Gene duplication, followed by neofunctionalization, is a key mechanism driving the emergence of evolutionary novelties. Despite its significance, the molecular and functional processes underlying this phenomenon remain incompletely understood. By tracing the evolutionary history of cysteine-S-conjugate beta-lyase genes within the kynurenine aminotransferase family, we identified a gene duplication event in parasitoid wasps of the Chalcidoidea superfamily. Notably, a single-copy, highly conserved mitochondria-localized physiological gene underwent a significant duplication, resulting in one cop
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Over time, populations of Apis cerana across diverse geographical regions have undergone distinct phenotypic adaptations in response to varied climates, arising from prolonged natural evolutionary processes. Understanding the molecular genetic underpinnings and the implications of climate change on the adaptive evolution of A. cerana is crucial for its conservation amidst environmental shifts. Here, we conducted a comprehensive analysis of 110 bee individuals sourced from 11 regions at comparable temperatures, environments, and altitudes. A total of 525.56 Gb of filter-trimmed sequencing data
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Emerging zoonotic infectious diseases, predominantly caused by viruses, pose increasing public health threats globally. Rodents and shrews are natural hosts for a variety of zoonotic viruses. Guangzhou is one of China's most densely populated cities and experiences frequent international and domestic population movements, making it a hotspot for infectious diseases. This study reports the metatranscriptomics virome of 208 rodents and shrews collected between June 2023 and December 2024 from four main urban areas (Tianhe, Baiyun, Liwan, Yuexiu) and five non-main urban areas (Zengcheng, Huadu, C
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA-based evolutionary comparisons of regulatory genomic elements enable insight into functional changes driven in cis, partially overcoming tissue inaccessibility. Here, we harnessed adult and fetal cortex single-cell ATAC-seq datasets to uncover DNA substitutions specific to the human and human-ancestral lineages within apes. We found that fetal microglia identity is evolutionarily divergent in all lineages, whereas other cell types are conserved. Using multiomic datasets, we further identified genes linked to multiple lineage-divergent gene regulatory elements and implicated biological path
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Evidence indicates that transposable elements (TEs) can contribute to the evolution of new traits, with some TEs acting as deleterious elements while others are repurposed for beneficial roles in evolution. In mammals, some KRAB-ZNF proteins can serve as a key defense mechanism to repress TEs, offering genomic protection. Notably, the family of KRAB-ZNF genes evolves rapidly and exhibits diverse expression patterns in primate brains, where some TEs, including autonomous LINE-1 and non-autonomous Alu and SVA elements, remain mobile. This prompts questions about their interactions in primate bra
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The epidemiological situation in Poland for IBV GII (formerly known as D1466) has seemed stable over the years, but an increase in such infections has been recently reported. In this study, genetic characterization of the representatives of this genotype was performed in order to determine whether the new epidemic wave of GII IBV was responsible for changes in this status quo. Genotyping based on the complete S1 coding region of eight Polish IBV field strains from 2011 to 2021 confirmed that they belonged to genotype II, with two of them clustered in the two previously identified GII-1 and GII
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To be successful, a virus must maintain high between-host transmissibility while also effectively adapting within hosts. The impact of these potentially conflicting demands on viral genetic diversity and adaptation remains largely unexplored. These modes of adaptation can induce uncorrelated selection, bring mutations that enhance certain fitness aspects at the expense of others to high freqency, and contribute to the maintenance of genetic variation. The vast wealth of SARS-CoV-2 genetic data gathered from within and across hosts offers an unparalleled opportunity to test the above hypothesis
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mammals are critical reservoirs of human infectious diseases and the spillover of viruses is related to climate conditions. We conducted meta-transcriptomic sequencing of 226 mammals (bats, rodents, hedgehogs, and shrews) representing 20 species collected across eight cities in south China between 2018 and 2024. Samples included internal organs, oropharyngeal and anal swabs, and feces. We identified 63 vertebrate-associated viruses, including 34 novel viruses. Phylogenetic analysis revealed six viruses with potential infection risks to humans or domestic animals due to their close phylogenetic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Computational multi-scale pandemic modelling remains a major and timely challenge. Here we identify specific requirements for a new class of models simulating pandemics across three scales: (1) pathogen evolution, often punctuated by the rapid emergence of new variants, (2) human interactions within a heterogeneous population, and (3) public health responses which constrain individual actions to control the disease transmission. We then present a pandemic modelling framework satisfying these requirements and capable of simulating feedback loops between dynamics unfolding at these different sca
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Proline-Glutamate/Proline-Proline-Glutamate (PE/PPE) gene family comprises approximately 10% of the Mycobacterium tuberculosis (Mtb) genome and is characterized by GC-rich, highly repetitive sequences. As a result, these genes are usually excluded from short-read-based whole-genome sequencing analyses, leaving their sequence diversity and evolutionary dynamics poorly characterized. Recently, a genome masking approach demonstrated that roughly 54% of PE/PPE sequences are recoverable from short-read data, providing an opportunity to examine the evolution of this gene family at a population l
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Clostridioides difficile (C. difficile) ST37/RT017 is one of the most prevalent genotypes, exhibiting resistance to multiple antimicrobial agents and widespread dissemination, particularly in East Asia. However, its evolutionary history and genetic adaptation remains limited. Here, we aimed to systematically assess the genetic diversity, key evolutionary events, and potential driving forces of C. difficile ST37/RT017. RESULTS: To explored dynamic trends in the genomic characterization, diversity and changes, both phylogenetic and Bayesian evolutionary analyses revealed that the C.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The COVID-19 pandemic, caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), has significantly impacted human life safety and the global economy. The rapid mutation of the SARS-CoV-2 genome has attracted widespread attention, with almost every site in the genome experiencing single nucleotide variants (SNVs). Among these, the mutations in the spike (S) protein are of particular importance, as they play a more critical role in the virus's adaptive evolution and transmission. In this review, we summarize the phylogenetic relationships between SARS-CoV-2 and related coronaviruse
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The seasonal human influenza virus undergoes rapid evolution, leading to significant changes in circulating viral strains from year to year. These changes are typically driven by adaptive mutations, particularly in the antigenic epitopes, the regions of the viral surface protein hemagglutinin targeted by human antibodies. Here, we describe a consistent set of methods for data-driven predictive analysis of viral evolution. Our pipeline integrates four types of data: (1) sequence data of viral isolates collected on a worldwide scale, (2) epidemiological data on incidences, (3) antigenic characte
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genomic reassortment is a key driver of influenza virus evolution and a major factor in pandemic emergence, as reassorted strains can exhibit significantly altered antigenicity. However, due to technical and ethical constraints, research on reassortment patterns (RPs) has been limited, impeding effective surveillance and control strategies. To address this gap, we developed FluRPId, a framework for identifying RPs based on the genetic diversity of influenza viruses. FluRPId integrates principles of reassortment diversity maximization, dominance, and epidemiological likelihood to assess the cre
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The increasing zoonotic potential of highly pathogenic avian influenza (HPAI) H5N1 poses a growing threat to global public health. This review examines the molecular and evolutionary mechanisms facilitating H5N1 adaptation in mammalian hosts, focusing on genetic reassortment events, key mutations, and transmission dynamics. Recent mammalian spillover cases, including infections in mink, sea lions, felines, and cattle, suggest a weakening species barrier, with mutations such as PB2-E627K and HA-Q226L enhancing viral replication and host receptor binding affinity. Despite these concerning develo
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mammalian mRNAs possess an N7-methylguanosine (m7G) cap and 2'O methylation of the initiating nucleotide at their 5' end, whereas certain viral RNAs lack these characteristic features. The human antiviral restriction factor IFIT1 recognizes and binds to specific viral RNAs that lack the 5' features of host mRNAs, resulting in targeted suppression of viral RNA translation. This interaction imposes significant host-driven evolutionary pressures on viruses, and many viruses have evolved mechanisms to evade the antiviral action of human IFIT1. However, little is known about the virus-driven pressu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The evolutionary success of orb-web spiders has been attributed to the use of a liquid glue produced by the aggregate glands that coats the web's capture threads to secure prey. Remarkably, the primary protein components within these glue droplets are derived from the same family of genes, spidroins, that encode silk fibers. The complete gene sequence of the aggregate spidroins, AgSp1 and AgSp2, have been described in a few species, but the molecular variation across species is not well characterized. Here, we provide a comparative analysis of AgSp genetic diversity among thirteen orb-web and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gas-fermenting acetogens, such as Clostridium autoethanogenum, have emerged as promising biocatalysts capable of converting CO and CO2-containing gases into fuels and chemicals relevant for a circular economy. However, the functionalities of the majority of genes in acetogens remain uncharacterised, hindering the development of acetogen cell factories through targeted genetic engineering. We previously identified gene targets through adaptive laboratory evolution (ALE) that potentially realise enhanced autotrophic phenotypes in C. autoethanogenum. In this study, we deleted one of the targets-C
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cetaceans are a unique group of marine mammals that have evolved from terrestrial to fully aquatic life. During diving, they experience extreme physiological challenges, including lung collapse, limited gas exchange, and the risk of decompression-related injuries. The matrix metalloproteinase (MMP) gene family plays a central role in extracellular matrix (ECM) remodeling, vascular repair, and inflammatory responses, and is also involved in the formation and maintenance of elastic fibers-key components that contribute to lung elasticity. Enhanced lung elasticity is thought to facilitate reversi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: High-quality reference genomes are essential for comparative genomics and accurate genotype-phenotype mapping. Here, we corrected the Mycobacterium tuberculosis Erdman strain reference genome (ErdmanTI) using ultra-deep HiFi sequencing. Among the small variants (n = 275) between ErdmanTI and the current Erdman reference NC_020559.1 (ErdmanSTJ), numerous are likely errors in ErdmanSTJ. We identified a novel bias toward in-frame structural variations (SVs) in pe/ppe genes and 28 SVs between ErdmanTI and ErdmanSTJ, half representing likely errors in ErdmanSTJ. Other SVs were consisten
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования