Hydrogen bonds contribute substantially to the stabilisation of specific three-dimensional structures of peptides. The C5 hydrogen bond is an intraresidue interaction, which appears to contribute to the stabilisation of fully extended residue conformations, with backbone torsion angles (φ, ψ) lying close to ±180°. The present study revisits the occurrence of C5 conformations in proteins, using a high-resolution, non-homologous dataset of 6924 x-ray diffraction structures (sequence identity < 30%, resolution < 1.6 Å). Gly emerges as the residue with the highest propensity to adopt C5 conformati
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Colorectal cancer (CRC) significantly contributes to global cancer-related morbidity and mortality. As systemic toxicity, poor selectivity, … ns effectively offset opposing polar contributions. Free-energy surface analyses revealed prominent protein conformations as well as ligand conformations that varied depending on the bound protein. Overall, insights from our computational analyses identified baicalin and licorice as promising multitarget inhibitors while also providing energetic and mechanistic unders …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dynamic protein complexes are central to cellular function, but capturing their native architectures remains challenging. While native ion mobility spectrometry-mass spectrometry (IMS-MS) can characterize these assemblies, its broader adoption is limited by the need for robust and automated sample introduction platforms. Here, we integrate a sheath-liquid capillary electrophoresis interface with traveling-wave IMS-MS (CE-TWIMS-MS) to interrogate intact protein assemblies across a wide range of infusion flow rates. Using streptavidin as a benchmark, we show that native-like structures are prese
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proteins exhibit a diverse range of structures and dynamics that are critical to their biological function. These dynamic processes span a broad spectrum of time scales and are influenced by environmental factors, including temperature, solvent composition, and the presence of binding partners or membranes. Efficient exploration of protein conformational space is essential for understanding their functional mechanisms, but this remains challenging because of the high dimensionality of the energy landscape. Our group has previously developed the molecular dynamics with excited normal modes (MDe…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The interaction mechanisms between sanshool and capsaicin with chicken myofibrillar proteins (MPs) under thermal-induced conditions (25-100 °C) have been systematically investigated. By analyzing the characteristics of MPs- sanshool/capsaicin -complex, heating process significantly altered MPs conformation, exposing internal hydrophobic groups and disulfide bonds, affecting binding properties. Flavor adsorption experiments demonstrated enhanced release of linalool and progressively strengthened adsorption of trans-2-decenal and trans-2,4-decadienal with rising temperatures. Molecular docking s
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Folded protein hydrogels are emerging as promising new materials for medicine and healthcare applications. Folded globular proteins can be modelled as colloids which exhibit site specific cross-linking for controlled network formation. However, folded proteins have inherent mechanical stability and unfolded in response to an applied force. It is not yet understood how colloidal network theory maps onto folded protein hydrogels and whether it models the impact of protein unfolding on network properties. To address this, we study a hybrid system which contains folded proteins (patchy colloids) a
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Presenilin-1 (PSEN1) is the catalytic subunit of the intramembrane protease γ-secretase and undergoes endoproteolysis during its maturation. Heterozygous mutations in the PSEN1 gene cause early-onset familial Alzheimer's disease (eFAD) and increase the proportion of longer aggregation-prone amyloid-β peptides (Aβ42 and/or Aβ43). Previous studies had suggested that PSEN1 mutants might act in a dominant-negative fashion by functional impediment of wild-type PSEN1, but the exact mechanism by which PSEN1 mutants promote pathogenic Aβ production remains controversial. Using dual recombinase-mediate
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
SLURP-1 is a three-finger human protein targeting nicotinic acetylcholine receptors (nAChRs). The recombinant forms of SLURP-1 produced in E. coli differ in added fusion fragments and in activity. The closest in sequence to the naturally occurring SLURP-1 is the recombinant rSLURP-1, differing by only one additional N-terminal Met residue. sSLURP-1 can be prepared by peptide synthesis and its amino acid sequence is identical to that of the natural protein. In view of recent NMR analysis of the conformational mobility of rSLURP-1 and cryo-electron microscopy structures of complexes of α-bungaro
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND AIMS: This is the first time that obesity and diabetes mellitus (DM) as protein conformational diseases (PCD) are reported in children and they are typically diagnosed too late, when β-cell damage is evident. Here we wanted to investigate the level of naturally-ocurring or real (not synthetic) oligomeric aggregates of the human islet amyloid polypeptide (hIAPP) that we called RIAO in sera of pediatric patients with obesity and diabetes. We aimed to reduce the gap between basic biomedical research, clinical practice-health decision making and to explore whether RIAO work as a pot…
СтатьяМногоцентровое исследованиеНаблюдательное исследованиеПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Magic-angle spinning solid-state NMR has been applied to study CBM3b-Cbh9A (CBM3b), a cellulose binding module protein belonging to family 3b. It is a 146-residue protein having a unique nine-stranded β-sandwich fold, in which 35% of the structure is in a β-sheet conformation and the remainder of the protein is composed of loops and unstructured regions. Yet, the protein can be crystalized and it forms elongated needles. Close to complete chemical shift assignment of the protein was obtained by combining two- and three-dimensional experiments using a fully labeled sample and a glycerol-labeled
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The trimeric postfusion structure of the C-terminally truncated fusion protein E of the flavivirus tick-borne encephalitis virus, a class II viral fusion protein, was previously determined (S. Bressanelli, K. Stiasny, S. L. Allison, E. A. Stura, S. Duquerroy, J. Lescar, F. X. Heinz, and F. A. Rey, EMBO J. 23:728-738, 2004). In this study we compared the properties of this truncated form with the full-length trimer and found that the so-called stem-anchor region not only confers additional stability to the full-length molecule but also structurally modifies the protein domain carrying the fusio
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Magnetic field (MF)-assisted freezing and freeze-thaw control have attracted interest as a non-thermal approach for limiting quality deterioration in meat. This review addresses a gap left by technology-centered overviews by evaluating the literature through a protein-centered, evidence-weighted water-ice-protein framework. We distinguish MF-only static exposures, time-varying electromagnetic exposures, MF-electric-field coupled treatments, and MF-chemical modification systems, because effects in combined systems cannot be attributed to the magnetic field alone without appropriate single-facto
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study investigated the non-covalent interactions between phloretin (PHL) and perilla seed protein isolate (PSPI) using multispectral analyses and computational simulations. Intrinsic and time-resolved fluorescence confirmed that PHL bound spontaneously to PSPI via static quenching with strong affinity (Kₐ = 2.0 × 1010 L/mol at 298 K) and 1:1 stoichiometry. FTIR and CD spectra revealed secondary structure rearrangement, with random coil content increasing from 37.30% to 40.14%. Molecular docking and molecular dynamics simulations corroborated that the PSPI binding was primarily governed by
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding the dynamic behavior of fuzzy complexes formed by intrinsically disordered proteins (IDPs) is challenging due to their conformational flexibility. Nuclear Magnetic Resonance (NMR) structural bundles satisfy experimental constraints and inherently provide an overview of alternative conformations in solution. However, they assign equal weight to every sampled model, obscuring the temporal prevalence and dynamics of inter-residue contacts. In this study, we performed dual 1-microsecond (µs) Molecular Dynamics (MD) simulations for eight biologically relevant fuzzy complexes, utilizin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Malaria during pregnancy is a major global health problem caused by infection with Plasmodium falciparum parasites. Severe effects arise from the accumulation of infected erythrocytes in the placenta. Here, erythrocytes infected by late blood-stage parasites adhere to placental chondroitin sulphate A (CS) via VAR2CSA-type P. falciparum erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1) adhesion proteins. Immunity to placental malaria is acquired through exposure and mediated through antibodies to VAR2CSA. Through evolution, the VAR2CSA proteins have diversified in sequence to escape immune recognition bu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microtubule-associated protein tau is abnormally phosphorylated and forms the aggregates of paired helical filaments in Alzheimer's disease (AD) and other tauopathies. So far, the relationship and mechanism between the abnormal phosphorylation of tau and fibril formation is still unclear. Therefore, studying the effect of phosphorylation on the structure of tau protein is helpful to elucidate the pathogenic mechanism of tauopathies. It has been shown that pS202/pT205/pS208 triple phosphorylations located in the proline-rich region can promote tau aggregation. In this work, the effect of triple
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although several computational modelling studies have investigated the conformational behaviour of inherently disordered protein (IDP) amylin, discrepancies in identifying its preferred solution conformations still exist between various forcefields and sampling methods used. Human islet amyloid polypeptide has long been a subject of research, both experimentally and theoretically, as the aggregation of this protein is believed to be the lead cause of type-II diabetes. In this work, we present a systematic forcefield assessment using one of the most advanced non-biased sampling techniques, Repl
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The structure and function of the influenza A M2 proton channel have been the subject of intensive investigations in recent years because of their critical role in the life cycle of the influenza virus. Using a truncated version of the M2 proton channel (i.e., M2TM) as a model, here we show that fluctuations in the fluorescence intensity of a dye reporter that arise from both fluorescence quenching via the mechanism of photoinduced electron transfer (PET) by an adjacent tryptophan (Trp) residue and local motions of the dye molecule can be used to probe the conformational dynamics of membrane p
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Monoclonal antibodies (mAbs) N.03 and N.08 that recognize conformational epitopes on the prM protein of Japanese encephalitis virus (JEV) were analyzed to identify their peptide ligands by using a novel approach that combined two different synthetic peptide libraries. Immunoscreening of a library containing 20(5) sequences of pentapeptides revealed that the ligands for N.03 and N.08 had motif sequences, (Y/W/F)GG(I/L/M) and (N/Q)WY(D/E), respectively. To select higher-affinity ligands, we synthesized and screened another type of library with 20 peptide mixtures that were based on the identifie
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The three-dimensional solution- and solid-state structures of the human immunodeficiency virus type-1 (HIV-1) matrix protein have been determined recently in our laboratories by NMR and X-ray crystallographic methods (Massiah et al. 1994. J Mol Biol 244:198-223; Hill et al. 1996. Proc Natl Acad Sci USA 93:3099-3104). The matrix protein exists as a monomer in solution at low millimolar protein concentrations, but forms trimers in three different crystal lattices. Although the NMR and X-ray structures are similar, detailed comparisons have revealed an approximately 6 A displacement of a short 3(
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования