Repetitive DNA sequences are ubiquitous in eukaryotic genomes, significantly influencing their structure, function, and evolution. They can facilitate genomic rearrangements, contributing to chromosomal and genomic diversity. Chrysomelidae (Coleoptera) beetles are known for their highly diverse karyotypes and heterochromatin distribution. In this study, we advanced the understanding of the intricate relationship between satellite DNA-like sequences (named here solely as satDNA) and genome organization/reshuffling using three species of Eumolpinae chrysomelids. We investigated the satellitomes
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The mouse sperm protein ZP3R interacts with proteins in the egg coat and mediates sperm-egg adhesion in a species-specific manner. Understanding the function and evolution of such genes has important implications for studies of speciation, reproductive success, and infertility. A recent analysis showed that (1) the human pseudogene C4BPAP1 is the ortholog of Zp3r, (2) ZP3R pseudogenization evolved independently in parallel among several primate lineages, and (3) functional ZP3R genes evolve under positive selection among other primate species. The causes of this pseudogenization of ZP3R are un
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Myostatin (MSTN), a transforming growth factor-beta (TGF-β) superfamily member, is an evolutionarily conserved negative regulator of skeletal muscle mass. Loss of MSTN commonly promotes augmentation in skeletal muscle mass in all animal species examined. Recent studies have demonstrated that circadian clock proteins play a critical role in the regulation of muscle mass and function, in part by modulating the expression of key muscle-related genes. While myostatin has an important role in sustaining skeletal muscle protein turnover, it is unknown if circadian clock proteins regula
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Zika virus (ZIKV) was first discovered in Uganda's Zika Forest in 1947. The early African viruses posed little or no health risk to humans. Since then, ZIKV has undergone extensive genetic evolution and adapted to humans, and it now causes a range of human diseases, including neurologically related diseases in adults and congenital malformations such as microcephaly in newborns. This raises a critical question as to why ZIKV has become pathogenic to humans, and what virological changes have taken place and enabled it to cause these diseases? This review aims to address these questions. Specifi
СтатьяОбзорПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A fundamental step in any comparative gene-order analysis is the annotation of homology relationships between segments of the genomes. Whether this annotation comes in the form of homologous genes or homologous segments inferred from a de novo whole genome alignment (WGA), annotations that are roughly collocated in many genomes can be agglomerated into homologous syntenic blocks. In this article we develop a test that measures the extent to which two different sets of homology relationships are hierarchically related to one another, where matched segments from one set may contain matched segme
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Plant-parasitic nematodes (PPNs) pose a significant threat to global crop production, yet their associated viral diversity remains poorly characterized, limiting potential virus-mediated biocontrol strategies. In this study, we investigated PPN-associated viruses using both virome data obtained from ten field populations of potato rot nematode (Ditylenchus destructor) collected in Lulong County (Qinhuangdao city, China), a major sweet potato-producing region, along with 536 publicly available transcriptome datasets from the Sequence Read Archive (SRA) database, collectively encompassing twenty
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent Monkeypox virus (MPXV) outbreaks in non-endemic regions have highlighted the need for genomic surveillance to support epidemiological investigations and monitor viral evolution. In this paper we present the results of genomic characterization and analyses of mechanisms of human adaptation, including APOBEC-style mutations, performed on 11 MPXV isolates, collected from May to September 2022, from Emilia-Romagna (Italy). Phylogenetic analysis confirmed all strains belonged to Clade IIb. Viruses from male patients were classified within lineage B (sub-lineages B.1, B.1.3, B.1.12), while a
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dengue virus (DENV) is a major global health threat, primarily transmitted by Aedes mosquitoes. It manifests in mild to severe forms, including dengue hemorrhagic fever and dengue shock syndrome, causing significant morbidity and mortality. With four serotypes (DENV-1 to DENV-4), the virus exhibits rapid genetic evolution, complicating vaccine development and disease control. This review explores the structural and genomic characteristics of DENV, emphasizing its evolutionary pressures, immune evasion mechanisms, and emerging strains. The virus's adaptation to environmental and host factors ha
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Trichomonas species are a diverse group of microbial eukaryotes (also commonly referred to as protists) that are obligate extracellular symbionts associated with or attributed to various inflammatory diseases. They colonize mucosal surfaces across a wide range of hosts, all of which harbor a resident microbiota. Their evolutionary history likely involved multiple host transfers, including zoonotic events from columbiform birds to mammals. Using comparative transcriptomics, this study examines Trichomonas gallinae co-cultured with Escherichia coli, identifying a molecular toolkit that Trichomon
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Bacillus anthracis pXO1 plasmid, encoding ~143 proteins, presents a compact model for exploring protein function and evolutionary patterns using protein language models. Due to the organism's slow evolutionary rate, its limited amino acid variation enhances detection of physiologically relevant patterns in plasmid protein composition. In this study, we applied embedding-based analyses and machine learning methods to characterize pXO1 protein modules across diverse B. anthracis lineages. We generated protein sequence embeddings, constructed phylogenies, and compared plasmid content with who
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Yersinia pestis, the etiologic agent of plague, is a genetically monomorphic pathogen. By screening 1085 published Y. pestis genomes, we identified an unusual mutation hotspot within codon 363 of the aspartate ammonia-lyase gene aspA with at least six alleles in the population. Our investigation delves into the significance of the polymorphism at the aspA codon 363 and its impact on the fitness of Y. pestis strains. Notably, we found that the dominating TTG allele (L363), resulting in AspA inactivation, confers a fitness advantage to Y. pestis when competing with other bacteria inhabiting a si
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chili pepper (Capsicum) is known for its unique fruit pungency due to the presence of capsaicinoids. The evolutionary history of capsaicinoid biosynthesis and the mechanism of their tissue specificity remain obscure due to the lack of high-quality Capsicum genomes. Here, we report two telomere-to-telomere (T2T) gap-free genomes of C. annuum and its wild nonpungent relative C. rhomboideum to investigate the evolution of fruit pungency in chili peppers. We precisely delineate Capsicum centromeres, which lack high-copy tandem repeats but are extensively invaded by CRM retrotransposons. Through ph
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Neotropical realm, one of the most biodiverse regions on Earth, houses a broad range of zoonoses that pose serious public health threats. Protozoan parasites of the Leishmania (Viannia) braziliensis clade cause zoonotic leishmaniasis in Latin America with clinical symptoms ranging from simple cutaneous to destructive, disfiguring mucosal lesions. We present the first comprehensive genome-wide continental study including 257 cultivated isolates representing most of the geographical distribution of this major human pathogen. The L. braziliensis clade is genetically highly heterogeneous, cons
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ubiquitin C-terminal hydrolase 37 (UCH37 also known as UCHL5) is a conserved deubiquitinating enzyme (DUB) with dual roles in proteasomal degradation and chromatin remodeling in humans. Its Plasmodium falciparum ortholog, PfUCH37, is unusual in that it possesses both DUB and deneddylating activities. While PfUCH37 is enriched in proteasome preparations, its direct interaction and broader functions in Plasmodium remain unclear, particularly given the absence of the chromatin remodeling complex INO80 homologs. This study utilizes transgenic parasites and proteomics to identify PfUCH37-associatin
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding gene evolution across genomes and organisms, including ctenophores, can provide unexpected biological insights. It enables powerful integrative approaches that leverage sequence diversity to advance biomedicine. Sequencing and bioinformatic tools can be inexpensive and user-friendly, but numerous options and coding can intimidate new users. Distinct challenges exist in working with data from diverse species but may go unrecognized by researchers accustomed to gold-standard genomes. Here, we provide a high-level workflow and detailed pipeline to enable animal collection, single-mo
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Selfish genetic elements comprise significant fractions of mammalian genomes. In rare instances, host genomes domesticate segments of these elements for function. Using a complete human genome assembly and 25 additional vertebrate genomes, we re-analyzed the evolutionary trajectories and functional potential of capsid (CA) genes domesticated from Metaviridae, a lineage of retrovirus-like retrotransposons. Our study expands on previous analyses to unearth several new insights about the evolutionary histories of these ancient genes. We find that at least five independent domestication events occ
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lepidoptera, the most diverse group of insects, exhibit female heterogamy (Z0 or ZW), which is different from most other insects (male heterogamy, XY). Previous studies suggest a single origin of the Z chromosome. However, the origin of the lepidopteran W chromosome remains poorly understood. Here, we assemble the genome from females down to the chromosome level of a model insect (Bombyx mori) and identify a W chromosome of approximately 10.1 megabase using a newly developed tool. In addition, we identify 3593 genes that were not previously annotated in the genomes of B. mori. Comparisons of 2
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In exploring the evolutionary trajectories of both pathogenesis and karyotype dynamics in fungi, we conducted a large-scale comparative genomic analysis spanning the Cryptococcus genus, encompassing both global human fungal pathogens and nonpathogenic species, and related species from the sister genus Kwoniella. Chromosome-level genome assemblies were generated for multiple species, covering virtually all known diversity within these genera. Although Cryptococcus and Kwoniella have comparable genome sizes (about 19.2 and 22.9 Mb) and similar gene content, hinting at preadaptive pathogenic pote
СтатьяСравнительное исследованиеПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: The 2022 global outbreak of monkeypox virus (MPXV), previously confined to Central and West Africa, necessitates an enhanced understanding of its spread. Comprehensive genomic surveillance to understand the virus's evolution and spread is needed, particularly in Asia.
METHODS: Genomic data from 169 MPXV genome sequences in Asia were analysed. Through advanced genomic sequencing of clinical samples, we analysed the distribution and mutations of MPXV lineages in Asia.
RESULTS: Phylogenetic analysis revealed a distinct clustering of C.1 strains rise in Northeast Asia in 2023, while
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The major histocompatibility complex (MHC) plays a vital role in the vertebrate immune system due to its role in infection, disease and autoimmunity, or recognition of "self". The marsupial MHC class II genes show divergence from eutherian MHC class II genes and are a unique taxon of therian mammals that give birth to altricial and immunologically naive young providing an opportune study system for investigating evolution of the immune system. Additionally, the MHC in marsupials has been implicated in disease associations, including susceptibility to Chlamydia pecorum infection in koalas. Due
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования