A binding-induced DNA assembly (BINDA) strategy is able to covert target-binding to amplifiable DNA assembly, thereby extending advances in DNA amplification to the detection of other non-amplifiable molecules. We describe here the concept of solid phase BINDA and demonstrate an approach of detecting proteins using affinity capture of the specific proteins on magnetic beads followed by BINDA. The antibody-coated magnetic beads are first introduced to capture target proteins from sample solutions. The unbound components are removed by washing. Two affinity probes, each conjugated to a DNA motif
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In our previous study (Kawashima et al., Biol Reprod 2009; 80: 1293-1304), we suggested that the first cycle of spermatogenesis recovered from busulfan-induced temporary arrest was a good model system to analyze the proteins expressed at the specific stages of spermatogenesis in the mouse, and this has been confirmed in the present paper. Namely, six-week-old mice were injected with busulfan at 20 mg/kg body weight. The germ cells except for the undifferentiated spermatogonia disappeared by 32 days after injection. The surviving spermatogonia started to proliferate, and spermatogenesis was ent
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
TIS11D is an AU-rich element binding protein that is involved in RNA metabolism and definitive hematopoiesis. Although disruption of genes related to hematopoiesis often leads to the development of leukemia and lymphoma, the involvement of TIS11D in hematological malignancies remains to be determined. In the present study, we identified a heterozygous frameshift mutation (I373fsX91) in the carboxy-terminus of the TIS11D gene in leukemic cells from a patient with acute myeloid leukemia. Moreover, biallelic inactivation of the TIS11D gene resulting from a hemizygous frameshift mutation (G107fsX8
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We investigated the expression and promoter methylation of dbpA in human hepatocellular carcinoma (HCC) and examined their correlation with clinicopathological features. In 96 paired samples of HCC and adjacent non-tumorous liver, and 10 normal liver specimens, dbpA mRNA was quantified by real-time RT-PCR, and promoter methylation was examined by methylation-specific polymerase chain reaction and bisulfite sequencing. The results showed that dbpA mRNA expression levels were higher in HCC compared to corresponding non-tumor tissues (P<0.01) and higher in non-virus-associated HCC compared to vir
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Effective control of the Ca(2+) homeostasis in any living cell is paramount to coordinate some of the most essential physiological processes, including cell division, morphological differentiation, and intercellular communication. Therefore, effective homeostatic mechanisms have evolved to maintain the intracellular Ca(2+) concentration at physiologically adequate levels, as well as to regulate the spatial and temporal dynamics of Ca(2+)signaling at subcellular resolution. Members of the superfamily of EF-hand Ca(2+)-binding proteins are effective to either attenuate intracellular Ca(2+) trans
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Penicillin-binding proteins (PBPs) are well known and validated targets for antibacterial therapy. The most important clinically used inhibitors of PBPs β-lactams inhibit transpeptidase activity of PBPs by forming a covalent penicilloyl-enzyme complex that blocks the normal transpeptidation reaction; this finally results in bacterial death. In some resistant bacteria the resistance is acquired by active-site distortion of PBPs, which lowers their acylation efficiency for β-lactams. To address this problem we focused our attention to discovery of novel noncovalent inhibitors of PBPs
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tetracycline antibiotics and their degradation products appear in medically treated tissues, food, soil, and manure sludge in the environment. In the context of protein interactions with various tetracyclines we performed crystal structure analyses of the tetracycline repressor in complex with weak or noninducing tetracycline derivatives. Isotetracyclines are degradation products of tetracyclines, which occur under physiological conditions. The typical framework of the antibiotic is irreversibly broken at the BC-ring connection, leading to a modified orientation of the AB to the new C*D ring f
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
FK506-binding protein 51 (FKBP51) is an immunophilin with isomerase activity, which performs important biological functions in the cell. It has recently been involved in the apoptosis resistance of malignant melanoma. The aim of this study was to investigate the possible role of FKBP51 in the control of response to ionizing radiation (Rx) in malignant melanoma. FKBP51-silenced cells showed reduced clonogenic potential after irradiation compared with non-silenced cells. After Rx, we observed apoptosis in FKBP51-silenced cells and autophagy in non-silenced cells. The FKBP51-controlled radioresis
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Penicillin-binding protein 5 (PBP 5) of Escherichia coli is a membrane-bound cell wall dd-carboxypeptidase, localized in the outer leaflet of the cytosolic membrane of this Gram-negative bacterium. Not only is it the most abundant PBP of E. coli, but it is as well a target for penicillins and is the most studied of the PBP enzymes. PBP 5, as a representative peripheral membrane protein, is anchored to the cytoplasmic membrane by the 21 amino acids of its C-terminus. Although the importance of this terminus as a membrane anchor is well recognized, the structure of this anchor was previously unk
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: IgA nephropathy (IgAN), the most common glomerulonephritis worldwide, is characterized by mesangial deposits containing predominantly IgA. IgAN commonly occurs or exacerbates after upper respiratory tract infections such as streptococcal pharyngitis. Certain group A streptococci express M proteins with IgA-binding regions (IgA-BRs). We have previously shown that these IgA-BRs co-localize with mesangial IgA in IgAN.
METHODS: Blood samples from patients with IgAN (n = 21) and age-matched controls (n = 83) were assayed by ELISA to detect an IgG antibody response to the IgA-BRs of the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Endocytosed cholesterol must be transferred from the environment (e.g., low-density lipoproteins) via the lysosomal system to the rest of the cell. In Niemann-Pick type C disease, this process fails. In a recent issue of Cell, Kwon et al. (2009) suggest how this transpires mechanistically by crystallizing a domain of a protein defective in this syndrome.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We have determined high-resolution apo crystal structures of two low molecular weight penicillin-binding proteins (PBPs), PBP4 and PBP5, from Haemophilus influenzae, one of the most frequently found pathogens in the upper respiratory tract of children. Novel beta-lactams with notable antimicrobial activity have been designed, and crystal structures of PBP4 complexed with ampicillin and two of the novel molecules have also been determined. Comparing the apo form with those of the complexes, we find that the drugs disturb the PBP4 structure and weaken X-ray diffraction, to very different extents
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The effects of La3+ on the unfolded protein response signaling pathways were investigated in human hepatoblastoma HepG2 cells. Our data showed that La3+ could induce unfolded protein response in HepG2 cells, including a significant increase of BiP/GRP78 level, which is an important ER residential chaperone and an ER stress hallmark, in a concentration and time-dependent manner, UPR transducer IRE1 phosphorylation and splicing activation IRE1 downstream substrate XBP1 mRNA. By using La3+-affinity chromatography, the possible cellular target of La3+ leading to UPR events was shown to be the ER r
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA methylation is an epigenetic modification that is implicated in transcriptional silencing. It is becoming increasingly clear that both correct levels and proper interpretation of DNA methylation are important for normal development and function of many organisms, including humans. In this review we focus on recent advances in understanding how proteins that bind to methylated DNA recognize their binding sites and translate the DNA methylation signal into functional states of chromatin. Although the function of methyl-CpG binding proteins in transcriptional repression has been attributed to
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fascioliasis causes important economic losses in ruminant species all over the world. Its control is largely based on the use of the flukicidal compound triclabendazole (TCBZ). However, its chemically related benzimidazole anthelmintic albendazole (ABZ) is being successfully used to control TCBZ-resistance flukes. This research gains some insights into the comparative molecular behaviour of both anthelmintics within the target fluke. The goals of the current work were: (i) to assess the competitive binding of ABZ and TCBZ to cytosolic proteins of F. hepatica, and (ii) to evaluate the enantiose
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acyloxyacyl hydrolase (AOAH) is an eukaryotic lipase that partially deacylates and detoxifies Gram-negative bacterial lipopolysaccharides and lipooligosaccharides (LPSs or LOSs, endotoxin) within intact cells and inflammatory fluids. In cell lysates or as purified enzyme, in contrast, detergent is required for AOAH to act on LPS or LOS (Erwin, A. L., and Munford, R. S. (1990) J. Biol. Chem. 265, 16444-16449 and Katz, S. S., Weinrauch, Y., Munford, R. S., Elsbach, P., and Weiss, J. (1999) J. Biol. Chem. 274, 36579-36584). We speculated that the sequential interactions of endotoxin (E) with endo
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Phospholipid-binding proteins in the male genital tract are characterized by differing numbers Fn-2 modules (B-domain) carrying N-terminal extensions (A-domain) of variable length. In the stallion, three different proteins were identified, SP-1, SP-2, and EQ-12. SP-1 and SP-2 of the AA'BB'- and ABB'-type, respectively, are major proteins of the seminal plasma. Here we report the cDNA sequences of SP-1, and of a new member of the SP-2 family (SPnew) and the partial characterization of their iso- and glycoforms. The phosphorylcholine (PC)-binding ability of the long Fn-2 protein, EQ-12, with fou
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To investigate the interferon alpha regulation mechanisms by screening binding proteins of interferon alpha promoter by phage display.
METHODS: PCR product of interferon-alpha promoter was incubated with a phage display cDNA library that expressed a library of human liver proteins on the surface of bacteriophage T7. Unbound phages were washed off and the phages bound to the interferon alpha promoter were amplified. Positive plaques were amplified by PCR and cloned into a pGEM-Teasy vector in order to perform DNA sequence analysis and subsequent computer blasting analysis.
RESULTS:
Аннотация на английскомСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Covalent nucleophile-electrophile interactions have been established to be important for recognition of substrates by several enzymes. Here, we employed an electrophilic amidino phosphonate ester (EP1) to study the nucleophilic reactivity of the following proteins: albumin, soluble epidermal growth factor receptor (sEGFR), soluble CD4 (sCD4), calmodulin, casein, alpha-lactalbumin, ovalbumin, soybean trypsin inhibitor and HIV-1 gp120. Except for soybean trypsin inhibitor and alpha-lactalbumin, these proteins formed adducts with EP1 that were not dissociated by denaturing treatments. Despite the
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The thermodynamic parameters underlying the binding of six volatile general anesthetics to the hydrophobic core of the four-alpha-helix bundle (Aalpha(2)-L38M)(2) are determined using isothermal titration calorimetry. Chloroform, bromoform, trichloroethylene, benzene, desflurane and fluroxene are shown to bind to the four-alpha-helix bundle with dissociation constants of 880+/-10, 90+/-5, 200+/-10, 900+/-30, 220+/-10 and 790+/-40 microM, respectively. The measured dissociation constants for the binding of the six general anesthetics to the four-alpha-helix bundle (Aalpha(2)-L38M)(2) correlate
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования