Major proteins contained in dried giant grouper roe (GR) such as vitellogenin (from Epinephelus coioides; NCBI accession number: AAW29031.1), apolipoprotein A-1 precursor (from Epinephelus coioides; NCBI accession number: ACI01807.1) and apolipoprotein E (from Epinephelus bruneus; NCBI accession number: AEB31283.1) were characterized through compiled proteomics techniques (SDS-PAGE, in-gel digestion, mass spectrometry and on-line Mascot database analysis). These proteins were subjected to in silico analysis using BLAST and BIOPEP-UWM database. Sequence similarity search by BLAST revealed that
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Osteoporosis (OP) has gradually become a major public health problem. It is clinically important to elucidate further the pathophysiologic mechanisms that induce OP and to identify more effective therapeutic targets. In the present study, we used Mendelian randomization analysis to assess the causal effects of 4907 plasma proteins on bone mineral density (BMD) outcomes to identify their potential therapeutic targets. The data files of 4907 plasma proteins were downloaded from the deCODE Genetics database, the bone density data files were obtained from the publicly available genome-wide associa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The NIAID-funded Biodefense Proteomics Resource Center (RC) provides storage, dissemination, visualization and analysis capabilities for the experimental data deposited by seven Proteomics Research Centers (PRCs). The data and its publication is to support researchers working to discover candidates for the next generation of vaccines, therapeutics and diagnostics against NIAID's Category A, B and C priority pathogens. The data includes transcriptional profiles, protein profiles, protein structural data and host-pathogen protein interactions, in the context of the pathogen life cycle in vivo an
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Guben Xiezhuo decoction (GBXZD), a traditional Chinese medicine (TCM), shows promise in treating chronic kidney disease (CKD) by reducing renal fibrosis (RF). This study seeks to uncover the exact mechanism behind GBXZD's therapeutic effects. This study identified 14 active components and 18 specific metabolites in the serum of GBXZD-treated rats via mass spectrometry. Potential target proteins were predicted using PubChem, TCMSP, and SwissTargetPrediction databases and refined through OMIM and Genecards databases. A total of 276 proteins were filtered from these potential target proteins to d
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: The aim of this study was to screen the biomarkers of ginger against gastric cancer (GC) by network pharmacology, WGCNA and machine algorithms. To find the upstream transcription factors and downstream signaling proteins constituting the signaling axis, so as to predict the possible mechanism of action of ginger against GC.
METHODS: Ginger was screened for active ingredients and targets through public databases. GC genes were screened using disease database, GEO database and WGCNA. The intersection of the four was taken to obtain the potential core genes. Machine algorithms was use
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accumulating evidence has shown that protein-peptide interactions (PPepIs) are critical for understanding biological processes and developing peptide-based therapeutics. While deep learning-based protein-protein interaction (PPI) prediction showed promise, it suffers from poor generalization and overfitting problems. This study addresses these challenges by focusing training on short proteins containing much less redundant noninteracting sequence. To avoid artificial PPI, only the experimentally validated PPI pairs from STRING database were used to construct the PPI training dataset. We integr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Whether ursolic acid is an effective drug in treatment of osteoporosis (OP) and how it exhibit activity effect on OP is unclear. To investigated the potential molecular mechanism of ursolic acid in the treatment of OP and figured out its possible mechanism is necessary. The target genes of ursolic acid were screened by using the database of traditional chinese medicine systems pharmacology, PubMed database and UniProt database. OP-related target genes were searched by GeneCards database, and utilized online mapping tool to obtain common target genes of component-disease. String database was us
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Missing values weaken the power of label-free quantitative proteomic experiments to uncover true quantitative differences between biological samples or experimental conditions. Match-between-runs (MBR) has become a common approach to mitigate the missing value problem, where peptides identified by tandem mass spectra in one run are transferred to another by inference based on m/z, charge state, retention time, and ion mobility when applicable. Though tolerances are used to ensure such transferred identifications are reasonably located and meet certain quality thresholds, little work has been d
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The number of fatalities and economic losses caused by the Ebola virus infection across the planet culminated in the havoc that occurred between August and November 2014. However, little is known about the molecular protein profile of this devastating virus. This work represents a thorough bioinformatics analysis of the regularities of charge distribution (polar profiles) in two groups of proteins and their functional domains associated with Ebola virus disease: Ebola virus proteins and Human proteins interacting with Ebola virus. Our analysis reveals that a fragment exists in each of these pr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study aims to investigate the therapeutic mechanism of Liangxue Jiedu oral liquid in treating psoriasis vulgaris using the network pharmacology and molecular docking. Active compounds and their corresponding targets of Liangxue Jiedu oral liquid were obtained using the TCMSP database, and protein and gene names were standardized using the Uniprot database. A medicinal material-active compound-target interaction network was structured utilizing Cytoscape software. The targets associated with psoriasis vulgaris were collected from the GeneCards database, and a protein-protein interaction ne
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In this study, network pharmacology combined with biological experimental verification was utilized to screen the targets of isoforskolin (ISOF) and investigate the potential underlying mechanism of ISOF against asthma. Asthma-related targets were screened from the Genecards and DisGeNET databases. SEA and Super-PRED databases were used to obtain the targets of ISOF. Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) analysis were employed to identify enriched regulatory pathways of key targets in ISOF acting on asthma. Then, a protein-protein interaction (PPI) network was c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIM: This study reports structural modeling, molecular dynamics profiling of hypothetical proteins in Chlamydia abortus genome database.
METHODOLOGY: The hypothetical protein sequences were extracted from C. abortus LLG Genome Database for functional elucidation using in silico methods.
RESULTS: Fifty-one proteins with their roles in defense, binding and transporting other biomolecules were unraveled. Forty-five proteins were found to be nonhomologous to proteins present in hosts infected by C. abortus. Of these, 31 proteins were related to virulence. The structural modeling of two proteins,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The study aims to promote a network toxicology strategy to efficiently investigate the underlying neurotoxicity molecular mechanisms of domoic acid（DA）, which is one of the main toxins of paralytic amnesic shellfish poisoning and has gained significant attention due to its ability to induce neurotoxicity. By utilizing ChEMBL, CTD, Drug bank, TTD, DGIdb, Pharmapper and GeneCards databases, we identified 73 potential targets associated with DA-exposure related amnesia and neurotoxicity. Further refinements via STRING and Cytoscape software highlight the protein-protein interactions. 30 targets w
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study assessed the effect of cellular senescence-related genes in the development of osteoporosis (OP) via the databases, which may be the potential targeted biomarkers of the OP. The development of OP is significantly influenced by cellular senescence (CS). However, the exact mechanism of CS in OP is unknown. Hence, it is imperative to uncover the molecular mechanisms and therapeutic targets implicated in CS-associated OP. In the Gene Expression Omnibus (GEO) and GeneCards databases, we identified differential genes (DEGs) that are associated with OP and CS. Subsequently, their function
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Missense variants in the RNF13 gene have been previously known to cause congenital microcephaly, epileptic encephalopathy, blindness, and failure to thrive through a gain-of-function disease mechanism. Here, we identify a nonsense variant, expected to result in protein truncation, in a similarly affected patient. We show that this nonsense variant, residing in the terminal exon, is likely to escape nonsense-mediated decay while removing a critical region for protein function, thus resulting in a gain-of-function effect. We review the literature and disease databases and identify several other
Клинический случайОбзорСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Rst-Neph family comprises an evolutionarily conserved group of single-pass transmembrane glycoproteins that belong to the immunoglobulin superfamily and participate in a wide range of cell adhesion and recognition events in both vertebrates and invertebrates. In mammals and fish, three Rst-Neph members, named Neph1-3, are present. Besides being widely expressed in the embryo, particularly in the developing nervous system, they also contribute to the formation and integrity of the urine filtration apparatus in the slit diaphragm of kidney glomerular podocytes, where they form homodimers, as
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the present study the use of phage display as a screening tool to determine primary toxicological targets was investigated. These primary toxicological targets are the targets in the cell with which a chemical compound initially interacts and that are responsible for consecutive (toxic) effects. Nickel was used as model compound for the present study. By selection of Ni-binding peptides out of a 12-mer peptide phage library, it was possible to identify primary toxicological targets of Ni (and other metals). The selected Ni-binding peptides showed similarities to important primary toxicologi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIM: The aim of this investigation is to detect potential inhibitor for visceral leishmaniasis through computational analysis.
BACKGROUND: Leishmaniasis is categorized as a vector born pathogenic infection prevalent in tropical, subtropical, and in Mediterranean zones spread by intra-macrophage protozoa. The clinical syndrome of leishmaniasis is divided into the following type's namely cutaneous leishmaniasis, mucocutaneous leishmaniasis, visceral leishmaniasis, and dermal leishmaniasis. Trypanothione synthetase is a key enzyme involving in glutathione biosynthesis as well as hydrolysis. Tryp
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein domains are key structural and functional units within proteins, driving essential activities like signaling, DNA binding, and catalysis. Conserved across species, these domains can be identified using their hidden Markov models (HMMs) in uncharacterized proteins. Resources such as Pfam and SUPERFAMILY offer HMM libraries for annotated domains, facilitating the analysis of conserved domains in novel sequences. HMMER, a powerful software suite, applies these models to identify homologous sequences and domain organization in protein databases, enabling comprehensive genome-wide analysis.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate structural data in a standardized format is one of the key factors behind the success of machine learning (ML)-based methods for protein design and structure prediction. However, their application to nanobody-antigen complexes has lower success rates compared to globular protein complexes, partly due to the limited amount of high-quality structural data. While several dedicated databases already exist, automated assembly pipelines frequently overlook various artifacts, which act as additional noise and limit the effectiveness of ML applications. Common issues include incorrectly defin
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования