Reorganization of chromatin architecture-including chromatin loops, topologically associating domains (TADs), and A/B compartments-has been increasingly linked to development and cell differentiation. However, how chromatin architecture reorganizes during the shift from homeostasis to regeneration remains poorly characterized. Here, we used zebrafish fin regeneration as a model to systematically investigate, via micro-C, the chromatin architecture associated with blastema formation. Our analyses unveiled that the alteration of chromatin looping upon amputation was dominant compared with that o
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nucleosomes regulate chromatin folding, accessibility, and factor recruitment. Current models primarily attribute these functions to histone tail modifications, while the core is largely viewed as a structural scaffold. Yet subtle changes within the nucleosome core can produce profound functional consequences, and the mechanisms underlying these effects remain unclear. Here, we describe nucleosome core allostery as a fundamental principle of chromatin regulation that amplifies the impact of minimal nucleosome variations. Leveraging natural differences between H2A.Z variants, we show that the n
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA double-strand breaks, one of the most cytotoxic forms of DNA damage, are primarily repaired by non-homologous end joining (NHEJ) in human cells. NHEJ is initiated by the Ku70/80 heterodimer (Ku) and DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs), followed by factors that bridge and ligate DNA ends. Ku and DNA-PKcs require ~28 base pairs of free duplex DNA, which is often unavailable in chromatin with nucleosomes acting as barriers. The role of DNA-PKcs remains unclear, as previous in vitro studies mainly used naked DNA. Here, in vitro ligation assays show that DNA-PKcs promotes
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The specialized chromatin structure at telomeres protects the linear ends of chromosomes from DNA surveillance machineries. Here, we demonstrate that circulating cell-free DNA (cfDNA) from plasma can map chromatin structure at telomeres. We find that the telomeric 6-mer repeats (TTAGGG/CCCTAA) are the most abundant circulating 6-mers in cfDNA. Telomeric sequences in cfDNA contain subnucleosomal footprints distinct from the rest of the genome, arising from specific cleavages in the C-rich strand, and a nucleosome repeat length of 145 bp, markedly shorter than the ~170 bp observed genome-wide. T
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Effective adaptive immunity requires generation of a diverse repertoire of antigen receptors via V(D)J recombination. To illuminate the underlying mechanisms, we combined biophysical simulations with experimental data to model chromatin folding and dynamics of the mouse immunoglobulin heavy chain gene (Igh) locus. Simulations that best recapitulated experimental data on locus structure and recombination of Igh alleles identified three novel chromatin folding principles. First, we found that prominent structural features of the Igh locus, such as the 3'-anchored stripe, required cohesin loading
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Precise temporal control of gene expression is fundamental for embryonic development, yet the epigenetic and chromatin basis governing transcriptional timing remain poorly understood. The bivalency model, characterized by coexistence of H3K4me3 and H3K27me3, has been proposed to mark a poised state ready for activation. However, this model has been challenged by lacking of rapid gene activation in response to H3K27me3 depletion, suggesting that the H3K27me3 mark is not responsible for the silencing. Here, through temporal epigenomic profiling of post-implantation mouse embryos and use of the p
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Activation-induced cytidine deaminase (AID)-initiated immunoglobulin heavy chain (Igh) class switch recombination (CSR) replaces donor Cμ constant region exons (CHs) with a downstream acceptor CH to generate different functional antibody isotypes. However, mechanisms governing orientation-specific productive CSR remain incompletely understood. Through analysing the characteristics of evolved constant regions and constructing diversified constant regions to recapitulate productive CSR in jawed vertebrates to systematically dissect productive CSR determinants, we find that switch topological con
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The organization and dynamics of chromatin within intact nuclei remain poorly defined, limiting understanding of how nuclear architecture influences macromolecular transport. HIV-1 provides a striking example of a large complex that must traverse this dynamic landscape to access integration sites within transcriptionally active regions. Here, we combine a functional nuclear import system with correlative cryo-electron tomography to visualize chromatin architecture and HIV-1 cores in situ during nuclear penetration. Native nucleosomes resolved at 5.6 Å reveal four structural classes, from compa
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mechanical cues, ranging from matrix mechanical properties to dynamic mechanical loading, can be transmitted via structural proteins and signaling molecules to the nucleus to reorganize nuclear architecture and modulate chromatin accessibility. This mechanical regulation plays an important role in tissue regeneration and disease development. To gain deeper insights into the mechanical regulation of chromatin organization, it is essential to develop technologies that can apply mechanical inputs and characterize the resulting changes in nuclear structure and chromatin organization. Here, we revi
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chromatin accessibility plays essential roles in transcription, DNA repair, and chromosome segregation. Hyper-accessible regions usually correlate with active promoters and enhancers, facilitating transcription factor binding and regulatory activity. The assay for transposase-accessible chromatin using sequencing (ATAC-seq) enables genome-wide profiling of chromatin accessibility with very few cells. However, its implementation in Caenorhabditis elegans is limited by the nematode's rich collagen cuticle that complicates cell dissociation. Here, we present an optimized protocol for performing A
СтатьяVideo-Audio MediaПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Histone post-translational modifications (hPTMs) are key regulators of chromatin states, influencing gene expression, epigenetic memory and transposable element repression across eukaryotic genomes. While many hPTMs are evolutionarily conserved, the extent to which the chromatin states they define are similarly preserved remains unclear. Here we developed a combinatorial indexing chromatin immunoprecipitation followed by sequencing method to simultaneously profile specific hPTMs across diverse eukaryotic lineages, including amoebozoans, rhizarians, discobans and cryptomonads. Our analyses reve
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell differentiation is governed by dynamic changes in chromatin accessibility, and its dysregulation underlies multiple disease states. Prior to birth, development of the hematopoietic system constitutes a period of broad differentiation potential, with certain immune cells arising exclusively during ontogeny. While age is known to affect lineage bias, the underlying molecular differences driving lineage preference in fetal and adult human hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) remain unclear. Through single-cell cultures of hematopoietic stem cells (HSCs), we observed that fetal cel
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Immune elimination of chronic infection or cancer requires cytotoxic CD8+ T cells that adopt and maintain an effector phenotype. Cytotoxic T cell function is a bioenergetically demanding process. Here, we report the ability of D-α-hydroxybutyrate (DAHB) to act as a signaling molecule that increases mitochondrial ATP production and drives the conversion of proliferating T cells into cytotoxic effector cells. DAHB signaling switches ATP production from glycolysis to oxidative phosphorylation supported by fatty acid oxidation. This conversion elevates the level of a phosphagen, phosphocreatine (P
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA N6-methyladenine (6mA) has emerged as a significant epigenetic modification across a broad range of eukaryotes, from unicellular protists to metazoa. However, its role in unicellular eukaryotic parasites with highly AT-rich genomes, such as malaria-causing Plasmodium falciparum , remains unclear. Using mass spectrometry, South-western blotting, and Single Molecule Real-Time sequencing (Pacific Biosciences) across four stages of P. falciparum intra-erythrocytic development (IED), we confirmed that 0.02-0.04% of genomic adenines are modified to 6mA, with over 60% of the sites being stably ma
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
METTL3 is a key regulator of RNA metabolism, yet its genomic and epitranscriptomic roles in tissue development are largely unexplored. Using embryonic stem cell-derived 3D retinal organoids to model retinal progenitor cell (RPC) differentiation, we integrated transcriptome-wide m6A profiling (GLORI), protein-DNA (chromatin immunoprecipitation sequencing [ChIP-seq] and CUT&RUN) and chromatin accessibility (ATAC-seq) mapping, and targeted m6A engineering (dCas13b-FTO) to dissect METTL3 function. Loss of METTL3 nuclear m6A activity disrupted Rx+ retinal anlage formation in vitro, with dCas13b-FTO
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE OF REVIEW: Chromatin plays a critical role in gene regulation and disease pathogenesis. In inflammatory bowel disease (IBD), alterations in chromatin structure contribute to disease heterogeneity and impact treatment responses. This review explores chromatin accessibility and chromatin-associated proteins as biomarkers for IBD and highlights recent technological advancements enabling targeted biomarker discovery and novel therapies.
RECENT FINDINGS: Advancements in high-throughput sequencing have enabled genome-wide profiling of chromatin interactions in IBD. Studies have identified d
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transposons, DNA sequences capable of relocating within the genome, make up a significant portion of eukaryotic genomes and are often found in clusters. Within the cell nucleus, the genome is organized into chromatin, a structure with varying degrees of compaction due to three-dimensional folding. Transposon insertion or activation can lead to chromatin decompaction, increasing accessibility and potentially facilitating further nearby insertions. This positive feedback between chromatin unfolding and transposon insertion may result in transposon clustering. Here, we combine bioinformatics with
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Transcriptional enhancers usually, but not always, regulate genes within the same topologically associating domain (TAD). We hypothesize that this incomplete insulation is partially due to three-dimensional structures of corresponding chromatin domains in individual cells: whereas enhancers and genes buried inside the core of a domain interact mostly with other regions in the same domain, those on the surface can more easily interact with the outside.
RESULTS: Here we show that a simple measure, the intra-TAD ratio, can quantify the coreness of a region with respect to the single-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prenatal exposure to transient hypoxia can result in various developmental disabilities presumably by disrupting normal neurodevelopmental processes, even in milder injuries without detectable cell death or structural damage 1,2 . Emerging evidence suggests that disruption of the epigenome may be one of the most critical consequences of prenatal brain exposure to hypoxia 3-8 . However, the cell-type-selective effects of hypoxia on the developing brain's transcriptome and epigenome remain unknown. Here, we demonstrate that immediately after hypoxia, transcriptional and chromatin disruptions occ
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
3D chromatin structure is critical for the regulation of gene expression during development. Here we used Micro-C assays at 100-bp resolution to map genome organization in Drosophila melanogaster throughout the first half of embryogenesis. These high-resolution contact maps reveal fine-scale features such as loops and boundaries delineating topologically associating domains. Notably, we observe that 3D chromatin structures form prior to zygotic genome activation and persist during successive mitotic cycles. Integrative analysis with 149 public chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования