Monitoring and understanding the transmission and evolution of SARS-CoV-2 remains a significant public health priority. Within-host genetic variation provides insight into viral evolution during infection and may help infer transmission events. In this study, we analysed intra-host variation in SARS-CoV-2 genome sequences from Boston University's testing mandate. Focusing on intra-host single nucleotide variants (iSNVs), we inferred transmission events and assessed the selective forces shaping within-host viral evolution. To minimize false-positive iSNVs resulting from systematic biases, we im
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enterovirus A71 (EV-A71) causes hand, foot, and mouth disease and can trigger life-threatening neurological complications, yet the sequence-level physicochemical correlates of CNS involvement across globally circulating lineages remain incompletely defined. Here we screened 15,247 EV-A71 genomic entries spanning 1998-2024, retaining 267 full-length sequences (≥7,000 bp) with confirmed clinical outcomes (7 central nervous system [CNS]-involved, 260 non-CNS). This extreme 7:260 class imbalance, reflecting the scarcity of publicly available full-length CNS-associated EV-A71 genomes, is the princi
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dengue fever represents a significant public health challenge in Saudi Arabia, yet comprehensive molecular characterization of circulating serotypes remains limited. This study combines epidemiological and phylogenetic analyses to understand dengue virus (DENV) dynamics in the Kingdom. A systematic review and meta-analysis of dengue epidemiological data from Saudi Arabia (1992-2026) was the Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses (PRISMA) guidelines. All available DENV envelope (E) gene sequences from Saudi human cases (1992-2023) were retrieved from GenBank and Glob
СтатьяМетаанализСистематический обзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
India being within global dengue-endemic region faces frequent dengue outbreaks in different parts with Kolkata in eastern India reporting frequent serotype switching. Thus, present study deals with evolutionary perspective of circulating DENV serotypes/genotypes, their association with development of disease severity among infected patients in Kolkata during 2020–2022. DENV envelope-(E)-gene of 58 samples isolated from 718 symptomatic patients was PCR-amplified, sequenced, subjected to molecular phylogenetic analysis using maximum likelihood method and evolutionary time clock analysis using T
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pseudomonas aeruginosa infections in adults with cystic fibrosis (CF) are comprised of heterogeneous populations, most often tracing ancestry back to a single recent common ancestor. What is not clear is the physical spatial structure within the lung infection population, its stability over time, and whether this physical structure leads to different evolutionary trajectories in different adaptive environments. To compare the P. aeruginosa populations across a single lung, we performed whole genome sequence analyses of 450 isolates recovered from lavage samples of the three different lobes of
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The platypus (Ornithorhynchus anatinus), a unique monotreme, represents a pivotal point in mammalian evolution with its distinctive traits, such as electroreception and venom production. Despite its evolutionary significance, the viral diversity within platypuses remains poorly understood. This study employed next-generation sequencing to investigate the virome of the dead platypuses, uncovering a range of novel and divergent viruses. Among the identified viruses were four complete genomes of papillomaviruses (OaPV1-4) exhibiting substantial divergence from known strains, suggesting a novel ge
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We have developed a robust method for efficiently tracking multiple co-occurring mutations in a sequence database. Evolution often hinges on the interaction of several mutations to produce significant phenotypic changes that lead to the proliferation of a variant. However, identifying numerous simultaneous mutations across a vast database of sequences poses a significant computational challenge. Our approach leverages a matrix factorization technique to automatically and efficiently pinpoint subsets of positions where co-mutations occur, appearing in a substantial number of sequences within th
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Successively emerging SARS-CoV-2 variants lead to repeated epidemic surges through escalated fitness (i.e., relative effective reproduction number between variants). Modeling the genotype-fitness relationship enables us to pinpoint the mutations boosting viral fitness and flag high-risk variants immediately after their detection. Here, we present CoVFit, a protein language model adapted from ESM-2, designed to predict variant fitness based solely on spike protein sequences. CoVFit was trained on genotype-fitness data derived from viral genome surveillance and functional mutation assays related
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Plasmids are now the primary vectors of antimicrobial resistance, but our understanding of how human industrialization of antibiotics influenced their evolution is limited by a paucity of data predating the antibiotic era (PAE). By investigating plasmids from clinically relevant bacteria sampled and isolated between 1917 and 1954 and comparing them with modern plasmids, we have captured more than 100 years of evolution. We show that although virtually all PAE plasmids were devoid of resistance genes and most never acquired them, a minority evolved to drive the global spread of resistance to fi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Many Mycobacterium tuberculosis genome sites experience different selective forces depending on whether a patient is treated with antibiotics. Here, we searched for pairs of such sites that evolve interdependently. We reconstructed the phylogeny of more than 11,000 Mycobacterium tuberculosis clinical isolates with known phenotypes for at least one of the 13 antitubercular drugs. By analyzing the distributions of substitutions and phenotypic state changes on the phylogeny, we identified sites where substitutions were associated with the acquisition of drug resistance or occurred preferentially
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the last decade, the emergence of variant strains of avian orthoreovirus (ARV) has caused an enormous economic impact on the poultry industry across China and other countries. This study aimed to evaluate the molecular evolution of the ARV lineages detected in Chinese commercial broiler farms. Firstly, ARV isolation and identification of commercial broiler arthritis cases from different provinces in China from 2016 to 2021 were conducted. A total of 51 pure ARV isolates were obtained. Sequencing results showed that there were five genotypes of the strains isolated in this study, of which ge
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: For centuries, humans have used directed evolution to promote desired traits in domesticated animals. We hypothesized similar strategies may be employed to steer castrate resistant prostate cancer cells to a castrate sensitive phenotype allowing resumption of Androgen Deprivation therapy (ADT) and prolonging survival.
METHODS: Our interdisciplinary team investigated directed evolution to restore castrate sensitivity in a patient with metastatic castrate resistant prostate cancer who could not tolerate available therapeutic agents for castrate resistant disease. Guided by an evoluti
СтатьяКлинический случайПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The COVID-19 pandemic, driven by the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2), has underscored the need to understand the virus's evolution due to its global health impact. This study employed RNA sequencing (RNA-Seq) to analyze gene expression differences across multiple SARS-CoV-2 variants. We used publicly available datasets from the Gene Expression Omnibus (GEO) with IDs GSE157103, GSE171110, GSE189039, and GSE201530, which contain RNA-Seq data extracted from white blood cells, whole blood, or PBMCs of individuals infected with the Original Wuhan variant (both hospitali
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bovine parvovirus (BPV) is among the pathogens associated with respiratory, digestive, and reproductive disorders in cattle, contributing to significant economic losses in the global cattle industry. To investigate the prevalence and genetic variability of BPV in diarrheic cattle, 14 BPV strains were isolated from 673 bovine diarrhea samples (2017-2022, Northeast China) using BT cells. Notably, the DQ7498 strain exhibited the highest proliferation efficiency (titer reaching 108.12TCID50/mL). Sensitive cell detection assays showed isolated strains stably serially passaged only in BT and bovine
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Senecavirus A (SVA), previously called Seneca Valley virus, belongs to the family Picornaviridae, species Senecavirus A, in the Senecavirus genus. SVA infection causes vesicular lesions in sows and a sharp drop in neonatal piglet production. In this study, an SVA strain, SVA/SD/2023, was isolated from a pig farm in North China, and its genome was determined and analyzed. PCR, immunofluorescence, and western blotting revealed that the SVA/SD/2023 strain stably promoted the proliferation of BHK-21 cells. Electron microscopy showed that the purified virus was an icosahedral particle of approximat
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Non-Hodgkin lymphoma (NHL) remains the most common malignancy and cause of death among human immunodeficiency virus (HIV-1)-positive individuals, its prevalence remaining even after the introduction of combined antiretroviral therapy (cART). The mechanisms underlying B-cell tumorigenesis are still poorly understood; however, recently, a key role for p17 variants (vp17s) in lymphoma development has been clearly elucidated. Here, we describe findings on lymphomagenic vp17s and discuss their potential role as diagnostic and prognostic markers that could be used to predict the HIV-positive patient
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Opportunistic microbial pathogens that infect humans must adapt to radically different fitness landscapes as they transition from the external environment to the host niche. The nature, frequency, and magnitude of genomic changes that accompany adaptation to the human host niche are not well understood for many eukaryotic pathogens because of the logistical challenges of obtaining longitudinal samples of pathogen populations in individual patients. Drawing on a set of case studies, we characterize in-host genomic and phenotypic evolution of the opportunistic human fungal pathogen Cryptococcus
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
With the COVID-19 pandemic receding, tuberculosis (TB) is again the number one cause of human death to a single infectious agent. TB is caused by bacteria that belong to the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC). Recent advances in genome sequencing have provided new insights into the ecology and evolution of the MTBC. This includes the discovery of new phylogenetic lineages within the MTBC, a deeper understanding of the host tropism among the various animal-adapted lineages, enhanced knowledge on the evolutionary dynamics of antimicrobial resistance and transmission, as well as a better g
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Corynebacterium ulcerans is an emerging zoonotic pathogen which causes diphtheria-like infections. Although C. ulcerans is found in multiple domestic and wild animal species, most human cases are linked with pets. Our ability to decipher cross-host species transmission dynamics and to understand the emergence of clinically relevant clones (e.g., diphtheria toxin-positive) is currently hampered by a limited knowledge of C. ulcerans strain diversity and genome evolution. Here, we explore the genomic population structure and evolution of C. ulcerans with 582 isolates from diverse hosts and geogra
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Selenocysteine (Sec) is encoded by the UGA codon that normally functions as a stop signal and is specifically incorporated into selenoproteins via a unique recoding mechanism. The translational recoding of UGA as Sec is directed by an unusual RNA structure, the SECIS element. Although archaea and eukaryotes adopt similar Sec encoding machinery, the SECIS elements have no similarities to each other with regard to sequence and structure. We analyzed >400 Asgard archaeal genomes to examine the occurrence of both Sec encoding system and selenoproteins in this archaeal superphylum, the closest prok
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования