PURPOSE: Accurate classification of microsatellite instability (MSI) in advanced cancers is critical for identifying patients who may benefit from immune checkpoint inhibitors. However, variability in MSI detection workflows can lead to missed MSI-high cases, indicating need for complementary screening approaches. Using next-generation sequencing (NGS) data from colorectal tumors, we developed a machine learning (ML) model to predict MSI status using immune-related gene expression profiles and pathogenic single-nucleotide variants (SNVs) and copy-number variants (CNVs).
MATERIALS AND METHODS:
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
GHKL ATPases share a unique Bergerat ATP-binding fold and regulate diverse biological processes through ATP-dependent conformational changes … logs, PMS2 and MLH1, we showed that clinically reported variants of uncertain significance in these DNA mismatch repair proteins substantially reduced the ATPase activity, indicating functional impairment. Together, our findings refine the catalytic mechanism of GHKL ATPases and provide a structural and functional framework for interpreting disease-associated variant …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Lynch syndrome (LS) is a cancer susceptibility syndrome caused by germline pathogenic variants in DNA mismatch repair (MMR) genes. Due to increased risk of colorectal cancer (CRC), enhanced colonoscopic surveillance is recommended for heterozygote MMR carriers.
OBJECTIVE: Using a registry of English patients with LS linked to digital National Health Service records, we aimed to assess adherence of MMR carriers to national surveillance guidelines and to determine the impact of surveillance on CRC incidence and mortality.
DESIGN: We described the frequency of colonoscopies in 4732 …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Intratumoral heterogeneity (ITH) drives therapeutic resistance in small cell lung cancer (SCLC). However, conventional single-sa … rily driven by tobacco signatures (SBS4). Conversely, Group 2 exhibited late-stage acquisition of a DNA mismatch repair deficiency (MMRd) signature (SBS15), fueling trace subclonal diversification. Clinically, Group 2 demonstrated a significantly lower objective response rate (ORR) to platinum-based regimens (25.0% vs. 81.3%, P=0.02). Furthermore, the Subclonal-rich …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Growing evidence links the gut microbiome to colorectal cancer (CRC) progression, with certain bacterial species enriched in specific molecular tumor subtypes. DNA mismatch repair deficiency in CRC, evidenced by the presence of microsatellite instability (MSI), has been consistently associated with a favorable prognosis, and may be related to certain aspects of the microbiome. Here, we examined the relationship between tumor microbial biodiversity and MSI status.
METHODS: Diagnostic tumor tissue samples were obtained from the Seattle site of the Colon Cancer Family Registry (SCCFR…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Most (95%) metastatic colorectal cancers (mCRCs) exhibit microsatellite stability (MSS) and proficiency in DNA mismatch repair (pMMR), leading to resistance to immunotherapy. To overcome this, the combination of programmed cell death protein 1 (PD-1)/programmed cell death ligand 1 (PD-L1) inhibitors with other therapeutic strategies has been explored. This study evaluated the efficacy of PRaG therapy-a combination of PD-1 inhibitors, radiotherapy, and granulocyte‒macrophage colony-stimulating factor-in comparison with other combination therapies.
METHODS: MSS/pMMR mCRC patients re…
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Carbon dioxide (CO2) is a key environmental factor that regulates the morphology of fruiting bodies in edible fungi. High CO2 concentrations often lead to the formation of antler-shaped abnormal fruiting bodies in Ganoderma lucidum. Yet, the molecular response mechanisms underlying this process remain unclear. To address this gap, this study integrated transcriptomics and untargeted metabolomics to compare the transcriptional and metabolic profiles of G. lucidum fruiting bodies at three growth stages, cultivated under both normal (0.04%) and high CO2 concentrations (0.3%). Metabolomic analysis
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The SETD2 tumour suppressor encodes a histone methyltransferase that specifically trimethylates histone H3 on lysine 36 (H3K36me3), a key histone mark implicated in the maintenance of genomic integrity among other functions. We found that SETD2 protein deficiency, mirrored by H3K36me3 deficiency, is a nearly universal event in advanced-phase chronic myeloid leukemia (CML) patients. Similarly, K562 and KCL22 cell lines exhibited markedly reduced or undetectable SETD2/H3K36me3 levels, respectively. This resulted from altered SETD2 protein turnover rather than mutations or transcriptional downreg
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adrenal Cushing represents 20% of cases of endogenous hypercorticism. Unilateral cortisol-producing adenoma (CPA), a benign tumor, and adren … line predisposition is frequent in children, while it is rare in adults. Pathogenic variants in the DNA mismatch repair genes MLH1, MSH2, MSH6, and PMS2, which cause Lynch syndrome or alterations of IGF2 and CDKN1C (11p15 locus) in Beckwith-Wiedemann syndrome, can also cause ACC. Rarely, ACC is described in other hereditary tumor syndromes due to germline pathogenic …
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
FDX1 participates in cuproptosis, a copper-dependent cell death mode, which might influence tumor progressions like ferroptosis and pyroptosis. However, the role of FDX1 in tumors remains to be explored. This study investigated FDX1 expression features, and correlations to prognosis, tumor stages, immune microenvironment, and cuproptosis from a pan-cancer perspective based on integrated bioinformatics. FDX1 mRNA and clinical data were obtained from The Cancer Genome Atlas (TCGA), Genotype-Tissue Expression (GTEx), and Broad Institute Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) databases. Differential
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Persistent Human Papillomavirus (HPV) infection is linked to 99% of cervical cancer (CC) cases. HPV types 16 and 18 alone result in 75% of CC cases and thus are considered to be high-risk types (HR-HPV). CC is the third most common cancer among women globally. Approximately, 7000 patients die from it yearly. It is worthy to note that not every patient with HPV precancerous lesions will progress to CC.
OBJECTIVES: The objectives of this review is to explore the utilization of molecular and viral biomarkers as a tool for early detection and prediction of HPV-induced cervical lesio
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Currently, the application of peritoneal washings as a diagnostic tool for endometrial cancer staging is not well defined. The case describe … tient underwent germline panel testing. The patient's somatic tumor testing demonstrated proficient DNA mismatch repair status, microsatellite stability, low tumor mutational burden (4 mut/Mb), low loss of heterozygosity (9%), amplification of the ERBB2 (HER2/neu) gene by both immunohistochemistry (3+, 20% positive) and fluorescence in-situ hybridization. Her tumor a …
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In a non-negligible number of patients with metastatic colorectal cancer (mCRC), the peritoneum is the predominant site of dissemination. Cure can be achieved by cytoreductive surgery (CRS) and hyperthermic intraperitoneal chemotherapy (HIPEC), but this procedure is associated with long-term morbidity and high relapse rates. Thus, there is a pressing need for improved therapeutic strategies and complementary biomarkers. The present study explored the molecular heterogeneity in mCRC with peritoneal carcinomatosis (PC), and the potential clinical implications thereof. Multi-region immunohistoche
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Incorporation of molecular classification into clinicopathologic assessment of endometrial carcinoma (EC) improves risk stratification. Four EC molecular subtypes, as identified by The Cancer Genome Atlas, can be diagnosed through a validated algorithm Pro active M olecular R is k Classifier for E ndometrial Cancer (ProMisE) using p53 and mismatch repair (MMR) protein immunohistochemistry (IHC), and DNA polymerase epsilon ( POLE) mutational testing. Cost and access are major barriers to universal testing, particularly POLE analysis. We assessed a selective ProMisE algorithm (ProMisE-S): p53 an
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Methyltransferase-like 3 (METTL3) is an RNA methyltransferase mediating N6 methyladenosine (m6A) modification. Its role in cancer pathogenes … tional analysis revealed that METTL3 is mainly involved in chromosomal homologous recombination and DNA mismatch repair processes, which could be potential mechanisms for tumor disease development and progression. Analysis on the TISIDB website shows that effector memory CD8 T cells, NK cells, neutrophils and other cells are highly correlated with METTL3 expression. …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Over the past decade, our understanding of endometrial cancer has changed dramatically from the two-tiered clinicopathologic classification … h pathogenic mutations in the exonuclease domain of POLE, or hypermutated/MMRd tumors, with loss of DNA mismatch repair. Immunostaining for p53 stratifies the remaining endometrial cancers into those with wild-type staining pattern and those with mutant pattern staining (p53abn endometrial cancer). This latter group of p53abn endometrial cancer is the subject of this …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Penile squamous cell carcinoma (PSCC) is rare with limited treatment options. We report the first whole-exome sequencing (WES) anal … first, associated with oncogenic activity of AID/APOBEC, and the second, associated with defective DNA mismatch repair and microsatellite instability. MP1 enrichment was positively correlated with increased tumor mutation burden (TMB; CC, 0.71; P < 0.0001) and correlated with significantly worse survival in comparison with those with the MP2 subset [HR, 10.2 (1.13-9 …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Invasive micropapillary carcinoma is associated with frequent lymph node metastasis and adverse clinical outcome. Initially described as a variant of breast and ovarian carcinoma, it has subsequently been found in other organs, most recently the colon. Reports of colorectal micropapillary carcinoma to date are limited in number, and their molecular profile has not been established. The aims of the present study were to analyze their clinicopathological features and molecular profile, and compare them with those of conventional adenocarcinoma. Clinicopathological features of a cohort of 379 pat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Bethesda guidelines are used to recognize patients at risk for Lynch syndrome. However, obtaining personal and familial tumor data can sometimes be difficult. The Microsatellite Path Score (MsPath), a pathological score, based on age, tumor location, and pathologic features, has been developed to effectively predict colorectal cancer with DNA mismatch repair (MMR) deficiencies. However, the MsPath model's performance in an unselected, population-based colorectal cancer (CRC) population is unknown.
PATIENTS AND METHODS: We analyzed all patients with CRC regardless of age, personal or …
СтатьяМногоцентровое исследованиеПоддержка исследования: вне правительства СШАВалидационное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Microsatellite instability (MSI) is observed in most hereditary nonpolyposis colorectal cancer-related colorectal cancers (CRC). The original Bethesda criteria recommends MSI testing in patients <or=40 years diagnosed with adenomas. We aimed to determine the incidence of MSI and the presence of hypermethylation of the promoter site of the MLH1 gene in these polyps.
METHOD: Patients aged <or=40 years diagnosed with colonic polyps removed endoscopically from 1998 to 2003 were identified and their charts reviewed. DNA extractions were performed and tested for MSI at the Bethesda Conse
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования