Proteins are not the rigid, static entities as once suggested by early structural biology studies. Instead, they are highly dynamic molecules that are better represented not by a single reference structure, but by a Boltzmann ensemble of conformations. In this article, we review theoretical approaches to reproducing such structural ensembles, with particular emphasis on methods designed to identify major conformational states and the transition pathways connecting them.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein disulfide isomerase (PDI) is a redox-dependent protein with oxidoreductase and chaperone activities. It is a U-shaped protein with an abb'xa' structural organization in which the a and a' domains have CGHC active sites, the b and b' domains are involved with substrate binding, and x is a flexible linker. PDI exhibits substantial flexibility and undergoes cycles of unfolding and refolding in its interaction with cholera toxin, suggesting PDI can regain a folded, functional conformation after exposure to stress conditions. To determine whether this unfolding-refolding cycle is a substrat
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Introduction: Metabolomics focuses on interactions among different metabolites associated with various cellular functions in cells, tissues, and organs. In recent years, metabolomics has emerged as a powerful tool to identify perturbed metabolites, pathways influenced by the environment, for protein conformational diseases (PCDs) and also offers wide clinical application.Area Covered: This review provides a brief overview of recent advances in metabolomics as applied to identify metabolic variations in PCDs, such as Alzheimer's disease, Parkinson's disease, Huntington's disease, prion disease,
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Conformational Protein Diseases (CPDs) comprise over forty clinically and pathologically diverse disorders in which specific altered proteins accumulate in cells or tissues of the body. The most studied are Alzheimerβ's disease, Parkinson's disease, Huntington's disease, amyotrophic lateral sclerosis, prion diseases, inclusion body myopathy, and the systemic amyloidoses. They are characterised by three dimensional conformational alterations, which are often rich in β- structure. Proteins in this non-native conformation are highly stable, resistant to degradation, and have an enhanced tendency
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protease-resistant prion protein (PrP(Sc) ) is diagnostic of prion disease, yet its detection is frequently difficult. Here, we describe a patient with a PRNP P105T mutation and typical familial prion disease. Brain PrP(Sc) was undetectable by conventional Western blotting and barely detectable after phosphotungstate precipitation, where it displayed an atypical pattern suggestive of noncanonical conformation. Therefore, we used a novel misfolded protein assay (MPA) that detects PrP aggregates independently of their protease resistance. The MPA revealed the presence of aggregated PrP in simila
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The antibody light chain variable domain (V(L))(1) and myelin protein zero (MPZ) are representatives of the functionally diverse immunoglobulin superfamily. The V(L) is a subunit of the antigen-binding component of antibodies, while MPZ is the major membrane-linked constituent of the myelin sheaths that coat peripheral nerves. Despite limited amino acid sequence homology, the conformations of the core structures of the two proteins are largely superimposable. Amino acid variations in V(L) account for various conformational disease outcomes, including amyloidosis. However, the specific amino ac
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein-templated gold nanoclusters (Au NCs) provide an atomically precise platform for investigating ion-protein interactions and bio-template synthesis. However, the influence of protein conformational dynamics and soft molecular confinement on NCs formation is often overlooked. Here, we address this question using lysozyme, a protein with defined cysteine quantity and conformation sensitivity as template. Evidenced by circular dichroism, zeta potential measurements, and small-angle neutron scattering, conformational changes in lysozyme, manifested as residue rearrangement, unfolding, oligom
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Glycosylation, a prevalent post-translational modification, plays a pivotal role in regulating intricate cellular processes by covalently attaching glycans to macromolecules. Dysregulated glycosylation is linked to a spectrum of diseases, encompassing cancer, neurodegenerative disorders, congenital disorders, infections, and inflammation. This review delves into the intricate interplay between glycosylation and protein conformation, with a specific focus on the profound impact of N-glycans on the selection of distinct protein conformations characterized by distinct interactomes-namely, protein
СтатьяОбзорПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Langya virus (LayV) is a paramyxovirus in the Henipavirus genus, closely related to the deadly Nipah (NiV) and Hendra (HeV) viruses, that was identified in August 2022 through disease surveillance following animal exposure in eastern China. Paramyxoviruses present two glycoproteins on their surface, known as attachment and fusion proteins, that mediate entry into cells and constitute the primary antigenic targets for immune response. Here, we determine cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the uncleaved LayV fusion protein (F) ectodomain in pre- and postfusion conformations. The Lay
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recombinant polypeptides and protein domains containing two cysteine pairs located distal in primary sequence but proximal in the native folded or assembled state are labeled selectively in vitro and in mammalian cells using the profluorescent biarsenical reagents FlAsH-EDT2 and ReAsH-EDT2. This strategy, termed bipartite tetracysteine display, enables the detection of protein-protein interactions and alternative protein conformations in live cells. As proof of principle, we show that the equilibrium stability and fluorescence intensity of polypeptide-biarsenical complexes correlates with the
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The protein hydration shell is a key mediator of processes such as molecular recognition, protein folding, and proton transfer. How solvent-exposed amino acids shape the hydration shell structure is not well understood. We combine molecular dynamics simulations with explicit-solvent predictions of small-angle x-ray scattering (SAXS) curves to quantify the contributions of all 20 proteinogenic amino acids to the hydration shell of the globular GB3 domain and the intrinsically disordered protein (IDP) XAO. We focus on two quantities encoded by SAXS curves: the hydration shell effect on the radiu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human pathogen Mycoplasma genitalium is responsible for urethritis in men, and for cervicitis and pelvic inflammatory disease in women. The adherence of M. genitalium to host target epithelial cells is mediated through an adhesion complex called Nap, which is essential for infectivity. Nap is a transmembrane dimer of heterodimers of the immunodominant proteins P110 and P140. The M. genitalium genome contains multiple copies of portions that share homology with the extracellular regions of P140 and P110 encoded by the genes mg191 and mg192, respectively. Homologous recombination between the
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Influenza A and B viruses cause seasonal flu epidemics. The M2 protein of influenza B (BM2) is a membrane-embedded tetrameric proton channel that is essential for the viral lifecycle. BM2 is a functional analog of AM2 but shares only 24% sequence identity for the transmembrane (TM) domain. The structure and function of AM2, which is targeted by two antiviral drugs, have been well characterized. In comparison, much less is known about the structure of BM2 and no drug is so far available to inhibit this protein. Here we use solid-state NMR spectroscopy to investigate the conformation of BM2(1-51
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alzheimer's disease (AD) is a typical protein-misfolding disease. Aggregation of amyloid β-peptide (Aβ) plays a key role in the etiology of AD. The misfolding of Aβ results in the formation of β-sheet-rich aggregates and damages the function of neurons. A modified polyoxometalate (POM), [CoL(H2O)]2[CoL]2[HAsVMoV6MoVI6O40] [CAM, L = 2-(1 H-pyrazol-3-yl)pyridine], was designed to disaggregate the Aβ aggregates, where L acts as an Aβ-targeting group and POM as a conformational modulator. X-ray crystallography shows that CAM is composed of a ε-Keggin unit and four coordination units. CAM can disag
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Effective innate host defense requires early recognition of pathogens. Surfactant protein D (SP-D), shown to play a role in host defense, binds to the lipopolysaccharide (LPS) component of Gram-negative bacterial membranes. Binding takes place via the carbohydrate recognition domain (CRD) of SP-D. Recombinant trimeric neck+CRDs (NCRD) have proven valuable in biophysical studies of specific interactions. Although X-ray crystallography has provided atomic level information on NCRD binding to carbohydrates and other ligands, molecular level information about interactions between SP-D and biologic
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Knotted proteins possess complex topologies that impose unique constraints on folding and unfolding. Whether the knot persists during denaturation and how its conformation reorganizes, however, remain unresolved. Here, we investigated the knotted protein 1O6D using site-specific fluorescence resonance energy transfer (FRET) and time-resolved fluorescence anisotropy (TRFA). The combined data support a staged denaturation process. At low denaturant concentrations, the knotted architecture undergoes progressive loosening accompanied by spatially nonuniform local rearrangement and C-terminal-direc
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The formation of aggregates and amyloids, a hallmark of many protein misfolding diseases, depends on many intrinsic and extrinsic factors. Many approaches (in vitro, in vivo, and in silico) have been attempted to inhibit the aggregation process so that the progression of these diseases can be controlled. We investigate the effect of a static electric field (EF; 120 V cm-1 and 200 V cm-1) on the conformational change of elastin protein using light scattering, spectroscopy, and microscopy techniques. Laser light scattering and photoluminescence spectroscopy show the formation of fibrils of unexp
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Conformational dynamics underlie enzyme function, yet are generally inaccessible via traditional structural approaches. FRET has the potential to measure conformational dynamics in vitro and in intact cells, but technical barriers have thus far limited its accuracy, particularly in membrane proteins. Here, we combine amber codon suppression to introduce a donor fluorescent noncanonical amino acid with a new, biocompatible approach for labeling proteins with acceptor transition metals in a method called ACCuRET (Anap Cyclen-Cu2+ resonance energy transfer). We show that ACCuRET measures absolute
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The change of conformation of protein kinase C interacting with the surface of a mercury electrode directly from a solution or through a lipid monolayer was inferred from the number of cystine residues exposed and reduced on the electrode and from their reduction potentials. Soluble protein kinase C was estimated to have 5-6 disulfide bonds which could potentially react with the mercury electrode. Two major reduction peaks of cystine at different microenvironments within the protein molecule adsorbed to a mercury surface. They were observed in a.c. polarograms and cyclic voltamograms at two di
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Аннотация не предоставлена источником. Откройте карточку для перехода к публикации.
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования