Similar to many flavivirus types including Dengue and yellow fever viruses, the nonstructural NS3 multifunctional protein of West Nile virus (WNV) with an N-terminal serine proteinase domain and an RNA triphosphatase, an NTPase domain, and an RNA helicase in the C-terminal domain is implicated in both polyprotein processing and RNA replication and is therefore a promising drug target. To exhibit its proteolytic activity, NS3 proteinase requires the presence of the cofactor encoded by the upstream NS2B sequence. During our detailed investigation of the biology of the WNV helicase, we characteri
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Methylation protection studies suggested that the NS protein component of the RNA polymerase of vesicular stomatitis virus contacts the RNA templates of defective interfering (DI) particles at the sequence 3'...GUCUAUUUUUAUUUUUGGUG...5',17 to 37 nucleotides downstream from the site of initiation of in vitro transcription. The data indicated that vesicular stomatitis virus and DI particle RNAs contain different polymerase binding sequences and that NS may function as a transcription initiator protein for template recognition at both sequences. These results are thus compatible with the hypothes
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Heparan sulfate (HS) proteoglycans are abundant, sulfation-patterned glycosaminoglycans on brain cells and the neurovascular unit that interact with amyloid-β(Aβ) and tau, aggregate and propagate proteopathic species, and modulate cellular uptake pathways. Aptamers are short, chemically synthesized single-stranded nucleic acids that fold to form high-affinity ligands. Novel aptamers bind specific HS motifs for targeting ligands to deliver RNA therapeutics (siRNA, antisense oligonucleotides, mRNA, RNA aptamer-cargo hybrids) into the brain and diseased cells in Alzheimer's disease (AD). We cover
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Zika virus (ZIKV), an emerging arbovirus, has become a major human health concern globally due to its association with congenital abnormalities and neurological diseases. Licensed vaccines or antivirals against ZIKV are currently unavailable. Here, by employing a structure-based approach targeting the ZIKV RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), we conducted in silico screening of a library of 100,000 small molecules and tested the top ten lead compounds for their ability to inhibit the virus replication in cell-based in vitro assays. One compound, 3-chloro-N-[({4-[4-(2-thienylcarbonyl)-1-piperaz
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human RNase MRP complex consists of a catalytic RNA and several protein components. RNase MRP is a ubiquitously expressed eukaryotic endoribonuclease that cleaves various RNAs, including ribosomal, messenger, and mitochondrial RNAs, in a highly specific fashion. In several autoimmune diseases autoantibodies targeting RNase MRP have been found. These so-called anti-Th/To autoantibodies, which most frequently can be detected in the sera of scleroderma patients, are directed to several protein components of the RNase MRP and the evolutionarily related RNase P complex. It is not yet known whet
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The VapC toxin from the Shigella flexneri 2a virulence plasmid pMYSH6000 belongs to the PIN domain protein family, which is characterized by a conserved fold with low amino acid sequence conservation. The toxin is a bona fide Mg(2+) -dependent ribonuclease and has been shown to target initiator tRNA(fMet) in vivo. Here, we present crystal structures of active site catalytic triad mutants D7A, D7N, and D98N of the VapC toxin in absence of antitoxin. In all structures, as well as in solution, VapC forms a dimer. In the D98N structure, a Hepes molecule occupies both active sites of the dimer and
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
With no approved antiviral treatments currently available, Kyasanur Forest Disease Virus (KFDV) remains a serious and neglected tick-borne flavivirus posing a significant public health concern endemic to India. To address this therapeutic gap, we employed AlphaFold-based structural modelling integrated with structure-based lead identification targeting the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain of the viral NS5 protein. The predicted NS5 model exhibited high structural confidence, with pLDDT scores approaching 90 and a pTM score of 0.8, and was further validated using Verify3D, PROCHECK, a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PARP14 is a 203 kDa multi-domain protein that is primarily known as an ADP-ribosyltransferase, and is involved in a variety of cellular functions including DNA damage, microglial activation, inflammation, and cancer progression. In addition, PARP14 is upregulated by interferon (IFN), indicating a role in the antiviral response. Furthermore, PARP14 has evolved under positive selection, again indicating that it is involved in host-pathogen conflict. We found that PARP14 is required for increased IFN-I production in response to coronavirus infection lacking ADP-ribosylhydrolase (ARH) activity and
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BackgroundRNA editing encompasses a post-transcriptional process in which the genomically templated sequence is enzymatically altered and introduces a modified base into the edited transcript. Mammalian C-to-U RNA editing represents a distinct subtype of base modification, whose prototype is intestinal apolipoprotein B mRNA, mediated by the catalytic deaminase Apobec-1. However, the genome-wide identification, tissue-specificity and functional implications of Apobec-1-mediated C-to-U RNA editing remain incompletely explored.ResultsDeep sequencing, data filtering and Sanger-sequence validation
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nipah virus is a highly virulent zoonotic paramyxovirus causing severe respiratory and neurological disease. Despite its lethality, there is no approved treatment for Nipah virus infection. The viral polymerase complex, composed of the polymerase (L) and phosphoprotein (P), replicates and transcribes the viral RNA genome. Here, we describe structures of the Nipah virus L-P polymerase complex and the L-protein's Connecting Domain (CD). The cryo-electron microscopy L-P complex structure reveals the organization of the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) and polyribonucleotidyl transferase (PRNTa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) is the key enzyme required for viral replication and mRNA synthesis. RdRp is one of the most conserved viral proteins and a promising target for antiviral drugs and inhibitors. At the same time, analysis of public databases reveals multiple variants of SARS-CoV-2 genomes with substitutions in the catalytic RdRp subunit nsp12. Structural mapping of these mutations suggests that some of them may affect the interactions of nsp12 with its cofactors nsp7/nsp8 as well as with RNA substrates. We have obtained several mutations of these types and demonstr
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A catalytic and structural study of ATP:RNA adenylyltransferase (EC 2.7.7.19) from the particulate fraction of Pseudomonas putida was made. During the large-scale purification of this enzyme, designated adenylyltransferase B, a previously undetected ATP-incorporating activity, designated adenylyltransferase A, was observed. Adenylyltransferases A and B were indistinguishable catalytically; however, they differed in their chromatographic and sedimentation properties. Adenylyltransferases A and B were resolved by phosphocellulose, by poly (U)-Sepharose and by Bio-Gel P-100 chromatographies. Aden
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The chemical dimers of rifamycin SV resembled the corresponding monomeric analogs with respect to the inhibitory properties versus the nucleic acid polymerases. At low doses, such compounds blocked the initiation step of the DNA transcription catalyzed by the bacterial RNA polymerase, as observed for the parental antibiotic and its derivative rifampicin which are largely used in therapy. At concentrations one to two orders of magnitude higher, the chemically modified rifamycins inhibited also other nucleotidyltransferases. The widespread toxicity of the dimeric and monomeric semisynthetic rifa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
SARS-CoV-2 endoribonuclease NSP15 (NendoU) requires tight regulation within the replication-transcription complex (RTC); however, no viral protein has been described to date that regulates its activity. We demonstrate here that NSP3 ADP-ribose phosphatase, also known as ADPRP (Mac1), binds directly to NSP15 and stimulates its endoribonuclease activity. Surface plasmon resonance revealed moderate-affinity binding (KD = 1.59 ± 0.4 µM), with Mn2+ significantly enhancing binding compared to metal-free conditions. FRET assays confirmed close molecular association between the fluorophore-labeled pro
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prostate cancer (PCa) is one of the most common malignancies in men and remains particularly challenging as it progresses to the castration-resistant stage. Increasing evidence indicates that dysregulated RNA editing plays an active role in PCa progression and resistance to therapy. Among these modifications, adenosine-to-inosine editing catalyzed by adenosine deaminase acting on RNA 1 (ADAR1) alters transcripts, such as androgen receptor (AR) and antizyme inhibitor 1, promoting androgen-independent growth, metastasis, and immune evasion. Conversely, cytidine-to-uridine editing mediated by apo
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Drug development against RNA viruses is challenging due to continuously emerging mutational variants. RNA-dependent RNA polymerases (RdRp) of most RNA viruses are conserved in their catalytic and allosteric sites, making them a promising target for drug development and repurposing. Some RdRp allosteric inhibitors of Hepatitis C Virus (HCV) have undergone Phase I and II clinical trials. Aiming to rationally design RdRp inhibitors to combat emerging and life-threatening RNA viruses, we explored the binding modes and mechanisms of HCV RdRp allosteric inhibitors against HCV and SARS-CoV-2 RdRps th
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The outbreak of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has developed into an unprecedented global pandemic. Nucleoside analogs, such as Remdesivir and Favipiravir, can serve as the first-line broad-spectrum antiviral drugs by targeting the viral polymerases. However, the underlying mechanisms for the antiviral efficacies of these drugs are far from well understood. Here, we reveal that Favipiravir, as a pyrazine derivative, could be incorporated into the viral RNA products by mimicking both adenine and guanine nucleotides. This drug thus inhibits viral replication mainly
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Autosomal dominant dyskeratosis congenita (DKC), as well as aplastic anemia, has been linked to mutations in the RNA component of telomerase, the ribonucleoprotein responsible for telomere maintenance. Here we examine the effect of the DKC mutations on the structure and stability of human telomerase RNA pseudoknot and CR7 domains by using NMR and thermal melting. The CR7 domain point mutation decreases stability and alters a conserved secondary structure thought to be involved in human telomerase RNA accumulation in vivo. We find that pseudoknot constructs containing the conserved elements of
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The molecular mechanism of uridine insertion-and-deletion mRNA editing in trypanosome mitochondria1-4 has remained unclear because of the highly dynamic nature of the underlying multi-enzyme machinery5. Here, we define editosomes as supramolecular assemblies formed by the RNA-editing substrate-binding complex (RESC) and either RNA-editing catalytic complex 1 or 2 (RECC1 or RECC2)6, and present cryo-electron microscopy structures of the approximately 1-MDa RECC1 and RECC2. Resembling dragonflies, with a head, thorax-like core, tail and wings, these ribonucleoproteins mediate the uridine deletio
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The newly identified type VII CRISPR-Cas candidate system uses a CRISPR RNA-guided ribonucleoprotein complex formed by Cas5 and Cas7 proteins to target RNA1. However, the RNA cleavage is executed by a dedicated Cas14 nuclease, which is distinct from the effector nucleases of the other CRISPR-Cas systems. Here we report seven cryo-electron microscopy structures of the Cas14-bound interference complex at different functional states. Cas14, a tetrameric protein in solution, is recruited to the Cas5-Cas7 complex in a target RNA-dependent manner. The N-terminal catalytic domain of Cas14 binds a str
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования