Avian pathogenic Escherichia coli (APEC) infections are associated with major economic losses, cause perihepatitis, pericarditis, septicemia and even systemic infections in the poultry industry. APEC infections have usually been controlled by antibiotics, resulting in an increased prevalence of antibiotic-resistant E. coli. Concerns have been increased that transfer of antibiotic-resistant APEC via the food chain may cause risks for extra-intestinal infection of humans related to zoonotic transfer and increased difficulties in the treatment of human infections caused APEC-related E. coli types
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacterial plant pathogens have ravaged crops since the dawn of agriculture and continue to pose a serious threat today. Bacteria and their plant hosts have co-evolved in an evolutionary arms race, with artificial selection due to agriculture tipping the scale in favor of the pathogen. This review gives an overview of plant pathogenic bacterial diversity, showing that pathogenicity has independently evolved numerous times, and that there is not one unifying trait determining plant pathogenicity. Instead, these bacteria represent repeated, independent evolutionary transitions driven by life in c
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacteriophage genomes are densely packed with coding sequences and frequently encode genes of unknown function. Unbiased phage functional genomics approaches are therefore needed, particularly for large lytic phages. Here, we harness the mariner transposase to develop phage transposon mutagenesis and sequencing (phage TnSeq), which enables pooled sequencing to identify both fitness-conferring and dispensable genes. Using the Pseudomonas aeruginosa-infecting nucleus-forming jumbo phage ΦKZ (280,334 bp; 371 predicted genes), we show that ∼110 genes are fitness-conferring via phage TnSeq, identif…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genome sequencing has become a crucial tool in the management and understanding of infectious disease outbreaks. By decoding the entire genetic material of pathogens, this technology allows scientists to track the spread and evolution of infectious agents with unprecedented precision. During an outbreak, one of the key applications of genome sequencing is in tracing the transmission pathways of the disease. By comparing the genetic sequences of pathogens from different patients and sources, epidemiologists can determine the source of the outbreak and how the disease is spreading through popula
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Realizing the promise of precision medicine will require the highest standards of accuracy in genome sequencing and analysis. Here we describe challenges and opportunities for the field through the lens of genome data quality. We present recommendations in the context of specific areas of application for genomic sequencing in which isolated standards have arisen: germline sequencing, tumour sequencing, cell-free DNA testing, and sequencing for quality control in genetic therapy. Despite these distinct clinical contexts, technical challenges are often similar; for example, accurately detecting
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cyanobacteria are the only prokaryotes to have evolved oxygenic photosynthesis, transforming the geochemistry and biology of the planet. They exhibit remarkable morphological diversity and represent one of the earliest known multicellular organisms, including filamentous growth and cellular differentiation. However, the genomic mechanisms underlying their repeated transitions between unicellularity and multicellularity remain unresolved. Here, we implement phylogenomic and Bayesian molecular clock analyses, estimate ancestral protein-coding gene contents, and examine gene gains and losses asso
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent progress in genomic sequencing, bioinformatics, cloud computation, and artificial intelligence is advancing a more mature understanding of the architecture of childhood genetic diseases. This knowledge and these technologies are enabling expanded genomic screening of infant and reproductive adult populations. With many new disease-modifying and curative therapies in development and approval processes, there exists unparalleled opportunity to identify, treat, and decrease the population burden of genetic disease and transform medical genetics. Broad implementation of genomic population s
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Paracoccidioides is a genus of dimorphic fungal pathogens endemic to Latin America. We generated long-read de novo assemblies for 11 isolates representing 4 species of the brasiliensis complex (Paracoccidioides brasiliensis, Paracoccidioides americana, Paracoccidioides restrepiensis, Paracoccidioides venezuelensis) and Paracoccidioides lutzii. These include the first complete telomere-to-telomere assemblies for P. brasiliensis (Pb18) and P. americana (Pb03), each with 5 chromosomes. Comparative analyses revealed chromosomal fusion and fission events distinguishing P. brasiliensis and P. americ
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Hidradenitis suppurativa (HS) is a chronic inflammatory skin disease with substantial heritability and clinical heterogeneity. Large-scale genetic studies often lack deep clinical or immunological phenotyping and typically rely on unmatched biobank controls. Our study overcomes this limitation by using carefully matched healthy comparators and integrating genomic, proteomic and pQTL analyses to dissect the molecular underpinnings of HS.
OBJECTIVES: To identify genetic variants associated with HS susceptibility using a genome-wide association study (GWAS) in a Greek cohort and to d
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene therapy has been developed for several glycogen storage diseases and has advanced into clinical trials. However, the limitations of these gene therapies with regard to stability following treatment early in life have led to the development of genome editing. Early results for genome editing in both glycogen storage disease type Ia and Pompe disease have demonstrated promising efficacy, and proof-of-concept studies as well as a clinical trial are underway. These studies will determine whether genome editing fulfills its promise with regard to stably treating glycogen storage diseases early
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Klebsiella pneumoniae is a critical priority pathogen known for its extensive antimicrobial resistance (AMR) and capacity to cause severe infections. The traditional dichotomy between multidrug-resistant (MDR) and hypervirulent strains is rapidly eroding, driving the emergence of highly lethal convergent phenotypes. While global surveillance heavily emphasizes KPC-producing lineages, the specific genomic architecture driving this convergence in the Russian Federation remains insufficiently resolved. In this study, we analyzed population structure represented in a curated dataset 264 K. pneumon
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The application of whole-genome sequencing (WGS) to Cryptosporidium has been challenged by the relatively small numbers of oocysts present in feces and lack of suitable culture systems to generate sufficient DNA that is required. Here, we provide a method for the preparation of sufficient, high-quality Cryptosporidium DNA for WGS from feces, incorporating parasite purification stages and an optional whole-genome amplification step.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Epstein-Barr virus (EBV) is associated with a range of diseases, including malignancies and autoimmune disorders. Driven by advances in … accines and small molecules that disrupt latency. These advances highlight the critical role of EBV genomics in understanding disease mechanisms and developing precision interventions to address the global burden of EBV-related diseases.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Trypanosoma cruzi is the causative agent of Chagas disease, a neglected tropical disease, and one of the most important parasitic diseases worldwide. The first genome of T. cruzi was sequenced in 2005, and its complexity made assembly and annotation challenging. Nowadays, new sequencing methods have improved some strains' genome sequence and annotation, revealing this parasite's extensive genetic diversity and complexity. In this review, we examine the genetic diversity, the genomic structure, and the principal multi-gene families involved in the pathogenicity of T. cruzi. The T. cruzi genome
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE OF REVIEW: Genomic and transcriptomic sequencing technologies have revolutionized our ability to characterize prostate cancer at the molecular level. The underlying premise of next-generation sequencing technologies and their current and evolving applications in prostate cancer management are provided in the review.
RECENT FINDINGS: Improved methodologies are allowing timely sequencing of the coding regions or both the coding and noncoding regions of the genome to help identify potential mutations and structural variations in the prostate cancer genome, some of which are currently als
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mammarenaviruses often cause long-term asymptomatic chronic infections in their natural hosts, primarily rodents, and include several human pathogens responsible for diseases ranging from mild febrile illnesses to life-threatening hemorrhagic fever. Mammarenaviruses encode two genes in each segment of their bisegmented RNA genome, with ambisense polarity. The multifunctionality of each gene product supports the optimal propagation of the virus. Moreover, the noncoding regions of the mammarenaviral genome have been shown to have multiple functions, beyond the control of viral transcription and
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Inversions represent a consequential yet under-characterized form of structural variation, with roles in genomic disorders, evolution, and genome instability. However, their detection remains technically challenging, particularly within repeat-dense regions and for complex multi-breakpoint events. A lack of dedicated, high-quality benchmarks has hindered algorithmic improvement, performance comparison, and robust biological interpretation.
RESULTS: Here, we present a comprehensive, multi-genome benchmark for simple and complex inversions derived from Strand-seq and phased long-rea
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ISGylation is the post-translational modification of protein substrates covalently conjugated with the ubiquitin-like protein, interferon-stimulated gene 15 (ISG15). Although initially linked to antiviral immunity, recent evidence highlights important roles for ISGylation in various biological processes, such as maintaining genomic stability, promoting tumourigenesis, and being involved in other pathological conditions. In this review, we examine the molecular mechanisms underlying ISGylation, its interplay with other post-translational modifications, and its involvement in diverse biological
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Over the last 2 decades, significant improvements have been made in the understanding of the genomic and biological bases of acute lymphoblastic leukemia (ALL), resulting in enhanced genomic classification, more precise risk stratification, and improved long-term outcomes. ALL is a hematologic malignancy defined by uncontrolled proliferation of immature B- or T-lymphoid blasts in the bone marrow, blood, and other extramedullary tissues. It affects most commonly children, representing the most common childhood cancer, but it also occurs in adults where outcome tends to be poorer com
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования