The histological growth pattern (HGP) at the interface of colorectal adenocarcinoma liver metastases (CRCLM) and liver parenchyma provides important prognostic information. This study aimed to identify transcriptomic signatures underlying the predominant HGPs in CRCLM. We retrospectively evaluated the HGP of 495 CRCLM of 232 patients with metastasectomy at the University Hospital Regensburg between 2003 and 2016. A representative subset of 106 metastases from 53 patients was analyzed for RNA expression at the metastasis-liver interface using the NanoString nCounter® PanCancer Progression Panel
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Colorectal cancer (CRC) is a common malignant tumor with a steadily rising incidence rate, and it is often diagnosed at an advanced stage. Immunotherapy has emerged as a promising alternative to surgical resection. Cancer-associated fibroblasts (CAFs) play a critical role in the tumor microenvironment (TME) and are closely associated with tumor immune evasion. This study aims to identify genes associated with CAFs and immune evasion in CRC, and to explore their underlying mechanisms and potential clinical applications in CRC. METHODS: Based on CRC transcriptomic data from TCGA and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene regulatory mechanisms control cell differentiation and homeostasis but are often undetectable, particularly at the single-cell level. We introduce bayesReact, which quantifies regulatory activities from bulk or single-cell omics data. It is based on an unsupervised generative model, exploiting the fact that each regulator typically targets many genes sharing a sequence motif. Using mRNA expression data, we illustrate and evaluate bayesReact on microRNAs (miRNAs). It outperforms existing methods on sparse bulk data and improves activity inference on single-cell data. Inferred miRNA activit
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: METTL3 is a pivotal N6-methyladenosine (m⁶A) regulator that is linked to a worse prognosis of colorectal cancer (CRC). However, METTL3's oncogenic molecular networks in CRC remain unclear. This study aims to establish a co-expression network of METTL3 and identify novel diagnostic and therapeutic targets for CRC.
METHODS: We integrated transcriptomic datasets with clinical cohorts and patient-derived organoids (PDOs) to evaluate the expression profiles of METTL3 and PRMT5. Mechanistic insights were gained through co-immunoprecipitation (Co-IP), m⁶A-methylated RNA immunoprecipitati
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Insulinoma is the most common functional pancreatic neuroendocrine tumors, typically originating from pancreatic β cells. However, the transcriptional heterogeneity and the regulatory role of transcription factor YY1 remain incompletely understood.
METHODS: High-throughput bulk-RNA sequencing was conducted on insulinoma tumor samples. Unsupervised clustering algorithms were employed to identify molecular subtypes of insulinomas. YY1 mutation status was analyzed by whole-exome sequencing. Functional roles of YY1 were analyzed by Yy1-overexpression and knockdown in INS-1 cell line.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The tightly controlled and transient acquisition of a motile phenotype by otherwise static epithelial cells (epithelial-mesenchymal transition, EMT) enables the repair of a damaged epithelium. Conversely, a persistent, dysregulated, and exacerbated EMT characterizes epithelial malignancies such as breast carcinoma (BC) and oral squamous cell carcinoma (OSCC), being key for their metastasis and for their escaping anti-tumor immune responses. Herein, we investigated the relationship between EMT signatures and immune cell infiltration across OSCC and metastatic BC with the aim to identify prognos
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Immune checkpoint blockade (ICB) therapy has provided a promising treatment option for patients with triple-negative breast cancer (TNBC). However, existing efficacy prediction strategies based on programmed death-ligand 1 (PD-L1) expression and Tumor Mutational Burden (TMB) have significant limitations, leading to inaccurate patient selection.
METHODS: This study integrated multi-omics data obtained from GEO, TCGA, and GTEx datasets. Based on ComBat correction results, two deep learning-driven unsupervised clustering methods were constructed to identify potential immune subtypes.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chemotherapy has significantly improved survival in breast cancer and, in the neoadjuvant setting, contributes to tumor downstaging and increased rates of breast-conserving surgery while enabling in vivo assessment of tumor biology and chemosensitivity. Pathological complete response (pCR) is a key endpoint associated with favorable outcomes; however, tumor heterogeneity highlights the need for reliable predictive biomarkers. This study evaluated the mRNA expression of 13 candidate genes in relation to molecular subtypes and pathological response to neoadjuvant chemotherapy (NAC) to identify p
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Globally, breast cancer (BC) continues to be the primary cause of cancer-related death for women, underscoring the need for reliable biomarkers for early detection and improved patient outcomes. Because of their stability in biological fluids and their functions in controlling gene expression, microRNAs (miRNAs) have become attractive diagnostic tools.
MATERIALS AND METHODS: With the hope of identifying new diagnostic biomarkers, this study attempted to study miR-223, miR-326, and miR-429 expression patterns in BC patients. Here, we used quantitative real-time PCR (qRT-PCR) to exam
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Inflammatory breast cancer (IBC), an aggressive and lethal breast cancer subtype, lacks unequivocal genomic differences or robust biomarkers that differentiate it from non-IBC. Here, TGIRT-seq revealed myriad differences in tumors, PBMC, and plasma RNAs that distinguished IBC patients from non-IBC patients and healthy donors across different tested breast cancer subtypes. By mapping reads to genome and transcriptome reference sequences and quantitating intron-to-exon read depth ratios (IDRs), we developed methods for parallel analysis of transcriptional and posttranscriptional gene regulation.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prostate cancer, among the most prevalent cancer types globally, exhibits marked heterogeneity and varying disease progression and clinical outcomes. Improved molecular subtyping is needed for patient stratification. Since prostate cancer has relatively few somatic point mutations, whole-transcriptome data instead offers a rich and relevant source of molecular data. We analyzed bulk tissue transcriptomes from four cohorts to characterize primary prostate cancer's cell type composition. A deconvolution of cell types was performed based on gene expression profiles. Patients with available multi-
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lung cancer remains a leading cause of cancer-related mortality worldwide, with early and accurate diagnosis posing a critical challenge for improving patient outcomes. Gene expression data provide crucial insights for lung cancer classification by revealing underlying biological mechanisms. However, the high dimensionality of such data presents challenges, including computational complexity and overfitting risks. This study proposes a hybrid feature extraction framework combining Principal Component Analysis (PCA) and Mutual Information (MI) to address these issues. PCA reduces dimensionality
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Immune checkpoint blockers (ICB) have revolutionized oncology by achieving durable tumor responses in advanced cancers. Nevertheless, currently approved biomarkers (PD-L1, microsatellite instability, and tumor mutational burden) have suboptimal positive and negative predictive values for tumor response and survival.
EXPERIMENTAL DESIGN: We aimed to assess the value of RNA sequencing from whole blood to predict responses to ICB. We performed total paired-end RNA sequencing at 20 million reads and analyzed differential gene expression, signaling pathway activation, and immune cell abun
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Ubiquitin‑like modifications, including ubiquitination, SUMOylation, and UFMylation, are essential post‑translational modifications that regulate diverse cellular processes. These modifications are dynamically reversed by their corresponding deconjugating enzymes, including deubiquitinases (DUBs), SUMO proteases, and UFM1‑specific proteases (UFSPs), which fine‑tune protein stability, localization, and signaling. Although these enzymes have been implicated in nucleolar function and DNA repair, their roles in mitotic regulation remain largely unclear. This study aimed to systematical
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Discoidin domain receptor 1 (DDR1) is a collagen-activated receptor tyrosine kinase that plays an important role in epithelial cell regulation; its function in cancer appears to be dependent on tumour type. Methods: This study investigated DDR1 expression in large numbers of breast (n = 1416) and ovarian (n = 450) tumours using immunohistochemistry. In addition, RNA sequencing was conducted on DDR1 knockdown breast and ovarian cancer cell lines. Results: In breast cancer, high DDR1 expression was significantly associated with poor patient survival in ER-positive disease and low exp
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding complex diseases such as cancer requires insight into both the intrinsic properties of individual cells and their interactions within the tumor microenvironment. Integrating single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), which captures transcriptional states, with spatial proteomics, which provides spatially resolved protein expression data, offers a powerful opportunity to unravel disease mechanisms. In this protocol, we describe a framework that unifies scRNA-seq and spatial proteomics into a joint graph-based representation. This approach enables accurate prediction of disease pathol
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The clinical comorbidity of diabetes mellitus (DM) and gastric cancer (GC) presents a significant healthcare challenge, as these two conditions often synergistically promote disease progression. Although Epimedium is known for its anti-tumor and metabolic regulatory properties, the precise molecular mechanism by which it intervenes in the DM-GC comorbidity remains poorly understood.
METHODS: We integrated transcriptomic datasets of DM and GC to identify common differentially expressed genes (DEGs). Machine learning algorithms, enhanced by SHapley Additive exPlanations (SHAP) analy
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
IntroductionThis study aimed to develop a prognostic model based on pain-related PANoptosis genes to enhance therapeutic decision-making for oral squamous cell carcinoma (OSCC) patients.MethodsRNA sequencing data from 323 OSCC patients and 43 controls in the TCGA cohort were analyzed to identify differentially expressed genes (DEGs). Correlation analysis revealed pain-related PANoptosis genes, and a prognostic model was developed using Cox and LASSO regression and validated in the GSE42743 cohort. Immune microenvironment differences were assessed, and drug sensitivity was predicted. qRT-PCR wa
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Breast cancer is a heterogeneous disease composed of distinct molecular subtypes that influence prognosis and treatment response, with subtype discordance between primary and metastatic tumors contributing to therapeutic failure. Using GeoMx spatial transcriptomics, we profiled nonmetastatic primary tumors, metastatic primary tumors, and lymph node (LN) metastases to characterize transcriptional and immune-spatial changes during disease progression. Comparative analysis revealed strong tumor microenvironment reprogramming across clinical states. In stromal regions of metastatic tum
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Acral melanoma (AM), accounting for ~50% of melanomas in Asian populations, exhibits far poorer immunotherapy response (anti-PD-1 ORR < 20%) than cutaneous melanoma (CM, ~43.7%). While the tumor microenvironment (TME) plays a pivotal role in immunotherapy resistance, previous studies mainly focused on immune cells, neglecting stromal components like pericytes-creating a critical knowledge gap in understanding AM's therapeutic refractoriness.
METHODS: We integrated multiple single-cell transcriptomic datasets from 31 acral melanoma, 13 cutaneous melanoma and 35 normal skin samples.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования