BACKGROUND: Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) exhibits profound molecular heterogeneity and poor prognosis, necessitating novel tailored therapies. The basal and classical subtypes - driven by glycolysis versus lipid metabolism - have distinct prognostic implications warranting further characterization of their underlying transcriptional mechanisms. METHODS: Using spatial RNA sequencing we mapped PDAC molecular subtype heterogeneity, capturing spatially-resolved gene expression signatures and generating a comprehensive high-resolution dataset of 42,035 spatial spots. Subtype assignments
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Little is known as to whether there may be a patogenetic continuum among subsets of lung neuroendocrine neoplasms (NENs), including both neuroendocrine tumors (NETs) and neuroendocrine carcinomas (NECs). In this study, transcriptomic data from 205 pulmonary NETs and NECs were collected from four publicly available datasets and analyzed through supervised clustering of a curated 20-gene signature dealing with neuroendocrine differentiation, key oncogenic pathways, chromatin remodeling genes, and lineage-specific transcription factors. Two major clusters were identified, PNEN-A and PNEN-B. Compa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mitochondrial regulators are increasingly recognized for their influence on immune signaling within the tumor microenvironment (TME). In glioma, where immunosuppression limits therapeutic efficacy, we investigate how targeting the mitochondrial protein MIRO1 alters the TME. We combine single-nucleus RNA sequencing of murine gliomas treated in vivo with an MIRO1-binding compound and bulk RNA sequencing of human glioma resections treated with the same compound ex vivo. Cross-species transcriptomic integration reveals an MIRO1-responsive program in the TME. Among shared targets, we identify PARP1
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA profiling is an established method for cancer treatment selection, while RNA profiling remains investigational. We explored associations between DNA and RNA alterations and between the number of genes with altered expression and overall survival (OS) using patient data from IMPACT2 (NCT02152254), a randomized study evaluating molecular profiling for guiding cancer therapy across tumor types. Molecular profiling, including DNA next-generation sequencing, was performed on all 829 patients in the IMPACT2 study. RNA profiling was performed by Tempus for 253 of 829 patients. We evaluated the co
СтатьяРандомизированное исследованиеПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
IntroductionColorectal cancer (CRC) is a common malignancy characterized by high recurrence rates and frequent late-stage diagnoses, highlighting the need for reliable prognostic biomarkers. Despite the existence of several multi-gene prognostic models, these often fail to account for individual molecular heterogeneity and the influence of neuromodulatory pathways. The Axon Guidance pathway, a critical regulator of the nervous system, has been implicated in tumor progression; however, its prognostic significance in CRC remains largely unexplored.MethodTo address this gap, a novel prognostic in
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Liver-associated alterations are increasingly recognized as critical contributors to breast cancer progression and systemic disease burden, yet the molecular mechanisms underlying these changes remain poorly understood. In particular, aberrant protein glycosylation has emerged as a key regulator of cancer-associated tissue remodeling and inter-organ communication. In this study, we investigated whether glycosylation-related gene expression and glycoprotein signatures in liver tissue could serve as biomarkers of breast cancer-associated hepatic alterations. We developed a medium-throughput quan
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Metastatic dissemination in triple-negative breast cancer (TNBC) arises from extensive intratumoral heterogeneity, yet the clonal and transcriptional programs that underlie invasive behavior remain poorly defined. The field lacks experimental systems capable of simultaneously tracking the clonal identity and transcriptional state of invasive subpopulations. Here, we apply a clonal lineage-tracing platform coupled with single-cell RNA sequencing to resolve how subpopulations contribute to invasion in a model of TNBC. We demonstrate that invasion is driven by a subset of recurrent clones, indica
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To explore the effects of icaritin on pancreatic cancer cell proliferation and the mechanisms underlying cell death.
METHODS: Transcriptomic and lipidomic analyses were performed on the pancreatic cancer cell lines pancreatic carcinoma 1 (PANC-1) and ascites of the pancreas carcinoma 1 (ASPC1) treated with icaritin (0, 25 µ, mol/L) to profile global gene expression and lipid metabolism alterations. Key cholesterol biosynthesis genes were validated via quantitative reverse transcription polymerase chain reaction and Western blot. Additionally, cell viability was assessed using lumin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Osteoarthritis is one of the chronic diseases with a high incidence. CircRNA is a circular non-coding RNA. Studies show that CircRNA is closely relevant to the pathogenesis of OA chondrocytes. However, the specific principle is still unclear.
PATIENTS AND METHODS: 38 patients with OA tissues and 38 patients with normal knee cartilage in our hospital were selected, respectively. The mRNA expression levels of CircVCAN were measured by quantificational real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR). Cell proliferation was detected by the Cell Counting Kit (CCK8). Cell cycle and apoptos
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Docetaxel resistance represents a major therapeutic challenge in advanced prostate cancer. Despite extensive studies on drug efflux, apoptosis, and metabolic adaptation, the specific cellular states and molecular determinants that sustain resistance remain poorly understood.
METHODS: To delineate the cellular basis of chemoresistance, we integrated bulk RNA sequencing of docetaxel-resistant prostate cancer models with single-cell transcriptomic data from patient tumors. Resistance-associated gene signatures were projected onto a single-cell atlas to identify docetaxel-resistant as
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Breast carcinoma (BRCA) involves multiple molecular markers, including epithelial-mesenchymal transition (EMT), which induce cell migration. However, the specific impact of long non-coding RNAs (lncRNAs) on EMT in BRCA remains uncertain. In this study, a prognostic model was constructed using EMT-associated lncRNAs (EALs), with utilization of integrative machine learning algorithms. The optimal model consisted of 15 EALs, with an AUC of 0.89 at 5 years, showing its potential as a plausible biomarker for BRCA. Among high-risk individuals, a significant increase in pathways linked to the preserv
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Everolimus, an mTORC1 inhibitor, is approved for treating pancreatic and lung neuroendocrine tumors (NETs), yet acquired resistance limits its long-term efficacy. The molecular mechanisms underlying resistance and potential strategies to overcome it remain poorly defined. RNA sequencing was performed in everolimus-sensitive and everolimus-resistant QGP-1 pancreatic NET cells (QS and QR, respectively) to identify transcriptional changes associated with everolimus resistance. Key differentially expressed genes were validated in QGP-1, H727 lung NET cells, and patient-derived Pa-NET cells using R
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To investigate the contribution of endoplasmic reticulum (ER) stress to the progression of thyroid cancer (TC) and to construct a prognostic gene signature.
METHODS: Differential expression analysis was performed on 572 samples from The Cancer Genome Atlas (TCGA). ER stress-related genes (ERSGs) were obtained from the GeneCards database. Overlap analysis revealed 178 differentially expressed ERSGs. Least absolute shrinkage and selection operator (LASSO) regression and multivariate Cox regression were used to construct a prognostic risk model. The model was validated in a test set (
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent advances in our understanding of the molecular landscape of meningioma have generated new insights into the biology and heterogeneity of this disease, with demonstrated clinical value. However, there remains a need to understand tumor-intrinsic heterogeneity at single-cell resolution to inform potential therapeutic avenues. In this study, we examined the breadth of cell types and states in meningioma using a large cohort profiled with single-nuclear RNA sequencing and high-resolution spatial transcriptomics, as well as bulk DNA methylation and RNA sequencing (n = 712), bulk proteomics (
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Postoperative survival in early-stage lung adenocarcinoma (LUAD) remains heterogeneous. Reliable prognostic biomarkers are needed to refine recurrence-risk stratification and guide individualized care. METHODS: We integrated transcriptomic profiles from 274 stage I LUAD tumors and 637 normal lung tissues across three public datasets—Genotype-Tissue Expression (GTEx), The Cancer Genome Atlas (TCGA), and Gene Expression Omnibus (GEO)—to identify differentially expressed genes (DEGs) with functional enrichment analyses. Findings were validated in an independent institutional cohort of
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Tumor-associated nerves have recently emerged as an understudied key regulator of cancer biology. However, its quantification using histological or transcriptomic approaches is challenging because their small diameters hinder reliable detection and their cell bodies that hold most mRNA reside outside the tumor. This study evaluated a Schwann cell (SC)-related transcriptomic score as a surrogate for tumor-associated nerves in tumors from triple-negative breast cancer (TNBC) patients.
METHODS: Transcriptomic and clinical data from three independent TNBC cohorts, TCGA (n = 170), METABRI
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mitochondria regulate cellular metabolism, signaling, and cell fate, yet the biological significance of coordinated mitochondrial genome transcription in lower-grade glioma (LGG) remains unclear. We integrated transcriptomic and clinical data from the TCGA and CGGA cohorts to investigate expression of the 13 mitochondrial DNA-encoded protein-coding genes (mtPCGs). Elevated expression of all mtPCGs was consistently associated with favorable molecular subtypes and prolonged overall survival (OS). Transcriptome-wide correlation and Gene Ontology analyses revealed a coordinated program enriched fo
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIM: Colorectal cancer (CRC) is a widespread health issue that attains high mortality. The adaptor protein SH3BP2 amplification results in metabolic changes, oxidative stress, NK cell activity, and inflammation. The NK cells are capable of destroying tumor cells without prior activation, help prevent metastasis, and have prognostic value. Targeting SH3BP2 to regulate NK cell activity in the TME could enhance CRC-based immunotherapy.
MATERIALS AND METHODS: The cancer hallmark tool helps in understanding SH3BP2 hallmark annotation. Utilizing the STRING tool and the KEGG pathway, protein functio
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
G2/M checkpoint and P53 pathway are essential in regulating the cell cycle and proliferation of cells, which is related to the progress of tumors. Here, we carried out an integrative analysis of the prognostic genes of these pathways in gastric cancer (GC) and thus developed a molecular subtype. We identified prognostic differential expression genes (PDEGs) of G2/M checkpoint and P53 pathways between normal and tumor tissue in TCGA-STAD and developed a molecular subtype based on PDEGs. Meanwhile, the clinical significance of the molecular subtype was further explored. In addition, a comprehens
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Pediatric acute myeloid leukemia (pAML) is comprised of a diverse set of oncogenic drivers (ODs) that have been risk-stratified to inform prognosis and therapeutic decision-making. Despite proteomic, transcriptomic, genetic, and epigenetic characterization of the pAML landscape, questions still remain about why certain ODs have poorer prognoses than others.
METHODS: We analyze a large pAML bulk-RNA dataset (n = 435) and organize ODs along an axis of transcriptomic diversity by calculating the Simpson Diversity Index (SDI) of individual ODs.
RESULTS: When comparing patients with l
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования