CRISPR/Cas9-mediated genome editing shows cogent potential for the genetic modification of helminth parasites. We report successful gene knock-in (KI) into the genome of the egg of Schistosoma mansoni by combining CRISPR/Cas9 with single-stranded oligodeoxynucleotides (ssODNs). We edited the acetylcholinesterase (AChE) gene of S. mansoni targeting two guide RNAs (gRNAs), X5 and X7, located on exon 5 and exon 7 of Smp_154600, respectively. Eggs recovered from livers of experimentally infected mice were transfected by electroporation with a CRISPR/Cas9-vector encoding gRNA X5 or X7 combining wit
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Ascaris roundworms (Ascaridida: Nematoda), one of the commonest soil-transmitted helminths (STHs), can cause ascariasis with significant socioeconomic and public health impact. In this study, the mitochondrial genome of Ascaris ovis, a representative of this genus from the sheep in Southwest China was determined using Illumina sequencing technology. The assembled genome was 14,205 bp in size and encoded 36 genes, including 12 protein-coding genes, 22 transfer RNA genes, and two ribosomal RNA genes. Phylogenetic analysis showed that A. ovis grouped with the congeneric Ascaris lumbricoides o
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Control and elimination of the parasite Ascaris lumbricoides relies on mass drug administration (MDA) using a limited number of anti-helminthics. Whilst these programs have reduced the infection intensity and prevalence within many endemic regions, patterns of transmission remain poorly understood. Reinfection commonly occurs following cessation of treatment due to the absence of acquired immunity post infection. Here, we utilise genomic data to understand parasite transmission within and between households in a community and the genomic impact of repeated MDA. We sequenced 54 whole-genomes fr
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Trichuriasis is among the most prevalent worldwide parasitism caused by helminths. For many years, Trichuris spp. have been described with a relatively narrow range of both morphological and biometrical features. The use of the complete mitochondrial genome (mitogenome) is an alternative and powerful molecular method for inferring phylogenies. Here, we present an overview of the contributions of mitogenome for Trichuris spp. from human and non-human primates. In addition, we carry out structural and phylogenetic comparative analyses with genomes of Trichuris species available in public dataset
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Haemonchus contortus is a globally distributed and economically important gastrointestinal pathogen of small ruminants and has become a key nematode model for studying anthelmintic resistance and other parasite-specific traits among a wider group of parasites including major human pathogens. Here, we report using PacBio long-read and OpGen and 10X Genomics long-molecule methods to generate a highly contiguous 283.4 Mbp chromosome-scale genome assembly including a resolved sex chromosome for the MHco3(ISE).N1 isolate. We show a remarkable pattern of conservation of chromosome content with Caeno
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
It is well documented that the double-stranded DNA (dsDNA) genomes of certain viruses and the proviral genomes of retroviruses are regularly targeted by epigenetic regulatory mechanisms (DNA methylation, histone modifications, binding of regulatory proteins) in infected cells. In parallel, proteins encoded by viral genomes may affect the activity of a set of cellular promoters by interacting with the very same epigenetic regulatory machinery. This may result in epigenetic dysregulation and subsequent cellular dysfunctions that may manifest in or contribute to the development of pathological ch
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Schistosoma japonicum is a parasitic flatworm that causes human schistosomiasis, which is a significant cause of morbidity in China and the Philippines. A single draft genome was available for S. japonicum, yet this assembly is very fragmented and only covers 90% of the genome, which make it difficult to be applied as a reference in functional genome analysis and genes discovery.
FINDINGS: In this study, we present a high-quality assembly of the fluke S. japonicum genome by combining 20 G (~53X) long single molecule real time sequencing reads with 80 G (~ 213X) Illumina paired-end
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Helminth therapy is advocated to restore and maintain control of inflammatory responses, particularly chronic colitis. However, helminths can induce chronic colitis in susceptible individuals. Susceptibility has an immunogenetic basis: defining this is essential if nematode therapy is to be successfully and safely targeted in inflammatory bowel disease (IBD). To validate a preclinical mouse model we phenotyped the response to Trichuris muris in mice. We determined colonic transcriptional activity in naïve and infected mice and linked differential gene expression to mechanistic path
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Gnathostoma spinigerum is a parasitic nematode implicated in human cases of eosinophilic meningitis. This species is primarily endemic to Thailand and frequently occurs in other regions as imported cases. Although this parasite poses a significant pathogenic risk, its genome has not yet been assembled or annotated. The aim of our study is to generate the first genome assembly of G. spinigerum.
METHODS: Whole-genome sequence libraries were generated from genomic DNA extracted from a pooled sample of advanced stage 3 larvae. After sequencing, the assembly of the genome was produced
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The parasitic nematode Teladorsagia circumcincta is one of the most important pathogens of sheep and goats in temperate climates worldwide and can rapidly evolve resistance to drugs used to control it. To understand the genetics of drug resistance, we have generated a highly contiguous genome assembly for the UK T. circumcincta isolate, MTci2. Assembly using PacBio long-reads and Hi-C long-molecule scaffolding together with manual curation resulted in a 573 Mb assembly (N50 = 84 Mb, total scaffolds = 1,286) with five autosomal and one sex-linked chromosomal-scale scaffolds consistent with its
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Haemonchus contortus is a highly pathogenic, blood-feeding nematode that causes widespread disease and significant economic loss in livestock worldwide. Previous proteomic studies were constrained by incomplete genomic resources and limited analytical sensitivity, impeding comprehensive profiling across life stages.
METHODS: In this study, we integrated advanced tandem mass spectrometry with a chromosome-scale genome assembly of the Haecon-5 strain to construct the most detailed somatic proteome of H. contortus to date.
RESULTS: We identified and quantified 7002 proteins across f
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Schistosoma haematobium causes urogenital schistosomiasis, a neglected tropical disease affecting >100 million people worldwide. Chronic infection with this parasitic trematode can lead to urogenital conditions including female genital schistosomiasis and bladder cancer. At the molecular level, little is known about this blood fluke and the pathogenesis of the disease that it causes. To support molecular studies of this carcinogenic worm, we reported a draft genome for S. haematobium in 2012. Although a useful resource, its utility has been somewhat limited by its fragmentation.
F
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Filarial infections of humans cause some of the most important neglected tropical diseases. The global efforts for eliminating filarial infections by mass drug administration programs may require additional tools (safe macrofilaricidal drugs, vaccines, and diagnostic biomarkers). The accurate and sensitive detection of viable parasites is essential for diagnosis and for surveillance programs. Current community-wide treatment modalities do not kill the adult filarial worms effectively; hence, there is a need to identify and develop safe macrofilaricidal drugs. High-throughput sequencing, mass s
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alveolar echinococcosis, caused by the tapeworm Echinococcus multilocularis, is one of the most severe parasitic diseases in humans and represents one of the 17 neglected diseases prioritised by the World Health Organisation (WHO) in 2012. Considering the major medical and veterinary importance of this parasite, the phylogeny of the genus Echinococcus is of considerable importance; yet, despite numerous efforts with both mitochondrial and nuclear data, it has remained unresolved. The genus is clearly complex, and this is one of the reasons for the incomplete understanding of its taxonomy. Alth
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The root-knot nematode (RKN) Meloidogyne chitwoodi is a threat for potato production in the western United States (U.S.), negatively impacting potato yield and product value. Meloidogyne chitwoodi produce proteins, called effectors, in their esophageal glands that are secreted during parasitism and play integral roles in plant-nematode interactions. Because the esophageal glands are the main effector secretory organs, we isolated juvenile gland cells and performed gland transcriptome analysis with our newly improved genome annotation. The gland-specific transcriptome data gave us an enrichment
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Trichinellosis is a helminthic infection where different species of Trichinella nematodes are the causative agents. Several molecular assays have been designed to aid diagnostics of trichinellosis. These assays are mostly complex and expensive. The genomes of Trichinella species contain certain parasite-specific genes, which can be detected by polymerase chain reaction (PCR) methods. We selected β-carbonic anhydrase (β-CA) gene as a target, because it is present in many parasites genomes but absent in vertebrates. We developed a novel β-CA gene-based method for detection of Trichinella larvae
Оценочное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Echinococcus multilocularis is a tiny tapeworm, responsible for 0.3~0.5 million alveolar echinococcosis in humans.
METHODS: We searched relevant papers published between 1981 and 2013 based on the database sources such as PubMed and Google scholar, and collected and integrated the data for analysis.
RESULTS: The parasite is able to use host-originated molecules to modulate its development and has complex signalling pathways than expected previously. E. multilocularis utilizes many types of alternative splicing approaches to generate transcript isoforms. Recently, the genome of E.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The life cycle of Taenia solium is characterized by different stages of development, requiring various kinds of hosts that can appropriately harbor the eggs (proglottids), the oncospheres, the larvae and the adults. Similar to other metazoan pathogens, T. solium undergoes transcriptional and developmental regulation via epigenetics during its complex lifecycle and host interactions.
RESULT: In the present study, we integrated whole-genome bisulfite sequencing and RNA-seq technologies to characterize the genome-wide DNA methylation and its effect on transcription of Cysticercus cel
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Alveolar echinococcosis (AE), which is caused by larval Echinococcus multilocularis, is one of the world's most dangerous neglected diseases. Currently, no fully effective treatments are available to cure this disease.
METHODS: In vitro protoscolicidal assay along with in vivo murine models was applied in repurposing drugs against AE. Genome-wide identification and homology-based modeling were used for predicting drug targets. RNAi, enzyme assay, and RNA-Seq analyses were utilized for investigating the roles in parasite survival and validations for the drug target.
FINDINGS: We i
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Identification of parasite genes that underlie traits such as drug resistance and host specificity is challenging using classical linkage mapping approaches. Extreme QTL (X-QTL) methods, originally developed by rodent malaria and yeast researchers, promise to increase the power and simplify logistics of linkage mapping in experimental crosses of schistosomes (or other helminth parasites), because many 1000s of progeny can be analysed, phenotyping is not required, and progeny pools rather than individuals are genotyped. We explored the utility of this method for mapping a drug resis
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования