Chemically modified and macrocyclic peptides are increasingly important therapeutics, yet current molecular representation models do not natively represent chemical modification and covalent topology in a unified way. Atom-level strings obscure macrocyclic connectivity, whereas protein sequence models cannot encode noncanonical residues and explicit cross-links. Here we pretrain an encoder-only transformer directly on Hierarchical Editing Language for Macromolecules (HELM) notation, which specifies monomer identity and connectivity. In this work, we show that the resulting representations achi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In this study stereospecific free radical polymerization of N,N-alkylamides [N,N-dimethylacrylamide (DMAAm), N-methyl-N-phenylacrylamide (MphAAm) and N,N-diphenylacrylamide (DPAAm)] is investigated with density functional theory (DFT) calculations. Model propagation reactions at dimeric stage are used to elucidate the effect of substituent bulkiness, temperature and solvent polarity on stereospecific addition modes. In calculations all the monomers favor gauche conformation in their pro-meso and pro-racemo additions in general. The DFT calculations have reproduced the stereospecificity seen in
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Although being situated in a niche, research on parasite aquaporins is a lively field that has provided new insight into basic aquaporin structure-function relationships and physiological roles of water and solute transport. Moreover, it bears the potential to find novel approaches to antiparasitic chemotherapy.
SCOPE OF REVIEW: Here, we summarize the current knowledge about the structure and substrate selectivity of aquaporins from protozoan and helminth parasites, review the current views on their physiological roles, and discuss their potency for chemotherapy.
MAJOR CONCLUSION
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CryoSeek is a research strategy that employs cryo-electron microscopy (cryo-EM) to discover bio-entities from accessible sources, supplemented with AI-facilitated data processing and bioinformatic analyses. Here we report CryoSeek-based characterization of more glycofibrils isolated from the Tsinghua Lotus Pond (TLP), named TLP-0/2/3/4b/IPT, with resolutions ranging from 3.0-3.5 Å. These glycofibrils, all covered with dense glycoshells, have various mass percentiles of the central protein components. TLP-0 has no protein at all, TLP-2 and TLP-4b each only have a linear chain of di- or tetra-pe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gabapentin, one of the widely used antiepileptic drugs in the world, is found in aquatic environments because it cannot be completely removed by wastewater treatment techniques. Especially in the recent years, its accumulation in the aquatic environment has caused increasing concerns due to its toxic effects. For this reason, elimination and/or sensing of gabapentin from the water environment is necessitated. In the light of this, this context investigates a suitable nanomaterial by using Density Functional Theory. Within this study, the adsorption performance of XB11N12 (X: B, C, Al, Si, Ga)
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PBCV-1, a giant virus classified among the Nucleocytoviricota virus (NCV) whose structure has been determined to near atomic resolution. The majority capsomers forming the capsid of PBCV-1 are Type I capsomers while five other type of variants have been found in recent high resolution structure. Interestingly, some variants, such as Type V capsomers, are found at particular capsid locations whose roles are unclear. To reveal the roles of a Type V capsomer, we replaced the Type V capsomer by a Type I capsomer to compare the interaction among the two types of capsomer variant, especially the int
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Atomic packing is an important metric for characterizing protein structures, as it significantly influences various features including the stability, the rate of evolution and the functional roles of proteins. Packing in protein structures is a measure of the overall proximity between the proteins' atoms and it can vary notably among different structures. However, even single domain proteins do not exhibit uniform packing throughout their structure. Protein cores in the interior tend to be more tightly packed compared to the protein surface and the presence of cavities and voids can disrupt th
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
New molecular scaffolds of C-, Z- and box-shaped configurations are constructed by fusing phenazine and pyrene units with oxanorbornene. As revealed by X-ray crystallography, the C-shaped molecules exhibit two interesting π-π stacking modes of phenazine depending on the substituting groups, and the box-shaped molecule accommodates two chloroform molecules in the cavity and forms H-bonds with another four molecules of chloroform. The C- and Z-shaped molecules as a pair of diastereomers exhibit almost the same charge transfer absorption and emission including positive solvatochromism, indicating
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Carbon with the C(0) state has been reported recently, examples of which were known for the past decades. Silicon in the Si(0) state and phosphorus in the P(I) state are also known experimentally. This prompted us to search for divalent N(I) compounds, which resulted in the identification of ::N(←L)(2)(⊕) systems with bicoordinated nitrogen in the N(I) formal oxidation state. It was found that several biguanide derivatives (especially in their protonated state) belong to this class. Quantum chemical analysis provided the structural details, molecular orbitals, charge localization (vs delocaliz
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The relative gas-phase energetics of several low-lying isomers of 1,7-dioxaspiro[5.5]undecane and 1,7,9-trioxadispiro[5.1.5.3]hexadecane have been calculated with second-order Mller-Plesset perturbation theory and basis sets as large as aug-cc-pVQZ. Relative energies in THF, dichloromethane, acetone, and DMSO have been estimated with corrections from polarized continuum model calculations at the B3LYP/6-311+G(d) level. In the most stable conformation of 1,7-dioxaspiro[5.5]undecane, both rings adopt chair conformations, and both oxygens are axially disposed (2A). It is more than 2 kcal mol(-1)
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The molecular chaperone Hsp104 plays a central role in the clearance of aggregates after heat shock and the propagation of yeast prions. Hsp104's disaggregation activity and prion propagation have been linked to its ability to resolubilize or remodel protein aggregates. However, Hsp104 has also the capacity to catalyze protein aggregation of some substrates at specific conditions. Hence, it is a molecular chaperone with two opposing activities with respect to protein aggregation. In yeast models of Huntington's disease, Hsp104 is required for the aggregation and toxicity of polyglutamine (poly
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fatty acid oxidation disorders (FAODs) are a family of rare, genetic disorders that affect any part of the fatty acid oxidation pathway. Patients present with severe phenotypes, such as hypoketotic hypoglycemia, cardiomyopathy, and rhabdomyolysis, and currently manage these symptoms by the avoidance of fasting and maintaining a low-fat, high-carbohydrate diet. Because knowledge about FAODs is limited due to the small number of patients, rodent models have been crucial in learning more about these disorders, particularly in studying the molecular mechanisms involved in different phenotypes and
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Predicting essential oil yield in supercritical CO2 (SC-CO2) extraction remains difficult due to variations in plant composition and process conditions. Conventional models often assume uniform feedstock behavior, which limits their applicability across diverse species. This study develops machine learning models that integrate extraction parameters with principal component analysis (PCA)-based molecular descriptors representing the seven major compounds of each essential oil source. A data set of 1313 experimental records from 42 plant species was compiled to train three algorithms: LightGBM
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: Synapses represent a major pathological target across a broad range of neurodegenerative conditions. Recent studies addressing molecular mechanisms regulating synaptic vulnerability and degeneration have relied heavily on invertebrate and mouse models. Whether similar molecular neuropathological changes underpin synaptic breakdown in large animal models and in human patients with neurodegenerative disease remains unclear. We therefore investigated whether molecular regulators of synaptic pathophysiology, previously identified in Drosophila and mouse models, are similarly present and modi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Emerging evidence have shown that the patients with Alzheimer's disease (AD) often have a higher risk of later developing type II diabetes (T2D), and vice versa, suggesting a potential pathological link between AD and T2D. Amyloid-β (Aβ) and human islet amyloid polypeptide (hIAPP) are the principle causative components responsible for the pathologies of AD and T2D, respectively. The cross-sequence interactions between Aβ and hIAPP may provide a molecular basis for better understanding the potential link between AD and T2D. Herein, we systematically modeled and simulated the cross-sequence aggr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The acid-base properties of two bifunctional 3-hydroxy-4-pyridinone ligands and their chelating capacity towards Zn2+, an essential bio-metal cation, were investigated in NaCl aqueous solutions by potentiometric, UV-Vis spectrophotometric, and 1H NMR spectroscopic titrations, carried out at 0.15 ≤ I/mol -1 ≤ 1.00 and 288.15 ≤ T/K ≤ 310.15. A study at I = 0.15 mol L-1 and T = 298.15 K was also performed for other three Zn2+/Lz- systems, with ligands belonging to the same family of compounds. The processing of experimental data allowed the determination of protonation and stability constants, wh
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The domino retro [3+2] cycloaddition/cyclization reaction of bicyclic isoxazolidines 4 yielding [6.6.5]-tricyclic isoxazolidines 7 and [6.5.5]-tricyclic isoxazolidines 8, experimentally reported by Holmes et al., has been studied in toluene using DFT methods at the MPWB1K/6-311G** level. This domino reaction begins by a reto [3+2] cycloaddition reaction of the bicyclic isoxazolidines 4 forming the cyclic nitrones 5, which undergo a subsequent cyclization reaction yielding [6.6.5]-tricyclic isoxazolidines 7 or [6.5.5]-tricyclic isoxazolidines 8. The [3+2] cycloaddition reactions of cyclic nitro
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The full quasiparticle band structure of CdWO4 is calculated within the single-shot GW (G0W0) approximation using maximally localized Wannier functions, which allows one to assess the validity of the commonly used scissor operator. Calculations are performed using the Godby-Needs plasmon pole model and the accurate contour deformation technique. It is shown that while the two methods yield identical band gap energies, the low-lying states are given inaccurately by the plasmon pole model. We report a band gap energy of 4.94 eV, including spin-orbit interaction at the DFT-LDA (density functional
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bis(oxazolinylmethyl)pyrrole derivatives (R)L(N)H (4a-e), which were designed as protioligands for meridionally coordinating "pincer" ligands, were synthesized by cyclization of pyrrole-2,5-diethylacetate with a series of chiral amino alcohols. Deprotonation of (R)L(N)H (4a-d) with tBuLi and subsequent reaction with [RhCl(CO)(2)](2) gave the corresponding rhodium(I) complexes [Rh((R)L(N))(CO)] (R = iPr: 5a, Ph: 5b, Bn: 5c, Ind: 5d), which were also prepared by reaction of (R)L(N)H with one molar equivalent of [Rh(acac)(CO)(2)]. Upon heating the compounds at 100 degrees C in toluene over a peri
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The phosphonium borane [1-Mes2B-2-MePh2P-(C6H4)]+ ([2]+) has been synthesized as an iodide salt by alkylation of 1-Mes2B-2-Ph2P-(C6H4) with MeI. This novel cationic borane complexes fluoride to afford the corresponding zwitterionic fluoroborate complex 1-FMes2B-2-MePh2P-(C6H4) (2-F) with a binding constant in MeOH exceeding that of 1-Mes2B-4-MePh2P-(C6H4) ([1]+) by at least 4 orders of magnitude. Structural and computational results indicate that the high fluorophilicity of [2]+ arises from both Coulombic and cooperative effects which lead to formation of a B-F-->P interaction with a F-->P dis
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования