The continuous approval of covalent drugs in recent years for the treatment of diseases has led to an increased search for covalent agents by medicinal chemists and computational scientists worldwide. In the computational parlance, molecular docking which is a popular tool to investigate the interaction of a ligand and a protein target, does not account for the formation of covalent bond, and the increasing application of these conventional programs to covalent targets in early drug discovery practice is a matter of utmost concern. Thus, in this comprehensive review, we sought to educate the d
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chagas disease (CD), caused by the protozoan parasite Trypanosoma cruzi (T. cruzi), remains a neglected tropical disease with limited therapeutic options. Cruzipain (CZP), the main cysteine protease of T. cruzi, has been extensively validated as a drug target due to its essential roles in parasite biology and pathogenesis. Targeted covalent inhibitors (TCIs) have emerged as a promising strategy to achieve potent and selective CZP inhibition, driven by advances in covalent warhead chemistry and structure-based drug design. However, their rational development faces significant challenges associa
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pyridopyrimidine is an important heterocyclic scaffold widely explored in anticancer drug discovery. Its structural similarity to purine enables effective interaction with various biological targets, mainly kinases involved in cancer progression. This manuscript presents recent developments reported between 2021 and 2026, focusing on the biological evaluation, and structure-activity relationships of pyridopyrimidine derivatives. Many of these synthesized compounds act as inhibitors of key targets such as EGFR, CDK4/6, and the PI3K/mTOR pathway, which are closely associated with tumor growth, s
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Molecular modeling tools are routinely utilized in computational chemistry and computational biology projects. The ongoing advancements in hardware and software have made modeling diverse chemical systems more accurate and computationally affordable. However, with many software tools available to perform multiple relevant tasks, selecting the best workflow can become daunting in itself. In one of our recent works, we developed a workflow to assign chemical structures to experimental ion mobility mass spectrometry collisional cross-section (CCS) values. This requires multiple steps, including p…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The coordination chemistry, structural characterization, and biomolecular interactions of europium(III) and iron(III) complexes with the pyridoxal-semicarbazone (PLSC) ligand were thoroughly examined using experimental and computational approaches. Single-crystal X-ray diffraction revealed that the europium complex exhibits a nine-coordinate geometry with one protonated and one deprotonated PLSC ligand and nitrato and aqua ligands. In contrast, the iron complex adopts a six-coordinate structure featuring a monoprotonated PLSC, two chlorido, and an aqua ligand. Hirshfeld surface analysis confir
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Reactions of ions in water are important in many areas of chemistry and biology, including the chemistry of seawater, atmospheric chemistry, and processes in proteins. Despite their importance, the microscopic mechanisms of these inherently complex and multistep reactions are mostly unknown so far. In this Outlook, we outline recent progress on atmospheric reactions of halogenated species with anions in water. These are found to proceed via halogen-bonded complexes, which are stabilized by the water environment. Such complexes were recently characterized experimentally in the gas phase with st
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding the ionic reactivity of CHCl˙- anions is essential for modeling chemical processes in interstellar media, plasmas, and planetary atmospheres. Using multiscale computational simulations, this work examines the adsorption and reaction behaviors of eight oxygen-containing gases (O2, CO, CO2, NO, N2O, NO2, COS, SO2) on CHCl˙- clusters. Our findings reveal that electrostatic interactions dominate system stabilization over dispersion forces. The O2 environment strongly induces activation of the CHCl˙- anion, while COS exhibits minimal reactivity. Bond activation occurs across O-O, C-O,
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hydroboranes are commercially available, highly atom-economical, and widely used boron sources. Their diverse transformations have traditionally relied on the hydride chemistry of the hydrogen part and the electropositive characteristics of the boron atom, following a two-electron mechanism. However, the single-electron transformation of hydroboranes remains unexplored territory. Here, we present a boryl HAS reaction enabled by the polarity inversion of the B-H bond, which achieves the single-electron transformation of hydroborane for the synthesis of diverse organoboron compounds. The synthet
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cordyceps militaris is a valuable edible and medicinal fungus. Its chemical composition and biological activity have become the focus of attention. In this study, three unusual C30 ergosterols, cordycepsterols A-C (1-3), have been isolated from this fungus. Their structures have been identified according to extensive spectroscopic methods as well as computational quantum chemistry. They possess an unusual 6/6/6/5/6-fused pentacyclic system which might be derived from a normal ergosterol backbone by adding two skeletal carbons. Compounds 1-3 exhibit significant inhibitory activity against nitri
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transketolase, a thiamine diphosphate-dependent enzyme, is widely distributed in nature and plays a crucial role in cellular metabolism. Its ability to synthesize α-hydroxyketones in a stereoselective manner, key precursors for high-value compounds like vicinal diols and amino alcohols, has garnered significant interest in synthetic chemistry. In this chapter, we review the engineering and applications of transketolase along with molecular docking studies, mutant library screening, and detailed experimental protocols. Engineering efforts have primarily focused on broadening substrate specifici
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CONTEXT: Entropies are fundamental contributions to Gibbs energies that carry important chemical information, in particular when investigating reaction mechanisms. However, evaluating them in solution is far from being straightforward. In this paper, we focus on its evaluation within the framework of implicit solvation models. To this aim, successive corrections (with increased complexity) involving only contributions available from any standard quantum chemistry code and macroscopic solvent properties are built and assessed by comparison to more than one hundred experimental entropy values me
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The rise of antibiotic resistance threatens modern medicine; to combat it new diagnostic methods are required. Sequencing the whole genome of a pathogen offers the potential to accurately determine which antibiotics will be effective to treat a patient. A key limitation of this approach is that it cannot classify rare or previously unseen mutations. Here we demonstrate that alchemical free energy methods, a well-established class of methods from computational chemistry, can successfully predict whether mutations in Staphylococcus aureus dihydrofolate reductase confer resistance to trimethoprim…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Journal of pharmacy & pharmaceutical sciences : a publication of the Canadian Society for Pharmaceutical Sciences, Societe canadienne des sciences pharmaceutiques2009eng
PURPOSE: To discuss the contribution of psoralen and bergapten metabolites on psoralens toxicity.
METHODS: Computational chemistry prediction of metabolic reactions and toxicophoric groups based on the expert systems Derek and Meteor.
RESULTS: a total of 15 metabolites were suggested for both psoralen and bergapten based on phase 1 and 2 biotransformations until the 3rd generation. Five toxicophoric substructures were shared among psoralen, bergapten and their corresponding metabolites; one toxicophoric marker (resorcinol) was only identified in bergapten and its biotransformation products.
…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The need to simulate large-sized molecules or to deal with large series of compounds is a challenging topic in computational chemistry, which has stimulated the development of accurate semiempirical methods, such as the recently reported Recife Model 1 (RM1; J Comput Chem 2006, 27, 1101). Even though RM1 may prove to be of value simply due to the enhanced quantitative accuracy in gas phase, it is unclear how the new parameters optimized for RM1 affect the suitability of this semiempirical Hamiltonian to study chemical processes in condensed phases. To address this question, we report the param…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The structure-activity relationships of a series of novel antifilarial antimycin A1 analogues have been investigated by using computational chemistry and multivariate statistical techniques. The physiochemical descriptors calculated in this way contained information which was useful in the classification of compounds according to their in vitro antifilarial activity. This approach generated a 53 parameter descriptor set, which was reduced with a multivariate pattern recognition package, ARTHUR. Regression analysis of the reduced set yielded several statistically significant regression equation…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Noncovalent interactions play a central role in chemistry, biology, and materials science, governing processes ranging from molecular recognition and protein folding to crystal packing and supramolecular assembly. The rational design of these interactions relies on principles such as directionality and complementarity, which control the organization and stability of molecular complexes. Although energetic decomposition analyses can provide insight into these features, their computational cost limits their application to large-scale systems. Here, we introduce a simple density-based descriptor,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hydrogen atom transfer (HAT) represents a fundamental reaction in synthetic chemistry, with ongoing innovations aimed at improving its selectivity and efficiency. Leveraging the unique reactivity of cobaloxime, we developed a regioselective HAT process that enables divergent carbamoylation of branched alkenes. Through modulation of the electronic and steric properties of the ligands, this cobalt complex achieves precise discrimination between hydrogen atoms exhibiting minor differences in bond dissociation energies (BDEs), affording vinyl and allylic amides with predictable selectivity. This o
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Persistent anionic N-centered radicals are exceptionally rare, as the coexistence of negative charge and unpaired electron density typically promotes protonation, aggregation, and irreversible redox chemistry. Here we introduce mesoionic 1,2,3-triazines as a platform for stabilizing such elusive open-shell anions. These compounds undergo clean and reversible one-electron reduction to generate negatively charged nitrogen-centered radicals, and suitable substitution enables their isolation as crystalline salts. EPR spectroscopy, single-crystal x-ray diffraction, and computational analysis reveal
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cycloaddition reactions are central to building cyclic molecular architectures for drug discovery and materials science. However, controlling single-atom-bridged cycloaddition remains elusive. Herein, we describe a selenium-atom transfer [3 + 2 + 1] heterocycloaddition of readily available arylamines, alkenes and diselenides, enabling rapid, modular access to diverse selenium- and nitrogen-containing heterocycles, including selenomorpholines and polycyclic 1,4-selenazinanes. This metal-free method operates under mild, simple conditions with scalability, showcasing broad substrate generality an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enhancing virtual screening enrichment has become an urgent problem in computational chemistry, driven by increasingly large databases of commercially available compounds, without a commensurate drop in in vitro screening costs. Docking these large databases is possible with cloud-scale computing. However, rapid docking necessitates compromises in scoring, often leading to poor enrichment and an abundance of false positives in docking results. This work describes a new scoring function composed of two parts - a knowledge-based component that predicts the probability of a particular atom type b…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования