The stem cell leukemia (SCL) gene encodes a bHLH transcription factor with a pivotal role in hematopoiesis and vasculogenesis and a pattern of expression that is highly conserved between mammals and zebrafish. Here we report the isolation and characterization of the zebrafish SCL locus together with the identification of three neighboring genes, IER5, MAP17, and MUPP1. This region spans 68 kb and comprises the longest zebrafish genomic sequence currently available for comparison with mammalian, chicken, and pufferfish sequences. Our data show conserved synteny between zebrafish and mammalian S…
Сравнительное исследованиеПисьмо в редакциюПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biosurfactants are amphiphilic microbial metabolites with potential to reduce surface and interfacial tension and to promote emulsification. … hetic gene clusters (BGCs), including NRPS clusters related to surfactin and fengycin biosynthesis. Synteny analyses indicated conservation of these clusters among phylogenetically related Bacillus strains. Functional assays showed that culture-medium composition influenced cell growth, emulsification indices, and emulsifying activity. UHPLC-HRMS/MS combi …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate meiotic progression during oogenesis is fundamental to oocyte maturation and female fertility in sexually reproducing organisms. In lepidopteran insects, however, the upstream regulators governing female meiotic progression, particularly ovary-specific functional genes, remain largely uncharacterized, and their in vivo roles in oocyte development are poorly understood. Here, we identified a gene encoding an ovary-specific C2H2-type zinc-finger protein (ZFP), designated BmZFO721 (Bombyx mori Zinc-Finger Ovary gene 721). Phylogenetic and genomic synteny analyses reveal that BmZFO721 is …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
GRF transcription factors (GRF) are pivotal regulators of plant development and stress tolerance, but their functional repertoire in the rubber crop Taraxacum kok-saghyz (Russian dandelion) remains entirely uncharacterized. Genome-wide analysis of the T. kok-saghyz genome identified 10 TkGRF members, unevenly distributed across eight chromosomes and phylogenetically resolved into five clades. All TkGRFs contained the canonical QLQ and WRC domains, confirming their identity as bona fide GRF transcription factors. Synteny analysis further established close evolutionary conservation of these 10 T…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Structural variations (SVs), including inversions, translocations (TRAs), duplications, and large insertions or deletions, are k … ng and visualizing SVs identified by SyRI. We demonstrate that SynFlow can reproduce complex static synteny plots published in literature, but transforms them into dynamic, shareable visualizations that support real-time filtering, reordering, and deep exploration of specific SVs, including TRAs. SynFlow is available as a web server and offers multiple en …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
De novo genes originate from previously non-coding genomic regions. They provide an important source of lineage-specific innovation. In plan … d sequence evolution, genome annotation quality, polyploidy and transposable elements. Whole-genome synteny alignment, multi-omics evidence and machine-learning approaches can improve candidate discovery. However, each method has important limitations. Finally, this review highlights key future questions in functional validation, latent coding potential i …
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The nuclear factor Y (NF-Y) transcription factor family plays crucial roles in plant growth, development, and stress responses. However, studies on the NF-Y family in maize remain relatively limited. In this study, we identified 53 NF-Ys in the maize genome, which were classified into ZmNF-YA, ZmNF-YB, and ZmNF-YC subfamilies. These genes exhibited diverse physicochemical properties and were unevenly distributed across the 10 chromosomes. Synteny analysis revealed 48 collinear gene pairs between maize and rice, indicating close evolutionary relationships. Gene structure and conserved motif ana…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Scrub typhus, caused by the obligate intracellular bacterium Orientia tsutsugamushi (O. tsutsugamushi), remains a major public-health concer … with partial geographic structure, while tsa56 genotypes were only partly congruent with it. Genome synteny was generally limited across strains but markedly higher among the closest relatives, consistent with ongoing rearrangement. HMU_001 expands representation of complete O. tsutsugamushi genomes by adding a TA763_A lineage strain from a high-incidence …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tetraodontiformes species exhibit several evolutionary innovations, notably the convergent evolution of two traits in some clades: defensive body inflation and the loss of acid-peptic digestion. It has been widely believed that the evolution of body inflation drove the loss of gastric digestion, as ingesting seawater during inflation would hinder acidification and ultimately lead to the loss of gastric digestion. Leveraging accumulating genome resources, we investigated the presence, synteny, gene expression, and rapid evolution of nine genes associated with acid-peptic digestion across seven …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Neotropical monophyletic catfish genus Harttia represents an excellent model to study karyotype and sex chromosome evolution in teleosts. Its species split into three phylogenetic clades distributed along the Brazilian territory and they differ widely in karyotype traits, including the presence of standard or multiple sex chromosome systems in some members. Here, we investigate the chromosomal rearrangements and associated synteny blocks involved in the origin of a multiple X1X2Y sex chromosome system present in three out of six sampled Amazonian-clade species. Using 5S and 18S ribosomal D…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Congenital hypothyroidism (CH) is a highly prevalent but treatable neonatal endocrine disorder. Thyroid peroxidase (TPO) catalyzes key reactions in thyroid hormone (TH) synthesis. TPO mutations have been found to underlie approximately 5% of congenital hypothyroidism in Chinese patients with more severe phenotypes, the treatment of whom usually requires a higher dose of L-thyroxine. The Tpo gene of zebrafish has 66% homology with the human TPO gene, and synteny analysis has indicated that it is likely a human TPO ortholog. In this study, we generated a tpo-/- mutant zebrafish line through knoc…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Klebsiella pneumoniae is a common pathogen, associated with a wide spectrum of infections, and clinical isolates of K. pneumoniae often poss … us and Gamaleyavirus phages, which are N4-like podoviruses. In addition, the KP8 genome showed gene synteny typical of the N4-like podoviruses and contained the gene encoding a large virion-encapsulated RNA polymerase. Phylogenetic analysis of the KP8 genome revealed that the KP8 genome formed a distinct branch within the clade, which included the members …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cyanobacteria are often the dominant phototrophs in polar freshwater communities; yet, the phages that infect them remain unknown. Here, we … eins of known function. Although S-EIV1 is divergent from other sequenced phage isolates, it shares synteny with phage genes captured on a fosmid from the deep-chlorophyll maximum in the Mediterranean Sea, as well as with an incision element in the genome of Anabaena variabilis (ATCC 29413). Sequence recruitment of metagenomic data indicates that S-EIV1-l …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Males are homogametic (ZZ) and females are heterogametic (WZ) with respect to the sex chromosomes in many species of butterflies and moths ( … , although potential gene inversions alter terminal gene orders and a translocation event disrupted synteny at one chromosome end. Compared to B. mori orthologs, O. nubilalis Z chromosome-linked genes showed conservation of tissue-specific and growth-stage-specific expression, although some genes exhibited species-specific expression across developmental …
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Members of the genus Chlamydia are strict obligate intracellular pathogens that exhibit marked differences in host range and tissue tropism despite sharing a remarkable level of genomic synteny. These pathobiotype differences among chlamydiae are also mirrored in their early interactions with cultured mammalian host cells. Chlamydial attachment and entry is known to trigger protein tyrosine phosphorylation. In this study, we examined the kinetics and pattern of protein tyrosine phosphorylation induced by infection with a comprehensive collection of chlamydial strains exhibiting diversity in ho…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present the complete genome sequence of Yersinia pestis KIM, the etiologic agent of bubonic and pneumonic plague. The strain KIM, biovar … genome proteins were also compared, exposing surprising amounts of locally colinear "backbone," or synteny, that is not discernible at the nucleotide level. Nearly 54% of KIM ORFs are significantly similar to K-12 proteins, with conserved housekeeping functions. However, a number of E. coli pathways and transport systems and at least one global regulator …
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Trypanosoma brucei gambiense is the causative agent of chronic Human African Trypanosomiasis or sleeping sickness, a disease endemic across often poor and rural areas of Western and Central Africa. We have previously published the genome sequence of a T. b. brucei isolate, and have now employed a comparative genomics approach to understand the scale of genomic variation between T. b. gambiense and the reference genome. We sought to identify features that were uniquely associated with T. b. gambiense and its ability to infect humans.
METHODS AND FINDINGS: An improved high-quality d
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Type A1 Clostridium botulinum strains are a group of Gram-positive, spore-forming anaerobic bacteria that produce a genetically, biochemically, and biophysically indistinguishable 150 kD protein that causes botulism. The genomes of three type A1 C. botulinum strains have been sequenced and show a high degree of synteny. The purpose of this study was to characterize differences among these genomes and compare these differentiating features with two additional unsequenced strains used in previous studies.
RESULTS: Several strategies were deployed in this report. First, University of…
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: With the publication of the draft chicken genome and the recent production of several BAC clone libraries from non-avian reptile … hollandiae) to investigate patterns of sequence divergence, gene and retroelement content, and microsynteny between these species and chicken.
RESULTS: From a total of 11,967 curated BESs, we successfully mapped 725, 773 and 2597 sequences in alligator, turtle, and emu, respectively, to sites in the draft chicken genome using a stringent BLAST protocol. …
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Autosomal monoallelic gene expression and asynchronous replication between alleles are well-established features of imprinted genes and gene … other allele. Additionally, we find corresponding I/SCs in the mouse genome that display conserved synteny with human I/SCs. This allele-restricted regulation creates extensive cellular mosaicism through a stable epigenetic mechanism. This mosaicism impacts numerous dosage-sensitive genes associated with human diseases such as Parkinson, epilepsy, deafne …
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования