Alphaviruses are positive-sense, single-stranded RNA viruses that assemble into striking double-icosahedral particles. During budding, the nucleocapsid core forms in the cytoplasm and adopts a T = 4 icosahedral symmetry, a hallmark characteristic of Alphaviruses. Here, we combine structural, evolutionary, and phylogenetic analyses to identify the amino acids most likely to govern capsomer formation (pentamers and hexamers) and core organization. We find a small network of residues associated with capsid protein-protein and capsomer-capsomer interactions is highly conserved in present-day old-w
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Genetic mutations have proven to be the epicenters of cancer and disease progression. Traditional WXS sequencing and BLOSUM scoring can be used to infer the evolutionary conservation of amino acid substitutions, though these approaches are not informed by probable base pair sequence changes. Within gene mutation analysis, most tools focus on amino acid conservation or codon switching independently, limiting their ability to contextualize observed mutations against stochastic mutational processes. In the clinical setting, variants of unspecified significance remain difficult to inte
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tembusu virus (TMUV) is an avian orthoflavivirus responsible for severe egg-drop syndrome, inflicting substantial economic losses on the poultry industry in China and Southeast Asia. TMUV exhibits zoonotic potential and has diversified into distinct phylogenetic clusters; however, the phenotypic consequences of this genetic divergence remain poorly characterized. This study systematically evaluated the mammalian pathogenicity in mice and the vector competence in Culex quinquefasciatus mosquitoes of five TMUV isolates representing major clusters (clusters 2.1.1, 2.1.2, 2.2, 3.1, and 3.2). Resul
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human gut microbiome comprises a diverse community of bacteria whose interactions with the host range from beneficial mutualism to opportunistic pathogenicity. These interactions are shaped by genomic plasticity and ecological pressures that influence whether microbes support host health, remain conditionally harmless, or contribute to disease. Understanding the mechanisms underlying these shifts is essential for clarifying the balance between cooperation and pathogenicity within the gut ecosystem. This review explores the genomic and evolutionary mechanisms that shape microbial adaptation
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Actinobacteria are a diverse and heterogeneous group of bacteria with complex taxonomy that produce most of the natural products used in medicine. Although comparative genomic studies of Nocardia species have been reported, comprehensive species-level analyses integrating phylogenomics, pangenome structure, and biosynthetic gene cluster distribution in N. brasiliensis remain limited. In this study, we performed phylogenomic orthology inference, analyzed pangenome composition, and evaluated the potential of Nocardia brasiliensis as a source of secondary metabolites using comparative genomics. F
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multiple sequence alignments (MSAs) have been traditionally used for making inferences about site-specific diversity in proteins. Recent advancements in the field of artificial intelligence have highlighted the potential of protein language models (pLMs) to capture similar protein properties. Unlike MSAs, pLMs can make inferences from single sequences, without the need for a set of aligned sequences. In this study, we introduce a variation of the Context-Dependent Entropy metric, based on pLM embeddings instead of MSA input, to assess protein site conservation and variability. We test this met
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Many genes encoding chromatin proteins are subject to evolutionary selection driving reproductive fitness. In mice and men, the H3f4 / H3-4 gene encoding the histone H3.4 variant (formerly known as H3t) is essential to spermatogenesis. Here we define the evolutionary origin and molecular-physiological roles of sequence variation in H3f4 for male germ cell development in mice. Our phylogenetic analyses indicate that eutherian H3f4 orthologs originate from an ancestral H3.2 gene existing prior to the divergence of eutherian and marsupial mammals over 100 million years ago. Positioned in small hi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pseudotaxus chienii, the only species in the genus Pseudotaxus, is closely related to Taxus genus. Whether P. chienii can produce paclitaxel has long remained controversial. Here, we present a chromosome-level, haplotype-resolved genome of P. chienii, with each haplotype ( ~ 15.4 Gb) exhibiting high continuity and completeness. We identify a structurally conserved yet physically dispersed genomic region, termed the Taxane Biosynthetic Archipelago (TBA), containing three biosynthetic gene clusters and collinear core genes essential for taxane biosynthesis. Integrative transcriptomic, metabolite
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The sleepy cod (Oxyeleotris lineolata Steindachner 1867) is a valuable freshwater teleost with male-biased growth dimorphism, making sex control breeding vital for aquaculture. We generated a high-quality chromosome-level genome assembly (⁓985.07 Mb) using PacBio HiFi and Hi-C sequencing, with 99.31% sequences anchored to 23 chromosomes (contig N50: 14.73 Mb; scaffold N50: 42.32 Mb). BUSCO assessment showed 98.1% completeness, with 25,933 protein-coding genes and 42.21% repetitive elements annotated. Phylogenetic analysis indicated closest affinity to Gobiidae (Boleophthalmus pectinirostris, P
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Whether evolutionary innovation predisposes genes to pathogenic variation is a fundamental question in evolutionary medicine. RBP domain family diversity correlates with neural complexity across metazoans via vertebrate-specific domain expansions. Here, we tested whether such expanded RBP domains harbor elevated pathogenic variant burden relative to evolutionarily conserved domains. We classified 2961 human RBP-encoding genes into expanded (n = 25 genes, 8 Pfam domains; vertebrate/invertebrate gene count ratio ≥ 3.0) and non-expanded control (n = 231 genes, 89 Pfam domains) groups, and integra
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Simian foamy viruses (SFVs) are ancient retroviruses that co-evolve with nonhuman primates (NHPs), although genomic data from Asian and African monkeys are limited. We report the characterization of three new SFV colobine genomes from two Asian species (Trachypithecus francoisi (Tfr) and Pygathrix nemaeus (Pne)) and one African monkey (Colobus guereza, Cgu), obtained via metagenomics analysis of peripheral blood leukocyte tissue culture isolates. Genomic analyses found conserved structural, enzymatic, and auxiliary genes flanked by long terminal repeats, with all major transcriptional and stru
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Syncytins are envelope proteins of retroviral origin that have been evolutionarily co-opted to play essential roles in placental biology. Primarily recognized for mediating the fusion of cytotrophoblasts into the syncytiotrophoblast, a multinucleated epithelium, critical for nutrient transport and maternal-fetal immune tolerance. Syncytins also contribute to broader aspects of placental development through diverse mechanistic pathways. This review focuses on the evolutionary origins and functional mechanisms of Syncytin-1 (encoded by HERV-W) and Syncytin-2 (encoded by HERV-FRD) in orchestratin
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transposons are powerful drivers of genome evolution, but we lack a clear understanding of how these selfish genetic elements evolve and co-evolve with their hosts. Here, we develop a new general model of transposon-host co-evolution that incorporates key details of transposon and host biology. Our model reveals that the way that transposons replicate is critical for their evolutionary prognosis. Publicly-replicating transposons (such as DNA transposons), which cooperatively share their replication machinery, are predicted to be self-limiting. However, privately-replicating transposons (such a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The recent outbreak of the Monkeypox (Mpox) virus has raised significant concerns. First identified in 1958, Monkeypox virus (MPXV) belongs to the Orthopoxvirus genus, sharing similarities with the Smallpox virus. It is a zoonotic disease mainly harboured by rodents and transmitted through direct interaction with infected animals, respiratory droplets, contaminated materials, or body fluids and from mother to child during pregnancy. The MPXV has a brick-shaped lipoprotein envelope, usually containing conserved genes essential for viral replication and variable genes that influence pathogenicit
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
HIV-1 integrase (IN) strand transfer inhibitors (INSTIs) are central to modern antiretroviral therapy (ART) because of their high potency and durable effect on viral suppression. However, drug resistance mutations (DRMs) within HIV-1 IN emerge, which can compromise long-term treatment efficacy. Many distinct DRMs that arise under INSTI therapy have been extensively tabulated in public repositories and literature. However, the timelines over which they emerge, accumulate, and consolidate in patients have not been systematically integrated across clinical and experimental studies. In this review
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The generic-level classification of the bee tribe Megachilini (Megachilidae) has remained controversial due to poor phylogenetic resolution at the base of the group, particularly among the brood parasitic genera and the numerous dauber ("Chalicodoma s. l.") lineages. We present a phylogenomic analysis of Megachilini based on ultraconserved elements (UCEs), sampling 52 ingroup taxa with emphasis on the dauber lineages. We also present a combined UCE + six-gene analysis to improve taxon coverage, resulting in a dataset with 127 ingroup taxa. Maximum likelihood, coalescent, and Bayesian analyses
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antimicrobial resistance (AMR) is a substantial and growing global health burden. Understanding, and predicting, its evolution in specific pathogens will help responses across scales from individual patient cases to large-scale policy. Here, we use global data on AMR features, predicted from 47k Klebsiella pneumoniae genomes, with hypercubic transition path sampling to infer the evolutionary pathways by which AMR features in K. pneumoniae (KpAMR) are acquired across 102 countries, territories, and areas. We identify "globally consistent" evolutionary behaviors that hold across countries, and "
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The convergence of antimicrobial resistance and hypervirulence in high-risk Klebsiella pneumoniae clones represents a major public health threat. However, evolutionary mechanisms enabling specific lineages to achieve pandemic dominance remain unclear. In this study, we integrated pangenomics and network analysis across 1,010 complete genomes from 38 countries. Species-wide dynamics revealed an extremely open pangenome (α = 0.59). In contrast, the dominant ST11 lineage, representing 30% of isolates, exhibited extremely low within-lineage phylogenetic diversity, consistent with a recent clonal e
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
SUMMARYHelicobacter pylori infection is the strongest known risk factor for gastric cancer, a leading cause of cancer-related deaths worldwide. There is marked global geographic variation in both the incidence of gastric cancer and genetic features of H. pylori strains. Geographic diversity among H. pylori strains can be linked to ancestral human migrations and subsequent H. pylori evolution within human population groups. In this review, we discuss how geographic diversity among H. pylori strains is an important factor contributing to geographic variations in gastric cancer incidence. We focu
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neisseria meningitidis serogroup W (MenW) clonal complex 11 isolates are a major worldwide cause of invasive meningococcal disease. This lineage has exhibited significant plasticity with multiple evolutionary events occurring during international and national spread. Phase variation is a major mechanism for the modulation of surface antigen expression including for FetA, a major immunogenic meningococcal antigen. Alterations in switching rates occur due to changes in the repeat numbers of phase-variable genes. Analysis of 1521 MenW:cc11 carriage and disease isolates detected evidence of ongoin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования