Hepatitis delta virus (HDV) replication relies on the production of distinct viral RNA species, including genomic (HDV-G), antigenomic (HDV-AG) and mRNAs (HDV mRNAs), which differ in abundance and function. However, the lack of sensitive and quantitative approaches allowing their simultaneous discrimination has limited the precise analysis of HDV RNA dynamics, particularly under antiviral conditions. Here, we combined nascent RNA and RNA stability assays with a novel reverse transcription digital droplet PCR (RT-ddPCR) approach enabling strand-specific quantification of HDV RNAs. Using this me…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Long non-coding RNAs (lncRNAs) are involved in various regulatory processes during muscle development. Our previous RNA-seq study identified LNC_003296 as being significantly differentially expressed between ovariectomized Small-tailed Han sheep (OR-STH) and their non-ovariectomized counterparts (STH). Through biotinylated RNA pull-down assays and RNA immunoprecipitation (RIP), we further demonstrated that LNC_003296 directly interacts with Hsp70. Protein stability and degradation experiments revealed that LNC_003296 enhances the protein stability of Hsp70. Overexpression of either LNC_003296
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Heterogeneity in cancer gene expression is typically linked to genetic and epigenetic alterations, yet the extent of contribution from posttranscriptional regulation remains unclear. Here, we systematically measured messenger RNA (mRNA) dynamics across diverse breast cancer models, revealing that mRNA stability substantially shapes gene expression variability. To decipher these dynamics, we developed GreyHound, an interpretable multimodal deep-learning framework integrating RNA sequence features and RNA binding protein (RBP) expression. GreyHound identified an extensive network of RBPs and the…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ferroptosis is a non-apoptotic cell death mechanism characterized by the generation of lipid peroxides. While many effectors in the ferropto … early activation of a strong alternative splice program before observed changes in transcription. mRNA stability analysis revealed divergent mRNA stability changes in cellular response to Erastin or RSL3. Importantly, codon optimality biases were drastically different in either condition. Our data also implicated translation repression and rate as an important …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In Arabidopsis, the nucleotidyl transferase UTP: RNA URIDYLYLTRANSFERASE (URT1) has been identified as a key mediator of mRNA uridylation and metabolic regulation. While its biochemical function in RNA modification has been established, the physiological relevance of URT1 across different developmental stages remains poorly understood. This study revealed that URT1 exhibits genetic interactions similar to those of EXORIBONUCLEASE 4 (XRN4) during developmental transitions, particularly at the globular embryo stage and during seedling establishment. Simultaneous dysfunction of URT1 and the SUPER
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene expression profiling is widely used as a measure of the protein output of cells. However, it is becoming more evident that there are multiple layers of post-transcriptional gene regulation that greatly impact protein output (Battle et al., Science 347:664-667, 2014; Khan et al., Science 342:1100-1104, 2013; Vogel et al., Mol Syst Biol 6:400, 2010). Alternative splicing (AS) impacts the expression of protein coding genes in several ways. Firstly, AS increases exponentially the coding-capacity of genes generating multiple transcripts from the same genomic sequence. Secondly, alternatively s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
α-Synucleinopathies are devastating neurodegenerative diseases characterized by pathological accumulation of a neuronal protein, α-synuclein (αSyn). Lowering soluble αSyn levels is a promising therapeutic strategy to limit aggregation and neurotoxicity, but directly targeting this protein is hindered by its intrinsically disordered structure and other factors, such as its conformational heterogeneity and intracellular drug delivery barriers. Consequently, increasing attention has been directed toward targeting the SNCA transcript, which encodes αSyn. Here, we developed phosphorodiamidate morph
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chagas disease (CD) is a neglected tropical disease caused by the flagellate protozoan Trypanosoma cruzi, representing a major socioeconomic … ples stored for up to 120 days and in samples from patients with CD, allowing direct comparison of mRNA stability over time. Samples preserved with guanidine-EDTA showed Ct values that were 4 to 5 cycles lower for all targets analyzed and demonstrated greater RNA stability over time. Taken together, these findings demonstrate that guanidine-EDTA robustly preser …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The 3' untranslated regions (UTRs) of Ebola virus (EBOV) mRNAs are enriched in their AU content and therefore represent potential targets for RNA binding proteins targeting AU-rich elements (ARE-BPs). ARE-BPs are known to fine-tune RNA turnover and translational activity. We identified putative AREs within EBOV mRNA 3' UTRs and assessed whether they might modulate mRNA stability. Using mammalian and zebrafish embryo reporter assays, we show a conserved, ARE-BP-mediated stabilizing effect and increased reporter activity with the tested EBOV 3' UTRs. When coexpressed with the prototypic ARE-BP t…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A solid-phase DNA-encoded library (DEL) was studied for binding the RNA repeat expansion r(CUG)exp, the causative agent of the most common form of adult-onset muscular dystrophy, myotonic dystrophy type 1 (DM1). A variety of uncharged and novel RNA binders were identified to selectively bind r(CUG)exp by using a two-color flow cytometry screen. The cellular activity of one binder was augmented by attaching it with a module that directly cleaves r(CUG)exp. In DM1 patient-derived muscle cells, the compound specifically bound r(CUG)exp and allele-specifically eliminated r(CUG)exp, improving disea
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Coronaviruses and arenaviruses encode evolutionarily related DEDDh-family 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domains, which support the replication of their RNA genomes and evasion of the host's antiviral immunity. Here, we report comparative biochemical analyses of SARS-CoV-2 and Lassa virus (LASV) ExoN, which show that the two enzymes have distinct characteristics despite structural conservation and their shared preference for double-stranded RNA (dsRNA) substrates. SARS-CoV-2 nsp14/10 exhibits a highly processive behavior and tends to remove many nucleotides upon each binding event. B
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacterial adaptation to stress involves changes in transcription and messenger RNA (mRNA) degradation. In Escherichia coli, the Nudix hydrolase RppH initiates mRNA degradation by removing pyrophosphate from mRNA 5'-ends, converting 5'-triphosphates to 5'-monophosphates. We aimed to identify the RppH homolog in the globally important pathogen Mycobacterium tuberculosis (Mtb). We identified the protein encoded by Rv3908, previously annotated as a nucleotide pool cleanser mutT4, as the predominant mycobacterial RppH. Deletion of rppHMtb increased the relative abundance of 5'-triphosphates on myri
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Excessive cobalt exposure adversely affects the nervous system, yet the underlying neurotoxic mechanisms remain largely elusive. In the present study, using human neuroblastoma H4 cells exposed to cobalt chloride (CoCl₂) as an in vitro model, we demonstrate for the first time that CoCl₂ induces widespread alterations in m7G modification in genes associated with neurodegenerative disease. MeRIP-sequencing (MeRIP-seq) analysis revealed significant remodeling of m7G modification features, including sequence motifs, genomic distribution, and peak densities following CoCl₂ exposure. Differentially
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Conventional single-stranded antisense oligonucleotides (ASOs) work by directly binding target mRNA, which limits their use to genes that need to be silenced without affecting healthy cells. To address this limitation and achieve conditional gene silencing specifically within target cells, we developed. This system activates its RNA-cleaving function only upon binding to a specific biomarker nucleic acid sequence followed by RNase H-dependent cleavage of the targeted RNA. Under cell-free conditions, ARC showed 3-fold greater RNA cleavage efficiency in the presence of the biomarker as compared
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The life cycle of Plasmodium falciparum is characterized by complex regulatory changes that allow adaptation of the parasites to different environmental conditions, which are especially pronounced during transmission between the mammalian host and the insect vector. Previous studies have shown that P. falciparum uses three types of ribosomal RNAs (rRNA A, S1, and S2 types) at different stages of its life cycle. We used Oxford Nanopore Technologies direct RNA sequencing to investigate the dynamics of rRNA usage throughout the parasite's intraerythrocytic development, as well as in salivary glan
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcriptome analyses have revealed that convergent gene transcription can produce many 3'-overlapping mRNAs in diverse organisms. Few studies have examined the fate of 3'-complementary mRNAs in double-stranded RNA-dependent nuclear phenomena, and nothing is known about the cytoplasmic destiny of 3'-overlapping messengers or their impact on gene expression. Here, we demonstrate that the complementary tails of 3'-overlapping mRNAs can interact in the cytoplasm and promote post-transcriptional regulatory events including no-go decay (NGD) in Saccharomyces cerevisiae. Genome-wide experiments con
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
During infection with human cytomegalovirus (HCMV), the viral long non-coding RNA RNA2.7 becomes the most abundant polyadenylated transcript … ed for this activity. Our findings reveal how RNA2.7 promotes viral replication by modulating host mRNA stability and enforcing cell-cycle arrest, creating favorable conditions for infection.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Induction of RNA degradation in infected cells is a strategy used by many viruses to promote efficient replication. Vaccinia virus, the prototype poxvirus and the vaccine platform for smallpox and mpox, encodes two decapping enzymes to accelerate mRNA and double-stranded RNA (dsRNA) degradation during infection, through functional coordination with host cell RNA exonuclease. Previous studies have largely focused on RNA degradation as a mechanism for regulating viral gene expression and evading innate immune sensing. Here, we show that impaired RNA degradation in vaccinia virus-infected cells,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene regulation requires coordinated control of RNA synthesis and degradation, yet measuring RNA turnover across intact tissues remains chal … ng to identify sequence features and post-transcriptional regulators that shape transcriptome-wide mRNA stability across spatial and cellular contexts in the mouse brain. Together, this integrated 'in vivo timescope' framework provides a spatially resolved view of RNA turnover kinetics and reveals the regulatory architecture of RNA stability in vivo.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The SARS-CoV-2 pandemic has caused a global health crisis due to its high pathogenicity. The SARS-Unique Domain (SUD) in the non-structural … id not unfold G4; instead, it stabilized the G4 conformation, suggesting a role in modulating viral RNA stability and translation. SAXS revealed that G4 binds to a surface groove formed by the N- and C-termini of SUD, enhancing its conformational stability. MD simulations identified key interaction sites and confirmed the induced-fit binding mechanism. These fi …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования