Characterizing drug-target engagement is essential to understand how small molecules influence cellular functions. Here we present Chem-map for in situ mapping of small molecules that interact with DNA or chromatin-associated proteins, utilizing small-molecule-directed transposase Tn5 tagmentation. We demonstrate Chem-map for three distinct drug-binding modalities as follows: molecules that target a chromatin protein, a DNA secondary structure or that intercalate in DNA. We map the BET bromodomain protein-binding inhibitor JQ1 and provide interaction maps for DNA G-quadruplex structure-binding…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Super-resolution microscopy (SRM) is a prime tool to study chromatin organisation at near biomolecular resolution in the native cellular environment. With fluorescent labels DNA, chromatin-associated proteins and specific epigenetic states can be identified with high molecular specificity. The aim of this review is to introduce the field of diffraction-unlimited SRM to enable an informed selection of the most suitable SRM method for a specific chromatin-related research question. We will explain both diffraction-unlimited approaches (coordinate-targeted and stochastic-localisation-based) and l…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Plants utilize delicate mechanisms to effectively respond to changes in the availability of nutrients such as iron. The responses to iron st … e to fine-tuning iron homeostasis in plants. This review will focus on the current understanding of chromatin-based regulation on iron homeostasis in plants highlighting recent studies in Arabidopsis and rice. Understanding iron homeostasis in plants is vital, as it is not only relevant to fundamental biological questions, but also to agriculture, biofortif …
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RIPK1 is a master regulator of multiple cell death pathways, including apoptosis and necroptosis, and inflammation. Importantly, activation … clear RIPK1 mediates the phosphorylation of SMARCC2, a key component of the BAF complex, to promote chromatin remodeling and the transcription of specific proinflammatory genes. Increased nuclear RIPK1 activation and RIPK1/BAF-mediated chromatin-remodeling activity were found in cells expressing non-cleavable RIPK1, and increased enrichment of activated RIP …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The cohesin complex participates in many structural and functional aspects of genome organization. Cohesin recruitment onto chromosomes requires nucleosome-free DNA and the Scc2-Scc4 cohesin loader complex that catalyzes topological cohesin loading. Additionally, the cohesin loader facilitates promoter nucleosome clearance in a yet unknown way, and it recognizes chromatin receptors such as the RSC chromatin remodeler. Here, we explore the cohesin loader-RSC interaction. Amongst multi-pronged contacts by Scc2 and Scc4, we find that Scc4 contacts a conserved patch on the RSC ATPase motor module.…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fibrotic disease is caused by the continuous deposition of extracellular matrix by persistently activated fibroblasts (also known as myofibroblasts), even after the resolution of the injury. Using fibroblasts from porcine aortic valves cultured on hydrogels that can be softened via exposure to ultraviolet light, here we show that increased extracellular stiffness activates the fibroblasts, and that cumulative tension on the nuclear membrane and increases in the activity of histone deacetylases transform transiently activated fibroblasts into myofibroblasts displaying condensed chromatin with g…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ZFTA (C11orf95)-a gene of unknown function-partners with a variety of transcriptional coactivators in translocations that drive supratentorial ependymoma, a frequently lethal brain tumor. Understanding the function of ZFTA is key to developing therapies that inhibit these fusion proteins. Here, using a combination of transcriptomics, chromatin immunoprecipitation sequencing, and proteomics, we interrogated a series of deletion-mutant genes to identify a tripartite transformation mechanism of ZFTA-containing fusions, including: spontaneous nuclear translocation, extensive chromatin binding, and…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent technological advancements in the field of chromatin biology have rewritten the textbook on nuclear organization. We now appreciate that the folding of chromatin in the three-dimensional space (i.e. its 3D "architecture") is non-random, hierarchical, and highly complex. While 3D chromatin structure is partially encoded in the primary sequence and thereby broadly conserved across cell types and states, a substantial portion of the genome seems to be dynamic during development or in disease. Moreover, there is growing evidence that at least some of the 3D structure of chromatin is functio…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Embryofetal development is a critical process that needs a strict epigenetic control, however, perturbations in this balance might lead to t … sed in the anticonvulsants' exposure, however, the WGCNA strategy demonstrated a high enrichment of chromatin remodeling genes for the three drugs. We also identified an association of 46 genes related to Fetal Valproate Syndrome, containing SMARCA2 and SMARCA4, and nine genes to Fetal Hydantoin Syndrome, including PAX6, NEUROD1, and TSHZ1. The evaluation o …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CD8 T cell memory is characterized by rapid recall of effector function, increased proliferation, and reduced activation requirements. Despite the extensive functional characterization, the molecular mechanisms that facilitate these enhanced properties are not well characterized. In this study, the assay for transposase-accessible chromatin sequencing was employed to map the cis-regulatory elements in CD8 T cells responding to acute and chronic lymphocytic choriomeningitis virus infections. Integration of chromatin accessibility profiles with gene expression data identified unique regulatory m…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The small ubiquitin-like modifier (SUMO) is a short peptide that can be covalently linked to proteins altering their function. SUMOylation is an essential post-translational modification (PTM). Because of its dynamic nature, low abundance levels, and technical limitations, the occupation of endogenous SUMOylated transcription factors at genomic loci is challenging to detect. The chromatin regulator Methyl CpG binding protein 2 (MeCP2) is subjected to PTMs including SUMO. Mutations in MeCP2 lead to Rett syndrome, a severe neurodevelopmental disorder. Here, we present an efficient method to perf…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Loss of function or mutation of the ataxia-telangiectasia mutated gene product (ATM) results in inherited genetic disorders characterized by … iosis, mitosis, or DNA breaks mediated by free radicals. These DNA lesions can trigger higher order chromatin reorganization fuelled by posttranslational modifications of histones and histone binding proteins. Our group, and others, have shown that ATM activation is tightly regulated by chromatin modifications. This review summarizes the multiple approaches …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transient DNA breaks and evidence of DNA damage response have recently been reported during the chromatin remodeling process in haploid spermatids, creating a potential window of enhanced genetic instability. We used flow cytometry to achieve separation of differentiating spermatids into four highly purified populations using transgenic mice harboring 160 CAG repeats within exon 1 of the human Huntington disease gene (HTT). Trinucleotic repeat expansion was found to occur immediately following the chromatin remodeling steps, confirming the genetic instability of the process and pointing to the…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MLL-rearranged leukemias exemplify malignancies with perturbations of the epigenetic landscape. Specific chromatin modifications that aid in the perpetuation of MLL fusion gene driven oncogenic programs are being defined, presenting novel avenues for therapeutic intervention. Proof-of-concept studies have recently been reported, using small-molecule inhibitors targeting the histone methyltransferase disruptor of telomeric silencing 1-like (DOT1L), or the acetyl-histone binding protein bromodomain containing protein 4 (BRD4) showing potent activity against MLL-rearranged leukemias in preclinica…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nucleotide excision repair (NER) is the principal pathway that removes helix-distorting deoxyribonucleic acid (DNA) damage from the mammalian genome. Recognition of DNA lesions by xeroderma pigmentosum group C (XPC) protein in chromatin is stimulated by the damaged DNA-binding protein 2 (DDB2), which is part of a CUL4A-RING ubiquitin ligase (CRL4) complex. In this paper, we report a new function of DDB2 in modulating chromatin structure at DNA lesions. We show that DDB2 elicits unfolding of large-scale chromatin structure independently of the CRL4 ubiquitin ligase complex. Our data reveal a ma…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Runx1 binds the silencer and represses CD4 transcription in immature thymocytes. In this study, using looping chromatin immunoprecipitation and chromatin conformation capture assays, we demonstrated that interactions between Runx1 and positive elongation factor b (P-TEFb) appose the silencer and enhancer in CD4-negative thymoma cells and double-negative immature thymocytes. This chromatin loop decoys P-TEFb away from the promoter, thus preventing RNA polymerase II from elongating on the CD4 gene. In the absence of Runx1 on the silencer, P-TEFb interacts with the transcription complex, forming …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Williams Syndrome Transcription Factor (WSTF), the product of the WBSCR9 gene, is invariably deleted in the haploinsufficiency Williams-Beuren Syndrome. Along with the nucleosome-dependent ATPase ISWI, WSTF forms a novel chromatin remodeling complex, WICH (WSTF-ISWI chromatin remodeling complex), which is conserved in vertebrates. The WICH complex was purified to homogeneity from Xenopus egg extract and was found to contain only WSTF and ISWI. In mouse cells, WSTF interacts with the SNF2H isoform of ISWI. WSTF accumulates in pericentric heterochromatin coincident with the replication of th…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
An 18 year old phenotypic man is described with chromatin-positive Klinefelter's syndrome and undetectable peripheral human follicle stimulating hormone levels. The subject manifested chromosomal mosaicism consisting of three stem cell lines (45X; 46XY; and 47XXY). Testicular biopsy specimen showed germinal cell aplasia: the tubules were lined by Sertoli cells only, whereas the Leydig cells appeared normal. Serum human follicle stimulating hormone levels were undetectable and rose to only 5 mIU/ml after the administration of luteinizing hormone releasing hormone. Serum human luteinizing hormon…
Клинический случайСтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To determine relationships between age of men with potential male factor infertility and sperm chromatin structure assay (SCSA) measures of sperm DNA fragmentation (SDF) and high DNA stainable sperm (HDS), and to compare these data with those obtained from healthy donor men without reproductive issues.
DESIGN: Retrospective study.
SETTING: Infertility clinics and diagnostic laboratory.
PATIENTS: A total of 25,445 men attending infertility clinics. Donors were 87 men working at Lawrence Livermore National Laboratory.
INTERVENTION: None.
MAIN OUTCOME MEASURES: SCSA measures (% DN…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования