging de novo variants. All candidate genes are expressed in the developing brain and encode molecules implicated in chromatin modification or transcriptional regulation.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: The aim: To evaluate the relationship of certain alleles of HLA class II leukocyte antigens and the profile of antibodies to various subunits of nicotinic acetylcholine receptors (nAChR), the level of Treg lymphocytes and the serum concentration of anti-inflammatory IL-10 for various clinical myasthenia gravis phenotypes.
PATIENTS AND METHODS: Materials and methods: We examined 217 patients with thymus-independent myasthenia (n = 42) and thymus-dependent myasthenia, among them patients with thymus hyperplasia (n = 108) and thymoma (n = 67). We used the following methods: ELISA, flo
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Arsenic is a well-known element because of its toxicity. Humans as well as plants and animals are negatively affected by its exposure. Some countries suffer from high levels of arsenic in their tap water and soils, which is considered a primary arsenic-linked risk factor for living beings. Humans generally get exposed to arsenic by contaminated drinking waters, resulting in many health problems, ranging from cancer to skin diseases. On the other hand, the FDA-certified drug arsenic trioxide provides solutions for various diseases, including several types of cancers. This issue emphasizes the i
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Familial hypercholesterolemia (FH) is a genetic disease that affects millions of people worldwide.
OBJECTIVES: The study protocol FHBGEP was design to investigate the main genomic, epigenomic, and pharmacogenomic factors associated with FH and polygenic hypercholesterolemia (PH).
METHODS: FH patients will be enrolled at six research centers in Brazil. An exon-targeted gene strategy will be used to sequence a panel of 84 genes related to FH, PH, pharmacogenomics and coronary artery disease. Variants in coding and regulatory regions will be identified using a proposed variant disco
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genetic selection for the best suited offspring drives the dairy industry to use young genitors and assisted reproductive technologies (ART) to reduce generation intervals. However, sperm samples collected from peri-pubertal bulls have lower counts and quality compared to samples from adult bulls. Moreover, our previous study identified differentially methylated regions (DMRs) in sperms from early-, peri- and post-pubertal bulls. The aim of this study was to further investigate the impacts of paternal age on early embryos. To achieve this, we evaluated the transcriptome and the epigenome of bo…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Concussion, also referred to as mild traumatic brain injury (mTBI) is the most common type of traumatic brain injury. Currently concussion is an area ofintensescientific interest to better understand the biological mechanisms and for biomarker development. We evaluated whole genome-wide blood DNA cytosine ('CpG') methylation in 17 pediatric concussion isolated cases and 18 unaffected controls using Illumina Infinium MethylationEPIC assay. Pathway analysis was performed using Ingenuity Pathway Analysis to help elucidate the epigenetic and molecular mechanisms of the disorder. Area under the rec
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Defects in patterning during human embryonic development frequently result in craniofacial abnormalities. The gene regulatory programs that build the craniofacial complex are likely controlled by information located between genes and within intronic sequences. However, systematic identification of regulatory sequences important for forming the human face has not been performed. Here, we describe comprehensive epigenomic annotations from human embryonic craniofacial tissues and systematic comparisons with multiple tissues and cell types. We identified thousands of tissue-specific craniofacial r
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cholangiocarcinoma (CCA) is a hepatobiliary malignancy exhibiting high incidence in countries with endemic liver-fluke infection. We analyzed 489 CCAs from 10 countries, combining whole-genome (71 cases), targeted/exome, copy-number, gene expression, and DNA methylation information. Integrative clustering defined 4 CCA clusters-fluke-positive CCAs (clusters 1/2) are enriched in ERBB2 amplifications and TP53 mutations; conversely, fluke-negative CCAs (clusters 3/4) exhibit high copy-number alterations and PD-1/PD-L2 expression, or epigenetic mutations (IDH1/2, BAP1) and FGFR/PRKA-related gene r
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: The rapid and dynamic transcriptional changes of Schwann cells in response to injury are critical to peripheral nerve repair, yet the epigenomic reprograming that leads to the induction of injury-activated genes has not been characterized. Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) catalyzes the trimethylation of lysine 27 of histone H3 (H3K27me3), which produces a transcriptionally repressive chromatin environment. We find that many promoters and/or gene bodies of injury-activated genes of mature rat nerves are occupied with H3K27me3. In contrast, the majority of distal enhancers that g
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Epigenetics plays a key role in cancer development. Genetics alone cannot explain sporadic cancer and cancer development in individuals with no family history or a weak family history of cancer. Epigenetics provides a mechanism to explain the development of cancer in such situations. Alterations in epigenetic profiling may provide important insights into the etiology and natural history of cancer. Because several epigenetic changes occur before histopathological changes, they can serve as biomarkers for cancer diagnosis and risk assessment. Many cancers may remain asymptomatic until relatively
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования