INTRODUCTION: Pancreaticobiliary maljunction (PBM) leads to higher rates of complications, including cholangitis, pancreatitis, and malignancies. The aim of the present study was to investigate the expression profile of long non-coding RNAs (lncRNAs) and their potential role as biomarkers in children with pancreaticobiliary maljunction.
MATERIAL AND METHODS: The differential expression of lncRNAs and messenger RNA (mRNAs) from pediatric patients with pancreaticobiliary maljunction and control subjects was analyzed using a commercial microarray and later validated with qRT-PCR. The potential b
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Due to organ shortage, clinicians are prone to consider alternative type of organ donors among them donors deceased after circulatory death (DCD). However, especially using these organs which are more prone to graft dysfunction, there is a need to better understand mechanistic events ocuring during ischemia phase and leading to ischemia/reperfusion injuries (IRI). The aim of this study is to provide a dynamic transcriptomic analysis of preclinical porcine model kidneys subjected to ischemic stress mimicking DCD donor. We compared cortex and corticomedullary junction (CMJ) tissues from porcine
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The rete testis has a close relationship with sperm development and may have other functions besides serving as an intercalated channel. The aim of this study was to identify and characterize the proteins of rete testis fluid (RTF) from tropically-adapted Morada Nova rams. Testicles obtained from six Morada Nova rams were dissected and the head of the epididymis was separated to access the efferent ducts. Rete testis fluid was obtained by gentle massage of the testis. The fluid was centrifuged to remove cell debris and sperm. RTF samples (containing 400μg protein) were separated by 2-D SDS-PAG
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Chronic rhinosinusitis with nasal polyps (CRSwNP) is a chronic inflammatory disease with complex pathophysiology and therapeutic strategies. Moreover, the molecular mechanisms underlying the pathogenesis of CRSwNP are incompletely understood.
OBJECTIVE: This study aimed to investigate the transcriptomic characteristics, ceRNA networks, and whether these molecular markers play a role in the occurrence and development of CRSwNP.
METHODS: Following RNA sequencing, a ceRNA network was predicted and constructed based on the sequencing results and multiple databases. Gene ontology (GO)
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This article challenges the recurrent claim that the concept of drug is scientifically indefinable or reducible to a legal, social, or normative construct. It argues that semantic and classificatory variability does not entail ontological indeterminacy: substances possess materially real and causally efficacious properties that constrain scientific classification, while the concepts constructed from those properties remain discipline-specific, situated, and epistemically mediated. Combining legal textual analysis, epistemology, logic, and terminology, the article distinguishes pharmacological,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recently, there has been a growing interest in the development of pharmacological interventions targeting ageing, as well as in the use of machine learning for analysing ageing-related data. In this work, we use machine learning methods to analyse data from DrugAge, a database of chemical compounds (including drugs) modulating lifespan in model organisms. To this end, we created four types of datasets for predicting whether or not a compound extends the lifespan of C. elegans (the most frequent model organism in DrugAge), using four different types of predictive biological features, based on:
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Monkeypox outbreaks across the globe has aroused widespread concern. Ruyi Jinhuang Powder (RJP), a common formula in Chinese medicine, is used to treat pox-like illnesses. This study aimed to identify the molecular mechanisms and therapeutic targets of RJP for the treatment of monkeypox using network pharmacology and bioinformatics techniques. The bioactive substances and potential targets of each component of RJP were retrieved from the Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (TCMSP). The differentially expressed genes (DEGs) of the monkeypox virus (MP
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Endometriosis negatively affects fertility, and it is a common disease in assisted reproductive practice. Surgical removal of endometriotic lesions is widely carried out to relieve symptoms and promote fertility. But it is not intensively investigated what changes in the secretory eutopic endometrium of patients with endometriosis after surgery.
METHODS: Eighteen patients with stage III/IV endometriosis were included in the study, and they were divided into the untreated group and the treated group (6 vs. 12). Basic clinical data were compared, and transcriptomic data of the secre
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Functional enrichment analysis is essential for understanding the biological significance of differentially expressed genes. Commonly used tools such as g:Profiler, DAVID, and GOrilla are effective when applied to well-annotated model organisms. However, for non-model organisms, particularly for bacteria and other microorganisms, curated functional annotations are often scarce. In such cases, researchers often rely on homology-based approaches, using tools like BLAST to transfer annotations from closely related species. Although this strategy can yield some insights, it often introduces annota
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Associating one or more Gene Ontology (GO) terms to a protein means making a statement about a particular functional characteristic of the protein. This association provides scientists with a snapshot of the biological context of the protein activity. This paper introduces PRONTO-TK, a Python-based software toolkit designed to democratize access to Neural-Network based complex protein function prediction workflows. PRONTO-TK is a user-friendly graphical interface (GUI) for empowering researchers, even those with minimal programming experience, to leverage state-of-the-art Deep Learning archite
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In 2016, we published an article applying Gene Ontology Analysis to the genes that had been reported to be associated with arthrogryposis (multiple congenital contractures) (Hall & Kiefer, 2016). At that time, 320 genes had been reported to have mutations associated with arthrogryposis. All were associated with decreased fetal movement. These 320 genes were analyzed by biological process and cellular component categories, and yielded 22 distinct groupings. Since that time, another 82 additional genes have been reported, now totaling 402 genes, which when mutated, are associated with arthrogryp
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rabies virus (RABV) is known to cause a fatal infection in many mammalian species, yet its pathogenesis remains poorly understood. This study was performed to analyze the microRNA (miRNA) expression profiles in RABV-infected primary neurons of mice. A total of 53 miRNAs were found to be differentially expressed in RABV-infected samples compared with mock samples in a time-dependent manner. Among them, the expression of ten miRNAs was validated by real-time RT-PCR. Potential target genes of differentially expressed miRNAs were predicted by TargetScan. Further bioinformatics analysis indicated t
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Schistosoma mansoni is the primary causative agent of schistosomiasis, which affects 200 million individuals in 74 countries. We generated 163,000 expressed-sequence tags (ESTs) from normalized cDNA libraries from six selected developmental stages of the parasite, resulting in 31,000 assembled sequences and 92% sampling of an estimated 14,000 gene complement. By analyzing automated Gene Ontology assignments, we provide a detailed view of important S. mansoni biological systems, including characterization of metazoa-specific and eukarya-conserved genes. Phylogenetic analysis suggests an early d
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The outcome of cervical artificial insemination (AI) with frozen-thawed semen in sheep is limited by the inability of sperm to traverse the cervix of some ewe breeds. Previous research has demonstrated that cervical sperm transport is dependent on ewe breed, as sperm can traverse the cervix in greater numbers in some higher fertility ewe breeds. However, the molecular mechanisms underlying ewe breed differences in sperm transport through the cervix remain unknown. In this study, we aimed to characterise the cervical transcriptome of four European ewe breeds with known differences i
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The assessment of how environmental mixture exposures affect reproductive health faces difficulties. While knowledge graph networks offer valuable advantages in biological interpretation and prediction, their application in epidemiological studies, particularly in a small sample size setting, remains scarce. We recruited 116 women undergoing in vitro fertilization and embryo transfer (IVF-ET) treatment in Beijing and Yantai City, China. Among them, 55 women were diagnosed with early pregnancy loss (EPL), while 61 achieved clinical pregnancy. Clinical records, and paired hair, serum, and follic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Human Phenotype Ontology (HPO)-a standardized vocabulary of phenotypic abnormalities associated with 7000+ diseases-is used by thousands of researchers, clinicians, informaticians and electronic health record systems around the world. Its detailed descriptions of clinical abnormalities and computable disease definitions have made HPO the de facto standard for deep phenotyping in the field of rare disease. The HPO's interoperability with other ontologies has enabled it to be used to improve diagnostic accuracy by incorporating model organism data. It also plays a key role in the popular Exo
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bio-ontologies are becoming increasingly important in knowledge representation and in the machine learning (ML) fields. This paper presents a ML approach that incorporates bio-ontologies and its application to the SEER-MHOS dataset to discover patterns of patient characteristics that impact the ability to perform activities of daily living (ADLs). Bio-ontologies are used to provide computable knowledge for ML methods to "understand" biomedical data.
RESULTS: This retrospective study included 723 cancer patients from the SEER-MHOS dataset. Two ML methods were applied to create pred
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Knowledge Organization Systems (KOSs) are extensively used in the biomedical domain to support information sharing between software applications. KOSs are proposed covering different, but overlapping subjects, and mappings indicate the semantic relation between concepts from two KOSs. Over time, KOSs change as do the mappings between them. This can result from a new discovery or a revision of existing knowledge which includes corrections of concepts or mappings. Indeed, changes affecting KOS entities may force the underline mappings to be updated in order to ensure their reliability over time.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) is a non-Hodgkin lymphoma with high mortality rates. Small nucleolar RNAs (snoRNAs) are tumor-specific biological markers, but there are few studies on the role of snoRNAs in DLBCL.
MATERIALS AND METHODS: Survival-related snoRNAs were selected to construct a specific snoRNA-based signature via computational analyses (Cox regression and independent prognostic analyses) to predict the prognosis of DLBCL patients. To assist in clinical applications, a nomogram was built by combining the risk model and other independent prognostic factors. Pathway
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: There is growing evidence that the neuropsychiatric and neurological disorders depression, ataxia and dystonia share common biological pathways. We therefore aimed to increase our understanding of their shared pathophysiology by investigating their shared biological pathways and molecular networks.
METHODS: We constructed gene sets for depression, ataxia, and dystonia using the Human Phenotype Ontology database and genome-wide association studies, and identified shared genes between the three diseases. We then assessed shared genes in terms of functional enrichment, pathway analys
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования