BACKGROUND: Vestibular schwannoma (VS) is benign, slow-growing brain tumor that negatively impacts patient quality of life, which may cause even death. This study aimed to explore key genes and microRNAs (miRNAs) associated with VS.
METHODS: The mRNA and miRNA expression profiles of VS downloaded from Gene Expression Omnibus (GEO) database were included in this study to perform an integrated analysis. The differentially expressed mRNAs (DEmRNAs) and miRNAs (DEmiRNAs) were identified. Then, functional annotation and protein-protein interaction networks (PPI) of DEmRNAs were constructed. DEmiRN
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Previous studies have suggested a potential role for paraptosis-related genes (PRGs) in cancer pathogenesis, yet their prognostic significance and therapeutic efficacy in gastric cancer (GC) remain largely unexplored. This study aims to investigate the function of PRGs in GC and offer valuable insights for clinical assessment of patient prognosis. Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and the cancer genome atlas (TCGA)-GC transcriptomic data were acquired from public databases, with PRGs derived from Literature. Differential expressed genes 1 (DEGs1) were identified through scRNA-seq differen
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The majority of ovarian tumors arise from the transformation of the ovarian surface epithelial cells, a single layer of cells surrounding the ovary. To identify genes that may contribute to the malignant phenotype of ovarian cancers, cDNA representational difference analysis was used to compare expressed genes in primary cultures of normal human ovarian surface epithelium (HOSE) and ovarian tumor-derived epithelial cells from the Cedars-Sinai Ovarian Cancer (CSOC) repository. A total of 255 differentially expressed genes were identified, of which 160 and 95 were specifically expressed in HOSE
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Glioblastoma multiforme (GBM), the most aggressive form of primary brain tumor, poses a considerable challenge in neuro-oncology. Despite advancements in therapeutic approaches, the prognosis for GBM patients remains bleak, primarily attributed to its inherent resistance to conventional treatments and a high recurrence rate. The primary goal of this study was to acquire molecular insights into GBM by constructing a gene co-expression network, aiming to identify and predict key genes and signaling pathways associated with this challenging condition. To investigate differentially expressed genes
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spatial transcriptomics is a collection of methods to quantify gene expression in situ. In cancer research, these technologies offer researchers new avenues for studying intra-tumoral heterogeneity and interactions between tumor cells and their tumor microenvironment (TME) in a spatially resolved fashion. In Ewing sarcoma research, a few pioneering spatial transcriptomics studies have begun to characterize the spatial landscape of tumors in unprecedented detail. In this chapter, we provide a series of tutorials on tissue selection, sample preparation, panel design and analysis pipeline for Ewi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sessile serrated adenomas/polyps (SSAPs) are precursor lesions in colorectal cancer (CRC) development, exhibiting unique molecular and immunological profiles. Understanding the molecular and immune signatures associated with SSAP tumourigenic potential is critical for improving early detection and prognosis. This study employed RNA sequencing data from SSAPs, adenomatous polyps (APs), hyperplastic polyps (HPs), and control samples. Differential gene expression analysis was conducted using DESeq2, followed by pathway enrichment analysis. Immune cell compositions were determined via computationa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The various cellular composition of the tumor microenvironment (TME) comprises the fundamental units of tumor tissue. The types of stromal cells in the TME are genetically stable, with reduced risk of tumor recurrence and drug resistance. More and more evidence shows their clinicopathological significance and therapeutic effect in predicting prognosis. Therefore, we performed an integrated analysis of the breast cancer TME, correlating it with genomic landscapes and clinical profiles. In this work, we first conducted unsupervised hierarchical clustering on 830 tumors in the breast cancer cohor
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Triple-negative breast cancer (TNBC) is a subtype of breast cancer (BC) and constitutes approximately 15-20% of all BC cases. This subtype has the most aggressive behavior and the worst prognosis. Numerous studies have been conducted over the past several decades to address the lack of clinically available treatment options. In particular, potential markers targeting effective treatment options have been actively studied. However, these efforts were hindered by the complex mechanisms of TNBC, and no study has demonstrated a model with a predictive performance exceeding 0.85. This study develop
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Breast cancer is the second leading cause of cancer-related death among women in the United States. High mammographic density, one of the most notable risk factors, is associated with a four to sixfold increased likelihood of developing breast cancer. Tissue compactness is a related but distinct, newly developed tool to assess density in a specific location. However, the transcriptomic differences between more and less compact tissue are not well understood.
METHODS: We performed RNA sequencing on paired more and less-compact breast tissue from three individuals to identify genes
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Prognostic biomarker panels identified through bulk sequencing approaches have shown utility in localized prostate cancer but are limited by underlying molecular heterogeneity. Spatial transcriptomics offers a complementary approach to investigate spatial gene expression patterns and the tissue- and cell-type-associated localization of their constituent biomarker genes.
METHODS: Using publicly available data, we analyzed biomarker genes from four prognostic panels (Oncotype DX, Prolaris, Decipher, and ProClass-an in-house candidate panel) across 37 tissue sections from two patient
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell-cell junctions (CCJs) are essential for maintaining epithelial integrity, and adhesion-related molecules have long been implicated in breast cancer progression. However, the subtype-specific prognostic significance of CCJ-related gene expression patterns within individual intrinsic breast cancer subtypes has not been systematically characterized. We analyzed 179 genes annotated to the Gene Ontology term "cell-cell junction organization" (GO:0045216) across intrinsic breast cancer subtypes using the METABRIC and The Cancer Genome Atlas (TCGA) datasets. Subtype-specific prognostic CCJ genes
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Acral melanocytic tumors are a common cutaneous neoplasm with malignant potential. Early and non-invasive biomarkers for identifying malignant transformation remain lacking. Exosomal microRNAs (miRNAs) have shown great potential as stable diagnostic indicators in various cancers.
OBJECTIVES: To explore the differential expression and clinical significance of serum exosomal miRNAs in patients with acral melanocytic tumors.
METHODS: Exosomes were identified by transmission electron microscopy, nanoparticle tracking analysis, and Western blot. MiRNA sequencing was used to screen dif
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: CCDC59, a coiled-coil domain-containing (CCDC) family member, is involved in multiple diseases, yet its pan-cancer role remains largely unclear.
METHODS: We analyzed CCDC59 across cancers using The Cancer Genome Atlas (TCGA), Gene Expression Omnibus (GEO), Human Protein Atlas (HPA), along with R and tools like STRING, TISIDB, and TISCH2. CCDC59 expression was validated in clinical samples via quantitative real-time PCR (RT-qPCR) and western blot. Functional assays (proliferation, colony formation, and transwell) and cell cycle analysis were performed in liver hepatocellular carcin
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The clinical application of cellular immunotherapy in hepatocellular carcinoma (HCC) is impeded by the lack of a cell surface target frequently expressed in HCC cells and with minimal presence in normal tissues to reduce on-target, off-tumor toxicity. To address this, an in silico multomics analysis was conducted to identify an optimal therapeutic target in HCC. A longlist of genes (n = 12,948) expressed in HCCs according to The Human Protein Atlas database were examined. Eight genes were shortlisted to identify one with the highest expression in HCCs, without being shed into circulation, and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prostate cancer (PCa) is one of the most common cancers in men worldwide. Autophagy-related genes (ARGs) may play an important role in various biological processes of PCa. The aim of this study was to identify and evaluate autophagy-related features to predict clinical outcomes in patients with PCa. Single-cell sequencing data and RNA sequencing data was included from public GEO and TCGA databases. Cells were clustered and annotated by dimension reduction cluster analysis. Epithelial cells, T cells and fibroblasts were isolated to explore their heterogeneity. Autophagy-related genes were obtai
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study aims to utilize multi-omics high-throughput sequencing data, including ATAC-seq and RNA-seq data from TCGA, GTEx, and GEO databases, to construct predictive and prognostic models for lung adenocarcinoma (LUAD) and identify potential biomarkers. We first obtained LUAD ATAC-seq data from TCGA and identified differential chromatin regions and genes through functional analysis. Differential peaks (DPs) potentially influencing LUAD progression were determined by analyzing patients at different stages, and these DPs were annotated to the genome to obtain differential peak genes (DPGs). We
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
With cancer immunotherapy and precision medicine dynamically evolving, there is greater need for pre-clinical models that can better replicate the intact tumor and its complex tumor microenvironment (TME). Precision-cut tumor slices (PCTS) have recently emerged as an ex vivo human tumor model, offering the opportunity to study individual patient responses to targeted therapies, including immunotherapies. However, little is known about the physiologic status of PCTS and how culture conditions alter gene expression. In this study, we generated PCTS from head and neck cancers (HNC) and mesothelio
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lysosomes are crucial in the tumour immune microenvironment, which is essential for the survival and homeostasis in multiple myeloma (MM). Here, we aimed to identify lysosome-related genes for the prognosis of MM and predicted their regulatory mechanisms. Gene expression profiles of MM from the GSE2658 and GSE57317 datasets were analysed. Lysosome-related differentially expressed genes (DEGs) were identified and used for molecular subtyping of MM patients. A prognostic model was constructed using univariate Cox regression and LASSO regression analyses. The relationship between prognostic genes
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Stratification of cancer into biologically and molecularly similar subgroups is a cornerstone of precision medicine. The Lund Taxonomy classification system for urothelial carcinoma aims to be applicable across the whole disease spectrum including both non-muscle-invasive and invasive bladder cancer. A successful classification system is one that can be robustly and reproducibly applied to new samples. However, transcriptomic methods used for subtype classification are affected by analytic platform, data preprocessing, cohort composition, and tumor purity. Furthermore, only limited data have b
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Meningiomas, although mostly benign, can be recurrent and fatal. World Health Organization (WHO) grading of the tumor does not always identify high-risk meningioma, and better characterizations of their aggressive biology are needed. To approach this problem, we combined 13 bulk RNA sequencing (RNA-seq) datasets to create a dimension-reduced reference landscape of 1,298 meningiomas. The clinical and genomic metadata effectively correlated with landscape regions, which led to the identification of meningioma subtypes with specific biological signatures. The time to recurrence also correlated wi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования