Recent technological innovations have enabled the high-throughput quantification of gene expression and epigenetic regulation within individual cells, transforming our understanding of how complex tissues are constructed. Missing from these measurements, however, is the ability to routinely and easily spatially localise these profiled cells. We developed a strategy, Slide-tags, in which single nuclei within an intact tissue section are 'tagged' with spatial barcode oligonucleotides derived from DNA-barcoded beads with known positions. These tagged nuclei can then be used as input into a wide v
ПрепринтСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: Pathological dental root resorption and alveolar bone loss are often detected only after irreversible damage. Biomarkers in the gingival crevicular fluid or saliva could provide a means for early detection; however, such biomarkers have proven elusive. We hypothesize that a multiomic approach might yield reliable diagnostic signatures for root resorption and alveolar bone loss. Previously, we showed that extracellular vesicles (EVs) from osteoclasts and odontoclasts differ in their protein composition. In this study, we investigated the metabolome of EVs from osteoclasts, odontoclasts an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent technological innovations have enabled the high-throughput quantification of gene expression and epigenetic regulation within individual cells, transforming our understanding of how complex tissues are constructed1-6. However, missing from these measurements is the ability to routinely and easily spatially localize these profiled cells. We developed a strategy, Slide-tags, in which single nuclei within an intact tissue section are tagged with spatial barcode oligonucleotides derived from DNA-barcoded beads with known positions. These tagged nuclei can then be used as an input into a wid
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Chagas cardiomyopathy, a disease caused by Trypanosoma cruzi (T. cruzi) infection, is a major contributor to heart failure in Latin America. There are significant gaps in our understanding of the mechanism for infection of human cardiomyocytes, the pathways activated during the acute phase of the disease, and the molecular changes that lead to the progression of cardiomyopathy.
METHODS: To investigate the effects of T. cruzi on human cardiomyocytes during infection, we infected induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes (iPSC-CM) with the parasite and analyzed cellular
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Studies of the monogenic autoimmune disease immunodysregulation polyendocrinopathy enteropathy X-linked syndrome (IPEX) have elucidated the essential function of the transcription factor FOXP3 and thymic-derived regulatory T cells (Tregs) in controlling peripheral tolerance. However, the presence and the source of autoreactive T cells in IPEX remain undetermined. Here, we investigated how FOXP3 deficiency affects the T cell receptor (TCR) repertoire and Treg stability in vivo and compared T cell abnormalities in patients with IPEX with those in patients with autoimmune polyendocrinopathy-candi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Huntington's disease (HD) is a progressive neurological disorder that is caused by polyglutamine expansion of the huntingtin (HTT) protein. With the hope to uncover key modifiers of disease, a focus of the field of HD research has been on characterizing HTT-interacting proteins (HIPs) and the effect of the HTT polyglutamine expansion on the cellular omics landscape. However, while hundreds of studies have uncovered over 3000 potential HIPs to date, a means to interrogate these complementary interaction and omics datasets does not exist. The lack of a unified platform for exploring this breadth
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spontaneous preterm birth is a syndrome with clinical and genetic heterogeneity. Few studies have focused on the genetic and epigenetic defects and pathogenic mechanisms associated with premature uterine contraction in spontaneous preterm birth. The objective of this study was to investigate the (epi)genetic variations associated with premature uterine contraction of spontaneous preterm birth. A systems biology approach with an integrated multiomic study was employed. Biobanked pregnancy tissues selected from a pregnancy cohort were subjected to genomic, transcriptomic, methylomic, and proteom
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA polymerase epsilon (Polε) is essential for high-fidelity leading-strand synthesis. It comprises a catalytic subunit, POLE, and three accessory subunits, including POLE2. In contrast to POLE, the biological functions and clinical significance of POLE2 remain unexplored. POLE2 is vital for the assembly of Polε and for interactions with the CMG helicase. Yeast studies show that dysfunction of its ortholog, Dpb2, causes genomic instability and impaired cell cycle progression. To investigate the significance of POLE2, this study provides a comprehensive multi-omics analysis across tumor types.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Huangtcia renifolia (L.) H. Ohashi & K. Ohashi, a traditional folk medicine, has been used for centuries by the Dai people in Xishuangbanna, Yunnan Province, China. Traditionally, it has been used to clear kidney heat, promote diuresis, and treat conditions, including kidney deficiency, sexual dysfunction, hepatitis, and osteoporosis. Recent pharmacological investigations indicate that Huangtcia renifolia ethanol extract (DRS) exerts bone-protective effects, partially via modulation of OPG/RANKL/RANK and BMP-2/Smad signaling pathways. This study used an integrated multi-omics strat
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although mechanistic links between the microbiome and chronic disease are increasingly well defined, how microbiomes facilitate normal variation in host metabolism remains less clear. Building on our recent demonstration that pooled faecal inocula from different primate species can cause relative differences in mouse host adiposity, we define potential mechanisms by which this could occur. Using existing samples from germ-free mice inoculated with faecal samples from humans (Homo sapiens), rhesus macaques (Macaca mulatta) and squirrel monkeys (Saimiri boliviensis), we integrate shotgun metagen
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Diabetic kidney disease (DKD) progression is driven by residual inflammation, potentially exacerbated by volatile organic compounds (VOCs). However, the impact of xylene exposure on the DKD immune microenvironment remains unclear. We evaluated the association between urinary VOC metabolites and DKD prevalence using NHANES data. Network toxicology and bulk transcriptomics (GSE142025) were integrated to identify core targets and profile immune infiltration. Single-cell RNA sequencing (GSE209781) validated macrophage heterogeneity and hub gene dynamics, and molecular docking assessed xylene-recep
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The enzyme 2'-5'-oligoadenylate synthetase 3 (OAS3) plays a well-established role in antiviral immunity, but its involvement in cancer biology remains poorly understood. This study aimed to comprehensively investigate the expression patterns, mutation characteristics, prognostic significance, functional roles, and therapeutic potential of OAS3 across multiple cancer types.
METHODS: Utilizing multi-omics data from public cancer databases, we analyzed OAS3 expression patterns, survival correlations, immune interactions, pathway enrichment, genomic associations, mutation profiles, an
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Acute myocardial infarction (AMI) is one of the leading causes of mortality worldwide. Despite extensive research, only a limited number of genes have been identified as reliable biomarkers for the diagnosis and treatment of AMI. This study aims to identify novel biomarkers and therapeutic targets for AMI by integrating multi-omics data and machine learning.
METHODS: We obtained the GWAS dataset I9_MI_STRICT from the FinnGen database and the eQTL dataset of peripheral blood from the GTEx database. Using these datasets, we identified genes significantly associated with AMI through
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aryl hydrocarbon receptor (AHR) is central to inter-organ and inter-organismal crosstalk along the gut microbiome-liver-kidney axis. Studies … ey crosstalk is largely unexplored. Here, we applied formal multi-organ metabolic reconstruction to multiomics data from the kidney of AHR knockout mouse and contextualized it with systemic metabolic changes. Consistent with the Remote Sensing and Signaling Theory, the explicit and quantitative multi-organ host and microbe network reconstruction revealed tha …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE OF REVIEW: This review examines the limitations of conventional macroscopic approaches in detecting occult cervical lymph node metastasis (OCLNM). It also explores how multi-omics technologies and artificial intelligence (AI) driven cross-scale multimodal integration are reshaping precision diagnosis for patients with clinically node-negative (cN0) head and neck squamous cell carcinoma.
RECENT FINDINGS: Recent studies show that combining high-throughput omics data, such as genome-wide DNA methylation and spatial transcriptomics, with radiomics through deep learning models leads to mar
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Acute myocardial infarction (AMI) incidence increases with population aging, alongside heightened cellular senescence; however, clinically useful senescence-related genes (SRGs) for AMI remain poorly defined. This study aimed to identify AMI-associated SRGs and develop multi-dimensional models for diagnostic evaluation and patient stratification.
METHODS: Transcriptomic datasets comprising 106 AMI patients and 76 controls were integrated for differential expression and weighted gene co-expression network analyses. An external independent validation cohort including 37 AMI cases an
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
1,9-Decanediol (1,9-D) was identified as the first fatty alcohol with biological nitrification inhibition (BNI) activity in rice root exudates. In a previous study, transcriptomic and untargeted metabolomic analyses contrasted two rice varieties, suggesting metabolic pathways and associated gene families involved in 1,9-D biosynthesis and secretion. However, due to the small number of varieties and technical constraints, the pool of candidate genes remained extensive, impeding precise identification and functional validation. Here, we employ ten rice varieties with diverging root-secretion pro
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Central post-stroke pain (CPSP) is a neuropathic pain condition that severely impairs patients' quality of life and recovery, yet its pathogenesis remains poorly understood. This study employed a multi-omics approach to investigate CPSP mechanisms in a mouse model generated by stereotaxic injection of collagenase IV into the thalamic ventral posterolateral nucleus (VPL). Pain-related behavioral tests confirmed successful model establishment and characterized associated behavioral deficits. Subsequent analyses using ELISA, qPCR, and immunofluorescence revealed elevated inflammatory cytokine lev
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Parkinson's disease (PD), the most common neurodegenerative movement disorder, imposes a growing healthcare and socioeconomic burden worldwide. A defining hallmark of PD is the accumulation of α-synuclein (αSyn) within intracellular inclusions such as Lewy bodies and Lewy neurites. Genomic studies have identified numerous PD risk factors within the endolysosomal pathway (ELP), an essential cellular system for protein and membrane recycling. Concordantly, recurrent transcriptomic and proteomic alterations in ELP components implicate broad ELP dysfunction as a causal contributor to PD and sugges
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Tobacco exposure (TS) is a globally prevalent environmental toxicant associated with increased cardiovascular morbidity. Serum cotinine, a robust biomarker of TS, provides an objective measure of internal dose. However, the inflammatory pathways linking TS to peripheral artery disease (PAD), and the potential contribution of cotinine-related signaling to this relationship, remain insufficiently defined.
METHODS: This study combined epidemiologic analyses of NHANES data with network toxicology, two-sample Mendelian randomization, molecular docking and dynamics, and single-cell tran
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования