Parkinson's disease (PD) is a complex neurodegenerative disorder with diverse molecular signatures that extend beyond the central nervous system. Peripheral blood serves as a minimally invasive source of transcriptomic biomarkers reflecting systemic inflammation, mitochondrial dysfunction, lysosomal impairment, and disrupted RNA processing-key pathways involved in PD. Long-read RNA sequencing with Oxford Nanopore Technologies (ONT) offers unprecedented detail of full-length transcripts, alternative isoforms, and RNA modifications, enabling more accurate detection of disease-related transcripti
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Epstein-Barr virus (EBV) gene expression in nasopharyngeal carcinoma (NPC) includes abundant rightward transcription of the BamHI A fragment, consisting of mRNAs ranging in size from approximately 4.0 to 8.0 kb. These transcripts include several distinctly spliced forms which are 3'-end coterminal and contain the BamHI A rightward frame 0 (BARF0) open reading frame (ORF) in the final exon. BamHI A transcription is detected at a lower level of expression in EBV-infected lymphoid cells. In this study, cDNA cloning, reverse transcription-based PCR, and Northern (RNA) blotting were used to further
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Next-generation sequencing technology allows the detection of genomic structural variations, novel genes and transcript isoforms from the analysis of high-throughput data. In this work, we propose a new framework for the detection of fusion transcripts through short paired-end reads which integrates splicing-driven alignment and abundance estimation analysis, producing a more accurate set of reads supporting the junction discovery and taking into account also not annotated transcripts. Bellerophontes performs a selection of putative junctions on the basis of a match to an accurate
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding biological processes requires spatiotemporal mapping of proliferative and transcriptional dynamics. Current spatial transcriptomics methods capture only protein-coding transcripts and static snapshots, obscuring non-coding RNAs (ncRNAs) and dynamic events. We developed SPTEdU-seq, integrating spatial total transcriptomics with 5-ethynyl-2'-deoxyuridine tracking to co-profile gene expression and proliferation dynamics. SPTEdU-seq demonstrates ultrahigh sensitivity for coding and non-coding transcripts and for splicing isoforms, with single-molecule probe design eliminating optical
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Selenoprotein N (SELENON), a selenocysteine (Sec)-containing protein with high reductive activity, maintains redox homeostasis, thereby contributing to skeletal muscle differentiation and function. Loss-of-function mutations in SELENON cause severe neuromuscular disorders. In the early-to-middle stage of myoblast differentiation, SELENON maintains redox homeostasis and modulates endoplasmic reticulum (ER) Ca2+ concentration, resulting in a gradual reduction from the middle-to-late stages due to unknown mechanisms. The present study describes post-transcriptional mechanisms that regulate SELENO
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The inherited optic neuropathies comprise a group of genetically heterogeneous disorders causing optic nerve dysfunction. In some cases, optic neuropathies are associated with cerebellar atrophy which mainly affects the vermis. Here, we describe a Moroccan girl of consanguineous parents with optic atrophy and cerebellar atrophy. Exome sequencing revealed a novel homozygous mutation (c.283+3G>T) in the donor splice site for exon 1 of SLC25A46. RNA analysis revealed that an alternative splice site within exon 1 was used leading to a premature termination codon within exon 2. SLC25A46 mRNA expres
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ATM is an important cancer susceptibility gene that encodes a critical apical kinase of the DNA damage response (DDR) pathway. We show that a key nonsense-mediated RNA decay switch exon (NSE) in ATM is repressed by U2AF, PUF60 and hnRNPA1. The NSE activation was haplotype-specific and was most promoted by cytosine at rs609621 in the NSE 3' splice-site (3'ss), which is predominant in high cancer risk populations. NSE levels were deregulated in leukemias and were influenced by the identity of U2AF35 residue 34. We also identify splice-switching oligonucleotides (SSOs) that exploit competition of
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mucopolysaccharidosis I (MPS I) is a lysosomal storage disease caused by deficiency of alpha-L-iduronidase. In addition to the well-known human forms (Hurler, Hurler/Scheie, and Scheie syndromes), there exists a canine model of the disease. By using previously described canine cDNA encoding alpha-L-iduronidase as a probe, the canine IDUA gene has been cloned and characterized. It contains 14 exons spread over 13 kb. An unusual GC dinucleotide was found at the donor splice site of intron 11. A transcriptional start site was identified by primer extension 177 bp upstream of the initiator AUG cod
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Pulmonary artery endothelial cell (PAEC) dysfunction is a pathological hallmark of pulmonary hypertension (PH). Yet, the roles of long noncoding RNAs (lncRNAs) driven by super-enhancers (SEs) in PAECs are not well understood. In this study, we focused on the PAEC-specific SE-associated lncRNA HCG20 (HLA complex group 20) and to elucidate its role and underlying mechanisms in the progression of PH.
METHODS: Chromatin immunoprecipitation followed by quantitative PCR (ChIP-qPCR), chromosome conformation capture followed by PCR , CRISPR/Cas9 (clustered regularly interspaced short pali
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Premature ovarian insufficiency (POI) is affecting approximately 1% of females and increasingly contributing to female infertility. The etiology of POI is heterogeneous. CHEK1, a critical component of the DNA damage and replication stress response, has recently been linked to female reproductive biology.
RESULTS: We identified a CHEK1 variant c.77C > G; p.A26G in a POI patient through whole-exome sequencing. Protein structure prediction and pathogenicity analysis suggested that the CHEK1 A26G variant may affect protein stability. RNA sequencing results of 293FT cells overexpressin
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding the target and mode of action of compounds identified by phenotypic screening can greatly facilitate the process of drug discovery and development. Here, we outline the tools currently available for target identification against the neglected tropical diseases, human African trypanosomiasis, visceral leishmaniasis and Chagas' disease. We provide examples how these tools can be used to identify and triage undesirable mechanisms, to identify potential toxic liabilities in patients and to manage a balanced portfolio of target-based campaigns. We review the primary targets of drugs t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA splicing is the cellular process that has only recently been found to be an important target for various cancers. Among the spliceosome genes that are involved in cancers, SF3B1 is most frequently mutated. Recurrent mutation in codon 625 has been found in uveal melanoma, but this mutation has not been identified in cutaneous melanoma. We used whole-exome sequencing to explore the mutational landscape of 295 melanoma samples, 231 of which are cutaneous melanoma. Among these cutaneous melanoma samples, we found two samples with R625 mutation in SF3B1 gene. The results were validated by Sange…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
White adipose tissue (WAT) releases fatty acids from stored triacylglycerol for an energy source. Here, we report that targeted deletion of KH-type splicing regulatory protein (KSRP), an RNA-binding protein that regulates gene expression at multiple levels, enhances lipolysis in epididymal WAT (eWAT) because of the upregulation of genes promoting lipolytic activity. Expression of microRNA 145 (miR-145) is decreased because of impaired primary miR-145 processing in Ksrp(-/-) eWAT. We show that miR-145 directly targets and represses Foxo1 and Cgi58, activators of lipolytic activity, and forced e
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: SHOX gene haploinsufficiency is a frequent cause of idiopathic short stature (ISS), while complete deficiency of this gene product causes the severe Langer mesomelic dysplasia (LMD). Mutations in the SHOX gene are among the well-known genetic factors responsible for short stature. This study investigated the genetic cause of LMD and ISS in two and five individuals in one family.
METHODS: Exome sequencing was conducted in the proband. Candidate variant was evaluated in silico for their impact. Sanger sequencing was employed for variant segregation analysis among available family me
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Craniofacial microsomia (CFM) is a genetically and phenotypically heterogeneous disorder characterized by hypoplasia of facial tissue that i … reduced proliferation. RNA sequencing of sf3b2 mutant zebrafish revealed widespread disruption of mRNA splicing, including mdm2, a key regulator of Tp53-mediated apoptosis. Genetic inhibition of tp53 in sf3b2 mutants demonstrated that tp53 inhibition reduces early cell death but does not improve proliferation or craniofacial cartilage development. Therefore, …
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biallelic mutations in BRAT1 result in lethal neonatal rigidity and multifocal seizure syndrome and a milder neurodevelopmental disorder of cerebellar atrophy with or without seizures (NEDCAS, MIM 618056). Combining linkage analysis and whole-genome sequencing (WGS), we identified a novel deep intronic BRAT1 variant, NC_000007.14 (NM_152743.4):c.128-1585 T > G, in 3 siblings of a consanguineous Bedouin family exhibiting NEDCAS. In silico analyses followed by molecular studies demonstrated this variant's impact on splice regulatory elements, forming a cryptic exon, resulting in a deleterious fr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Excessive telomere shortening contributes to pulmonary fibrosis (PF), with at least 30% of familial cases attributed to telomere biology disorders (TBDs). However, TBD-associated PF remains underdiagnosed because of unidentified disease-causing mutations and limited referral for telomere and genetic testing. Here, we combined telomeric restriction fragment analysis, telomere analysis by a long-read Nanopore sequencing method (NanoTelSeq), exome sequencing (ES), and optical genome mapping (OGM) to investigate the underlying cause of disease in a family affected by PF, microcephaly, and prematur
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The small nuclear RNA U4atac is a core component of the minor spliceosome. In humans, homozygous or compound heterozygous point mutations in U4atac cause rare developmental disorders, such as Roifman syndrome, characterized by growth restriction, brain anomalies, and immune deficiency. To better define the pathophysiological role of U4atac mutations, we here establish a model of minor spliceosome dysfunction by generating a Drosophila melanogaster CRISPR/Cas9-induced U4atac mutant in the highly conserved stem II region. U4atac homozygous mutants exhibit growth and neurodevelopmental defects, i
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N6-methyladenosine (m6A) is the most abundant internal RNA modification in eukaryotes and plays a critical role in gene expression regulation by influencing RNA stability, splicing, nuclear export, and translation. Emerging evidence suggests that dysregulation of m6A contributes to neuroinflammation, neurotoxicity, and synaptic dysfunction-key features of neurodegenerative diseases. This review aims to examine the role of m6A modification in neurodegenerative diseases from a cell-type-specific perspective. We systematically reviewed recent studies investigating m6A modifications in neurons and
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neurodegeneration in amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD) results from both gain of toxicity and loss of normal function of the RNA-binding protein TDP-43, but their mechanistic connection remains unclear. Increasing evidence suggests that TDP-43 aggregates act as self-templating seeds, propagating pathology through the central nervous system via a prion-like cascade. We developed a robust TDP-43-seeding platform for quantitative assessment of TDP-43 aggregate uptake, cell-to-cell spreading, and loss of function within living cells, while they progress toward p
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования