4,4'-Diaminobenzophenone (DABP) is an emerging aromatic amine-benzophenone environmental contaminant with potential neurotoxic risk, while its molecular mechanisms remain insufficiently defined. Using an integrative framework combining network toxicology, machine learning-based target prioritization, molecular docking, in vitro neurotoxicity assays, and transcriptomic-metabolomic profiling, we systematically characterized the neurotoxic effects of DABP. Network analysis revealed prominent perturbations in mitogen-activated protein kinase (MAPK), phosphatidylinositol 3-kinase-protein kinase (PI
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microorganisms within the tumor microenvironment represent an important but still underexplored dimension of cancer biology, influencing genomic stability, immune responses, metabolism, and therapeutic efficacy. Although recent findings underscore the significance of the tumor microbiome, distinguishing causal "drivers" from non-functional "passengers" remains a major challenge, particularly in the context of extremely low microbial biomass and high contamination risk. Advances in next-generation sequencing, single-cell genomics, and spatial transcriptomics are now transforming the field, enab
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The past decade of multi-omics studies revealed perturbations in genetic, epigenetic, transcriptomic, proteomic, and metabolic networks in Alzheimer's disease (AD) detected in brain, cerebrospinal fluid (CSF), and blood biospecimens. Interactions among these networks and environmental factors are thought to contribute to risk and progression of this neurodegenerative dementia. Understanding the molecular and environmental risk in AD across all populations is essential in the development of cures and biomarkers for this complex disease. While most molecular studies to date have focused on popul
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Integrating multi-omics data provides valuable insights into biological processes by capturing information across multiple molecular layers, enabling a comprehensive understanding of complex diseases and driving advancements in precision medicine. However, existing computational methods for multi-omics integration face significant challenges, such as low reliability and poor generalizability, due to the high dimensionality and low sample size nature of omics data.
RESULTS: To address these challenges, we present PEARL (Pearson-Enhanced spectrAl gRaph convoLutional networks), a nov
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE OF REVIEW: People with HIV (PWH) are increasingly susceptible to excess weight gain and obesity after initiation of antiretroviral therapy. However, there is substantial variation in individual weight gain that is difficult to predict with clinical factors alone. We review emerging methods in machine learning and multi-omics that address the biology and prediction of weight gain and weight-associated conditions, persistent challenges, and future directions.
RECENT FINDINGS: PWH continue to have increasing burden of excess weight gain and obesity. Obesity has a complex pathophysiology
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alzheimer's disease (AD) is a multifactorial neurodegenerative condition in which accumulating genetic and molecular evidence implicates dysregulation of peripheral immune processes in disease pathogenesis. Nevertheless, the contribution of distinct peripheral immune cell subsets and associated gene regulatory landscapes to AD risk remains incompletely defined. To address this gap, we integrated single-cell expression quantitative trait loci (sc‑eQTL) data from the OneK1K cohort with AD GWAS summary statistics. We systematically interrogated immune cell-specific genes for their contributions t
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Apolipoprotein E (APOE) ε4 is the strongest genetic risk factor for Alzheimer's disease (AD). However, it is known that other pathways independent of APOE also play a role in AD. Disentangling APOE-dependent and independent effects is instrumental for understanding the biology of AD. We conducted an APOE-stratified multi-omic analysis in multiple large datasets to identify AD-associated plasma proteins and metabolites. More than 64% of the identified proteins were not found in non-APOE stratified studies, and 17% of the proteins showed APOE-specific trends. Mitochondrial dysfunction was associ
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Primary cardiac tumors are rare, whereas cardiac metastases are more common forms of cardiac involvement in patients with advanced malignancies; both are clinically important because of their potential cardiovascular consequences. This review summarizes current evidence on the immune microenvironment, immune-evasion mechanisms, immunotherapeutic opportunities, multi-omics-based immune decoding, and cardiovascular toxicity in cardiac tumors and cardiac metastases. Cardiac myxoma is discussed as a benign primary cardiac tumor with inflammatory, cytokine-mediated, metabolic, and candidate immune-
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Inflammatory bowel disease (IBD) care now relies on an expanding portfolio of biologics and small molecules, yet symptom-driven phenotyping often misses molecular endotypes, contributing to primary non-response and loss of response. This review examines how gut microbiota-centered multi-omics can be translated into decision support within treat-to-target (T2T) management and therapeutic drug monitoring (TDM). We synthesize evidence from stool and mucosal metagenomics/metatranscriptomics, virome and bacteriophage signals, metabolomics, blood proteomics, and host transcriptomic/epigenomic and ge
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Di(2-ethylhexyl) phthalate (DEHP) is pervasive in agroecosystems; however, species-specific toxic mechanisms in soil detritivores remain unresolved. Here, we investigated cross-level mechanisms of DEHP toxicity in two earthworm's species, Eisenia foetida and Metaphire guillelmi, using an integrative framework combining histopathology, residue analysis, transcriptomics and metabolomics. DEHP induced significant tissue injury in both species, with more pronounced lesions observed in M. guillelmi. Although M. guillelmi exhibited slightly lower DEHP residues than E. foetida, it showed stronger mol
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell optimization objective and trade-off inference (SCOOTI) is a computational framework that integrates bulk and single-cell omics data with genome-scale metabolic modeling to infer metabolic objectives and trade-offs in biological systems. Here, we present a protocol for installing and running SCOOTI, using transcriptomics, proteomics, and metabolomics data to constrain metabolic models. We describe steps to interpret metabolic priorities across different cell states or conditions through clustering, dimensionality reduction, and trade-off analysis.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human gut microbiome is a complex and constantly evolving community of trillions of microorganisms that are crucial to various aspects of health and disease. It impacts digestion, metabolism, immune function, neurological processes, and vulnerability to illnesses. Recent technological advancements in biology and engineering have transformed microbiome research, allowing for more detailed analysis of microbial composition, functions, and interactions with the host. This review offers a thorough overview of both current and emerging methods for studying the gut microbiome, including sample c
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Eriocheir sinensis (Chinese mitten crab) is a key economic species in China's freshwater aquaculture industry. Individual body size is a critical trait that determines both market price and production profitability. Large-sized crabs exhibit substantial commercial advantages; however, the underlying molecular mechanisms regulating size formation remain poorly understood. In this study, we conducted an integrative multi-omics analysis combining whole-transcriptome data (mRNA, miRNA, and lncRNA) and untargeted metabolomics across two aquaculture cohorts (cohort2023 and cohort2024). Our results r
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fruits of Rosa acicularis are recognized for their high nutritional value owing to accumulation of diverse bioactive metabolites. However, the physiological processes and regulatory mechanisms underlying quality formation remain incompletely understood. In this study, developmental changes in fruit quality were assessed across four stages: the mature green stage (MGS), breaker stage (BS), maturity stage (MS), and ripening stage (RS), using morphological, physicochemical, and antioxidant analyses. To further elucidate the molecular regulatory basis of ripening, three representative stages (MGS,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proteomics by mass spectrometry has rapidly matured from a niche method into a standard tool. The recent 10-year trajectory of single-cell proteomics has opened a new biological dimension for studying disease. Mitochondrial diseases, with their pronounced cell-to-cell heterogeneity, are particularly, well-suited to these methods. Here, we discuss how this approach can serve as an orthogonal functional layer for rare disease diagnostics. We trace the evolution of rare disease diagnostics from biochemical enzyme assays through genomics, transcriptomics, proteomics and metabolomics, highlighting
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Abiotic stresses often occur concurrently with global changes, especially the combination of salt stress and elevated CO2 concentration ([CO2]) is a common phenomenon in salt-affected soils throughout the world. The synergistic regulatory mechanisms of tobacco (Nicotiana tabacum L.) plants in response to combined salt stress and elevated [CO2] are still poorly understood. This study aimed to reveal the potential mechanisms of elevated [CO2] modulating leaf photosynthesis of tobacco plants subjected to salt stress by integrating physiological, transcriptional, and metabolomics analyses. The res
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sepsis is a complex systemic inflammatory syndrome that currently lacks stable and specific biomarkers. Multi-omics integration combined with machine learning and single-cell analysis offers new approaches for elucidating molecular mechanisms and nominating candidate regulators for further validation. Establish an integrated analytical framework combining transcriptomics, proteomics, metabolomics, and single-cell transcriptomics to identify sepsis-associated candidates and generate testable hypotheses for downstream mechanistic and translational studies. A multi-omics integrative framework was
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sepsis is a life-threatening condition caused by a dysregulated immune response, often leading to organ failure and death. Diagnosis and therapy remain challenging. This study aimed to identify biomarkers for sepsis through multi-omics analysis and experimental validation. A total of 1,166 samples from the GEO repository underwent differential analysis, WGCNA, and logistic regression to identify sepsis-associated features. After SVM-RFE screening, a 28-gene signature distinguishing sepsis from healthy controls achieved an AUC of 0.970 (sensitivity 0.939, specificity 1.000) in an independent co
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Sepsis, a life-threatening inflammatory syndrome with incompletely understood genetic mechanisms, necessitates identification of pathogenic proteins to advance precision medicine. This study integrated Mendelian randomization (MR) and multi-omics analyses to systematically investigate causal proteins and their regulatory mechanisms in sepsis.
METHODS: We employed a multi-step framework combining two-sample MR, expression validation, immune infiltration analysis, single-cell RNA sequencing and mediation analysis. Exposure variables included cis-protein quantitative trait loci (cis-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Patients with chronic kidney disease (CKD) frequently experience constipation, often linked to gut microbiota disruptions. We hypothesized that constipation is not merely a comorbidity but a driver of adverse outcomes through a specific host-microbial metabolic axis. Employing a multi-cohort design for evidence triangulation, we first employed a large U.S. database and mortality data up to 31 December 2019 to investigate the association between constipation and overall mortality in patients with CKD using weighted Cox proportional hazards models. To explore potential microbial and metabolic me
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования