While predicting base modification states directly from nanopore electrical signals offers a cost-effective approach to epitranscriptomic profiling, current computational models remain fundamentally limited. They frequently suffer from suboptimal precision and unacceptably high false-positive rates. More importantly, existing methods fail to effectively exploit inherent RNA sequence features and completely overlook the critical influence of RNA structure. To overcome these limitations, we introduce NanoFM, a deep learning predictor incorporating an RNA structural foundation model. By fusing la
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Kidney disorders, including acute kidney injury (AKI), chronic kidney disease (CKD), diabetic nephropathy (DN), and clear cell renal cell carcinoma (ccRCC), represent major causes of morbidity and mortality worldwide and remain significant challenges in clinical management because of their complex pathogenesis and limited therapeutic options. Recent advances in epitranscriptomics have highlighted RNA methylation as an important post-transcriptional regulatory mechanism involved in renal physiology and disease development. Diverse RNA modifications, including N6-methyladenosine (m6A), 5-methylc
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA modifications (RMs) are critical for diverse biological processes, but the lack of accurate, quantitative detection methods has limited … nd differentially modified transcripts, highlighting the complexity and dynamic nature of the human epitranscriptome. DeepRM is freely available, providing a unique, powerful opportunity for understanding the biological functions of RMs. DeepRM can also be expanded to various other RMs and organisms, potentially becoming a future standard for investigating the epi …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N6-methyladenosine (m6A) is the most abundant internal modification of eukaryotic mRNA, and its dysregulation is increasingly linked to autoimmune diseases. Unlike previous reviews that broadly cover the entire m6A network, this review adopts an m6A writer centric perspective. The m6A writer complex serves as the upstream gatekeeper of epitranscriptomic regulation. We summarize its structural organization and cell‑type‑specific functions in controlling immune cell differentiation and function, as well as its protective roles in parenchymal tissues. Accumulating evidence shows that the writer c
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N6-methyladenosine (m6A) is the most prevalent internal modification in eukaryotic mRNA, influencing RNA fate and gene regulation. Early antibody-based approaches enabled transcriptome-wide profiling but lacked resolution and quantitative accuracy. Newer approaches now achieve base-resolution m6A detection using improved crosslinking, chemical or enzymatic conversion, and single-molecule sequencing. Antibody-free methods provide quantitative stoichiometry from minimal input, while nanopore direct RNA sequencing offers real-time, single-molecule readouts across entire transcriptomes. Collective
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNF213 gene mutations are the cause behind Moyamoya disease, a rare cerebrovascular occlusive disease. However, the function of RNF213 in the vascular system and the impact of its loss of function are not yet comprehended. To understand RNF23 function, we performed gene knockdown (KD) in vascular cells and performed various phenotypical analysis as well as extensive transcriptome and epitranscriptome profiling. Our data revealed that RNF213 KD led to disrupted angiogenesis in HUVEC, in part due to downregulation of DNA replication and proliferation pathways. Furthermore, HUVEC cells became sen…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Diabetic cataract (DC) is a lens-opacity complication of diabetes driven by hyperglycemia-related oxidative, apoptotic, metabolic, and epithelial-mesenchymal transition (EMT) pathways. This review evaluated the expression and mechanistic roles of long non-coding RNAs (lncRNAs) and lncRNA-related epitranscriptomic regulators in DC.
METHODS: PubMed, Embase, Cochrane Library, Scopus, Web of Science, and Google Scholar were searched to 1 June 2026 without language restriction. Ex vivo, in vitro, transcriptomic, epitranscriptomic, and mechanistic studies were included. Two reviewers
СтатьяСистематический обзорМетаанализПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N6-methyladenosine (m6A) represents the most abundant and tightly controlled modification within eukaryotic mRNA, critically influencing RNA metabolism and function. The m6A methyltransferase Like-3 (METTL3), responsible for the complex's catalytic function, has emerged as a central epitranscriptomic regulator governing mRNA stability, alternative splicing, nuclear export, and the efficiency of mRNA translation. Converging research shows that METTL3 is involved in the pathogenesis of numerous disorders via m6A-dependent, post-transcriptional regulation of gene programs controlling cell growth,
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Vitamins are essential metabolic cofactors, yet their roles in epitranscriptomic regulation, particularly N 6-methyladenosine (m6A) modification, remain unclear. Here, we investigate the effects of various vitamins (VB2, VB6, and VB12) on the mRNA m6A epitranscriptome in multiple mouse tissues (brain, liver, and testis). Clustering analyses reveal closer similarity between the brain and testis m6A profiles, whereas the liver exhibits a unique pattern, reflecting tissue-specific regulatory dynamics. More than 90% of m6A sites are independent of mRNA abundance, highlighting the post-transcriptio…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Direct somatic cell-to-neuronal fate reprogramming (induced neurons, iNs) is valuable for translational and basic research. N6-Methyladenosine (m6A), the most prevalent mRNA epitranscriptomic modification, is critical for neural biology, but its role in iN reprogramming remains elusive. Using our induced retinal ganglion cell-like neuron (iRGC) system, we found dynamic m6A epitranscriptomic adjustments during iRGC reprogramming. Mettl3, the core component of the m6A methyltransferase complex, promoted iRGC fate reprogramming and axon development. Integrated RNA-seq/MeRIP-seq analyses and gene
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Migraine is a complex neurological disorder showing distinct circadian rhythmicity in its onset and intensity. Attacks often follow daily patterns, suggesting that molecular clock mechanisms modulate neuronal excitability and pain signaling. Recent advances in neuroepigenetics identify RNA modifications particularly N6-methyladenosine (m6A) as rapid regulators of gene expression that respond to circadian cues. Exploring this circadian epitranscriptomic interaction may clarify time-of-day variations in migraine risk and drug response. This review integrates recent molecular and translational st
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Edwardsiella piscicida is a major pathogen in mariculture. The role of epitranscriptomic regulation in fish mucosal immunity remains unclear. We employed MeRIP-seq and RNA-seq to investigate m6A modifications in Sebastes schlegelii during E. piscicida infection. We identified 6523-7361 differential m6A peaks, with a shift toward 3'UTRs. Transcriptome analysis revealed that 1279 DEGs were enriched in complement and cytokine pathways while inflammatory mediators were suppressed at 6 hpi. At 24 hpi, 579 DEGs sustained acute-phase responses and pathogen recognition. Notably, 77 continuously upregu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
mRNA plays a pivotal role in cellular processes of genetic information transfer, and post-transcriptional modifications of its nucleotides enable regulation of these processes with each particular mRNA. m5C methylation is a specific RNA modification that is rather common in tRNA, rRNA, lncRNA and other types of non-coding RNAs, whereas in mRNA it is found not very often. However, the functioning of m5C-methylated mRNAs differs from the non-methylated ones quite dramatically. Of the eight m5C RNA methyltransferases in humans, only two, NSUN2 and NSUN6, were found to be capable of modifying the
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cardiovascular remodeling, encompassing vascular remodeling, myocardial remodeling, and fibrosis-associated tissue remodeling, underlies atherosclerosis, pulmonary hypertension, myocardial infarction, myocardial fibrosis, and other cardiovascular diseases. Its regulation has traditionally been studied through transcriptional, inflammatory, metabolic, mechanical, and intercellular signaling mechanisms. Recent advances in epitranscriptomics have identified N6-methyladenosine (m6A) RNA methylation as an additional post-transcriptional layer that interacts with microRNA (miRNA) pathways during car
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N6-methyladenosine (m6A) and 5-methylcytosine (m5C) are dynamic and reversible RNA modifications that play important roles in cardiovascular diseases (CVDs). By regulating RNA stability, splicing, transport, translation, and degradation, m6A and m5C shape key pathological processes including endothelial dysfunction, inflammation, apoptosis, fibrosis, impaired contractility, and metabolic remodeling. Core regulators, including METTL3, METTL14, fat mass and obesity-associated protein (FTO), AlkB homolog 5 (ALKBH5), and YTH family proteins for m6A, as well as NSUN2, DNMT2, TET2, and ALYREF YBX1 f
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pterygium progression is driven by conjunctival fibroblast fibrosis, where TGF-β and Wnt signaling pathways promote fibrotic processes. Howe … criptomic regulation. These insights offer potential avenues for treating fibrosis by targeting the epitranscriptome or specific transcriptional complexes.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
m6A, or N6-methyladenosine, is the most abundant modification of mRNA transcripts. These modifications are known to influence mRNA transcrip … te parasite survival through features specific to apicomplexans and kinetoplastids. Beyond parasite epitranscriptomes, this review compares m6A dynamics in host and vector species (humans, flies and mosquitoes), highlighting coevolutionary adaptations. Strikingly, both the parasites and their vectors lack canonical m6A demethylases, implying a largely irreversible …
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA modifications represent a crucial layer of post-transcriptional regulation, yet their dynamic landscape during testicular maturation remains largely uncharted. In this study, we employed Nanopore Direct RNA Sequencing to generate a comprehensive epitranscriptomic dataset for porcine testicular tissue at pre-sexual and post-sexual maturation stages. This dataset captures the profiles of four RNA modifications (m⁶A, m⁵C, Ψ, and inosine) across these critical developmental time points. We further characterized the global abundance, distribution, and motif features of these modifications. This
СтатьяDatasetПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chemical modifications of RNA molecules, collectively referred to as epitranscriptomics, have emerged as a critical layer of post-transcriptional gene regulation. Among these modifications, N6-methyladenosine (m6A) plays a key role in modulating RNA stability, localization, and translational efficiency without altering the underlying nucleotide sequence. In recent years, epitranscriptomics has been increasingly recognized for its involvement in mammalian reproductive processes. In mammalian oocytes, which undergo an extended period of transcriptional quiescence and rely predominantly on post-t
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
METTL3 is a key regulator of RNA metabolism, yet its genomic and epitranscriptomic roles in tissue development are largely unexplored. Using … ss of METTL3 nuclear m6A activity disrupted Rx+ retinal anlage formation in vitro, with dCas13b-FTO epitranscriptome engineering revealing that m6A at the Six3 3'UTR governs its stability. Surprisingly, while METTL3 loss altered histone modifications and chromatin accessibility, its direct chromatin targets showed little transcriptional correlation. A degron-based …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования