The structurally dynamic amyloidogenic protein α-synuclein (αS) is universally recognized as a key player in Parkinson's disease (PD). Copper, which acts as a neuronal signaling agent, is also an effector of αS structure, aggregation, and localization in vivo. In humans, αS is known to carry an acetyl group on the starting methionine residue, capping the N-terminal free amine which was a known high-affinity CuII binding site. We now report the first detailed characterization data using electron paramagnetic resonance (EPR) spectroscopy to describe the CuII coordination modes of N-terminally ac
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prion diseases are caused by mutations at different positions of the prion protein. A large number of pathogenic mutations are reported in the literature. Two of such point mutations T193I and R148H located at two different helical strands (H2 and H1) of the prion protein associated with fCJD (familial Creutzfeld-Jacob disease) are studied. We have used classical molecular dynamics (MD) simulation technique to understand the conformational changes and dynamics of the protein under the effect of mutation and compared with the native prion protein. The results indicate that: both mutated forms a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The formation of nonfibrillar oligomers has been proposed as a common element of the aggregation pathway of proteins and peptides associated with neurodegenerative diseases such as Alzheimer's and Creutzfeldt-Jakob disease. While fibrillar structures have long been considered indicators of diseases linked with the accumulation of amyloid plaques, it has more recently been proposed that amyloid oligomers are in fact the cytotoxic form. Here we describe the local structure and dynamics of stable oligomers formed by a peptide comprising residues 106-126 of the human prion protein (PrP). Structura
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pathogenic bacteria Neisseria meningitidis cause serious infection i.e. meningitis (infection of the brain) worldwide. Among five pathogenic serogroups, serogroup B causes life threatening illness as there is no effective vaccine available due to its poor immunogenicity. A total of 73 genes in N. meningitidis genome have identified that were proved to be essential for meningococcal disease and were considered as crucial drug targets. We targeted five of those proteins, which are known to involve in amino acid biosynthesis, for homology-based three dimensional structure determinations by MODELL
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Type 2 asparaginases, a subfamily of N-terminal nucleophile (Ntn) hydrolases, are activated by limited proteolysis. This activation yields a heterodimer and a loop region at the C-terminus of the α-subunit is released. Since this region is unresolved in all type 2 asparaginase crystal structures but is close to the active site residues, we explored this loop region in six members of the type 2 asparaginase family using homology modeling. As the loop model for the childhood cancer-relevant protease Taspase1 differed from the other members, Taspase1 activation as well as the conformation and dyn
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Structural and dynamical characterization of proteins is of central importance in understanding the mechanisms underlying their biological functions. Site-directed spin labeling (SDSL) combined with continuous-wave electron paramagnetic resonance (CW EPR) spectroscopy has shown the capability of providing this information with site-specific resolution under physiological conditions for proteins of any degree of complexity, including those associated with membranes. This chapter introduces methods commonly employed for SDSL and describes selected CW EPR-based methods that can be applied to (1)
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Low-weight amyloid-β (Aβ) oligomers formed at early stages of oligomerization rather than fibril assemblies seem to be the toxic components that drive neurodegeneration in Alzheimer's disease. Unfortunately, detailed knowledge of the structure of these early oligomers at the residue level is not yet available. In this study, we performed all-atom explicit solvent molecular dynamics simulations to examine the oligomerization process of Aβ10-35 monomers when forming dimers, trimers, tetramers and octamers, with four independent simulations of a total simulated time of 3 μs for each oligomer syst
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fibrillar aggregation of the protein ataxin-3 is linked to the inherited neurodegenerative disorder Spinocerebellar ataxia type 3, a member of the polyQ expansion disease family. We previously reported that aggregation and stability of the nonpathological form of ataxin-3, carrying an unexpanded polyQ tract, are modulated by its N-terminal Josephin domain. It was also shown that expanded ataxin-3 aggregates via a two-stage mechanism initially involving Josephin self-association, followed by a polyQ-dependent step. Despite this recent progress, however, the exact mechanism of ataxin-3 fibriliza
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
β-Galactosidase (β-Gal) as dietary supplement has the ability to alleviate symptoms of lactose intolerance. This study investigated the ability of oligosaccharides to protect β-Gal against heat stress. Four kinds of oligosaccharides including Isomalto-oligosaccharides (IMO), Xylo-oligosaccharides (XOS), Konjac-oligosaccharides (KOS), and Mycose significantly increased the activity retention of β-Gal under heat treatment. The results of three assays including circular dichroism, fluorescence, and Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) illustrated that these oligosaccharides could stabil
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
HapR is a TetR-family transcriptional regulator that controls quorum sensing in Vibrio cholerae, the causative agent of cholera. HapR regulates the expression of hemagglutinin protease, virulence and biofilm genes. The crystal structure of wild-type HapR from V. cholerae strain O1 El Tor C6706 has previously been solved. In this study, the structure of a DNA-binding-deficient variant of HapR (HapRV2) derived from the protease-deficient V. cholerae serotype O37 strain V2 is reported. The structure reveals no structural differences compared with wild-type HapR. However, structural alignment of H
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
β-lactamases are bacterial enzymes that confer resistance to β-lactam antibiotics, such as penicillins and cephalosporins. There are four classes of β-lactamase enzymes, each with characteristic sequence and structure properties. Enzymes from class A are the most common and have been well characterized across the family; however, less is known about how physicochemical properties vary across the C and D families. In this report, we compare the dynamical properties of four AmpC (class C) β-lactamases using our distance constraint model (DCM). The DCM reliably predicts thermodynamic and mechanic
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lipocalins are a family of diverse low molecular weight proteins that act extracellularly. They use multiple recognition properties that include 1) ligand binding to small hydrophobic molecules, 2) macromolecular complexation with other soluble macromolecules, and 3) binding to specific cell surface receptors to deliver cargo. Tear lipocalin (TLC) is a major protein in tears and has a large ligand-binding cavity that allows the lipocalin to bind an extensive and diverse set of lipophilic molecules. TLC can also bind to macromolecules, including the tear proteins lactoferin and lysozyme. The re
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The solution structure of BmKalphaTx11 presented by this paper is distinctive from any other structures of wide-type scorpion alpha-toxins reported so far, for its trans-9,10 peptide bond conformation is accompanied by 'protruding' topology of the 'NC-domain'. The orientation of the C-tail of BmKalphaTx11 is obviously different from that of classical alpha-toxins (e.g., AaH2, BmK-M8), despite the fact that they share common trans conformation of peptide bond between residues 9 and 10. Accordingly, there must be other structural factors dominating the orientation of the C-tail except the confor
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human alpha-Synuclein (alphaSyn) is a natively unfolded protein whose aggregation into amyloid fibrils is involved in the pathology of Parkinson disease. A full comprehension of the structure and dynamics of early intermediates leading to the aggregated states is an unsolved problem of essential importance to researchers attempting to decipher the molecular mechanisms of alphaSyn aggregation and formation of fibrils. Traditional bulk techniques used so far to solve this problem point to a direct correlation between alphaSyn's unique conformational properties and its propensity to aggregate, bu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The molecular organization and functional activity of porins isolated from the outer membrane (OM) of the Yersinia enterocolitica and three phylogenetically close nonpathogenic Yersinia species (Y. intermedia, Y. kristensenii, and Y. frederiksenii) cultured at 6-8 degrees C were comparatively studied for the first time. The proteins were isolated in two molecular forms (trimeric and monomeric), and their spatial structures were characterized by the methods of optical spectroscopy, CD and intrinsic protein fluorescence. The studied porins were shown to belong to the beta-structural proteins (th
Сравнительное исследованиеАннотация на английскомСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Allelic mutations, predominantly missense ones, of the α-l-iduronidase (IDUA) gene cause mucopolysaccharidosis type I (MPS I), which exhibits heterogeneous phenotypes. These phenotypes are basically classified into severe, intermediate, and attenuated types. We previously examined the structural changes in IDUA due to MPS I by homology modeling, but the reliability was limited because of the low sequence identity. In this study, we built new structural models of mutant IDUAs due to 57 amino acid substitutions that had been identified in 27 severe, 1 severe-intermediate, 13 intermediate, 1 atte
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the past few years, the double PHD fingers 3 (DPF3) protein isoforms (DPF3b and DPF3a) have been identified as new amyloidogenic intrinsically disordered proteins (IDPs). Although such discovery is coherent and promising in light of their involvement in proteinopathies, their amyloidogenic pathway remains largely unexplored. As environmental variations in pH and ionic strength are relevant to DPF3 pathophysiological landscape, we therefore enquired the effect of these physicochemical parameters on the protein structural and prone-to-aggregation properties, by focusing on the more disordered
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The attachment of ubiquitin (Ub) and the Ub-like (Ubl) molecule interferon-stimulated gene 15 (ISG15) to cellular proteins mediates important innate antiviral responses. Ovarian tumor (OTU) domain proteases from nairoviruses and arteriviruses were recently found to remove these molecules from host proteins, which inhibits Ub and ISG15-dependent antiviral pathways. This contrasts with the Ub-specific activity of known eukaryotic OTU-domain proteases. Here we describe crystal structures of a viral OTU domain from the highly pathogenic Crimean-Congo haemorrhagic fever virus (CCHFV) bound to Ub an
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Constitutional heterozygous inactivating mutations in the neurofibromatosis 2 (NF2) tumor suppressor gene cause the autosomal dominant disease NF2, and biallelic inactivating somatic NF2 mutations are found in a high proportion of unilateral sporadic vestibular schwannoma (USVS) and sporadic meningioma. We surveyed the distributions of constitutional NF2 mutations in 823 NF2 families, 278 somatic NF2 mutations in USVS, and 208 somatic NF2 mutations in sporadic meningioma. Based on the available NF2 mutation data, the most dominant influence on the spectra of mutations in exons 1-15 are C>T tra
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The correct folding of proteins is a prerequisite for their biological functions, but the secret of protein folding is still not fully understood. Recently, a new theory of protein folding was proposed: the Confined Lowest Energy Fragment (CLEF) hypothesis, which can explain protein folding experiments well. According to the CLEF hypothesis, all proteins can be divided into independent folding units (CLEF fragments), which can even refold into their native conformation via suitable nanoparticle (NP)-peptide interactions. This opens the door to creating artificial proteins by restoring the nati
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования