Transcriptomic analyses reveal the status of cells, tissues, or organisms, across states of health and disease. RNA velocity adds a temporal dimension to single cell analyses, predicting future transcriptomic and phenotypic states, based on the current spliced and unspliced mRNA of each cell. We hypothesized that RNA velocity could be adapted to predict future clinical state of individuals with acute and chronic illnesses, using their whole-blood transcriptomes. We developed VeloCD, a method for quantitative prediction of transitions in clinical state from a single time-point RNA sample. This
СтатьяНаблюдательное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Epithelial splicing regulatory protein 1 (ESRP1) is a key regulator of epithelial-mesenchymal transition (EMT) and cancer progression, including in pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC). We show that ESRP1-mediated isoform switching of DNA methyltransferase 3B (DNMT3B) correlates with the metastatic potential of pancreatic cancer cells. The expression of DNMT3B splicing variants was closely linked to ESRP1 level. Ectopic expression of mesenchymal DNMT3B isoforms 3 and 7, lacking part of the methyltransferase catalytic domain, significantly enhanced lung metastasis and tumor growth, while epi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The TP53 gene encodes the well-known p53 tumor suppressor protein, which plays a crucial role in preventing cancer development. Germline TP5 … s light on how certain predicted TP53 missense variants can be linked to disease mechanisms through RNA splicing disruption.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Seed size is a key determinant of cereal grain yield, but natural variations in defective-kernel genes have rarely been applied in maize breeding. Here, we report the positional cloning of maize Miniature5 (Mn5), which encodes a mitochondrial-targeted P-class pentatricopeptide repeat (PPR) protein. Further analysis shows that a missense mutation of Mn5, Mn5Val109, presents in maize populations and correlates with reduced seed size. The Mn5Val109 variant exhibits compromised function in the miniature5 (mn5-ref) mutant, failing to trans-splice mitochondrial nad1 intron1, drastically reducing the
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
X-linked Duchenne muscular dystrophy (DMD) is caused by pathogenic variants of the DMD gene that result in absent or significantly altered dystrophin expression. Deep intronic mutations within the DMD locus account for 1%-7% of all DMD patients. These are typically point mutations that create splice acceptor (SA) or splice donor (SD) sites, resulting in the inclusion of an intronic fragment as a pseudoexon within the DMD mRNA. Because such patients possess all of the canonical DMD coding exons, efficient exclusion of the pseudoexon from the mature mRNA restores a full-length transcript. We ind
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aberrant RNA alternative splicing in cancer generates varied novel isoforms and protein variants that facilitate cancer progression. Here, we employed the advanced long-read full-length transcriptome sequencing on gallbladder normal tissues, tumors, and cell lines to establish a comprehensive full-length gallbladder transcriptomic atlas. It is of note that receptor tyrosine kinases were one of the most dynamic components with highly variable transcript, with Erb-B2 receptor tyrosine kinase 2 (ERBB2) as a prime representative. A novel transcript, designated ERBB2 i14e, was identified for encodi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Wiedemann-Rautenstrauch syndrome (WRS) is a rare neonatal progeroid disorder primarily associated with pathogenic variants in POLR3A. However, the pathogenicity of certain variants remains unclear. Here, we report a WRS case carrying the POLR3A c.2707G > A (p.Gly903Arg) variant and explore its potential role in disease pathogenesis through in silico predictive and structural modeling analyses. Evolutionary conservation analysis, along with functional impact predictions from Provean, SIFT, PolyPhen-2, MutationTaster, MutPred2, Align GVGD, SNAP, and PhD-SNP, consistently classified the variant a
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hereditary hearing loss is highly heterogeneous. SLC12A2 is linked to autosomal dominant nonsyndromic hearing loss, DFNA78, with all the pathogenic variants affecting the exon 21. The gene encodes a cotransporter NKCC1 crucial for regulating intracellular osmotic pressure and producing endolymph in the cochlea. We generated two mouse strains with heterologous Slc12a2 variants in the splice site of the exon 21 (Em1: NM_009194.3:c.2912-2 A > G and Em2: c.2912-4_2913del). Slc12a2Em2/Em2 mice with complete skip of the exon 21 showed reduced endolymph on postnatal day 1 (P1), reduced stria vascular
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recessive desminopathies are rare and often present as severe early-onset myopathy. Here we report a milder phenotype in three unrelated patients from southern India (2 M, 1F) aged 16, 21, and 22 years, who presented with childhood-onset, gradually progressive, fatigable limb-girdle weakness, ptosis, speech and swallowing difficulties, without cardiac involvement. Serum creatine kinase was elevated, and repetitive nerve stimulation showed decrement in all. Clinical improvement was noted with pyridostigmine and salbutamol in two patients. All three patients had a homozygous substitution in intr
СтатьяКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the current genomic era, the search and deployment of new semi-dwarf alleles have continued to develop better plant types in all cereals. We characterized an agronomically optimal semi-dwarf mutation in Zea mays L. and a parallel polymorphism in Sorghum bicolor L. We cloned the maize brachytic1 (br1-Mu) allele by a modified PCR-based Sequence Amplified Insertion Flanking Fragment (SAIFF) approach. Histology and RNA-Seq elucidated the mechanism of semi-dwarfism. GWAS linked a sorghum plant height QTL with the Br1 homolog by resequencing a West African sorghum landraces panel. The semi-dwarf
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: We have focused on the alteration of the PD-1/PD-L1 pathway in celiac disease and discussed the roles of the PD1 pathway in regulating the immune response. We explored the idea that the altered mRNA splicing process in key regulatory proteins could represent a novel source to identify diagnostic, prognostic, and therapeutic targets in celiac disease.
METHODS: We characterized the PD1 mRNA variants' profile in CD patients and in response to gluten peptides' incubation after in vitro experiments. Total RNA from whole blood was isolated, and the coding region of the human PD-1 mRNA w…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BRAT1-related neurodevelopmental disorders are characterized by heterogeneous phenotypes with varying levels of clinical severity. Since the discovery of BRAT1 variants as the molecular etiology of lethal neonatal rigidity and multifocal seizure syndrome (RMFSL, OMIM 614498), these variants have also been identified in patients with milder clinical forms including neurodevelopmental disorder with cerebellar atrophy and with or without seizures (NEDCAS, OMIM 618056), epilepsy of infancy with migrating focal seizures (EIMFS), and congenital ataxia (CA). This study aims to examine the consequence
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To explore the genetic cause for two familial Angelman syndrome cases and correlation between the clinical phenotypes and their genetic basis.
METHODS: Karyotyping analysis and microarray assay were carried out to exclude chromosome anomalies and uniparental disomy. The UBE3A gene was analyzed for potential point mutations, deletions, insertions and splice site mutations. Reverse transcription PCR was used to evaluate splicing mutation of the RNA transcripts.
RESULTS: DNA sequencing showed the proband of family 1 has carried a novel maternal UBE3A splice acceptor site mutation, re
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: A case of congenital hypothyroidism with goiter (CHG) in a juvenile French bulldog was identified and hypothesized to be caused by dyshormonogenesis of genetic etiology.
OBJECTIVES: To describe case management, unusual phenotypic aspects, and a CHG-causing mutation in a French bulldog.
ANIMALS: Thyroid tissue and blood from a CHG-affected French bulldog and 4 normal control dogs and buccal brush samples of 125 French bulldogs were studied.
METHODS: Standard clinical assessment and laboratory tests were applied. Thyroid peroxidase (TPO) iodide oxidation activity was measured in v
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Myotonic dystrophy type 2 (DM2) is a multisystemic disorder caused by a (CCTG)n repeat expansion in intron 1 of CNBP. Transcription of the repeats causes a toxic RNA gain of function involving their accumulation in ribonuclear foci. This leads to sequestration of splicing factors and alters pre-mRNA splicing in a range of downstream effector genes, which is thought to contribute to the diverse DM2 clinical features. Hyperlipidemia is frequent in DM2 patients, but the treatment is problematic because of an increased risk of statin-induced adverse reactions. Hypothesizing that shared pathways le…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mutations of the HRPT2 gene, which are responsible for hyperparathyroidism-jaw tumor (HPT-JT) syndrome, have been implicated in the development of a high proportion of parathyroid carcinomas. The aim of this study was to investigate differences in expression of the most important genes connected with parathyroid carcinoma between HPT-JT syndrome due to an HRPT2 splicing mutation, normal parathyroid tissue and sporadic parathyroid adenoma. Total RNAs were extracted from parathyroid carcinoma in HPT-JT syndrome harbouring HRPT2 splicing mutation or sporadic parathyroid adenoma and normal parathy
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human papillomavirus type 58 (HPV58) is relatively prevalent in China and other Asian countries. In this study, the HPV58 genome in cervical lesions was decoded from five grade 2 or 3 cervical intraepithelial neoplasia lesion (CIN2/3) samples and five cervical cancer tissues using rolling-circle amplification of total cell DNA and deep sequencing and verified by whole-genome cloning and sequencing. HPV58 isolates from China feature a total of 52 nucleotide substitutions (0.66%) from the reference HPV58 sequence, which appear mainly in two regions, with 12 from nucleotides (nt) 3430 to 4136 cov
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Inherited intellectual disability (ID) conditions are a group of genetically heterogeneous disorders that lead to variable degrees of cognition deficits. It has been shown that inherited ID can be caused by mutations in over 100 different genes and there is evidence for the presence of as yet unidentified genes in a significant proportion of patients. We aimed at identifying the defective gene underlying an autosomal recessive ID in two sibs of an Emirati family.
METHODS: A combined approach involving homozygosity mapping and whole-exome sequencing was used to identify the causati
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tourette syndrome (TS) is a complex childhood neurodevelopmental disorder characterized by motor and vocal tics. Recently, altered numbers of GABAergic-parvalbumin (PV) and cholinergic interneurons were observed in the basal ganglia of individuals with TS. Thus, we postulated that gamma-amino butyric acid (GABA)- and acetylcholine (ACh)-related genes might be associated with the pathophysiology of TS. Total RNA isolated from whole blood of 26 un-medicated TS subjects and 23 healthy controls (HC) was processed on Affymetrix Human Exon 1.0 ST arrays. Data were analyzed to identify genes whose ex
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The loss of survival motor neuron-1 (SMN1) is responsible for the development of the neurodegenerative disorder spinal muscular atrophy (SMA … se contexts. For example, epigallocatechin galate (EGCG) was found to correct aberrant alternative mRNA splicing in familiar dysautonomia (FD). A series of polyphenols were screened and a subset was shown to increase full-length SMN expression from SMN2. Curcumin, EGCG, and resveratrol increased exon 7 inclusion of SMN2 transcripts in transient reporter assays …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования