Electrospinning using natural proteins and synthetic polymers offers an attractive technique for producing fibrous scaffolds with potential for tissue regeneration and repair. Nanofibrous scaffolds of silk fibroin (SF) and poly(L-lactic acid-co-epsilon-caprolactone) (P(LLA-CL)) blends were fabricated using 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol as a solvent via electrospinning. The average nanofibrous diameter increased with increasing polymer concentration and decreasing the blend ratio of SF to P(LLA-CL). Characterizations of XPS and (13)C NMR clarified the presence of SF on their surfaces and no
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antineutrophil cytoplasmic antibodies (cANCA) against conformational epitopes ofproteinase 3 (PR3) are regarded as an important pathogenic marker in Wegener's granulomatosis (WG). Hence, PR3-based antibody binding assays are widely used for diagnosis and monitoring of the disease. Purification of the native catalytically active serine protease from granulocytes, however, is relatively inefficient, time-consuming and technically demanding. Conformational changes, partial aggregation, denaturation during purification and contaminations with inhibitors or other proteins from plasma and granulocyt
Редакционная статьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Japanese encephalitis (JE) is inflammation and swelling of the brain caused by the JE virus (JEV), a mosquito-borne member of the Flavivirus family. There are around 68,000 JE cases worldwide each year, many of which result in permanent brain damage and death. There is no specific treatment for JE. Here we present the crystal structure of the JEV capsid protein, a potential drug target, at 1.98 Å, and compare it to other flavivirus capsid proteins. The JEV capsid has a helical secondary structure (α helixes 1-4) and a similar protein fold to the dengue virus (DENV), the West Nile virus (WNV),
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neisserial adhesin A (NadA) is a surface exposed trimeric protein present in most hypervirulent meningococcal strains and involved in epithelial cell adhesion and colonization. The expression of nadA is controlled by Neisserial adhesin regulator (NadR), a member of the MarR family, which binds to the nadA promoter and strongly represses the transcription of nadA. It was recently demonstrated that the DNA-binding activity of NadR was attenuated by 4-hydroxyphenylacetic acid (4-HPA), a natural molecule released in human saliva, thus leading to the de-repression of nadA in vivo. To elucidate the
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Natural cyclic peptides have long served as a rich reservoir of bioactivity, occupying a unique region of the drug space that bridges the gap between small molecules and large biologics. Evolution has perfected the macrocyclic architecture to achieve exceptional target specificity and metabolic stability, providing a structural blueprint that allows these molecules to engage extended protein surfaces often inaccessible to conventional drugs. While early landmarks like cyclosporin A demonstrated the power of chameleonicity, the ability to adapt conformations to different environments - the fiel
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Non-canonical nucleic acid structures play significant roles in cellular processes through selective interactions with proteins. While both natural and artificial G-quadruplexes have been extensively studied, the functions of i-motifs remain less understood. This study investigates the artificial aptamer BV42, which binds strongly to influenza A virus hemagglutinin and unexpectedly retains its i-motif structure even at neutral pH. However, BV42 conformational heterogeneity hinders detailed structural analysis. Molecular dynamics simulations and chemical modifications of BV42 helped us to ident
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Isopenicillin N synthase (IPNS) catalyzes the unique reaction of l-δ-(α-aminoadipoyl)-l-cysteinyl-d-valine (ACV) with dioxygen giving isopenicillin N (IPN), the precursor of all natural penicillins and cephalosporins. X-ray free-electron laser studies including time-resolved crystallography and emission spectroscopy reveal how reaction of IPNS:Fe(II):ACV with dioxygen to yield an Fe(III) superoxide causes differences in active site volume and unexpected conformational changes that propagate to structurally remote regions. Combined with solution studies, the results reveal the importance of pro
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacterial locomotion by rotating flagella is achieved through the hook, which transmits torque from the motor to the filament. The hook is a tubular structure composed of a single type of protein, yet it adopts a curved shape. To perform its function, it must be simultaneously flexible and torsionally rigid. The molecular mechanism by which chemically identical subunits form such a dynamic structure is unknown. Here, we show the complete structure of the hook from Salmonella enterica in its supercoiled 'curved' state, at 2.9 Å resolution. Subunits in the curved hook are grouped into 11 distinc
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The development of small-molecule inhibitors of influenza virus Hemagglutinin could be relevant to the opposition of the diffusion of new pandemic viruses. In this work, we made use of Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectroscopy to study the interaction between two derivatives of sialic acid, Neu5Ac-α-(2,6)-Gal-β-(1⁻4)-GlcNAc and Neu5Ac-α-(2,3)-Gal-β-(1⁻4)-GlcNAc, and hemagglutinin directly expressed on the surface of recombinant human cells. We analyzed the interaction of these trisaccharides with 293T cells transfected with the H5 and H1 variants of hemagglutinin, whi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cyclic di-GMP (c-di-GMP) is a widespread second messenger that plays a key role in bacterial biofilm formation. The compound's ability to assume multiple conformations allows it to interact with a diverse set of target macromolecules. Here, we analyzed the binding mode of c-di-GMP to the allosteric inhibitory site (I-site) of diguanylate cyclases (DGCs) and compared it to the conformation adopted in the catalytic site of the EAL phosphodiesterases (PDEs). An array of novel molecules has been designed and synthesized by simplifying the native c-di-GMP structure and replacing the charged phospho
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neurotransmitter:sodium symporters (NSSs) mediate reuptake of neurotransmitters from the synaptic cleft and are targets for several therapeutics and psychostimulants. The prokaryotic NSS homologue, LeuT, represents a principal structural model for Na(+)-coupled transport catalyzed by these proteins. Here, we used site-directed fluorescence quenching spectroscopy to identify in LeuT a substrate-induced conformational rearrangement at the inner gate conceivably leading to formation of a structural intermediate preceding transition to the inward-open conformation. The substrate-induced, Na(+)-dep
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This paper describes the extension of our earlier multi-objective method for generating plausible pharmacophore hypotheses to incorporate partial matches. Diverse sets of molecules rarely adopt exactly the same binding mode, and so allowing the identification of partial matches allows our program to be applied to larger and more diverse datasets. The method explores the conformational space of a series of ligands simultaneously with their alignment using a multi-objective genetic algorithm (MOGA). The principles of Pareto ranking are used to evolve a diverse set of pharmacophore hypotheses tha
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The three-dimensional structure of native SHL-I, a lectin from the venom of the Chinese bird spider Selenocosmia huwena, has been determined from two-dimensional 1H NMR spectroscopy recorded at 500 and 600 MHz. The best 10 structures have NOE violation <0.3 A, dihedral violation <2 deg, and average root-mean-square differences of 0.85 + 0.06 A over backbone atoms. The structure consists of a three-stranded antiparallel beta-sheet and three turns. The three disulfide bridges and three-stranded antiparallel beta-sheet form a inhibitor cystine knot motif which is adopted by several other small pr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A crustacean-specific toxin from the Mexican scorpion Centruroides limpidus limpidus was purified, and its primary sequence was determined, including disulfide bonds. This toxin has 66 amino acid residues and is stabilized by four disulfide bridges (Cys12-Cys65, Cys16-Cys41, Cys25-Cys46, and Cys29-Cys48). A detailed nuclear magnetic resonance structure of this protein was obtained using a combination of two-dimensional proton NMR experiments. The NMR parameters that gave 69 dihedral restraints and 418 distance constraints were used in molecular dynamics calculations in order to determine the s
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The insertion of fusion proteins has enabled the crystallization of a wide range of G-protein-coupled receptors. Here, we adapted this engineering strategy to cryo-electron microscopy (cryo-EM). We inserted the soluble protein AmpC β-lactamase into the third intracellular loop (ICL3) of ultra-thermostable β1-adrenoceptor (β1AR) via chimeric helix fusions. Biochemical and biophysical characterization showed that the resulting fusion protein after expression, solubilization and purification was monodisperse and able to bind the known β1AR weak partial agonist cyanopindolol, and the antagonist pr
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Filamentation induced by cAMP (Fic) domain proteins have been shown to catalyze the transfer of the AMP moiety from ATP onto a protein target. This type of post-translational modification was recently shown to play a crucial role in pathogenicity mediated by two bacterial virulence factors. Herein we characterize a novel Fic domain protein that we identified from the human pathogen Clostridium difficile The crystal structure shows that the protein adopts a classical all-helical Fic fold, which belongs to class II of Fic domain proteins characterized by an intrinsic N-terminal autoinhibitory α-
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
During the summer of 2024, coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases surged globally, driven by variants derived from JN.1 subvariants of se … dy escape while reducing infectivity and cell-cell fusion. The DelS31 mutation stabilizes the spike protein conformation, limits S1 shedding, and increases thermal resistance, which possibly contribute to prolonged viral persistence. Structural analyses reveal that DelS31 enhances NTD-receptor-binding domain interactions by introducing glycan shielding, thus decreasin …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nucleotide excision repair (NER) is a pivotal life process for repairing DNA nucleotide mismatch caused by chemicals, metal ions, radiation, and other factors. As the initiation step of NER, the xeroderma pigmentosum complementation group A protein (XPA) recognizes damaged DNA molecules, and recruits the replication protein A (RPA), another important player in the NER process. The stability of the Zn(2+)-chelated Zn-finger domain of XPA center core portion (i.e., XPA98-210) is the foundation of its biological functionality, while the displacement of the Zn(2+) by toxic metal ions (such as Ni(2
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Computational models of macromolecules have many applications in biochemistry, but physical inaccuracies limit their utility. One class of models uses energy functions rooted in classical mechanics. The standard datasets used to train these models are limited in diversity, pointing to a need for new training data. Here, we sought to explore a new paradigm for training an energy function, where the Rosetta energy function was used to design de novo proteins. Experimental results on these designs were then used to identify failure modes of design, which were subsequently used as a "guiding princ
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein structure modeling from the prediction algorithm has become a valuable tool in biology and medicine with computational advances. Accurate protein structure prediction is critical in druglike compound discovery, disease mechanism understanding, and protein engineering because it provides molecular level insights into protein folding and its effects on molecular and cellular function. This chapter covers the evolution of protein structure prediction, from traditional methods like homology modeling, threading, and ab initio procedures and the new emerging AlphaFold's influence. AlphaFold'
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования