Archival tissues represent a rich resource for clinical genomic studies, particularly when coupled with comprehensive medical records. Use of these in next generation sequencing (NGS) is a priority. Nine formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) DNA extraction methods were evaluated using twelve FFPE samples of varying tissue types. Quality assessment included total yield, percent dsDNA, fragment analysis and multiplex PCR. After assessment, three tissue types from four FFPE DNA methods were selected for NGS downstream evaluation, targeted and whole exome sequencing. In addition, two low input l…
Оценочное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Archived formalin fixed paraffin embedded (FFPE) samples are valuable clinical resources to examine clinically relevant morphology features and also to study genetic changes. However, DNA quality and quantity of FFPE samples are often sub-optimal, and resulting NGS-based genetics variant detections are prone to false positives. Evaluations of wet-lab and bioinformatics approaches are needed to optimize variant detection from FFPE samples.
RESULTS: As a pilot study, we designed within-subject triplicate samples of DNA derived from paired FFPE and fresh frozen breast tissues to high…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: NanoString technology is an innovative barcode-based system that requires less tissue than traditional techniques and can test f … rse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). A mixture of frozen (n = 18), formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue (n = 23), and rapid extract template (n = 4) were used for testing.
RESULTS: Each of the 22 transcripts tested was detected in at least one of the 45 tumor samples. The results of the NanoString assay were 100% concordant wit …
Оценочное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND/AIM: Lymphocytic oesophagitis (LyE) is a newly described entity characterized by a high number of intraepithelial lymphocytes/ high power field (≥40 CD3+IELs/HPF) in the oesophageal epithelium. The aim of the study was to investigate possible ultrastructural changes taking place in LyE at the transmission electron microscopic (TEM) level.
MATERIALS AND METHODS: Oesopageal biopsies from seven patients were investigated: four were consecutive patients with LyE, one with reflux oesopagitis, one with eosinophilic oesopagitis (EoE) and one with histologically normal squamous epithelium.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Identification of prognostic melanoma-associated copy number alterations (CNAs) is still an area of active research. Here, we investigated by high-resolution array comparative genomic hybridization (aCGH) a cohort of 31 paraffin-preserved primary malignant melanomas (MMs), whose prognosis was not predictable on the basis of conventional histopathological parameters. Although we identified a variety of highly recurrent sites of genomic lesions, the total number of CNAs per patient was not a discriminator of MM outcome. Furthermore, validation of aCGH by quantitative PCR on an extended populatio…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Mantle-cell lymphoma (MCL) has a variable natural history but is incurable with current therapies. MicroRNAs (miRs) are useful in prognostic assessment of cancer. We determined an miR signature defining aggressiveness in B-cell non-Hodgkin lymphomas (NHL) and assessed whether this signature aids in MCL prognosis.
METHODS: We assessed miR expression in a training set of 43 NHL cases. The miR signature was validated in 44 additional cases and examined on a training set of 119 MCL cases from four institutions in Canada. miRs significantly associated with overall survival were examined i
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To introduce a new repair technique, inverted V-shape, for penile paraffinoma without necrosis of the ventral skin anastomosed.
MATERIALS AND METHODS: From March 2006 to July 2012, 34 patients underwent penile paraffinoma repair using the T-style or a new operation procedure, the inverted V-shape anastomosis with a bilateral scrotal flap. The patients were subdivided into 2 groups. In group 1, each patient underwent the T-style anastomosis. In group 2, each patient underwent the inverted V-shape anastomosis. Two circumferential incisions were made, one at the skin just proximal to …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Exophytic glioblastoma arising from the cerebellar tonsil is an extremely rare variant within the possible anatomical presentations of the glioblastoma multiforme (GBM). We report the case of a 55-year-old woman who presented with a tumor located at the cranio-cervical junction with compression of the medulla oblongata and consecutive hydrocephalus. Due to the radiological presentation, the first tentative diagnosis was a meningioma. The tumor was microsurgically removed. Histopathological examination of the tumor revealed a GBM WHO IV. The patient underwent a postoperative percutaneous radiot
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Donor livers are not generally accepted for liver transplantation if intraoperative frozen section histology on wedge biopsies provides evidence for more severe steatosis. In this reliability study, assessment of steatosis in donor liver biopsies by different approaches (frozen sections vs. paraffin sections; macrovesicular steatosis vs. microvesicular steatosis), different observers, and different evaluation methods (conventional microscopy vs. point grid analysis on digital microphotographs) was compared. One hundred twenty consecutive donor liver biopsies were investigated. Intraoperative d…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: To assess the performance, efficiency and optimal removal time of a newly designed temporary retrievable cardia covered stent (TRC-CS) for the treatment of achalasia in a dog model.
METHODS: Eighty-four achalasia-like dog models were randomly divided into seven groups of 12, a control group (CG; no stent insertion), a standard stent control group (NSCG, standard esophageal stent) and five treatment groups (TG, TRC-CS). Stents were retrieved at 4 days after insertion in the NSCG and at 4 days(4 d-TG), 2 weeks(2 w-TG), 1 month(1 m-TG), 3 months(3 m-TG), and 6 months(6 m-TG) in the T
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Human Herpesvirus type 8 (HHV-8) is a new member of the herpes virus family, first found in the tissue of acquired immune defici … en inflammatory and acantholytic cells with HHV-8 infection.
METHODS: Tissue-extracted DNA from 41 paraffin-embedded skin tissues from patients first presenting with pemphigus was tested using nested PCR for the presence of HHV-8. A total of 37 cases had pemphigus vulgaris (PV) and 4 patients had pemphigus foliaceus (PF). For our control group, normal ski …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Tumor growth regulation by extracellular matrix components has been one of the main topics on tumor biology in the last years. We aimed to investigate the protein expression pattern of decorin and versican in superficial spreading melanoma (SSM) and its precursors.
PATIENTS AND METHODS: Paraffin-embedded sections of benign nevi (BN), dysplastic nevi (DN), and primary SSM were assessed. Immunohistochemistry was performed for decorin and versican antibodies.
RESULTS: We investigated 64 patients with BN (n = 29), DN (n = 15), and SSM (n = 20) with a median Breslow thickness of 0.8 mm…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study describes, microscopically, the pathologic findings correlated to malpositioning of the human temporomandibular joint disc. The specimens studied consisted of 21 discs removed from patients affected by temporomandibular joint arthropathy. The specimens were cut longitudinally and were fixed overnight in 10% neutral-buffered formalin. They were embedded in paraffin with anatomic orientation preserved. Three- to 4-microm thick sections were cut according to routine procedures and mounted on slides. Then they were stained with Goldner-modified-Mallory staining used for morphologic stud…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cisplatin‑induced acute kidney injury (CI‑AKI) is one of the most common comorbidities in patients undergoing chemotherapy, notably limiting the clinical use of cisplatin. However, the pathogenesis of CI‑AKI remains to be fully elucidated. Sulforaphane (SFN), a NRF2 agonist, exhibits anti‑inflammatory, antioxidant and anti‑apoptotic effects, thus SFN exerts protective effects in kidney injury diseases. However, the possible role and underlying mechanisms of SFN in CI‑AKI remain ambiguous. An in vivo model of CI‑AKI was constructed using C57BL/6 mice that were administered a single intraperiton
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hyaluronic acid (HA) is a component of the extracellular matrix (ECM) that exists as a high molecular weight polymer composed of alternating … of hyaluronidase with breast adenocarcinoma invasiveness. Utilizing RT-PCR, RNA was extracted from paraffin embedded tissues (n=6) of patients diagnosed with fibrocystic breast changes, ductal carcinoma in situ (DCIS), and invasive adenocarcinoma. After constructing cDNA primers for base pairs 504 and 759 of the PH-20 gene (which is homologous to the hyal …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Thoracic imaging of a patient treated for pulmonary tuberculosis with oleothorax therapy before the antibiotic era demonstrated a rare complication. Gross invasion by lipid with subsequent pathologic fracture of the adjacent thoracic vertebra may give rise to symptomatic spinal cord compression. Magnetic resonance imaging is a useful modality for help in diagnosing treatment complications of oleothorax.
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Experimental autoimmune hepatitis (EAH) has been induced in several strains of mouse by immunization with liver cytosol plus Freund's complete adjuvant. Our goal was to validate EAH in female C57Bl/6 mice and to compare the ability of immunization with liver cytosol and hepatocyte plasma membranes in Freund's complete (CFA) or incomplete (IFA) adjuvants to induce EAH. Control mice received Hank's balanced salt solution (HBSS), alone or an emulsion of HBSS in either CFA or IFA. The severity of hepatitis in coded liver sections was compared. EAH-like lesions were found not only in mice immunized
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The patterns of cytokeratin as determined by murine monoclonal antikeratin antibody lu-5 (mAb lu-5) were quantitated in paraffin-embedded liver tissue from normal and diseased subjects. In tissue from healthy medical students, mAb lu-5 was found to decorate 2-4 periportal and 2-3 perivenular cell layers. Alcoholic liver disease was accompanied by a marked increase in intensity of mAb lu-5 antigen expression in zone I and III hepatocytes. Moreover, additional liver cells of both zones were progressively recruited, so that in advanced lesions all three lobular zones became positive. In mechanica…
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования