Accurate quantification of DNA methylation at single-CpG resolution remains a challenge for conventional qMSP, which typically lacks the specificity to discriminate solitary methylated sites. Here, we present a novel blocker displacement qMSP (BD-qMSP) assay that integrates a rationally designed blocker oligonucleotide to suppress unmethylated sequences while enabling robust amplification of single methylated CpGs. Through systematic optimization of blocker design, primer/probe modification, and annealing conditions, BD-qMSP achieved high discrimination efficiency with a detection limit as low
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Genomic imprinting is required for normal development, and abnormal methylation of differentially methylated regions (iDMRs) controlling the parent of origin-dependent expression of the imprinted genes has been found in congenital disorders affecting growth, metabolism, neurobehavior, and in cancer. In most of these cases the cause of the imprinting abnormalities is unknown. Also, these studies have generally been performed on a limited number of CpGs, and a systematic investigation of iDMR methylation in the general population is lacking.
RESULTS: By analysing a vast number of ei
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND OBJECTIVE: NSAIDs inhibit cyclooxygenase, but their role in aging and other diseases is not well understood. Our group previously showed the potential benefit of NSAIDs in decreasing the risk of delirium and mortality. Concurrently, epigenetics signals have also been associated with delirium. Therefore, we sought to find differentially methylated genes and biological pathways related to exposure with NSAIDs by comparing the genome-wide DNA methylation profiles of patients with and without a history of NSAIDs use.
METHODS: Whole blood samples were collected from 171 patients at
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Sex is an important covariate of epigenome-wide association studies due to its strong influence on DNA methylation patterns across numerous genomic positions. Nevertheless, many samples on the Gene Expression Omnibus (GEO) frequently lack a sex annotation or are incorrectly labelled. Considering the influence that sex imposes on DNA methylation patterns, it is necessary to ensure that methods for filtering poor samples and checking of sex assignment are accurate and widely applicable.
RESULTS: Here we presented a novel method to predict sex using only DNA methylation beta values,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA methylation is a stable epigenetic mark in plant and vertebrate genomes; it is implicated in regulation of higher order chromatin structure, maintenance of genome integrity, and stable patterns of gene expression. Biological effects of DNA methylation are, at least in part, mediated by proteins that preferentially bind to methylated DNA. It is now recognized that several structurally unrelated protein folds have the ability to recognize methylated CpGs in vitro and in vivo. In this chapter, we focus on the three major families of methyl-CpG-binding proteins: the MBD protein family, Kaiso a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Meningiomas are central nervous system tumors that originate from the meningeal coverings of the brain and spinal cord. Most meningiomas are … methylation patterns may serve as diagnostic biomarkers for malignancy. Genes with hypermethylated CpG islands in malignant meningiomas (such as HOXA6 and HOXA9) tend to coincide with the binding sites of polycomb repressive complexes (PRC) in early developmental stages. Most genes with hypermethylated CpG islands at promoters are suppressed in malignant and …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Prolyl hydroxylation is a post-translational modification that affects the structure, stability and function of proteins includi … -P3H and C-P4H are downregulated in lymphoma. Down-regulation is associated with methylation in the CpG islands and is detected in almost all common types of B-cell lymphoma, but the CpG islands are unmethylated or methylated at lower levels in DNA isolated from normal bone marrow and lymphoblastoid cell lines. Methylation of multiple C-P3H and C-P4H genes is …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nasal polyposis (NP) is a chronic inflammatory disease of the nasal mucosa characterized by the infiltration of inflammatory cells, mainly e … s (ATP2A1, NOVA1, PLCD3, SOLH and TGFβI) were identified. However, these genes presented methylated CpG islands between exons, i.e., not in the promoter regions of the genes. Thus, as shown by real-time PCR, the ATP2A1, SOLH, PLDC3 and TGFβI genes were overexpressed in NP. The genes identified in this study are probably involved in some stage of the process o …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We previously identified 18q21-q22 as a candidate region for bipolar (BP) disorder and constructed a yeast artificial chromosome (YAC) contig map. Here we identified three potential CpG islands using CCG/CGG YAC fragmentation. Analysis of available genomic sequences using bioinformatic tools identified an exon of 3639 bp downstream of a CpG island of 1.2 kb containing a putative transcription initiation site. The exon contained an open reading frame coding for 1212 amino acids with significant homology to the SART-2 protein; weaker homology was found with a series of sulphotransferases. Alignm…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dementia with Lewy bodies (DLB) is a common form of dementia with known genetic and environmental interactions. However, the underlying epig … 17 differentially methylated regions (DMRs) between the groups. The DMCs are mainly located at the CpG islands, promoter and first exon regions. Genes associated with the DMCs are linked to "Parkinson's disease" and "metabolic pathway", as well as the diseases of "severe intellectual disability" and "mood disorders". Overall, our study highlights previously …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The homozygous loss of the survival motor neuron 1 (SMN1) gene is the primary cause of spinal muscular atrophy (SMA), a neuromuscular degenerative disease. A genetically similar gene, SMN2, which is not functionally equivalent in all SMA patients, modifies the clinical SMA phenotypes. We analyzed the methylation levels of 4 CpG islands (CGIs) in SMN2 in 35 Chinese children with SMA by MassARRAY. We found that three CpG units located in CGI 1 (nucleotides (nt) -871, -735) and CGI 4 (nt +999) are significantly hypomethylated in SMA type III compared with type I or II children after receiving Bon…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Epithelial ovarian cancer comprises multiple distinct histotypes with different molecular, clinical, and therapeutic characteristics, yet ov … e highly conserved between cell lines and tumour tissues at key transcriptional regulatory domains (CpG islands, shores, and 5' regulatory regions), with these CpG-dense loci more accurately reflecting in vivo conditions than CpG-sparse regions. We identified specific cell lines with representative epigenetic signatures of high-grade serous, clear cell, endom …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Pancreatic cancer is one of the most lethal diseases with an incidence almost equal to the mortality. In addition to having gene … ic biomarkers in epigenetic targeted therapy. Epigenetic inactivation occurs by hypermethylation of CpG islands in the promoter regions of tumor suppressor genes. We listed all hyper- and hypomethylation of CpG islands of several genes in PDAC including its precancerous lesions.
CONCLUSIONS: The concept of the review would help to understand their biological …
СтатьяСистематический обзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accumulating evidence has identified a mechanism potentially responsible for the inactivation of tumor suppressor genes, namely transcriptional silencing by aberrant methylation of CpG islands. A previous study has shown the loss of RUNX3 expression, due to aberrant methylation of its CpG island, in gastric cancer cell lines, suggesting that RUNX3 is a target for epigenetic gene silencing in gastric carcinogenesis. However, there are limited data on the methylation status of RUNX3 in the neoplastic and non-neoplastic tissues in various types of human cancers, including gastric cancer. Here, we…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Despite an enormous research effort, most cases of late-onset Alzheimer's disease (LOAD) still remain unexplained and the current biomedical science is still a long way from the ultimate goal of revealing clear risk factors that can help in the diagnosis, prevention and treatment of the disease. Current theories about the development of LOAD hinge on the premise that Alzheimer's arises mainly from heritable causes. Yet, the complex, non-Mendelian disease etiology suggests that an epigenetic component could be involved. Using MALDI-TOF mass spectrometry in post-mortem brain samples and lymphocy
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cytosine methylation is a common form of post-replicative DNA modification seen in both bacteria and eukaryotes. Modified cytosines have long been known to act as hotspots for mutations due to the high rate of spontaneous deamination of this base to thymine, resulting in a G/T mismatch. This will be fixed as a C-->T transition after replication if not repaired by the base excision repair (BER) pathway or specific repair enzymes dedicated to this purpose. This hypermutability has led to depletion of the target dinucleotide CpG outside of special CpG islands in mammals, which are normally unmeth…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Integrin alpha2 beta1 (α2 β1 ) plays an integral role in tumour cell invasion, metastasis and angiogenesis, and altered expression of the receptor has been linked to tumour prognosis in several solid tumours. However, the relationship is complex, with both increased and decreased expression associated with different stages of tumour metastases in several tumour types. The ITGA2 gene, which codes for the α2 subunit, was examined to investigate whether a large CpG island associated with its promoter region is involved in the differential expression of ITGA2 observed in prostate cance
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Due to alternative splicing and differential promoter usage, RASSF5 exists in at least three isoforms, RASSF5A, RASSF5B, and RASSF5C. Expression and epigenetic inactivation of different transcripts of RASSF5 in gastric cardia adenocarcinoma (GCA) progression have not been evaluated. Quantitative real-time RT-PCR and immunohistochemistry (IHC) methods were used respectively to detect the role of RASSF5A, RASSF5B, and RASSF5C in 132 GCA cases and BS-MSP method was used to clarify the critical CpG sites of RASSF5A. Expression of RASSF5A and RASSF5C transcripts were easily detectable in all normal
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To investigate promoter methylation status of LITAF gene in B-cell lymphoma and to explore transcription regulation of 5-Aza-2'-deoxycytidine (5-Aza-CdR) on LITAF gene.
METHODS: One hundred and five paraffin specimens including 54 cases of diffuse large B cell lymphoma (DLBCL), 15 small lymphocytic lymphoma (SLL), 8 mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma (MALT) and 6 follicular lymphoma (FL) were included. Five reactive lymphoid hyperplasia samples were collected as control. Methylation status of CpG island in LITAF gene in the specimens and in Raji, Pfeiffer and Daudi cell lin
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования