BACKGROUND: Kinase inhibitors (KIs) are essential in targeted cancer therapy but frequently cause cardiotoxicity, limiting their clinical utility. A systematic resource to explore the underlying causal mechanisms is urgently needed.
METHODS: We developed the Kinase Inhibitor Cardiotoxicity Database (KICDB ), an interactive web platform integrating large-scale transcriptomic meta-analysis with causal inference to identify molecular determinants of KI-induced cardiotoxicity.
RESULTS: Meta-analysis of 5291 samples revealed a convergent disruption of the cellular mitotic machinery, specifically
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Chronic kidney disease (CKD) is seen as a diverse disease and a primary contributor to global mortality. Malnutrition arises within chronic illness, which involves protein energy depletion and inadequate levels of essential nutrients. These factors increase the likelihood of death and the overall impact of the disease on affected individuals. Consequently, this study aims to utilize bibliometric and visual analysis to assess the current state of research, the latest advances and emerging patterns in the fields of CKD and malnutrition.
METHODS: Extensive research was conducted usin
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Thirty-eight percent of protein structures in the Protein Data Bank contain at least one metal ion. However, not all these metal sites are biologically relevant. Cations present as impurities during sample preparation or in the crystallization buffer can cause the formation of protein-metal complexes that do not exist in vivo. We implemented a deep learning approach to build a classifier able to distinguish between physiological and adventitious zinc-binding sites in the 3D structures of metalloproteins. We trained the classifier using manually annotated sites extracted from the MetalPDB datab
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
As major components of spider venoms, neurotoxic peptides exhibit structural diversity, target specificity, and have great pharmaceutical potential. Deep learning may be an alternative to the laborious and time-consuming methods for identifying these peptides. However, the major hurdle in developing a deep learning model is the limited data on neurotoxic peptides. Here, we present a peptide data augmentation method that improves the recognition of neurotoxic peptides via a convolutional neural network model. The neurotoxic peptides were augmented with the known neurotoxic peptides from UniProt
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Myasthenia gravis (MG) is an autoimmune disorder of the neuromuscular junction in which a clinical diagnosis may be confirmed with serological testing. The most common autoantibodies used to support a diagnosis of MG are anti-acetylcholine receptor antibodies and anti-muscle-specific tyrosine kinase antibodies. In cases in which both of these autoantibodies are negative (termed double-seronegative [dSNMG]), other autoantibodies such as low-density lipoprotein receptor-related protein 4 (LRP4) may be used to aid in diagnosis.
METHODS: We have undertaken a systematic literature revi
СтатьяСистематический обзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Tox-Prot program was initiated in order to provide the scientific community a summary of the current knowledge on animal protein toxins. The aim of this program is to systematically annotate all proteins which act as toxins and are produced by venomous and poisonous animals. Venomous animals such as snakes, scorpions, spiders, jellyfish, insects, cone snails, sea anemones, lizards, some fish, and platypus are equipped with a specialized organ to inject venom in their prey. In contrast, poisonous animals such as some fish or worms, lack such organs. Each toxin is annotated according to the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
During the protein identification and quantitation of human breast milk samples, an hCG isoform was identified using an NCBI human database, but a further look into the protein sequence by running an NCBI BLAST revealed the similarity to a human bile salt-stimulated lipase protein. Here we used known protein databases to determine whether or not the identified protein is truly an hCG isoform or is actually a bile salt-stimulated lipase protein instead. Using NCBI BLAST, NCBI Align, UniProt Align, and ExPasy Align, we determined that the hCG isoform identified is more similar to the bile salt-s
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The apicomplexan intracellular parasite Toxoplasma gondii is a major food borne pathogen that is highly prevalent in the global population. The majority of the T. gondii proteome remains uncharacterized and the organization of proteins into complexes is unclear. To overcome this knowledge gap, we used a biochemical fractionation strategy to predict interactions by correlation profiling. To overcome the deficit of high-quality training data in non-model organisms, we complemented a supervised machine learning strategy, with an unsupervised approach, based on similarity network fusion. The resul
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
According to the Trial of Org 10172 in Acute Stroke Treatment, ischemic stroke is classified into five subtypes. However, the predictive biomarkers of ischemic stroke subtypes are still largely unknown. The utmost objective of this study is to map, construct and analyze protein-protein interaction (PPI) networks for all subtypes of ischemic stroke, and to suggest the predominant biological pathways for each subtypes. Through 6285 protein data retrieved from PolySearch2 and STRING database, the first PPI networks for all subtypes of ischemic stroke were constructed. Notably, F2 and PLG were ide
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Viral-host protein-protein interaction plays a vital role in pathogenesis, since it defines viral infection of the host and regulation of the host proteins. Identification of key viral-host protein-protein interactions (PPIs) has great implication for therapeutics.
METHODS: In this study, a systematic attempt has been made to predict viral-host PPIs by integrating different features, including domain-domain association, network topology and sequence information using viral-host PPIs from VirusMINT. The three well-known supervised machine learning methods, such as SVM, Naïve Bayes
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Protein structure plays a pivotal role in elucidating mechanisms of parasite functioning and drug resistance. Moreover, protein structure aids the determination of protein function, which can together with the structure be used to identify novel drug targets in the parasite. However, various structural features in Plasmodium falciparum proteins complicate the experimental determination of protein structures. Limited similarity to proteins in the Protein Data Bank and the shortage of solved protein structures in the malaria parasite necessitate genome-scale structural annotation of
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To investigate the molecular mechanism of the disease based on the clinical characterization and genetic mutation analysis in a family with hereditary spherocytosis.
METHODS: The proband with jaundice and anemia was referred to Yidu Central Hospital of Weifang in May 2021. Peripheral blood samples were collected from six members of the family. Second-generation sequencing was used to screen the pathological mutations, and the clinically significant variant sites were selected. Then the relevant databases were used to analyze the variant sites, and RT-qPCR was used to detect the rel
Аннотация на английскомСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The ovary plays a central role in oogenesis and gonadal hormone secretion. Proteomic analysis is a valuable approach for gaining an increased understanding of the molecular nature of the ovary. In this work, two-dimensional electrophoresis for protein separation followed by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry and database searches, identified 231 protein spots corresponding to 138 individual proteins that were found in gels representing both the follicular and luteal phases. The data were used to construct a database online (http://reprod.njmu.edu.cn/2d). The identifi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Peptides are important molecules with diverse biological functions and biomedical uses. To date, there does not exist a single, searchable archive for peptide sequences or associated biological data. Rather, peptide sequences still have to be mined from abstracts and full-length articles, and/or obtained from the fragmented public sources.
DESCRIPTION: We have constructed a new database (PepBank), which at the time of writing contains a total of 19,792 individual peptide entries. The database has a web-based user interface with a simple, Google-like search function, advanced text
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Machine learning (ML) approaches for de novo antibody design generate thousands of candidate sequences, but most lack a robust assessment of post-translational modification liabilities. N-linked glycosylation in variable domains can fundamentally alter antibody function, yet current penetrance estimates are derived from glycosylation-enriched datasets inflating risk estimates. We surveyed 19,265 human antibody structures from the Protein Data Bank (PDB), identifying 1,368 N-X-S/T sequons in variable domains (this study) with 7.82% observed penetrance (107/1,368; Wilson 95% CI 6.5-9.4%) - a cry
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The development of novel therapeutics is urgently required for diseases where existing treatments are failing due to the emergence of resistance. This is particularly pertinent for parasitic infections of the tropics and sub-tropics, referred to collectively as neglected tropical diseases, where the commercial incentives to develop new drugs are weak. One such disease is schistosomiasis, a highly prevalent acute and chronic condition caused by a parasitic helminth infection, with three species of the genus Schistosoma infecting humans. Currently, a single 40-year old drug, praziquantel, is ava
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We have developed EpDis and MassPred, extendable open source software tools that support bioinformatic research and enable parallel use of different methods for the prediction of T cell epitopes, disorder and disordered binding regions and hydropathy calculation. These tools offer a semi-automated installation of chosen sets of external predictors and an interface allowing for easy application of the prediction methods, which can be applied either to individual proteins or to datasets of a large number of proteins. In addition to access to prediction methods, the tools also provide visualizati
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA-binding transcription factors (TFs) have a central role in regulation of gene expression at the transcription initiation level. These proteins have been experimentally described in multiple bacterial and archaeal genomes. These descriptions have allowed their prediction in complete genomes. In this work, we collected 1784 experimentally validated TFs across 25 bacterial and seven archaeal phyla, including Gammaproteobacteria, Bacillota, and Actinomycetota in bacteria and Thermoproteota and Thermococci in archaea. The collection of regulatory proteins was organized into a relational databas
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The CBM13 family comprises carbohydrate-binding modules that occur mainly in enzymes and in several ricin-B lectins. The ricin-B lectin domain resembles the CBM13 module to a large extent. Historically, ricin-B lectins and CBM13 proteins were considered completely distinct, despite their structural and functional similarities.
RESULTS: In this data mining study, we investigate structural and functional similarities of these intertwined protein groups. Because of the high structural and functional similarities, and differences in nomenclature usage in several databases, confusion c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
β-lactamase mediated antibiotic resistance is an important health issue and the discovery of new β-lactam type antibiotics or β-lactamase inhibitors is an area of intense research. Today, there are about a thousand β-lactamases due to the evolutionary pressure exerted by these ligands. While β-lactamases hydrolyse the β-lactam ring of antibiotics, rendering them ineffective, Penicillin-Binding Proteins (PBPs), which share high structural similarity with β-lactamases, also confer antibiotic resistance to their host organism by acquiring mutations that allow them to continue their participation
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования