Proteins are fundamental biomolecules composed of amino acids linked by peptide bonds, forming complex macromolecules that determine cellular structure and biological function. The three-dimensional conformation of proteins plays a crucial role in defining their biochemical activity, stability, and interactions. In the emerging field of alternative proteins, such as microbial, algal, plant-based, and precision-fermented proteins, understanding structural organization is essential for improving functional properties including digestibility, nutritional value, texture, and enzymatic performance.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Detecting episodic positive selection along individual phylogenetic branches is a central goal of molecular evolution. The dominant approach, PAML's branch-site likelihood ratio test, is powerful under correctly specified models but inflates type I error under multinucleotide mutations (MNMs), which occur at 1-3% of substitution events in mammalian genomes and cannot be represented by standard codon substitution models. We present PHYLOSPECT (Phylogenetic Spectral Operator-based Codon Testing), a likelihood-free, operator-based framework for branch-specific selection detection. Branch-specific
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Perfluorooctanoic acid (PFOA), a major persistent per- and polyfluoroalkyl substance (PFAS), remains ubiquitous in humans, including pregnant women, despite regulatory actions to limit its production and use. The placenta has been proposed as a target of PFOA, however, the underlying mechanisms remain poorly defined. We exposed primary human placental cytotrophoblasts (CTBs) isolated from three second-trimester placentas to PFOA (0.1-25 μM) for 48 h. SWATH-MS identified 3,240 proteins, 274 of which were differentially expressed. Proteins involved in lipid and amino acid metabolism and innate i
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Several studies have demonstrated the potential of essential oils as natural antimicrobial agents. However, few publications focus on combinations of essential oils and optimizing the concentration to reduce the minimum inhibitory concentration. The present study aimed to investigate the combined antifungal activity of three essential oils extracted from Moroccan Origanum compactum, Thymus leptobotrys and Laurus nobilis and to predict the optimal combination using the mixture design approach coupled with the microdilution test against the phytopathogenic fungal species Alternaria alternata. Th
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent innovations in medical imaging technology have placed molecular imaging techniques at the forefront of diagnostic advancements. The current research trajectory in this field aims to integrate personalized molecular data of patients and diseases with traditional anatomical imaging data, enabling more precise, non-invasive, or minimally invasive diagnostic options for clinical medicine. This article provides an in-depth exploration of the basic principles and system components of optical molecular imaging technology. It also examines commonly used targeting mechanisms of optical probes, f
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Deep learning methods have played an increasingly pivotal role in advancing side-chain packing and mutation effect prediction (ΔΔG) for protein complexes. Although these two tasks are inherently closely related, they are typically treated separately in practice. Furthermore, the lack of effective post-processing in most approaches results in sub-optimal refinement of generated conformations, limiting the plausibility of the predicted conformations. In this study, we introduce an integrated framework, PackPPI, which employs a diffusion model and a proximal optimization algorithm to improve side
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Candida lusitaniae is one of the fungal species which causes serious health illnesses including peritonitis, vaginitis and fungemia, among others. Several antifungal drugs have been designed to tackle its infections but their efficacy is still questionable due to their associated side effects. Hence, there is a need to design those drugs which possess comparatively higher degree of therapeutic potential. Phytochemicals were selected in this regard because these compounds which satisfactorily follow this criteria as, their therapeutic index is comparatively larger than the synthetic drugs. Cons
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) is a core experimental technique used to determine the structure of macromolecules such as proteins. However, the effectiveness of cryo-EM is often hindered by the noise and missing density values in cryo-EM density maps caused by experimental conditions such as low contrast and conformational heterogeneity. Although various global and local map-sharpening techniques are widely employed to improve cryo-EM density maps, it is still challenging to efficiently improve their quality for building better protein structures from them.
RESULTS: In t
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rhipicephalus microplus, a tick species, causes significant economic losses in livestock and presents control challenges due to the emergence of resistance to conventional acaricides. This underscores the urgent need for effective and eco-friendly alternatives. This study evaluates the acaricidal potential of Cirsium arvense using adult immersion and larval packet tests. In silico molecular docking techniques were employed to identify biologically active compounds within C. arvense. Using Chem-Draw Ultra software (version 12.0.2, 2010), we illustrated 25 compounds derived from the plant, which
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate prediction of protein-ligand binding affinities is crucial in drug discovery, particularly during hit-to-lead and lead optimization phases, however, limitations in ligand force fields continue to impact prediction accuracy. In this work, we validate relative binding free energy (RBFE) accuracy using neural network potentials (NNPs) for the ligands. We utilize a novel NNP model, AceFF 1.0, based on the TensorNet architecture for small molecules that broadens the applicability to diverse drug-like compounds, including all important chemical elements and supporting charged molecules. Usi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Predicting multiple conformational states of proteins represents a significant open challenge in structural biology. Increasingly many methods have been reported for perturbing and sampling AlphaFold2 (AF2) (Jumper et al., 2021) to achieve multiple conformational states. However, if multiple methods achieve similar results, that does not in itself invalidate any method, nor does it answer why these methods work. Interpreting why deep learning models give the results they do is a critically important endeavor for future model development and appropriate usage. To help the field continue to try
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Множественный склероз (MS) — хроническое аутоиммунное расстройство, которое вызывает прогрессивную неврологическую недостаточность в результате демиэлизации центральной нервной системы. Недостаток витамина D связан с повышенным риском и активностью MS, при этом были продемонстрированы адекватные уровни для модуляции иммунной реакции. Вместе с тем многие пациенты с синдромом MS демонстрируют устойчивость к высокодозированной терапии витамина D, зачастую из-за неправильной активации витамина D-рецептора (VDR), что ограничивает его терапевтическую эффективность и повышает риск побочных эффектов.
СтатьяПоиск полного текста в очередиМашинный перевод · не проверен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The analysis and comparison of genomes rely on different tools for tasks such as annotation, orthology prediction, and phylogenetic inference. Most tools are specialized for a single task, and additional efforts are necessary to integrate and visualize the results. To fill this gap, we developed zDB, an application integrating a Nextflow analysis pipeline and a Python visualization platform built on the Django framework. The application is available on GitHub (https://github.com/metagenlab/zDB) and from the bioconda channel. Starting from annotated Genbank files, zDB identifies orthologs and infers
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hepatocellular carcinoma (HCC) incidence varies widely around the world and is impacted by factors such as the prevalence of chronic hepatitis B and C infections, alcohol intake, and access to healthcare. The proteins (BRAF_human, VGFR3_human, EGFR_human and UFO_human) play a vital role in hepatocellular carcinoma prognosis, which involves cell proliferation, cell growth, transmission of extracellular signals to the cell nucleus and consequently regulating many other cellular processes. Fostamatinib has been studied for its possible use in the treatment of hepatocellular cancer because it is a
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: To study the effects of Lu-tong Granules (LTG) in ICH etermine the underlying mechanism of molecular network.
METHODS: Modern bioinformatics and network pharmacology methods were used to predict molecular network mechanisms between ICH and LTG. Animal experiments were carried out to verify the effect of LTG for the treatment of ICH, combined with behavior test and morphologic detection.
RESULTS: Forty-three active components in LTG and involved 192 gene targets were identified successfully. Moreoner, they were intersected with 1132 genes of ICH,88 intersection targets were obtained.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
(1) Introduction: Lucina pectinata is a clam found in sulfide-rich mud environments that has three hemoglobins believed to be responsible for the transport of hydrogen sulfide (HbILp) and oxygen (HbIILp and HbIIILp) to chemoautotrophic endosymbionts. The physiological roles and evolution of these globins in sulfide-rich environments are not well understood. (2) Methods: We performed bioinformatic and phylogenetic analyses with 32 homologous mollusk globin sequences. Phylogenetics suggests a first gene duplication resulting in sulfide binding and oxygen binding genes. A more recent gene duplica
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gleevec (a.k.a., imatinib) is an important anticancer (e.g., chronic myeloid leukemia) chemotherapeutic drug due to its inhibitory interaction with the Abl kinase. Here, we use atomically detailed simulations within the Milestoning framework to study the molecular dissociation mechanism of Gleevec from Abl kinase. We compute the dissociation free energy profile, the mean first passage time for unbinding, and explore the transition state ensemble of conformations. The milestones form a multidimensional network with average connectivity of about 2.93, which is significantly higher than the conne
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Early exacerbation of cutaneous leishmaniasis is mainly affected by both the salivary and Leishmania parasite components. Little is known of the vaccine combination made by immunogenic proteins of sandfly saliva (SP15) with Leishmania parasites (LeIF) as a single prophylactic vaccine, namely SaLeish. Also, there are no data available to determine the species-specific sequence of SP15 isolated from the Iranian Phlebotomus papatasi.
METHODS: Integrated bioinformatics and genetic engineering methods were employed to design, optimize and obtain a vector-parasite-based vaccine formulat
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dapsone (DDS) is an antibacterial drug with well-known antioxidant properties. However, the antioxidant behavior of its derivatives has not been well explored. In the present work, the antioxidant activity of 10 dapsone derivatives 4-substituted was determined by an evaluation in two in vitro models (DPPH radical scavenging assay and ferric reducing antioxidant power). These imine derivatives 1-10 were obtained through condensation between DDS and the corresponding aromatic aldehydes 4-substuited. Three derivatives presented better results than DDS in the determination of DPPH (2, 9, and 10).
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CE credit: For CE credit, you can access the test for this article, as well as additional JNMT CE tests, online at https://www.snmmilearningcenter.org Complete the test online no later than September 2023. Your online test will be scored immediately. You may make 3 attempts to pass the test and must answer 80% of the questions correctly to receive 1.0 CEH (Continuing Education Hour) credit. SNMMI members will have their CEH credit added to their VOICE transcript automatically; nonmembers will be able to print out a CE certificate upon successfully completing the test. The online test is free t
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования