Polyadenylation is a conserved post-transcriptional RNA modification with fundamentally different consequences for RNA fate across biological systems. In bacteria, chloroplasts, and plant mitochondria, adenylation is generally associated with RNA turnover and degradation, whereas its role in metazoan mitochondria remains incompletely understood. In metazoa, polyadenylation is best known for generating complete UAA stop codons in a subset of mitochondrial mRNAs. However, this explanation does not fully account for the evolutionary conservation of the modification, its diverse RNA substrates, or
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Stability of messenger RNA (mRNA) is a critical factor in the development and storage of mRNA-based vaccines. In this study, we systematically examine the effects of addition of various osmolytes (and their combinations) on mRNA integrity during long-term storage and under thermal stress.
METHODS: Eleven osmolytes, belonging to subclasses of amino acids and derivatives (ectoine, methionine, L-cysteine, valine), polyols and sugars (sorbitol, trehalose and mannose), nucleosides (uridine), and vitamins and cofactors (nicotinamide and citric acid) have been examined by themselves as well
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The RNA modification N6-methyladenosine (m6A) is conserved across eukaryotes, and profoundly influences RNA metabolism, including regulating RNA stability. METTL3 and METTL14, together with several accessory components, form a 'writer' complex catalysing m6A modification. Conversely, FTO and ALKBH5 function as demethylases, rendering m6A dynamic. Key to understanding the functional significance of m6A is its 'reader' proteins, exemplified by YTH-domain-containing proteins (YTHDFs) canonical reader and insulin-like growth factor 2 mRNA-binding proteins (IGF2BPs) non-canonical reader. These prot…
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The poly(A) tail deadenylation and transient protein expression of messenger RNA (mRNA) extremely hinder its therapeutic potential in genetic diseases, from which it follows that improving RNA stability and translation efficiency has emerged as a critical priority. In this study, we construct a 2-arm mRNA via a streamlined modular assembly approach, characterized by a unique topology formed through the dimerization of two mRNA 3' poly(A) tails. This distinctive architecture exhibits the capacity for efficiently recruiting poly(A)-binding proteins (PABPs) to activate the eIF3-eIF4F complex and …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: For precise and reliable gene expression analysis, the acquisition of high-quality RNA is contingent upon excellent tissue preparation and handling. The optimal method for preserving tissues after surgical resection remains challenging due to the delays in delivery or the absence of cold storage equipment. Although RNAlater has been extensively adopted for tissue preservation, few studies have systematically evaluated the effects of various tissue preservation solutions and post-collection intervals on RNA integrity across a range of tissue types.
METHODS: Ten types of mouse tissu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MicroRNA (miRNA) is a small, non-coding RNA molecule (~22 nucleotides) that acts as a post-transcriptional gene regulator, primarily by inhibiting the translation of target mRNA transcripts or affecting cell mRNA stability. Since miRNAs are comprehensively involved in gene regulation, their abnormalities are associated with various human diseases, including cardiovascular disease. Additionally, targeted inhibition of disease-related miRNAs and their targets should have therapeutic potential. Therefore, this chapter describes the experimental steps for targeted inhibition of specific miRNAs usi…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
It has been found that divalent cation transporters of the Nramp family in cell phagosomes and bacteria that parasitize on the cell compete for metals, which is crucial for bacterial survival. Long helices were determined by means of our algorithm for each mRNA in the 5'-untranslated region in Brucella. Conserved long RNA helices were found in mRNA that encode manganese transporters as well as Ni-dependent Glyoxalase I. We suggest that long helices in these regions are involved in the regulation of RNA stability.
Аннотация на английскомСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Degradation of mRNA containing N6-methyladenosine (m6A) is essential for cell growth, differentiation, and stress responses. Here, we show that m6A markedly alters ribosome dynamics and that these alterations mediate the degradation effect of m6A on mRNA. We find that m6A is a potent inducer of ribosome stalling, and these stalls lead to ribosome collisions that form a unique conformation unlike those seen in other contexts. We find that the degree of ribosome stalling correlates with m6A-mediated mRNA degradation, and increasing the persistence of collided ribosomes correlates with enhanced m
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The eutherian-specific SNORD116 family of repeated box C/D snoRNA genes is suspected to play a major role in the Prader-Willi syndrome (PWS), yet its molecular function remains poorly understood. Here, we combined phylogenetic and molecular analyses to identify candidate RNA targets. Based on the analysis of several eutherian orthologs, we found evidence of extensive birth-and-death and conversion events during SNORD116 gene history. However, the consequences for phylogenetic conservation were heterogeneous along the gene sequence. The standard snoRNA elements necessary for RNA stability and a…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) blocks held in clinical laboratories are an invaluable resource for clinical research, especially in the era of personalized medicine. It is important to accurately quantitate gene expression with degraded and small amounts of total RNA from FFPE materials.
RESULTS: High concordance in transcript quantifications were shown between FF and FFPE samples using the same kit. The gene expression using the TaKaRa kit showed a difference with other kits, which may be due to the different principle of rRNA depletion or the amount of input total R
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA N6-methyladenosine (m6A), as the most prevalent and abundant RNA modification on mRNAs, plays indispensable roles in biological processes and development by modulating the fate of target RNAs. However, whether other METTL proteins, besides dominant METTL3 and METTL14, participate in the intricate dynamic regulation of mRNA m6A remains elusive. Here, we reveal that METTL18 catalyzes the methylation of histidine within the YTHDF2 protein, which in turn facilitates the stability of m6A-modified RNAs. Mechanistically, METTL18 directly interacts with YTHDF2 and catalyzes the methylation of hist
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Codon optimality couples translation elongation to decay and is among the strongest reported sequence determinants of mRNA half-life. Long non-coding RNAs (lncRNAs) are largely untranslated. Is lncRNA stability sequence-encoded in the way mRNA stability is? We compared the classes on half-lives from the same assays, re-estimating the codon stabilization coefficient (CSC) inside each cross-validation fold to remove label leakage. Performance is the cross-validated coefficient of determination R² - 1 for perfect prediction, 0 for the training mean, negative for worse - and the Spearman rank corr…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N 6-methyladenosine (m6A) is a prevalent internal modification of eukaryotic mRNA that influences transcript fate, including mRNA stability and cell-type-specific gene expression. However, the mechanisms underlying m6A-mediated regulation remain poorly understood in many systems, including the highly regenerative planarian Schmidtea mediterranea. To address this, we generated a high-confidence atlas of ∼72 200 m6A sites across the planarian transcriptome using multiplexed direct RNA sequencing. The m6A sites follow a DRAYW consensus motif and are highly enriched near stop codons while being la…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ophthalmic diseases, including inherited retinal dystrophies, age-related macular degeneration (AMD), and glaucomatous neuropathies, are often driven by the expression of pathogenic proteins or dysfunctional non-coding RNAs that are currently considered 'undruggable' with conventional small-molecule therapeutics. The emerging strategy of Ribonuclease-Targeting Chimeras (RIBOTACs) offers a revolutionary approach to address this therapeutic gap. RIBOTACs are heterobifunctional small molecules designed to bind a specific target RNA with one moiety and recruit a latent endogenous ribonuclease, suc
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The epitranscriptome has been mapped in extraordinary detail, and metabolic-labeling assays have begun to measure how fast modifications turn over at the population level - yet the per-molecule residence time of a mark, how long it remains on an individual RNA once written, is rarely recovered. I argue that this variable deserves a name and a place beside the ones we already quantify. I propose to treat the persistence of a mark as an independent clock - mark dwell time, the average time a modification remains on an RNA molecule - running in parallel to the clock of RNA decay. The two clocks a
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pathogenic fungal species can cause superficial and mucosal infections, to potentially fatal systemic or invasive infections in humans. These infections are more common in immunocompromised or critically ill patients and have a significant morbidity and fatality rate. Fungal pathogens utilize several strategies to adapt the host environment resulting in efficient and comprehensive alterations in their cellular metabolism. Fungal virulence is regulated by several factors and post-transcriptional regulation mechanisms involving mRNA molecules are one of them. Post-transcriptional controls have e
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Synonymous codons occur at unequal rates in the coding genome, with those represented least often termed 'rare.' Rare codon-enriched genes typically exhibit poor expression due to reduced transcription, mRNA stability, export, and translation. However, there are an increasing number of examples whereby rare codon-enriched genes are paradoxically highly expressed, suggestive of mechanisms to overcome the poor expression imposed by rare codons. To identify codon-dependent modifiers, we screen a targeted sgRNA library for genes that, when inactivated, increase the expression of rare versus common…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Hypoxia plays a critical role in both physiological and pathological processes. Cells adapt to hypoxia through the extensive rep … S). Third, hypoxia influences mRNA modifications, including m6A, m5C, and ac4C, thereby modulating mRNA stability and translation. Lastly, hypoxia influences mRNA stability and degradation through poly(A) tail dynamics and AU-rich elements. CONCLUSION: Hypoxia orchestrates mRNA metabolism through interconnected transcriptional and post-transcriptional mechanism …
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RIBOTAC (Ribonuclease Targeting Chimera) is a strategy that employs small molecules to selectively bind disease-associated RNA and recruit endogenous RNase L for targeted RNA degradation. This study advances the concept of bioorthogonal cleavage reactions to develop a novel "bioorthogonal RIBOTAC" (boRIBOTAC). Focusing on SARS-CoV-2 viral RNA, we engineered a cleavable "cage" protective group into a critical site within the RIBOTAC molecule, rendering it inactive as ProRIBOTAC in its untriggered state. When therapeutic intervention becomes necessary or disease progression demands it, a bioorth
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Myotonic dystrophy (DM) types 1 (DM1) and 2 (DM2) are caused by autosomal dominant gain-of-function RNA which are, in turn, created by the expansion of repeat sequences in the DMPK and ZNF9 genes, respectively. The expansions are highly unstable and biased for further expansion in somatic cells and across generations. Despite the different genes involved, DM1 and DM2 share several clinical features due to having the similar underlying mechanism of repetitive RNA-mediated toxicity. Both disorders manifest as multisystemic conditions with features including myotonia, cataract development, and ab
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования