BACKGROUND: Hepatocellular carcinoma (HCC) is a major global health concern, accounting for a significant proportion of liver cancer cases and related deaths. Clonorchis sinensis (C. sinensis) infection, a recognized carcinogen, has been implicated in the progression of liver diseases, including HCC. However, the precise epigenetic mechanisms underlying C. sinensis-associated HCC remain to be elucidated.
METHODS: To investigate the role of chromatin accessibility in C. sinensis-related HCC progression, we performed an assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In somatic tissue differentiation, chromatin accessibility changes govern priming and precursor commitment towards cellular fates1-3. Therefore, somatic mutations are likely to alter chromatin accessibility patterns, as they disrupt differentiation topologies leading to abnormal clonal outgrowth. However, defining the impact of somatic mutations on the epigenome in human samples is challenging due to admixed mutated and wild-type cells. Here, to chart how somatic mutations disrupt epigenetic landscapes in human clonal outgrowths, we developed genotyping of targeted loci with single-cell chroma…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chromatin immunoprecipitation (ChIP) allows a researcher to determine the genomic occupancy of nuclear proteins, providing insight into the roles of transcription factors, chromatin modifiers, histone modifications, and other factors bound to DNA. Protein-DNA interactions are first fixed in vivo by chemical cross-linking, and then a target protein is captured together with any associated DNA by an antibody mediated pull-down. The co-immunoprecipitated DNA can then be assayed by quantitative PCR or deep sequencing. Here, we demonstrate this technique using murine olfactory sensory neurons (OSNs…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Legionella pneumophila replicates intracellularly by secreting effectors via a type IV secretion system. One of these effectors is a eukaryotic methyltransferase (RomA) that methylates K14 of histone H3 (H3K14me3) to counteract host immune responses. However, it is not known how L. pneumophila infection catalyses H3K14 methylation as this residue is usually acetylated. Here we show that L. pneumophila secretes a eukaryotic-like histone deacetylase (LphD) that specifically targets H3K14ac and works in synergy with RomA. Both effectors target host chromatin and bind the HBO1 histone acetyltransf…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Subtelomeres (ST) are chromosome regions that separate telomeres from euchromatin and play relevant roles in various biological processes of the cell. While their functions are conserved, ST structure and genetic compositions are unique to each species. This study aims to identify and characterize the subtelomeric regions of the 13 Toxoplasma gondii chromosomes of the Me49 strain. Here, STs were defined at chromosome ends based on poor gene density. The length of STs ranges from 8.1 to 232.4 kbp, with a gene density of 0.049 genes/kbp, lower than the Me49 genome (0.15 kbp). Chromatin organizat…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The highly complex life cycle of the human malaria parasite, Plasmodium falciparum, is based on an orchestrated and tightly regulated gene expression program. In general, eukaryotic transcription regulation is determined by a combination of sequence-specific transcription factors binding to regulatory DNA elements and the packaging of DNA into chromatin as an additional layer. The accessibility of regulatory DNA elements is controlled by the nucleosome occupancy and changes of their positions by an active process called nucleosome remodeling. These epigenetic mechanisms are poorly explored in …
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genome-wide association studies (GWASs) have identified many genetic risk factors for CKD. However, linking common variants to genes that are causal for CKD etiology remains challenging. By adapting self-transcribing active regulatory region sequencing, we evaluated the effect of genetic variation on DNA regulatory elements (DREs). Variants in linkage with the CKD-associated single-nucleotide polymorphism rs11959928 were shown to affect DRE function, illustrating that genes regulated by DREs colocalizing with CKD-associated variation can be dysregulated and therefore, considered as CKD candida
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The transcriptomes of peripheral blood cells in children with juvenile idiopathic arthritis (JIA) have distinct transcriptional … ed within those risk loci.
METHODS: We analyzed RNA sequencing (RNA-Seq) data, H3K27ac and H3K4me1 chromatin immunoprecipitation-sequencing (ChIP-Seq) data, and previously published chromatin interaction analysis by paired-end tag sequencing (ChIA-PET) data to characterize the chromatin landscapes within the known JIA-associated risk loci.
RESULTS: In bot …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Studies of transcriptional mechanisms in heart failure have focused heavily on roles of sequence-specific DNA-binding factors such as NFAT, MEF2 and GATA4. Recent findings have illuminated crucial functions for epigenetic regulators in the control of cardiac structural remodeling and mechanical dysfunction in response to pathological stress. Here, we review the current understanding of chromatin-dependent signal transduction in cardiac gene control, and highlight the potential for pharmacologic regulation of BET acetyl-lysine binding proteins as a means of treating heart failure.
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Novel classes of small and long non-coding RNAs (ncRNAs) are increasingly becoming apparent, being engaged in diverse structural, functional and regulatory activities. They take part in target gene silencing, play roles in transcriptional, post-transcriptional and epigenetic processes, such as chromatin remodeling, nuclear reorganization with the formation of silent compartments and fine-tuning of gene recruitment into them. Among their functions, non-coding RNAs are thought to act either as guide or scaffold for epigenetic modifiers that write, erase, and read the epigenetic signature over th…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Myelodysplastic syndromes (MDS) represent a clinically and genetically heterogeneous group of clonal haematopoietic diseases characterized b … t common rearrangements linked to MDS and discuss the potential role of the non-random higher-order chromatin structure in their formation. A contribution of the chromothripsis - a catastrophic event discovered only recently - is considered to explain how complex karyotypes may occur (during a single event).
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The SWI/SNF complex is a multiprotein complex essential for chromatin remodelling. As such, it plays a key role in the epigenetic regulation of genome expression. This complex is composed of a dozen of proteins, some of which are constant and ubiquitous, especially SMARCB1 and SMARCA4. Mutations in these genes are now described in an increasing number of tumors. Mutations in SMARCB1 characterize the majority of rhabdoid tumors, an aggressive malignancy that exquisitely depends on this single genetic event. Rare rhabdoid tumors have mutation in SMARCA4, a genetic abnormality also found in some …
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Maintenance of genomic stability ensures faithful transmission of genetic information and helps suppress neoplastic transformation and tumorigenesis. Although recent progress has advanced our understanding of DNA damage checkpoint regulations, little is known as to how DNA repair, especially the RAD51-dependent homologous recombination repair pathway, is executed in vivo. Here, we reveal novel properties of the BRCA2-associated protein PALB2 in the assembly of the recombinational DNA repair machinery at DNA damage sites. Although the chromatin association of PALB2 is a prerequisite for subsequ…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To detect and repair damaged DNA, DNA-damage-response proteins need to overcome the barrier of condensed chromatin to gain access to DNA lesions. ATP-dependent chromatin remodelling is one of the fundamental mechanisms used by cells to relax chromatin in DNA repair. However, the mechanism mediating their recruitment to DNA lesions remains largely unknown. BRIT1 (also known as MCPH1) is an early DNA-damage-response protein that is mutated in human primary microcephaly. Here we report a previously unknown function of BRIT1 as a regulator of the ATP-dependent chromatin remodelling complex SWI-SNF…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This research has been designed to study the major events of nuclear remodeling that characterize sheep oocytes during the early stage of folliculogenesis (transition from preantral to antral stage). In particular, the modifications in large-scale chromatin configuration, the global DNA methylation, and the process of telomere elongation have been investigated as crucial events of oocyte nuclear maturity. In addition, the spatio-temporal distribution of the major enzymes involved in DNA methylation, the DNA methyltransferase 1 (Dnmt1), and in telomere elongation, telomerase catalytic subunit (…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Snake-like chromatin (SLC) is a nuclear alteration occurring under various pathological conditions and in different tissues. The aim of this study was the morphological and immunocytochemical characterization of SLC-positive conjunctival epithelial cells from keratoconjunctivitis sicca (KCS) patients. Impression cytology specimens from the upper bulbar conjunctiva of 10 controls and 10 KCS patients with a high incidence of SLC cells were assessed, the morphology of SLC nuclei evaluated by light microscopy, and proliferation markers, nucleolar proteins, lamins and cytokeratin filaments detected…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mouse oocytes can be classified according to their chromatin organization and the presence [surrounded nucleolus (SN) oocytes] or absence [nonsurrounded nucleolus (NSN) oocytes] of a ring of Hoechst-positive chromatin around the nucleolus. Following fertilization only SN oocytes are able to develop beyond the two-cell stage. These studies indicate a correlation between SN and NSN chromatin organization and the developmental competence of the female gamete, which may depend on gene expression. In the present study, we have used the HSP70.1Luc transgene (murine HSP70.1 promoter + reporter gene f…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Among 10,412 livebom infants surveyed in a large maternity hospital in a 2-year period, there were 13 cases (0.13%) of discrepancy between sex phenotype and sex chromatin (0.15% among male infants and 0.10% among female infants). There were 22 cases of trisomy-21 (incidence 0.21%), 3 cases of trisomy-18, and 1 case of trisomy-13-15. 9 cases presented multiple congenital abnormalities but the karyotype was normal. Only the incidence of cases with Down's syndrome is higher than that reported in the literature. Maternal and paternal age, seasonal clustering, infectious diseases before or at the b…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования