BACKGROUND: Pancreatic cancer (PC) is marked by extensive heterogeneity, posing significant challenges to effective treatment. The tumor microenvironment (TME), particularly cancer-associated fibroblasts (CAFs), plays a critical role in driving PC progression. However, the prognostic and functional contributions of distinct CAF subtypes remain inadequately understood. Here, we introduce a novel 7-gene risk model that not only robustly stratifies PC patients but also unveils the unique role of PHLDA1 as a key mediator in tumor-stroma crosstalk.
METHODS: By integrating single-cell RNA sequencin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Oxidative stress plays a crucial role in cancer progression and tumor immune microenvironment (TIME) modulation. However, its impact on thyroid cancer (THCA) subtypes and prognosis remains unclear. This study aimed to identify oxidative stress-related subgroups and construct a prognostic gene signature to enhance personalized treatment strategies in THCA. Using consensus clustering analysis, we categorized TCGA-THCA patients into two subgroups based on oxidative stress-related genes (OSRGs) expression. Cluster 1 had a poorer prognosis, higher BRAF mutation rates, and a suppressive TIME with fe
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Breast cancer is the most common cancer among women, and metastasis to the lung is associated with poor prognosis. Reliable biomarkers for predicting lung metastasis are urgently needed to improve early detection and clinical decision-making. This study used microarray data sets comprising gene expression profiles and clinical data from primary breast cancer patients who were followed up for lung metastasis outcomes. High-throughput screening combined with Venn diagram analysis was used to identify common candidate probes, and the least absolute shrinkage and selection operator method were use
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Notch pathway regulates the homeostasis and tumorigenesis of gastrointestinal epithelium. Given its roles in cancer stem cell capacity and cancer immunity, we hypothesized that Notch activation can predict poor prognosis and resistance to immune checkpoint inhibitors (ICIs) in gastrointestinal adenocarcinoma (GIAC). The mRNA expression and genomic alterations of Notch pathway were characterized in esophagus (ESAD), stomach (STAD), colon (COAD), or rectum (READ) adenocarcinomas from The Cancer Genome Atlas (TCGA) dataset. The prognostic model (mRNA-score) was constructed using the TCGA data
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multiple myeloma (MM) is an incurable hematologic malignancy with high heterogeneity and poor prognosis. Lactylation, a novel post-translational modification, drives tumor progression and immune dysregulation, yet its prognostic value in MM remains uncharacterized. To explore the prognostic value of lactylation-related genes in multiple myeloma, our study aims to construct and validate a lactylation-related multigene signature, which can provide integrated prognostic stratification, immune landscape profiling, and therapeutic guidance for MM patients. This study integrated 1,417 MM patients (8
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Skin cutaneous melanoma (SKCM) is a common malignant skin cancer with high mortality and recurrence rates. Although the mRNA vaccine is a promising strategy for cancer treatment, its application against SKCM remains confusing. In this study, we employed computational bioinformatics analysis to explore SKCM-associated antigens for an mRNA vaccine and suitable populations for vaccination.
METHODS: Gene expression and clinical data were retrieved from GEO and TCGA. The differential expression levels and prognostic index of selected antigens were computed via GEPIA2,while genetic al
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prognostic transcriptomic signatures for prostate cancer (PCa) often overlook the cellular origin of expression changes, an important consideration given the heterogeneity of the disorder. Current clinicopathological factors inadequately predict biochemical recurrence, a critical indicator guiding post-treatment strategies following radical prostatectomy. To address this, we conducted a meta-analysis of four large-scale PCa datasets and found 33 previously reported PCa-associated genes to be consistently up-regulated in prostate tumours. By analysing single-cell RNA-sequencing data, we found t
СтатьяМетаанализПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Glucocorticoid receptor (GR) has been implicated in prostate carcinoma and possibly involved in cancer growth and progression. Therefore, in this study, we examined whether the genes involved in cell proliferation regulation were induced by cortisol in androgen-independent human prostate cancer DU145 cells. Gene expression profiling of the DU145 cell pathway was conducted using the RT2 Profile PCR Array System, quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction, and immunoblot analysis. These analyses demonstrated that the expression level of Period 1 (PER1), a gene associated with a
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MicroRNA (miRNA) dysregulation is implicated in testicular germ cell tumor (TGCT) pathogenesis. Here, we characterized miRNA expression profiles across TGCT histologic subtypes using miRNA-sequencing on 43 formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue samples (31 primary, 12 metastases) from 29 patients to identify diagnostic markers and their regulatory functions. From 20 seminomas (SEM), 14 non-seminomatous germ cell tumors (N-SEM), and 9 teratomas, we profiled a total of 2606 miRNAs. Compared to teratomas, 154 miRNAs (targeting 657 genes) were enriched in SEM, and 141 miRNAs (targeting 358
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Current clinical staging of prostate cancer (PCa) using the tumor-node-metastasis (TNM) system and serum biomarkers remains limited in distinguishing locally advanced (T3b) PCa from organ-confined (T2c) disease.
AIMS: Building on our previous biomarker discovery in differentiating PCa from that of benign prostatic hyperplasia, this study pioneers a radiotranscriptomic model to distinguish T3b stage PCa from T2c stage PCa by integrating contrast-enhanced ultrasound (CEUS) radiomics with stage-specific transcriptomic signatures, addressing a critical knowledge gap in precision stagi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bladder cancer (BLCA) continues to be a significant cause of cancer mortality in the urinary tract, with therapeutic resistance representing a major barrier to improving patient outcomes. Within the tumor microenvironment (TME), cancer-associated fibroblasts (CAFs) are pivotal drivers of BLCA progression, contributing to immune evasion and therapy resistance. This study leverages single-cell analysis to delineate CAF subclusters and explore the immune characteristics of CAFs-based BLCA classification.
MATERIALS AND METHODS: Signal-cell RNA sequencing (scRNA-seq) datasets were used
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To identify genetic markers that can predict the prognosis of bladder carcinoma (BC) patients using single-cell RNA sequencing (scRNA-seq). The RNA-seq data for BC were obtained from the GSA-Human database (HRA000212). Quality control and normalization were performed using the Seurat package, followed by identification of highly variable genes. Cell clustering and annotation were based on these genes. Functional enrichment analyses (GO and KEGG) were conducted, along with cell-cell communication and trajectory analysis. Prognostic modeling was performed using LASSO-Cox regression, with Receive
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is the most common type of RCC. Apoptosis, pyroptosis, and necroptosis are key regulatory processes in carcinogenesis. Accumulating evidence indicated significant crosstalk among three forms of cell death, which is termed as the PANoptosis. However, the connection between PANoptosis and ccRCC remains uncertain. Here, we utilized the TCGA and GEO database to explore distinct PANoptosis patterns based on 62 PANoptosis genes and investigated the clinical, biological, and immune cell infiltration characteristics of PANoptosis patterns. Then, we identified pr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Peritoneal metastasis (PM) is a lethal complication of advanced gastric cancer (GC), yet the stromal microenvironment driving PM remains incompletely understood. Using single-cell RNA sequencing, we profiled the stromal landscape of paired primary GC and PM tissues, identifying ten distinct carcinoma-associated fibroblast (CAF) subpopulations with diverse tissue-specific enrichment and functions. Among these, microfibril-associated protein 5-expressing CAFs (MFAP5+ CAFs) were specifically enriched in PM tissues, exhibiting a mesenchymal, pro-metastatic phenotype. Trajectory analysis revealed a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Brain metastasis (BM) is a prevalent prognostic event in the development of lung adenocarcinoma (LUAD) with a poor prognosis. Alterations in gene or protein expression during various phases of BM remain unclear.
METHODS: We performed gene expression and pathway analyses using a metastasis-related gene panel on 12 lung tissues from patients with confirmed BM, 12 lung tissues from patients without BM, and 12 matched brain tissues from patients with confirmed BM during follow-up after LUAD surgery. The results of the gene expression analysis were validated by immunohistochemistry.
R
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Breast cancer is one of the leading causes of cancer deaths in women. Early diagnosis offers the best hope for a cure. Ductal carcinoma in situ is considered a precursor of invasive ductal carcinoma of the breast. In this study, we carried out microRNA sequencing from 7 ductal carcinoma in situ (DCIS), 6 infiltrating ductal carcinomas (IDC Stage IIA) with paired normal, and 5 unpaired normal breast tissue samples.
METHODS: We have deployed miRge for microRNA analysis, DESeq for differential expression analysis, and Cytoscape for competing endogenous RNA network investigation.
RES
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Dedicated gene signatures in small (SD-iCCA) and large (LD-iCCA) duct type intrahepatic cholangiocarcinoma remain unknown. We performed immune profiling in SD- and LD-iCCA to identify novel biomarker candidates for personalized medicine.
METHODS: Retrospectively, 19 iCCA patients with either SD-iCCA (n = 10, median age, 63.1 years (45-86); men, 4) or LD-iCCA (n = 9, median age, 69.7 years (62-85); men, 5)) were included. All patients were diagnosed and histologically confirmed between 04/2009 and 01/2021. Tumor tissue samples were processed for differential expression profiling using
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION AND OBJECTIVE: Due to the high heterogeneity of HCC, which leads to poor prognostic outcomes for patients, there is a need to develop a novel predictive model for accurate classification of HCC in order to improve patient survival rates.
MATERIALS AND METHODS: The data of the HCV, cirrhosis, and HCC were obtained from TCGA and GEO databases. Multivariable Cox regression analysis and survival analysis was conducted to assess the prognostic relevance of these differentially expressed genes. Single-cell sequencing was used to explore the intercellular interaction patterns and identi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) is a very important process involved in cancer invasion and metastasis. Additionally, the Cathepsin K (CTSK) gene is closely related to the degradation of the extracellular matrix, which is a critical component of the EMT. The purpose of this study was to determine the relationships between EMT-related genes and immune cell infiltration and their prognostic value in Thyroid carcinoma (THCA). The effect of the CTSK gene on the aggressive biological features of THCA was assessed.
METHODS: Within the framework of the present study, the THCA
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Laryngeal cancer is a malignant tumor that originates from the mucous membrane of the larynx. Currently, the specific involvement mechanism of copper death in laryngeal cancer patients has not been deeply studied.
OBJECTIVE: This study aims to explore the molecular characteristics and clinical survival significance of copper death-related genes in laryngeal cancer.
METHODS: Relevant transcriptomes and clinical data were retrieved and downloaded from the GEO database. Differential expression genes related to laryngeal cancer and copper death were selected, and the immune function,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования