INTRODUCTION: Transposable element (TE) dysregulation is associated with neuroinflammation in Alzheimer's disease (AD) brains. Yet, TE quantitative trait loci (teQTL) have not been well characterized in human aged brains with AD.
METHODS: We leveraged large-scale bulk and single-cell RNA sequencing, whole-genome sequencing (WGS), and xQTL from three human AD brain biobanks to characterize TE expression dysregulation and experimentally validate AD-associated TEs using CRISPR interference (CRISPRi) assays in human induced pluripotent stem cell (iPSC)-derived neurons.
RESULTS: We identified 26,
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Streptococcus suis is a zoonotic pathogen that infects pigs and can occasionally cause serious infections in humans. S. suis infections occur sporadically in human Europe and North America, but a recent major outbreak has been described in China with high levels of mortality. The mechanisms of S. suis pathogenesis in humans and pigs are poorly understood.
METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: The sequencing of whole genomes of S. suis isolates provides opportunities to investigate the genetic basis of infection. Here we describe whole genome sequences of three S. suis strains from the s
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In a previous study, we identified a 117 base severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequence in the human genome with 94.6% identity. The sequence was in chromosome 1p within an intronic region of the netrin G1 (NTNG1) gene. The sequence matched a sequence in the SARS-CoV-2 Orf1b gene in non-structural protein 14 (NSP14), which is an exonuclease and NSP15, an endoribonuclease. In the current study we compared the human genome with other viral genomes to determine some of the characteristics of human sequences found in the latter. Most of the viruses had human sequences,
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The emergence of seekRNA- and bridgeRNA-guided recombination has introduced a distinct paradigm in genome engineering by coupling programmable RNA-directed DNA recognition with recombinase-mediated insertion, excision, inversion, and genomic rearrangement without canonical double-strand breaks. Since their discovery in 2024, these systems have progressed rapidly from bacterial mobile genetic elements and mechanistic characterization to structural elucidation and programmable genome engineering in human cells. However, these advances remain distributed across foundational and rapidly emerging s
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A draft genome sequence of Actinomyces timonensis, an anaerobic bacterium isolated from a human clinical osteoarticular sample, is described here. CRISPR-associated proteins, insertion sequence, and toxin-antitoxin loci were found on the genome. A new virus or provirus, AT-1, was characterized.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A retrovirus was isolated from a T-cell line that was established from lymphocytes in the cerebrospinal fluid of a patient with human T-cell leukemia virus type I-associated myelopathy (HAM), and its genome was sequenced. The nucleotide sequence of the 3' half of the total genome was identical in 99.5% of the nucleotides to that of the prototype human T-cell leukemia virus type I that was derived from a patient with adult T-cell leukemia. These results indicate that the same retrovirus human T-cell leukemia virus type I is associated with both a neurological disease, HAM, and a lymphoprolifera
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Urinary tract infections are common in dogs and are most frequently caused by Enterobacterales such as Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae. The involvement of uncommon Enterobacterales with the capacity to acquire antimicrobial resistance is increasingly recognized within a One Health framework.
CASE PRESENTATION: A 3-y-old intact female mixed-breed dog presented with haematuria, lethargy, and anorexia. Urinalysis and bacterial culture confirmed a urinary tract infection. The isolate was initially misidentified as K. pneumoniae by routine biochemical methods, but whole-geno
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gs-antigen(s) of the D-type virus isolated from the continuous cells of human carcinoma was detected by the immunodiffusion with an indirect radioimmunoautographic assay in 5 of 7 human breast fibroadenoma. This virus contained gs-antigen common with the MPMV. These data demonstrated the genom of the D-type virus (or of a similar virus) to be integrated with the human fibroadenoma cells genom. Expression of the virus genom takes place at least to the level of the virus gs-antigen synthesis. The D-type virus from the continuous cell cultures of human carcinoma was associated with some human tum
Аннотация на английскомСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Campylobacter fetus is a venereal pathogen of cattle and sheep, and an opportunistic human pathogen. It is often assumed that C. fetus infection occurs in humans as a zoonosis through food chain transmission. Here we show that mammalian C. fetus consists of distinct evolutionary lineages, primarily associated with either human or bovine hosts. We use whole-genome phylogenetics on 182 strains from 17 countries to provide evidence that C. fetus may have originated in humans around 10,500 years ago and may have "jumped" into cattle during the livestock domestication period. We detect C. fetus gen
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human genome contains a large number of sequences that belong to the HERV-K family of human endogenous retroviruses. Most of these elements are likely remnants of ancient infections by ancestral exogenous retroviruses. To obtain further insight into the evolutionary history and molecular mechanisms responsible for the diversity of the human HERV-K elements, we analyzed several aspects of their genome structure. The nucleotide composition of the HERV-K genome was found to be highly biased and asymmetric, with an abundance of the A nucleotide in the viral (+) strand. A similar trend has been
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We report the complete genome sequence of the Ornithobacterium hominis type strain MSHR-COH1 (ATCC TSD-185/NCTC 14317), a bacterial species isolated from the human nasopharynx. Long-read sequencing reveals that the genome is 2,036,909 bp in length, with a GC content of 35.72%.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Ten years after the first complete human genome sequencing, next-generation sequencing (NGS) technology has revolutionized genomics and biomedical research. Here we discuss potential emerging and future applications of NGS platforms and how cancer genome advances may change current surgical oncology practice.
MATERIALS AND METHODS: Publications in PubMed with partial or complete human and cancer genome sequencing over the last decade have been retrieved and analyzed. Recently launched international large-scale consortiums for systematic study of causal (driver) mutations underlyin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Maintenance of genome stability is of fundamental importance for counteracting carcinogenesis. Many human genome instability syndromes exhibit a predisposition to cancer. An increasing body of epidemiological evidence has suggested a link between nutrient status and risk of cancer. Like other chemicals, nutrients can be toxic when consumed in excess. It has become clear that both nutritional deficiency and toxicity can compromise the integrity of the genome. This article focuses on roles of inorganic trace nutrients, including selenium, copper, zinc, and iron, in the redox regulation of genome
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human liver fluke, Opisthorchis viverrini, has been categorized as a class one carcinogenic organism according to its strong association with cholangiocarcinoma, bile duct cancer which has high incidence in the northeast of Thailand. The lack of genome database of this parasite limited the studies aimed to understand the basic molecular biology of this carcinogenic liver fluke. The determination of the genome size is an initial step prior to the full genome sequencing. In this study, we applied an absolute quantitative real-time polymerase chain reaction for this aspect. Our results indica
Оценочное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genome instability is a hallmark of most human cancers and is exacerbated following replication stress. However, the effects that drugs/xenobiotics have in promoting genome instability including chromosomal structural rearrangements in normal cells are not currently assessed in the genetic toxicology battery. Here, we show that drug-induced replication stress leads to increased genome instability in vitro using proliferating primary human cells as well as in vivo in rat bone marrow (BM) and duodenum (DD). p53-binding protein 1 (53BP1, biomarker of DNA damage repair) nuclear bodies were increas
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Plasmodium knowlesi is a significant cause of human malaria transmitted as a zoonosis from macaque reservoir hosts in South-East Asia. Microsatellite genotyping has indicated that human infections in Malaysian Borneo are an admixture of two highly divergent sympatric parasite subpopulations that are, respectively, associated with long-tailed macaques (Cluster 1) and pig-tailed macaques (Cluster 2). Whole-genome sequences of clinical isolates subsequently confirmed the separate clusters, although fewer of the less common Cluster 2 type were sequenced. Here, to analyse population structure and g
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Studies of human papillomaviruses (HPV) are hampered by the lack of a conventional culture system, because HPV completes its life cycle only in fully differentiated human tissue. To overcome this obstacle, the athymic mouse xenograft system has been used to study the pathogenesis of a limited number of HPV types. We recently reported the propagation of a novel HPV type in the mouse xenograft system and the cloning of its genome. Consensus primer PCR had previously identified this virus as MM7, LVX82, or PAP291. Here we report the nucleotide sequence of the 8104-bp genome of this virus, now cal
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The risk of infections of human recipients after xenotransplantations is now mainly represented by porcine endogenous retroviruses (PERVs) as these particles are part of the porcine genome. As in all vertebrates, human genome harbours its own numerous genetic sequences of retroviral origin; it is estimated that they comprise about 8 % of the human genome. Because some of them play an important role in human physiology, it is valuable to estimate whether the presence of PERVs in human cells influences homeostasis of the human endogenous retrovirus (HERV) expression pattern. The aim of the study
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Brucella anthropi is a Gram-negative, aerobic, motile, oxidase-positive, non-fermentative Alphaproteobacteria belonging to the family Brucellaceae. It is most commonly found in soil but is an emerging, opportunistic, nosocomial human pathogen. The objective of this study was to understand the genome features of a drug-resistant B. anthropi (SOA01) isolated from a blood culture of a 4-day-old neonate and to determine its antimicrobial resistance and pathogenic potential.
METHODS: Hybrid genome assembly of B. anthropi strain SOA01 was generated using quality-trimmed short Illumina a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The neurotropic herpesvirus varicella-zoster virus (VZV) establishes a lifelong latent infection in humans following primary infection. The low abundance of VZV nucleic acids in human neurons has hindered an understanding of the mechanisms that regulate viral gene transcription during latency. To overcome this critical barrier, we optimized a targeted capture protocol to enrich VZV DNA and cDNA prior to whole-genome/transcriptome sequence analysis. Since the VZV genome is remarkably stable, it was surprising to detect that VZV32, a VZV laboratory strain with no discernible growth defect in tis
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования