Puumala virus (PUUV), the principal causative agent of nephropathia epidemica (NE), poses a significant public health threat due to its zoonotic transmission, renal complications, and the lack of an approved vaccine. In this study, an immunoinformatics-driven mRNA multi-epitope vaccine, PV-GNProtecta, was designed using conserved regions of the viral glycoprotein (G) and nucleoprotein (N). Highly antigenic, non-allergenic, and non-toxic T-cell and B-cell epitopes were identified and assembled with appropriate adjuvants to enhance immunogenicity. Population coverage analysis suggested broad HLA…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Roy et al. reported an extensive computational analysis of nonsynonymous single-nucleotide variants (nsSNPs) in the human CYLD gene and characterized several variants as potentially disease- or cancer-associated. Although such analyses can be valuable for generating hypotheses, computational predictions should be clearly distinguished from clinical or functional evidence. Among the 18 "high-risk nsSNPs" prioritized by the authors, only p.Glu747Gly (E747G) has established clinical evidence supporting pathogenicity, whereas the remaining variants lack sufficient evidence for pathogenic classific
Письмо в редакциюКомментарийПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To create a drug-like chemical space for a specific binding pocket of protein,it is important to take into account not only the topology of the protein's amino acids, but also their local environment-at least water molecules. In this article, we have written a Python program that predicts the position of water molecules (oxygen atoms) in protein crystals. The algorithm also sorts the predicted oxygen atoms based on their polarity coefficients. The user can change: the length of the hydrogen bonds between the most electronegative atoms (N, O, S) of amino acids and water oxygen; the accuracy of
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Colon cancer is a highly heterogeneous disease, marked by substantial intra- and inter-tumor variability. Investigating transcriptomic profiles can offer deeper insight into this heterogeneity. However, most genome-transcriptome studies on colon cancer have primarily focused on examining primary tumors and matched normal tissues, often neglecting the multi-stage disease progression.
OBJECTIVE: To establish unique molecular colon subtypes based on the progression in transcriptomic profiles. Additionally, to investigate the implicated factors, such as mutations and the tumor microen
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: To investigate the prognostic value of ferroptosis-related and immune-related transcriptional features in bladder urothelial carcinoma (BUC) and to evaluate whether their integration provides incremental prognostic information beyond conventional clinical factors.
METHODS: Transcriptomic and clinical data of patients with BUC were obtained from The Cancer Genome Atlas (TCGA) as the training cohort. Ferroptosis and immune scores were constructed based on predefined gene sets using a z-score-based averaging method. Associations with overall survival were evaluated using Kaplan-Meier
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Large-scale genomic rearrangements are prevalent in cancer genomes and can profoundly rewire three-dimensional (3D) genome architecture, leading to aberrant oncogene activation through enhancer hijacking. The rewired 3D organization generates unique chromatin contact signatures, which can be detected using deep learning-based approaches. However, extending such analyses to single-cell resolution, which is critical to delineate clonal heterogeneity in cancer, remains a major challenge, due to the limited number of training sets as single-cell Hi-C techniques are not standardized and only limite
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND OBJECTIVES: Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3 (SART3) has emerged as a promising target for cancer immunotherapy, given its overexpression in various malignancies and low or absent expression in non-tumorous tissues. This study aimed to design rationally and in silico evaluate a multi-epitope T cell vaccine targeting SART3, incorporating a TLR4 agonist adjuvant. The vaccine's predicted immunogenicity, physicochemical properties, structural stability, and interaction with TLR4 were comprehensively assessed. Additional assessments of cytokine-inducing potenti
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Many studies have shown that major depressive disorder (MDD) is highly relevant to the dysfunction of frontal lobes. Given the crucial role of brain network organization for MDD, this work focuses on inferring effective connectivity patterns and their changes in the frontal lobes of non-depressive and MDD subjects. We collected frontopolar left (Fp1), frontopolar right (Fp2), and frontal midline (Fz) channels of resting electroencephalogram (EEG) from 22 subjects with non-depressive states (non-depressive group), 23 subjects with mild depression (mild MDD group) and 12 subjects with moderate d
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: The Gastrointestinal (GI) Pathology subspecialty at our medical center is the highest-volume service in our Anatomic Pathology division, with colon polyps constituting 40% of specimens. 2021 revisions to colorectal cancer screening guidelines lowered the screening age to 45, which may increase endoscopy procedures and specimen volume. We therefore sought to develop an artificial intelligence (AI) classifier to triage colorectal polyp specimens.
METHODS: We retrospectively searched our pathology database from 2021 to 2023 for colon polyps with following 12 final diagnoses: normal,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: External apical root resorption is a frequently reported iatrogenic consequence of orthodontic tooth movement. This pilot study … nitive predictive tools or therapeutic targets. Therefore, given the preliminary nature of these bioinformatics analyses and the limited sample size in the clinical validation, further large-scale prospective studies are required to confirm their diagnostic and therapeutic utility.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Kosakonia cowanii promotes plant growth under salt stress, but many of its hypothetical proteins (HPs) remain uncharacterised. We screened 218 HPs from K. cowanii F52 using sequential filters for physicochemical stability, subcellular localisation, and conserved domains. Four candidates were modelled with AlphaFold2 and validated by stereochemical and global geometry scores. Two HPs, MHQ1860809.1 and MHQ1862734.1, were selected based on combined global and per-residue model-quality metrics for further functional annotation via structural similarity searches, Gene Ontology (GO), and KEGG pathwa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Predicting UV-vis spectra from molecular structure is an important but relatively underexplored task. In this study, we developed a deep learning approach based on graph neural networks (GNNs) to directly predict UV-vis spectra from SMILES representations. Several GNN architectures were evaluated, among which Attentive Fingerprint achieved the best performance with an R2 of 0.8630, mean absolute error of 0.0389, root mean squared error of 0.0740, cosine similarity of 0.9589, Pearson correlation coefficient of 0.9521, and distance metric of 1.5758 on the test set. Further analysis showed that t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To elucidate mechanistic links among selenium measures, selenium-related genes, and immune traits in laryngeal carcinoma (LC) by integrating Mendelian randomization, bulk transcriptomic, and single-cell analyses.
METHODS: Two-sample Mendelian randomization (MR) was used to evaluate the causal effects of selenium measures and genetically predicted expression of selenium-related genes instrumented by eQTLs on LC risk, and immune traits were screened as candidate mediators via a directionality-based filter. We then examined PNPO expression in relation to pathway activity and immune in
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rapidly progressive Alzheimer's disease (rpAD) is a rare but severe form of Alzheimer's disease characterized by accelerated cognitive decline and limited therapeutic options. Conventional anti-amyloid-β interventions have shown little success due to poor target specificity, neurotoxicity, and lack of efficacy, underscoring the need for novel therapeutic strategies. This study aimed to identify and prioritize molecular targets associated with rpAD by investigating the protein interactome of amyloid-β (Aβ42) using integrative computational approaches. Functional enrichment, protein-protein inte
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Membrane technologies for the separation of gases, such as CO2/CH4 mixtures, have attracted attention because of their high energy efficiency. Polyimides are considered promising membrane materials for CO2 separation, and there is a growing demand for materials with even higher performance. In the screening of candidate materials, it is essential to consider not only separation performance but also solubility and polymerizability during the synthesis process. Low solubility or polymerizability can inhibit membrane fabrication and the evaluation of separation performance, potentially leading to
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Deep neural network (DNN)-based in silico models show great promise in predicting the properties and bioactivities of novel compounds, including small molecules. Among traditional approaches, structure-based drug design (SBDD) remains a fundamental approach for drug discovery using molecular docking, scoring functions, and molecular dynamics simulations. However, these approaches are often constrained by limited flexibility, resolution, and generalizability. Geometric deep learning (GDL) offers a transformative alternative by enabling models to learn directly from non-Euclidean molecular repre
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proteins involved in pathophysiological mechanisms are widely recognized as promising therapeutic targets for drug discovery. The therapeutic effects of drugs are primarily mediated through the inhibition or activation of target proteins. Therefore, beyond identifying the appropriate molecular target, determining the direction of action on the target protein is a critical factor that shapes the efficacy and characteristics of a treatment. In this paper, we present DATTs (Disease-Associated Therapeutic Targets), which is a new database of therapeutic protein targets with required actions for me
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chronic back pain often emerges from a transitional period of subacute pain, yet no clinically applicable biomarker exists to identify which patients are at risk for chronification. Evidence suggests that this transition is driven not only by nociceptive input but by changes in brain networks involved in valuation, emotion regulation, and learning. Here, we used resting-state functional magnetic resonance imaging (rs-fMRI) and machine learning to explore whether dysconnectivity in these networks is associated with later development of chronic back pain. We analyzed functional connectivity in 4
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Acute myeloid leukemia (AML) exhibits substantial biological heterogeneity that is not fully captured by current prognostic systems. We aimed to identify transcriptome-wide gene expression markers associated with overall survival in newly diagnosed AML patients.
METHODS: Gene expression and clinical data from 399 newly diagnosed AML patients in the OHSU cohort were obtained via cBioPortal. Cox proportional hazards regression was performed independently for 22,836 genes to evaluate associations with overall survival. Analyses were restricted to genes with sufficient observations, a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Gastric cancer (GC) remains a leading cause of mortality in Vietnam, where distant metastasis is frequently present at diagnosis. Since accessible biomarkers are scarce, we evaluated the association of Neutrophil-to-Lymphocyte Ratio (NLR) and Platelet-to-Lymphocyte Ratio (PLR) with distant metastasis in a Vietnamese cohort to develop a model for patient stratification.
METHODS: This retrospective study analyzed 114 patients, categorizing into metastatic (Stage IV) and non-metastatic groups per AJCC 8th criteria. The optimal cutoffs were determined using receiver operating characte
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования