Described are experiments demonstrating incorporation of cyanide cofactors and hydride substrate into [NiFe]-hydrogenase (H2ase) active site models. Complexes of the type (CO)2(CN)2Fe(pdt)Ni(dxpe) (dxpe = dppe, 1; dxpe = dcpe, 2) bind the Lewis acid B(C6F5)3 (BAr(F)3) to give the adducts (CO)2(CNBAr(F)3)2Fe(pdt)Ni(dxpe), (1(BAr(F)3)2, 2(BAr(F)3)2). Upon decarbonylation using amine oxides, these adducts react with H2 to give hydrido derivatives [(CO)(CNBAr(F)3)2Fe(H)(pdt)Ni(dxpe)](-) (dxpe = dppe, [H3(BAr(F)3)2](-); dxpe = dcpe, [H4(BAr(F)3)2](-)). Crystallographic analysis shows that Et4N[H3(B
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA polymerases catalyze the 3'-5'-pyrophosphorolysis of a DNA primer annealed to a DNA template in the presence of pyrophosphate (PP(i)). In this reversal of the polymerization reaction, deoxynucleotides in DNA are converted to deoxynucleoside 5'-triphosphates. Based on the charge, size, and geometry of the oxygen connecting the two phosphorus atoms of PP(i), a variety of compounds was examined for their ability to carry out a reaction similar to pyrophosphorolysis. We describe a manganese-mediated pyrophosphorolysis-like activity using pyrovanadate (VV) catalyzed by the DNA polymerase of bac
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The selectivity of MnIII/II porphyrinates toward nitroxyl or nitric oxide donors provides a convenient starting point for the development of new materials for the speciation of these nitrogen-containing redox relatives. In the present report, we describe the insertion of MnIII protoporphyrinate IX in apomyoglobin and its chemical behavior toward HNO or NO donors, either under anaerobic or aerobic conditions. For comparison and discussion, the MnIII porphyrinate, devoid of the protein matrix, was studied in parallel. The MnIII reconstituted globin successfully reacted with the nitroxyl donor tr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The O(2)-tolerant [NiFe] hydrogenases of Ralstonia eutropha are capable of H(2) conversion in the presence of ambient O(2). Oxygen represents not only a challenge for catalysis but also for the complex assembling process of the [NiFe] active site. Apart from nickel and iron, the catalytic center contains unusual diatomic ligands, namely two cyanides (CN(-)) and one carbon monoxide (CO), which are coordinated to the iron. One of the open questions of the maturation process concerns the origin and biosynthesis of the CO group. Isotope labeling in combination with infrared spectroscopy revealed t
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proteolytic degradation of basement membrane influences the cell behavior during important processes, such as inflammations, tumorigenesis, angiogenesis, and allergic diseases. In this study, we have investigated the action of gelatinase A (MMP-2) on collagen IV, the major constituent of the basement membrane. We have compared quantitatively its action on the soluble forms of collagen IV extracted with or without pepsin (from human placenta and from Engelbreth-Holm-Swarm [EHS] murine sarcoma, respectively). The catalytic efficiency of MMP-2 is dramatically reduced in the case of the EHS murine
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Copper-containing nitrite reductases (CuNiRs) catalyse the reduction of nitrite to nitric oxide and are a key enzyme in the anaerobic ammonium oxidation and denitrification steps of the nitrogen cycle. The recent recognition of the widespread distribution of three-domain CuNiRs where cognate redox partners are fused to the core NiR enzyme offered the possibility of studying coordinated events (e.g. proton-coupled electron transfer) in a conformationally stable donor-acceptor complex. The C-terminal cytochrome c tethered domain of the CuNiR from Ralstonia pickettii (RpNiR) has been well studied
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Posttranslational prenylation endows polypeptides with lipophilic properties, facilitating essential biological functions such as membrane targeting and signaling. Unlike linear fatty acyl groups, the branched and unsaturated structure of isoprenoids introduces complex sterics and restricted conformational degrees of freedom. These unique features enable the fine-tuning of membrane behaviors, including lateral partitioning, packing defects, and hydrophobic mismatches, which can dictate biological outcomes. Focusing on biocatalytic prenylation, this review summarizes eukaryotic, cyanobactin, an
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Polyethylene Terephthalate (PET) is an extensively used plastic whose durability and resistance to degradation contribute to growing environmental pollution and concerns. Enzymatic PET degradation, particularly via PETase from Ideonella sakaiensis, has emerged as a sustainable approach due to its ability to depolymerize PET under mild conditions. While research has largely focused on enhancing the enzyme's thermal stability through distal mutations, less attention has been given to active-site engineering aimed at directly improving catalytic efficiency. Here, we used an automated in silico pr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sortase A (SrtA) enzymes covalently anchor surface proteins to Gram-positive bacterial cell walls, promoting colonization and virulence. In Streptococcus pneumoniae, previous studies identified both a domain-swapped dimer and an active refolded monomer, but the active enzyme has not been characterized at the structural and residue-specific level. Here, we performed quantitative proteomic comparisons of wild-type and SrtA knockout strains that confirmed the loss of multiple LPxTG-containing virulence factors, including ZmpB, NanA, and IgA1 protease, consistent with an essential role for SrtA in
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Snakebite envenoming is a major neglected tropical disease, in which snake venom metalloproteinases (SVMPs) are key drivers of local tissue damage, microvascular disruption, and hemostatic imbalance. Closely related SVMPs can nevertheless range from highly hemorrhagic to essentially non-hemorrhagic while sharing a conserved Zn(II) catalytic site, and the structural causes of this divergence (particularly the role of the conserved methionine-containing turn (MET-turn) beneath the metal center) remain unclear. Here, we have combined a Protein Data Bank (PDB) inspection with theoretical calculati
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
β-Alanine synthase (βAS), which is a dizinc metalloenzyme, catalyzes the irreversible hydrolysis of N-carbamyl-β-alanine (NCβA) to β-alanine. This enzyme has potential applications for β-amino acid production. Understanding the reaction mechanism and selectivity of βAS at atomic details can help design and engineer the enzyme for cascade biocatalysis. Here, the protonation states of two conserved active-site histidine residues (His262 and His397 in Saccharomyces kluyveri) of βAS were investigated by means of combined quantum mechanical and molecular mechanical (QM/MM) molecular dynamics (MD) s
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Reductive dehalogenases (RDases) are essential in the anaerobic degradation of various organohalide contaminants. This family of enzymes has broad sequence diversity, but high structural conservation. There have been few studies assessing how RDase amino acid sequences affect their substrate selectivity. Here, we focus on two chloroalkane RDases, CfrA and DcrA, which have 95% protein sequence identity but have diverged to have opposite substrate preferences. CfrA dechlorinates chloroform (CF) and 1,1,1-trichloroethane (TCA) but not 1,1-dichloroethane (DCA), while DcrA will dechlorinate 1,1-DCA
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Matriglycan is a linear glycan (xylose-β1,3-glucuronate)n, which binds proteins in the extracellular matrix that contain laminin-globular domains and Lassa Fever Virus. It is indispensable for neuromuscular function. Matriglycan of insufficient length can cause muscular dystrophy with abnormal brain and eye development. LARGE1 (Like-acetylglucosaminyltransferase-1) uniquely synthesizes matriglycan on dystroglycan. The mechanism of matriglycan synthesis is not obvious from cryo-EM reconstructions of LARGE1. However, by reconstituting activity in vitro on recombinant prodystroglycan we show that
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adrenal Cushing's syndrome is a disease of cortisol hypersecretion often caused by mutations in protein kinase A catalytic subunit (PKAc). Using a personalized medicine screening platform, we discovered a Cushing's driver mutation, PKAc-W196G, in ~20% of patient samples analyzed. Proximity proteomics and photokinetic imaging reveal that PKAcW196G is unexpectedly distinct from other described Cushing's variants, exhibiting retained association with type I regulatory subunits (RI) and their corresponding A kinase anchoring proteins (AKAPs). Molecular dynamics simulations predict that substitutio
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enzymes turnover substrates into products with amazing efficiency and selectivity and as such have great potential for use in biotechnology and pharmaceutical applications. However, details of their catalytic cycles and the origins surrounding the regio- and chemoselectivity of enzymatic reaction processes remain unknown, which makes the engineering of enzymes and their use in biotechnology challenging. Computational modelling can assist experimental work in the field and establish the factors that influence the reaction rates and the product distributions. A popular approach in modelling is t
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ethylene-forming enzyme (EFE) is an iron(II)-dependent dioxygenase that fragments 2-oxoglutarate (2OG) to ethylene (from C3 and C4) and 3 equivs of carbon dioxide (from C1, C2, and C5). This major ethylene-forming pathway requires l-arginine as the effector and competes with a minor pathway that merely decarboxylates 2OG to succinate as it oxidatively fragments l-arginine. We previously proposed that ethylene forms in a polar-concerted (Grob-like) fragmentation of a (2-carboxyethyl)carbonatoiron(II) intermediate, formed by the coupling of a C3-C5-derived propion-3-yl radical to a C1-derived ca
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ferrochelatases catalyze the insertion of ferrous iron into the porphyrin during the heme b biosynthesis pathway, which is fundamental for both prokaryotes and eukaryotes. Interestingly, in the active site of ferrochelatases, the proximal ligand coordinating the porphyrin iron of the product is not conserved, and its catalytic role is still unclear. Here we compare the L. monocytogenes bacterial coproporphyrin ferrochelatase native enzyme together with selected variants, where the proximal Tyr residue was replaced by a His (i.e. the most common ligand in heme proteins), a Met or a Phe (as in h
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Non-heme iron enzymes play key roles in antibiotic, neurotransmitter, and natural product biosynthesis, DNA repair, hypoxia regulation, and disease states. These enzymes had been refractory to traditional bioinorganic spectroscopic methods. Thus, we developed variable-temperature variable-field magnetic circular dichroism (VTVH MCD) spectroscopy to experimentally define the excited and ground ligand field states of non-heme ferrous enzymes (Solomon et al., 1995). This method provides detailed geometric and electronic structure insight and thus enables a molecular level understanding of catalyt
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cytochrome P450 3A4 (CYP3A4) is involved in the metabolism of more drugs in clinical use than any other xenobiotic-metabolizing enzyme. CYP3A4-mediated drug metabolism is usually allosterically modulated by substrate concentration (homotropic allostery) and other drugs (heterotropic allostery), exhibiting unusual kinetic profiles and regiospecific metabolism. Recent studies suggest that residue Phe108 (F108) of CYP3A4 may have an important role in drug metabolism. In this work, residue mutations were coupled with well-tempered metadynamics simulations to assess the importance of F108 in the al
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Celiac disease is an autoimmune disease triggered by oral ingestion of gluten, with certain gluten residues resistant to digestive tract enzymes. Within the duodenum, the remaining peptides incite immunogenic responses, including the generation of autoantibodies and inflammation, leading to irreversible damage. Our previous exploration unveiled a glutenase called Bga1903 derived from the Gram-negative bacterium Burkholderia gladioli. The cleavage pattern of Bga1903 indicates its moderate ability to mitigate the toxicity of pro-immunogenic peptides. The crystal structure of Bga1903, along with
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования