BACKGROUND: Staphylococcus epidermidis, typically regarded as a harmless commensal, has become one of the major causes of nosocomial infections, including ocular, skin, medical device-associated and bloodstream infections. Therefore, we analyze its population structure through genomic analysis integrated with metadata.
RESULTS: We performed whole-genome sequencing-based population genomic analyses by integrating 1742 publicly available S. epidermidis genomes (accessed by August 2025) with 94 newly sequenced isolates. Our analyses revealed that S. epidermidis represents a species complex compo
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Rickettsia genus comprises obligate intracellular bacteria transmitted by arthropods and responsible for clinically relevant zoonoses, rickettsioses, such as spotted fever and typhus. The difficulty of cultivating these bacteria in vitro reinforces the importance of in silico approaches, such as pangenomic and genomic plasticity analyses. This study analyzed 165 genomes from 31 Rickettsia species available in the REFSEQ (NCBI) database. Tools such as Orthofinder, ANIclustermap, Gegenees, and Mauve were used to classify genes into core, shared, and singletons, assess genomic similarity, and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study investigates the antibiotic resistance profiles, virulence factors and genomic characteristics, of Klebsiella pneumoniae isolates obtained from influent and effluent samples of a wastewater treatment plant. Data generated sheds light on the dissemination and persistence of antibiotic resistance in compartments in a wastewater treatment plant (WWTP). Given the increasing concern regarding the role of wastewater in the dissemination of antibiotic-resistant bacteria, this research focused on K. pneumoniae populations using culture-based and genomics approaches. The culture-based approa
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Salmonellosis remains one of the most frequently reported foodborne diseases globally, with the highest burden in low-resource areas. The millions of deaths caused by Nontyphoidal Salmonella (NTS) infections emphasize the urgent need for timely, detailed, and evidence-based interventions to effectively manage and monitor NTS burdens. This study retrospectively analyzed 1,028 NTS isolates from animals, the environment, and food products in South Africa, collected between 1960 and 2023. Among the 102 serotypes identified, S. Heidelberg, isolated only between 2000-2009 and 2020-2023, accounted fo
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIM: Colistin serves as the drug of last resort for combating numerous multidrug-resistant (MDR) Gram-negative infections. Its efficacy is hampered by the prevalent issue of colistin resistance, which severely limits treatment options for critically ill patients. Identifying resistance genes is crucial for controlling resistance spread, with horizontal gene transfer being the primary mechanism among bacteria. This study aimed to assess the prevalence of plasmid-mediated mcr genes associated with colistin resistance in Gram-negative bacteria, utilizing both genotypic and phenotypic tests.
METH
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
On January 25th 2019, the structure damming a pond containing ore mining wastes and iron burst at Brumadinho City, Brazil. About 11.7 million m3 of a tailings-mud mixture was released from the dam, causing destruction along 300 km of the Paraopeba River toward the São Francisco River. The environments with a high content of metals may provide a suitable environment for horizontal gene transfer, including antimicrobial resistance genes (ARGs). Therefore, this study aimed to detect and quantify clinically relevant ARGs in environmental samples after the Brumadinho dam disaster. Soil, sediment, a
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although dairy manure is widely applied to land, it is relatively understudied compared to other livestock as a potential source of antibiotic resistance genes (ARGs) to the environment and ultimately to human pathogens. Ceftiofur, the most widely used antibiotic used in U.S. dairy cows, is a 3rd generation cephalosporin, a critically important class of antibiotics to human health. The objective of this study was to evaluate the effect of typical ceftiofur antibiotic treatment on the prevalence of ARGs in the fecal microbiome of dairy cows using a metagenomics approach. β-lactam ARGs were foun
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Streptococcus pneumoniae, also called the pneumococcus, is a major bacterial pathogen. Since its introduction in the 1940s, penicillin has been the primary treatment for pneumococcal diseases. Penicillin resistance rapidly increased among pneumococci over the past 30 years, and one particular multidrug-resistant clone, PMEN1, became highly prevalent globally. We studied a collection of 426 pneumococci isolated between 1937 and 2007 to better understand the evolution of penicillin resistance within this species.
RESULTS: We discovered that one of the earliest known penicillin-nonsu
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Treponema pallidum ssp. pallidum (TPA), the causative agent of syphilis, and Treponema pallidum ssp. pertenue (TPE), the causative agent of yaws, are closely related spirochetes causing diseases with distinct clinical manifestations. The TPA Mexico A strain was isolated in 1953 from male, with primary syphilis, living in Mexico. Attempts to cultivate TPA Mexico A strain under in vitro conditions have revealed lower growth potential compared to other tested TPA strains.
METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: The complete genome sequence of the TPA Mexico A strain was determined using the
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To evaluate the diversity of extended-spectrum β-lactamases (ESBL) genes among food-producing animals, 48 isolates of ESBL-producing Escherichia coli isolates were obtained from rectal samples of broilers, layers, beef cattle and pigs, at the slaughterhouse level. ESBL-carrying E. coli were isolated from 60.0% of individual broiler rectal samples, 5.9% of layers, 12.5% of beef cattle and 3% of pigs. One ESBL-producing Klebsiella pneumoniae was isolated from a broiler. The ESBL-positive E. coli isolates from broilers harbored various ESBL genes: bla (SHV-12), bla(CTX-M-2), bla(CTX-M-14), bla(CT
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A plasmid containing the qnrS quinolone resistance determinant and the gene encoding the SHV-2 beta-lactamase has been discovered from a clinical Klebsiella pneumoniae strain isolated in Taiwan. The complete 98-kb sequence of this plasmid, designated pK245, was determined by using a whole-genome shotgun approach. Transfer of pK245 conferred low-level resistance to fluoroquinolones in electroporant Escherichia coli epi300. The sequence of the immediate region surrounding qnrS in pK245 is nearly identical (>99% identity) to those of pAH0376 from Shigella flexneri and pINF5 from Salmonella enteri
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rapid urbanization in the Global South consistently outpaces sanitation infrastructure, transforming urban rivers into AMR reservoirs. Yet watershed-scale quantification of resistomes in such settings remains scarce, limiting exposure risk assessment and intervention planning. Here we present the most detailed spatial baseline for waterborne AMR in sub-Saharan Africa, using the Akaki River (Addis Ababa, Ethiopia) as a model system for rapidly urbanizing megacity watersheds with inadequate sanitation. We sampled 38 sites across an extreme pollution gradient during the dry season, when low flow
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacteriophages can evolve rapidly. Mutation and recombination via horizontal gene transfer allow them to counter adaptive responses by microbial hosts. However, little is known about the genomic processes underlying phage evolution within an ecological context-especially within natural microbial communities. This is due in part to the difficulty in resolving aspects of phage ecology, such as host range. To better understand the interplay of phage ecology and evolution within natural microbial communities, we combined measures of phage host range in vivo with measures of genome evolution in ord
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pectobacterium parvum is an emerging phytopathogen causing aerial stem rot of potato. P. parvum has a broad host range, with Chinese cabbage as one of its important hosts. Through multi-omics analysis, we discovered a previously uncharacterized gene family highly expressed during in planta infection, designated the plant secondary metabolite-binding (PSMB) family. This family likely originated via horizontal gene transfer and underwent lineage-specific expansion in P. parvum, forming a four-paralog pathogenicity island. Structural modelling revealed that PSMB proteins resemble the rhizobial Rh
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) remains one of the most significant multidrug-resistant bacterial pathogens responsible for a broad spectrum of infections ranging from mild skin infections to severe invasive diseases, including bacteremia, pneumonia, endocarditis, osteomyelitis, and sepsis. The rapid global dissemination of MRSA is primarily driven by the acquisition of the mecA gene encoding penicillin-binding protein 2a, which confers resistance to β-lactam antibiotics. In addition to β-lactam resistance, MRSA exhibits resistance to multiple antimicrobial classes through d
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ciprofloxacin (CIP), as a quinolone antibiotic, has broad-spectrum antibacterial properties and can affect methanogenic performance in anaerobic digestion (AD). While previous studies focused on synthetic wastewater, the fate of CIP in real distillery wastewater (RDW) and its impact on microbial adaptation mechanisms remain unclear (such as biotransformation pathways, population dynamics, and the enzymes involved) in RDW is largely unclear. In this study, we investigated AD performance, metabolic pathways, and antibiotic resistance gene (ARG) dynamics using real wastewater spiked with CIP (0.3
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Shiga toxin-producing E. coli (STEC) strains are particularly concerning due to their zoonotic potential and environmental persistence. Ruminants, especially sheep and cattle, serve as primary reservoirs, often shedding pathogenic strains asymptomatically and contributing to foodborne outbreaks through contamination of animal-derived products. This study aimed to characterize antimicrobial-resistant E. coli strains isolated from dairy sheep in Brazil, focusing on phylogenetic backgrounds, resistance profiles, and genomic features. From 65 rectal swab samples collected across five herds in two
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Industrial-scale thermophilic composting of sewage sludge (SS) offers a promising strategy to reduce antimicrobial resistance risks in agricultural soils, although the impacts of its application on soils remain unclear. This study evaluated the impact of SS compost, produced thermophilically with and without lime, on antibiotic resistance genes (ARGs) related to fluoroquinolones, sulfonamides, and tetracyclines, mobile genetic elements (MGEs), and bacterial communities in tropical clay and sandy loam soils over 100 days, using high-throughput qPCR and 16S rRNA gene sequencing. Actinobacteriota
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Highly pathogenic Burkholderia pseudomallei is the causative agent of melioidosis, a neglected tropical disease endemic in Southeast Asian tropical region. This bacterium encompasses diverse virulence factors which further undergo dynamic gene-expression flux as it transits through distinct environmental niches within the host which may lead to manifestation of differential clinical symptoms. B. pseudomallei, is classified as a Tier 1 select agent in the United States and regarded as a risk group 3 organism in India with the potential to be used as bioweapon. Considering these facts, it is vit
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Plasmid-encoded quinolone resistance protein Qnr is an important factor in bacterial resistance to quinolones. Qnr interacts with DNA gyrase and reduces susceptibility to quinolones. The gene qnr likely spreads rapidly among Enterobacteriaceae via horizontal gene transfer. Though the vast amounts of epidemiological data are available, molecular details of the contribution of QnrB19, the predominant Qnr in Salmonella spp., to the acquisition of quinolone resistance has not yet been understood well.
OBJECTIVE: We aimed to examine the role of QnrB19 in quinolone resistance acquisitio
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования