Primary congenital glaucoma (PCG) is an inherited blinding eye disease. The CYP1B1 gene was identified as a causal gene for PCG, and many mu … tabilization of the mutant proteins, especially at the ASC, whose solvent-accessible surface areas (SASAs) were significantly decreased. Compared with the wild-type (WT) protein, the overall structures of the mutants are associated with subtle but significant changes, and the ASC seems to adopt such structures that are not able to perform the WT-like f …
СтатьяМетаанализПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
As an emerging pollutant derived from tire rubber, 6PPD-quinone (6PPD-Q) has raised public health concerns due to widespread environmental e … A subsequent 100-ns MD simulation of the 6PPD-Q-RELA complex showed relatively stable RMSD, Rg, and SASA profiles and a concentrated low-energy conformational basin, supporting its dynamic stability under the simulated conditions. Collectively, these computational findings suggest potential molecular links between 6PPD-Q exposure and IVDD and provide h …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study integrates docking, molecular dynamics (MD) simulation, and free energy estimation to evaluate two engineered peptides, mutated p … region without inducing major structural perturbations, as indicated by analyses of RMSD, RMSF, Rg, SASA, and hydrogen-bonding patterns. In human PERK (hPERK), MuP52 maintained stable binding (ΔG = − 22.79 ± 3.64 kJ/mol) and reduced local flexibility, suggesting potential cross-species relevance. Peptide binding also modulated the conformational lands …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
HER2 plays a crucial role in breast cancer (BC) progression, with the D769H and D769Y mutations significantly influencing its structural int … uation (RMSF) reveals enhanced flexibility near the mutation site. Solvent accessible surface area (SASA) calculations highlight changes in solvent exposure, directly affecting ligand accessibility, while radius of gyration (Rg) assessments suggest structural loosening or tightening in response to mutation-induced alterations. Binding free energy calcu …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Solvent engineering plays a crucial role in improving lipase performance in non-aqueous biocatalytic systems, particularly for the efficient … 80% residual activity after thermal treatment. Simulation results indicated reduced RMSD, RMSF, and SASA values, suggesting improved structural compactness. Subtle changes in interaction behavior within the catalytic triad (Ser105-His224-Asp187) were also observed, indicating localized modulation of active-site dynamics that may contribute to enhanced …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Over time, antimicrobial agents are losing their credibility in curbing infections due to the development of resistant pathogen strains. The … SID_000725 and DHPS-CID_291096 were analysed for global dynamics attributes such as RMSD, RMSF, Rg, SASA and essential dynamics through PCA. The complexes were subjected to MM/PBSA based binding free energy analysis and were found to have binding free energy of -25.18 kcal/mol (DHPS-MSID_000725) and - 4.90 kcal/mol (DHPS-CID_291096).
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acetohydroxyacid synthase (AHAS) is a vital enzyme in Mycobacterium tuberculosis, the pathogen causing tuberculosis (TB), involved in branch … ), secondary structure elements (SSEs), radius of gyration (rGyr), solvent accessible surface area (SASA), and MM-GBSA free energy values. Remarkably, compounds KG 98 and KG 131 exhibited superior stability profiles across all analyzed parameters. From the detailed interactions analysis, it was found that the nitrogen containing heterocyclic rings (1,3 …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The increasing resistance of Plasmodium falciparum (P. falciparum) and Plasmodium vivax (P. vivax) to commonly used antimalarial drugs under … .25 to -46.35 kcal/mol) and formed stable complexes, as indicated by MD parameters (RMSD, RMSF, Rg, SASA). The Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area (MM/PBSA) results further confirmed favorable binding energies (-21.81 to -26.42 kcal/mol). In-vitro antiplasmodial assays against P. falciparum strains (Pf3D7 and PfDD2) showed potent activit …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neisseria meningitidis continues to be a major etiology of invasive meningococcal disease, and the increasing frequency of antimicrobial res … uced residue fluctuations compared to the apo form, while maintaining stable radius of gyration and SASA. Further insilico validation through MM-GBSA confirmed favorable binding energies with beta-sitosterol (- 21.28 kcal·mol⁻1), stigmasterol (- 17.01 kcal·mol⁻1), and riboflavin (- 16.09 kcal·mol⁻1) with van der Waals interactions predominating for the …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Drug-resistant Salmonella enteric serovar Typhi (S. Typhi) poses a vital public health issue. To overcome drug resistance issues, the develo … y period at 300 K. Further to know the insights of the complex's stability, we calculated RMSF, RG, SASA and interaction energy for the last 60 ns trajectory period because all complexes showed the stability after 40 ns trajectory period. MM-PBSA analysis of the last 10 ns of MD trajectories showed the stability of the complexes. From our results, we c …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Indoxyl sulphate (IS) and p-cresyl sulphate (PCS) are two protein bound uraemic toxins accumulated in chronic kidney disease (CKD) and associated with adverse outcomes. The purpose of this study isto evaluate the effect of the new activated charcoal, CharXgen, on renal function protection and lowering serum uraemic toxins in CKD animal model. The physical character of CharXgen was analyzed before and after activation procedure by Scanning Electron Microscope (SEM) and X-ray diffractometer (XRD). The effect of CharXgen on biochemistry and lowering uremic toxins was evaluated by in vitro binding
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alzheimer's disease (AD) is a progressive neurodegenerative disorder characterized in part by cholinergic dysfunction resulting from excessi … complex, supported by stable RMSD, RMSF, radius of gyration (Rg), solvent-accessible surface area (SASA), and persistent hydrogen bonding patterns. NMA indicated coordinated motions and low deformability, suggesting stable complex formation. ADME prediction showed acceptable drug-likeness with one Lipinski rule violation but indicated limited gastroin …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Rheumatoid arthritis (RA) is a systemic, pro-inflammatory, autoimmune disease that mainly affects the joints in a symmetrical ma … study of the docked complexes with the analysis of Hydrogen bonds, Solvent Accessible Surface Area (SASA), Root Mean Square Deviation (RMSD), Root Mean Square Fluctuation (RMSF) and Radius of gyration (Rg), suggested a strong interaction between the two partners, LRG1 and SERPINA1. Conclusions: Our study suggests that LRG1 may inhibit SERPINA1 and prom …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Herein, we report a non-fluorescent 2,1,3-benzothiadiazole (BTD) derivative, BTD-PhCOOH, as a protein-triggered fluorogenic platform for SARS-CoV-2 spike protein detection. Direct coupling under mild refrigerated conditions afforded the BTD-Spike conjugate, producing an intense green fluorescence signal and demonstrating efficient fluorescence turn-on after protein ligation. Solvent-accessible surface area analysis (SASA) identified Lys529 as the most accessible lysine residue, providing a structural rationale for conjugate formation. In MCF-7 cells, BTD-Spike enabled time-dependent visualizat…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CONTEXT: Candida albicans is the most common cause of candidemia and is classified as a high-priority pathogen due to its increasing prevale … ing GROMACS for 500 ns, and the conformational dynamic stability was examined using RMSD, RMSF, Rg, SASA, PCA, CD-HIT, BLASTp, DrugBank, BlastKOALA, screening, SiteMap, LigPrep, SwissParam, MMPBSA, and CHARMM36 force field.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Psoriasis, a persistent inflammatory condition with a complex origin, lacks a definitive cure despite the availability of diverse treatments … mical and protein complexes were subjected to molecular dynamics and documented their RMSDs, RMSFs, SASA, Rg, MMPBSA, and PCA profiles. Other informatics web tools were employed to predict physicochemical properties, bioactivity, drug-likeness, and toxicity scores. Three compounds identified from VT oil displayed binding potential against IL-17A, showc …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Drug designing is high-priced and time taking process with low success rate. To overcome this obligation, computational drug repositioning t … e deviation and fluctuations (RMSD/F), radius of gyration (Rg) and soluble accessible surface area (SASA) graphs. Taken together, darifenacin, astemizole, tubocurarine, elacridar, sertindole and tariquidar displayed good lead like profile as compared with standard and can be used as possible therapeutic agent in the treatment of AD after in-vitro and i …
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Parkinson's disease (PD) is a debilitating neurodegenerative disease affecting millions worldwide, especially the elderly. Pesticides, parti … ng the GROMACS software. Simulation trajectories like RMSD, RMSF, Inter and Intramolecular H-bonds, SASA, RG, PCA, FEL and FEP, all indicated better binding of the ligand (3PBA) to the active site.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To elucidate the resistance of type V resistant starch to enzymatic digestion, this study investigated the relationship between the crystall … ed radius of gyration (Rg), root-mean-square deviation (RMSD), and solvent-accessible surface area (SASA) values, accompanied by highly unstable fluctuations. This instability was further characterized by a reduced number of hydrogen bonds and a Gibbs free energy landscape displaying multiple energy minima. Binding free energy analysis further demonstr …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Buffers are commonly selected for their compatibility with biochemical measurements or their specific capabilities, yet buffer interactions … of ions, consistent with conformational changes that decrease the solvent-accessible surface area (SASA) of proteins. Intact protein hydrogen-deuterium exchange experiments indicate significantly lower deuterium uptake for all TTR proteoforms in EDDA compared with AmAc or TEAA. Ion mobility MS revealed that each TTR proteoform has a larger average CCS …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования