Consensus molecular subtype 4 (CMS4) colorectal cancer (CRC) is associated with an aggressive clinical course and poor survival, yet the biological basis of heterogeneity within this subtype remains incompletely understood. DNA methylation is an epigenetic mechanism involved in transcriptional regulation, cellular differentiation, and colorectal tumorigenesis. Here, we integrated single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), bulk data, and promoter DNA methylation data to characterize CMS4-associated cancer cell states and methylation-related features. Using the scAB algorithm, we integrated scRNA-s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Esophageal adenocarcinoma (AC) incidence has increased markedly in the United States and other Western countries over recent decades. Gastro-esophageal reflux disease (GERD) can cause Barrett's esophagus, which is strongly associated with the development of AC. However, the mechanisms underlying the pathogenesis of AC remain poorly elucidated. In this exploratory pilot study, we performed transcriptomic profiling by RNA sequencing (RNA-seq) on six normal esophagus (WT), four Barrett's esophagus with low-grade dysplasia (BL), and six esophageal adenocarcinoma (AC) samples using RNA extracted vi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tumor-infiltrating CD8+ T cells are transcriptionally heterogeneous, and robust features linking their clonal dynamics to experimentally defined tumor reactivity remain incompletely characterized. We integrated single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and paired T-cell receptor sequencing (scTCR-seq) data from 31 single-cell immune datasets to characterize CD8+ T-cell states associated with clonal expansion and tumor reactivity. Across cancers, HLA-II-expressing CD8+ T cells were enriched in activated, cytotoxic, proliferative, exhausted, and terminally differentiated states and were preferentia
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute Myeloid Leukemia (AML) is a highly heterogeneous malignant hematologic cancer with poor clinical outcome. The presence of leukemia stem cells (LSC) is a significant factor contributing to the failure of AML treatments and frequent relapses. The quiescent and plastic nature of LSC decreases cell death under conventional chemotherapy. Programmed cell death (PCD) plays a critical role in the development and progression of various cancers including AML. We hypothesized that the expression of PCD gene in LSCs may predict the therapeutic outcome of AML patients in the clinic. In this study, we
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Ferroptosis is an iron-dependent form of regulated cell death associated with cancer. However, the characteristics of ferroptosis in small cell lung cancer (SCLC) are still uncertain. This study aimed to explore the application value of ferroptosis-related genes (FRGs) classification in prognosis and characteristics prediction to provide clues for targeted SCLC therapy.
METHOD: We systematically characterized mRNA expression and genetic alterations of FRGs in SCLC, evaluating their expression pattern in 181 samples from 3 datasets. Unsupervised clustering analysis was performed to
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Osteosarcoma (OS), the most prevalent primary bone malignancy in adolescents, is characterized by aggressive progression and early metastasis. However, the epigenetic drivers of its metastatic heterogeneity remain poorly understood. Herein, we integrated bulk DNA methylation profiling and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) to elucidate the epigenetic mechanisms driving OS metastatic heterogeneity. Consensus clustering identified two methylation subtypes (K = 2) with distinct survival outcomes, where hypermethylated (MSO-high) tumors exhibited poor prognosis. Weighted gene co-expression net
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Papillary thyroid carcinoma (PTC) is the most common form of well-differentiated thyroid cancer (WDTC) and generally has a favorable prognosis. However, subsets of these tumors can metastasize, leading to aggressive disease progression and poorer clinical outcomes. Radioactive iodine (RAI) therapy is routinely given in the adjuvant setting following thyroidectomy and lymph node dissection for WDTC. Nevertheless, its therapeutic efficacy is limited to tumors with high iodine avidity. Early post-surgical classification of thyroid cancers as either iodine-avid or refractory is crucial for enablin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Trastuzumab resistance strongly affects the prognosis of HER2-positive breast cancer patients, and tryptophan metabolism plays a key role in cancer progression and cancer prognosis. However, the relationship between trastuzumab resistance and tryptophan metabolism in HER2-positive breast cancer remains unclear.
METHODS: Four HER2-positive breast cancer cell lines (TS: BT-474, SK-BR-3; TR: HCC1954, JIMT-1) were cultured in specific media. Metabolites from cells, tissues, and serum were extracted via pretreatment, centrifugation, drying, and redissolution. UPLC-MS/MS was used for me
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Necroptosis plays a critical role in the onset and progression of numerous malignancies, with colorectal cancer (CRC) ranking among the leading causes of cancer-related mortality worldwide. However, the relationship between necroptosis-related genes (NRGs) and CRC remains contentious. Hence, this study aims to develop a novel NRG-based signature to predict the prognosis of CRC patients and explore its potential role.
METHODS: Transcriptome data from the Gene Expression Omnibus (GEO) databases and the Cancer Genome Atlas (TCGA) were employed to identify cancer hallmarks associated
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lysosomes are critical organelles that act as degradation centers and signaling hubs within cells, playing a significant role in various cellular processes and human diseases, including cancer. However, the extent to which they influence the heterogeneity and clinical outcomes of ovarian cancer (OC) remains inadequately understood. In this study, we used consensus clustering to identify two distinct lysosome-related clusters (LCs) in OC by analyzing the expression profiles of OC patients from The Cancer Genome Atlas (TCGA) database. Further analyses revealed the functional characteristics and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human tumors are diverse in their natural history and response to treatment, which in part results from genetic and transcriptomic heterogeneity. In clinical practice, single-site needle biopsies are used to sample this diversity, but cancer biomarkers may be confounded by spatiogenomic heterogeneity within individual tumors. Here we investigate clonally expressed genes as a solution to the sampling bias problem by analyzing multiregion whole-exome and RNA sequencing data for 450 tumor regions from 184 patients with lung adenocarcinoma in the TRACERx study. We prospectively validate the surviv
СтатьяВалидационное исследованиеПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Current prognostic scores in multiple myeloma (MM) currently rely on disease burden and a limited set of genomic alterations. Some studies have suggested gene expression panels may predict clinical outcomes, but none are presently utilized in clinical practice. The tyrosine kinase WEE1 is a critical cell cycle regulator during the S-phase and G2M checkpoint. Abnormal WEE1 expression has been implicated in multiple cancers including breast, ovarian, and gastric cancers, but its prognostic signal in MM has not been thoroughly reported. We, therefore, analyzed the MMRF CoMMpass dataset (N = 659)
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Skin cutaneous melanoma (SKCM) is a highly aggressive form of skin cancer, characterized by a poor prognosis, particularly in advanced stages. Emerging evidence has underscored the pivotal role of lipid metabolism in cancer progression, influencing tumor growth, metastasis, and therapeutic resistance. However, the potential of lipid metabolism-related genes (LMGs) as prognostic biomarkers in SKCM remains largely unexplored. This study aims to investigate the functional roles and prognostic significance of LMGs in patients with SKCM.
METHODS: A total of 776 LMGs were obtained from
СтатьяВалидационное исследованиеПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multiple myeloma (MM) is a plasma cell malignancy characterized by clonal expansion within the bone marrow (BM) and remains largely incurable despite recent therapeutic advances. While prognostic indicators have predominantly focused on tumor-intrinsic features, the BM tumor microenvironment (TME) plays a critical role in disease progression and therapeutic resistance. Here, we present a robust prognostic model derived from transcriptomic profiling of the CD138-negative BM fraction, enabling precise risk stratification of patients undergoing bortezomib-based induction therapy. Using bioinforma
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prostate cancer (PCa) pathogenesis involves complex interactions between genetic susceptibility and exposure to endocrine-disrupting chemicals (EDCs). This study aimed to systematically identify key genes linking EDC exposure to PCa using an integrated bioinformatics and machine learning (ML) approach. We analyzed four transcriptomic datasets (GSE32571, GSE71016, GSE46602, GSE200879) and identified 437 differentially expressed genes (DEGs). By integrating these with high-confidence EDC-interacting genes from the Comparative Toxicogenomics Database (CTD), we pinpointed 169 core candidates. An e
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene expression studies are fundamental in molecular biology, offering insights into development, disease progression, and therapeutic targets. To address the need for precise analysis of large datasets, we developed THRESHOLD, a novel tool that introduces the concept of gene saturation. Unlike traditional methods focused on absolute or binary expression levels, THRESHOLD quantifies the consistency of gene expression across patients, revealing co-regulation patterns critical for understanding disease mechanisms and stratifying patients by molecular signatures. The tool offers several features,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study characterizes the glioblastoma (GB) epitranscriptomic landscape in patient who evolve to progressive disease (PD) or pseudo-progressive disease (psPD). Novel differences in N6-Methyladenosine (m6A) RNA methylation patterns between these groups are identified in the first biopsy. Retrospective data of patients that were eventually deemed to have progressive disease or pseudoprogressive disease was captured from the electronic health record, and RNA from the first resection specimen was utilized to evaluate N6-methyladenosine (m6A) biomarkers from FFPE samples. Molecular analysis of m
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Metastasis is a leading cause of cancer-related deaths, with the liver being the most frequent site of metastasis in colorectal cancer. Previous studies have predominantly focused on the influence of the primary tumor itself on metastasis, with relatively limited research examining the changes within target organs.
METHODS: Using an orthotopic mouse model of colorectal cancer, single-cell sequencing was employed to profile the transcriptomic landscape of pre-metastatic and metastatic livers. The analysis focused on identifying cellular and molecular changes within the hepatic micr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Skin cutaneous melanoma (SKCM) is a highly invasive cancer with dismal prognosis. Integrated stress response (ISR) is associated with tumorigenesis and progression, but its relationship with SKCM prognosis is unclear. This research aimed to identify relevant prognostic genes for SKCM prognosis and treatment insights.
METHODS: Data were obtained from public databases. Differential expression and regression analyses were used to identify prognostic genes. Based on these genes and independent prognostic factors, risk models and nomograms were constructed to assess their clinical appl
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Disulfidptosis, a novel form of regulated cell death (RCD), represents a promising strategy for cancer therapy. However, identifying its regulators remains a key challenge. In this study, we constructed a genome-wide disulfidptosis signature (DS) model using known regulators and large-scale human gene expression data comprising 1454 studies and 272,445 samples. This model predicted disulfidptosis propensity across 33 cancer types and highlighted DS differences across tissues and organs. Functional analysis focused on the top 1 % of high-DS and low-DS genes, revealing their sensitivity to pertu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования