Aberrant metabolism, a hallmark of cancer, reveals vulnerabilities across human tumors. Here, we demonstrate that transcriptomic alterations of metabolism-related genes (metabolic transcriptome) in multiple myeloma (MM), classify patients into six metabolic-transcriptional groups characterized by specific metabolic pathways and cytogenetic alterations, independent of currently described myeloma risk groups. Interestingly, hyperdiploid patients clustered into 2 groups (MM5 and MM6) with significantly distinct Progression-Free and Overall Survival. The MM5 group, with worse prognosis, showed a s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Mechanical stimulation is a key biomechanical characteristic of the tumor microenvironment and is involved in tumor progression, immune microenvironment remodeling, and therapy resistance. This study aimed to develop a mechanical stimulation-related gene (MSRG)-based prognostic signature for survival prediction and to explore its association with the tumor immune microenvironment in lung adenocarcinoma (LUAD).
METHODS: We used a multifaceted approach to analyze MSRGs in LUAD. The AUCell algorithm was used to calculate mechanical stimulation scores at the single-cell level, while C
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: The clinical management of gastric cancer is challenged by profound tumor heterogeneity and the emergence of drug-resistant cell populations. Ferroptosis, a regulated form of iron-dependent cell death driven by lipid peroxidation, has exhibited limited clinical efficacy as a monotherapy. Emerging evidence shows that selective autophagy pathways can promote ferroptosis.
METHODS: In this study, integrated analysis of ferroptosis-associated autophagy genes (FARGs) was conducted to explore their application potential in improving therapeutic outcomes. By leveraging transcriptomic and cli
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prostate cancer is the most common malignancy among men worldwide, and treatment response depends on tumor radiosensitivity. Micrornas (mirnas) are key regulators of cell proliferation, apoptosis, and dna damage response, and have been implicated in therapy resistance. However, their roles in prostate cancer radioresponse remain incompletely understood. This study investigated the expression patterns of ten selected mirnas associated with radiation resistance in other cancers in prostate cancer models. Radiation-resistant pc-3, radiation-sensitive lncap, and normal prostate epithelial (hprec)
СтатьяСравнительное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bladder cancer (BC) is one of the most common urological malignancies, ranking as the eleventh most common cause of cancer-related deaths worldwide. The lack of specific and sensitive prognostic biomarkers presents a significant challenge in the early diagnosis and treatment of BC.
METHODS: This study utilizes the Gene Expression Omnibus (GEO) dataset GSE13507 and the Cancer Genome Atlas (TCGA) database to screen differentially expressed genes related to BC. By using Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA), two modules associated with BC were investigated in GSE13507
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lymphovascular invasion is an adverse pathologic feature in prostate cancer, but its independent molecular drivers remain unclear due to strong confounding by tumor grade and stage. We performed a confounder-adjusted transcriptomic analysis of 403 TCGA-PRAD samples. Differential expression was adjusted for Gleason score and pathological T stage. A transcriptional profile associated with LVI was derived and tested in multivariable logistic and Cox proportional hazards models for biochemical recurrence-free survival, with bootstrap internal validation. After multivariable adjustment, 129 genes w
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Molecular and cellular alterations to the normal pseudostratified columnar bronchial epithelium results in the development of bronchial premalignant lesions representing a spectrum of histology from normal to hyperplasia, metaplasia, dysplasia (mild, moderate, and severe), carcinoma in situ and invasive carcinoma. Several studies have identified molecular alterations associated with lesion histology and progression. The broad and continuous spectrum of histologic and molecular changes makes reproducible stratification of lesions across multiple studies challenging. METHODS: We deve
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background Triple-negative breast cancer (TNBC) is an aggressive subtype of breast malignancy characterized by poor clinical outcomes and limited therapeutic options. The identification of reliable biomarkers for predicting prognosis and immunotherapeutic response remains an urgent clinical need. This study aimed to develop an integrative lactylation-related gene signature to simultaneously evaluate prognostic trajectories and immunotherapeutic sensitivity in TNBC. Methods Transcriptomic and clinical data from public TNBC cohorts were systematically analyzed. Lactylation-related gene signature
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bladder urothelial carcinoma (BLCA) is a prevalent malignancy. The poor performance of existing therapeutic approaches in the advanced stages of BLCA underscores the critical need for more sensitive and precise biomarkers to improve patient survival and prognosis. METHODS: This study utilized single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data from BLCA and control groups, employing the high-dimensional Weighted Gene Co-expression Network Analysis (hdWGCNA) algorithm to identify neutrophil-associated genes. These genes were intersected with differentially expressed genes (DEGs) from RNA-se
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The preliminary study found that mitochondrial metabolism and structure are abnormal in thyroid cancer (THCA) patients. Therefore, this study systematically investigates the relationship between mitochondrial metabolism-related genes (MMRGs) and the prognosis of THCA patients, while establishing a prognostic model for THCA. METHODS: This study utilized THCA transcriptome data from the UCSC Xena database, performed differential expression analysis using the “limma” package, and intersected differentially expressed genes (DEGs) with MMRG to identify differentially expressed MMRGs (DE
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Monoclonal gammopathy of undetermined significance (MGUS) is a precursor to multiple myeloma (MM), but the mechanisms of progression remain unclear.
METHODS AND OBJECTIVES: Transcriptomic datasets procured from the Gene Expression Omnibus (GEO) underwent thorough analysis to ascertain disease-related modules using weighted gene co-expression network analysis. A prognostic model (MGUSscore) was constructed via least absolute shrinkage and selection operator (LASSO) regression within the GSE136337 cohort and validated across independent datasets (The Cancer Genome Atlas - multiple m
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Patient-derived organoids (PDOs) are widely used preclinical models for colorectal cancer (CRC). However, conventional PDO cultures frequently lose tumor microenvironment (TME) components and undergo culture-induced transcriptional drift. A chemically defined induction system (CiPDO) has been proposed to preserve fetal-like plasticity states, yet a direct single-cell comparison of CiPDO versus conventional PDO against the matched primary tumor is lacking.
OBJECTIVE: To evaluate and compare the single-cell transcriptional fidelity of chemically induced PDO (CiPDO) and conventional
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Previous studies indicate that lactylation, a post-translational modification, may play an important role in the progression of cervical cancer (CC). However, the comprehensive roles of lactylation in influencing the tumor microenvironment, immune landscape, and prognosis of CC have yet to be fully elucidated. The bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq datasets of CC patients were downloaded from the Cancer Genome Atlas and Gene Expression Omnibus databases, respectively. A total of 630 genes associated with lactylation activity were identified using AUCell algorithm, differential expression, an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: Cancer screening is essential for reducing GC-associated deaths. Nonetheless, implementing population-based screening strategies poses challenges. In this study, a comprehensive receiver operating characteristic (ROC) analysis was conducted on 2565 microRNAs (miRNAs) from 6997 samples to identify a classifier for GC screening.
METHOD: First, batch effects were corrected across the five Gene Expression Omnibus Series (GSE) datasets. Second, a predictive model was established using the incidence method. Finally, this model was validated using randomly selected datasets, all datasets after
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Inhibin, β, which is also known as INHBA, encodes a protein that belongs to the Transforming Growth factor-β (TGF-β) superfamily, which plays a pivotal role in cancer. Gastrointestinal tract (GI tract) cancer refers to the cancers that develop in the colon, liver, esophagus, stomach, rectum, pancreas, and bile ducts of the digestive system. The role of INHBA in all GI tract cancers remains understudied. By utilizing GEPIA2, which uses transcriptomic data from TCGA, we examined the expression of INHBA across different GI tract cancers. The results revealed consistent upregulation of INHBA in al
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Liver cancer research highlights the kinome's critical role in disease initiation and progression. However, comprehensive data analysis on the kinome's impact on hepatocellular carcinoma (HCC) prognosis is limited. We used the TCGA-LIHC mRNA expression profiles, analyzing them with various R packages. Key methods included univariate Cox regression for prognostic gene identification, consensus clustering for subtype classification, Gene Set Enrichment Analysis (GSEA), and immune landscape evaluation. A prognostic model was developed using LASSO Cox regression, and chemotherapy drug sensitivity
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Lung adenocarcinoma (LUAD) is a leading cause of cancer deaths. Given that traditional pathologic features to diagnose LUAD do not fully reflect the biological differences in patients, the search for novel biomarkers is necessary.
METHODS: In this study, we obtained immune-related genes (IRGs) from ImmPort and performed cluster analysis on The Cancer Genome Atlas (TCGA) and Gene Expression Omnibus (GEO) to mine LUAD subtypes with different immune characteristics. Quantitative analysis of IRGs was performed by single-sample gene set enrichment analysis (ssGSEA). Based on the univar
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Colorectal cancer (CRC) is a malignant tumor originating from epithelial cells of the colon or rectum, and its invasion and metastasis could be regulated by anoikis. However, the key genes and pathways regulating anoikis in CRC are still unclear and require further research. The single cell transcriptome dataset GSE221575 of GEO database was downloaded and applied to cell subpopulation type identification, intercellular communication, pseudo time cell trajectory analysis, and receptor ligand expression analysis of CRC. Meanwhile, the RNA transcriptome dataset of TCGA, the GSE39582, GSE17536, a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: While the prognostic role of tertiary lymphoid structures (TLS) has been well studied in solid cancers, the prevalence and impact of immature precursor lymphoid structures known as lymphoid aggregates (LA) remain unresolved in relation to the disease process. In this study, we examined characteristics and the prognostic utility of LA and TLS status in histological samples from patients with melanoma.
METHODS: We assessed The Cancer Genomic Atlas-skin cutaneous melanoma digital slides and melanoma specimens from the University of Pittsburgh for the presence of LA and TLS using H&E
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dysregulated lipid metabolism in the bone marrow microenvironment (BMM) plays a vital role in multiple myeloma (MM) development, progression, and drug resistance. However, the exact mechanism by which lipid metabolism impacts the BMM, promotes tumorigenesis, and triggers drug resistance remains to be fully elucidated.By analyzing the bulk sequencing and single-cell sequencing data of MM patients, we identified lipid metabolism-related genes differential expression significantly associated with MM prognosis, referred to as LMRPgenes. Using a cohort of ten machine learning algorithms and 117 com
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования