De novo CpG methylation (mCpG) is deposited by DNMT3A and DNMT3B, which target DNA linkers between nucleosomes. Cells contain millions of unique linkers, but the rules dictating which linkers get targeted by DNMT3 enzymes are not understood. We show that nucleosome spacing controls linker DNA methylation and H3K36me2 recognition by human DNMT3A2/3B3, linking de novo methylation to chromatin architecture. We present structures of DNMT3A2/3B3 bound to dinucleosomes, revealing that short linkers promote dinucleosome bridging, blocking access to linker DNA and suppressing methylation, whereas long…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The bacterial CRISPR-Cas9 (Cas9) nuclease has become a powerful genome manipulation tool for a wide range of organisms1-3. However, it has yet to fully leverage the pervasive presence of DNA methylation in genomes4-10. Here, to fill this gap, we report biochemical, structural and human genome-editing characterizations of a methylation-sensitive Cas9 (ThermoCas9). ThermoCas9 efficiently binds to and cleaves DNA upstream of its protospacer adjacent motif (PAM) 5'-NNNNCGA-3' or 5'-NNNNCCA-3' in vitro. Methylation of the fifth cytosine in either PAM sequence (5mCpG or 5mCpC), however, significantl…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Population stratification is one of the source of inflation in epigenome-wide association studies (EWAS) when not properly accounted for. To address this, we developed methylation population scores (MPSs) to predict genetic principal components (GPCs) using a feature selection approach. We used multi-ethnic DNA methylation data from Illumina EPIC arrays across five cohorts, including MESA (n = 929), CARDIA (n = 1123), JHS (n = 1365), ARIC (n = 2338), and HCHS/SOL (n = 1475), randomly splitting participants into training (85%) and test (15%) sets. Within each cohort, associations between GPCs a…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pituitary adenomas are a diverse group of neoplasms with variable clinical behavior. Despite advances in genetic analysis, understanding the role of epigenetic modifications, particularly DNA methylation, remains an area under investigation. This scoping review aimed to update and synthesize the current body of literature on DNA methylation in pituitary adenomas, focusing on methodological advancements and clinical correlations. A systematic search conducted across multiple databases, including Embase, Scopus, MEDLINE, and CENTRAL, identified 107 eligible studies. Early methods, such as methyl…
СтатьяScoping ReviewПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: In epigenome-wide association analysis (EWAS), unaddressed population stratification often leads to inflation. We aimed to compute methylation population scores (MPSs) that predict genetic principal components (GPCs) using a feature selection and regression approach.
METHODS: We used multi-ethnic methylation data (Illumina 450K/EPIC array) from unrelated MESA (n=929), CARDIA (n=1123), JHS (n=1365), ARIC (n=2338), and HCHS/SOL (n=1475) individuals, randomly assigning 85% of participants from each cohort to a training dataset and the remaining 15% to a test dataset. First, we esti…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Arginine methylation is a crucial post-translational modification (PTM) that plays a significant role in various biological processes. It occurs in two primary forms: mono-methylation (MMA) and di-methylation (DMA), with the latter further classified into symmetric (SDMA) and asymmetric methylation (ADMA). This review examines the functional implications of these methylation states, current detection methodologies, proteomics-based analytical approaches, and the different impacts of these methylations on protein function. Finally, the role of protein arginine methyltransferases (PRMTs) and the…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Emerging evidence suggests a link between environmental pollution and epigenetic alterations, prompting the need for comprehensive investiga … value decomposition and linear regression models were used to identify metal associations with DNA methylation. Marked differences were evident in weight, body mass index, glycaemia, High Density Lipoprotein cholesterol (HDL-c), and triglycerides between patients with obesity and without obesity. Metal serum concentrations revealed higher arsenic levels in p …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Osteoarthritis (OA) is a prevalent degenerative joint disease characterized by cartilage degradation, osteophyte formation, and joint dysfun … ndrocyte autophagy, inflammatory responses, and key signaling pathways. with a primary focus on RNA methylation. Special emphasis is placed on the dynamic regulatory functions of key methyltransferases (e.g., METTL3, FTO, WTAP) and their potential contributions to OA pathogenesis. Furthermore, we address current research hotspots and controversies in the fiel …
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gametogenetin binding protein 2 (GGNBP2) was indispensable in normal spermatids for transformation into mature spermatozoa in mice, and when … enetin binding protein 2 regulated H2A and H2B ubiquitination levels and controlled H3K27 and H3K79 methylation by PRC2 subunits and histone H3K79 methyltransferase. Altogether, our results suggest that Ggnbp2 knockout increased DNA damage response by promoting H2A ubiquitination and H3K27trimethylation (H3K27me3) and reduced nucleosome stability by decreasin …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Varying combinations of genetic and environmental risk factors are thought to underpin phenotypic heterogeneity between individuals in psychiatric conditions such as schizophrenia. While epigenome-wide association studies in schizophrenia have identified extensive alteration of mean DNA methylation levels, less is known about the location and impact of DNA methylation variance, which could contribute to phenotypic and treatment response heterogeneity. To explore this question, we conducted the largest meta-analysis of blood DNA methylation variance in schizophrenia to date, leveraging three co…
СтатьяМетаанализПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Emerging evidence published over the past decade has highlighted the role of DNA methylation in skeletal muscle function and health, including as an epigenetic transducer of the adaptive response to exercise. In this review, we aim to synthesize the latest findings in this field to highlight: (1) the shifting understanding of the genomic localization of altered DNA methylation in response to acute and chronic aerobic and resistance exercise in skeletal muscle (e.g., promoter, gene bodies, enhancers, intergenic regions, un-annotated regions, and genome-wide methylation); (2) how these global/re…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
One type of epigenetic modification is genomic DNA methylation, which is induced by smoking, and both are associated with male infertility. In this study, the relationship between smoking and CHD5 gene methylation and semen parameters in infertile men was determined. After the MS-PCR of blood in 224 samples, 103 infertile patients (62 smokers and 41 non-smokers) and 121 fertile men, methylation level changes between groups and the effect of methylation and smoking on infertility and semen parameters in infertile men were determined. The results showed that there is a significant difference in …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA cytosine methylation is a principal epigenetic mechanism underlying transcription during development and aging. Growing evidence suggests that DNA methylation plays a critical role in brain function, including neurogenesis, neuronal differentiation, synaptogenesis, learning, and memory. However, the mechanisms underlying aberrant DNA methylation in neurodegenerative diseases remain unclear. In this review, we provide an overview of the contribution of 5-methycytosine (5mC) and 5-hydroxylcytosine (5hmC) to brain development and aging, with a focus on the roles of dynamic 5mC and 5hmC change…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Myasthenia gravis (MG) is a common neuromuscular junction disorder and autoimmune disease mediated by several antibodies. Several studies have shown that genetic factors play an important role in MG pathogenesis. To gain insight into the epigenetic factors affecting MG, we report here genome-scale DNA methylation profiles of MG. DNA was extracted from eight MG patients and four healthy controls for genome-wide DNA methylation analysis using the Illumina HumanMethylation 850K BeadChip. Verification of pyrosequencing was conducted based on differential methylation positions. Subsequently, C2C12 …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUNDS: HLA-B*58:01 allele was strongly associated with allopurinol induced severe cutaneous adverse drug reaction (SCAR). However, HLA-B genotype is not sufficient to predict the occurrence of allopurinol-induced SCAR.
OBJECTIVE: To discover DNA methylation markers for allopurinol-induced SCAR which may improve the prediction accuracy of genetic testing.
STUDY DESIGN: The study was designed as a retrospective case-control clinical study in multicenter hospitals across Taiwan, Mainland China, Malaysia and Canada. 125 cases of allopurinol-induced SCAR patients and 139 cases of allopurino…
Многоцентровое исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aging is traditionally thought to be caused by complex and interacting factors such as DNA methylation. The traditional formula of DNA methylation aging is based on linear models and little work has explored the effectiveness of neural networks, which can learn non-linear relationships. DNA methylation data typically consists of hundreds of thousands of feature space and a much less number of biological samples. This leads to overfitting and a poor generalization of neural networks. We propose Correlation Pre-Filtered Neural Network (CPFNN) that uses Spearman Correlation to pre-filter the inpu…
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Schizophrenia (SCZ) is a debilitating disease with a complex genetic cause in which age at onset may reflect genetic vulnerability. Though there has been some association between genetic polymorphisms and age of onset, there has been little exploration of the role of epigenetic processes. We sought to explore the influence of DNA methylation, a key epigenetic mechanism, and its association with the age of onset of illness.
METHODS: One hundred thirty-eight participants aged 18-75 years and previously diagnosed with SCZ spectrum disorders by the Structured Clinical Interview for the…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Epigenetic alterations, such as promoter hypermethylation, may drive cancer through tumor suppressor gene inactivation. However, we have limited ability to differentiate driver DNA methylation (DNAme) changes from passenger events. We developed DNAme driver inference-MethSig-accounting for the varying stochastic hypermethylation rate across the genome and between samples. We applied MethSig to bisulfite sequencing data of chronic lymphocytic leukemia (CLL), multiple myeloma, ductal carcinoma in situ, glioblastoma, and to methylation array data across 18 tumor types in TCGA. MethSig resulted in…
СтатьяРандомизированное исследованиеПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования