Bacterial RNA polymerase (RNAP) is essential for gene expression and as such is a valid drug target. Hence, it is imperative to know its structure and dynamics. Here, we present two as-yet-unreported forms of Mycobacterium smegmatis RNAP: core and holoenzyme containing σA but no other factors. Each form was detected by cryo-electron microscopy in two major conformations. Comparisons of these structures with known structures of other RNAPs reveal a high degree of conformational flexibility of the mycobacterial enzyme and confirm that region 1.1 of σA is directed into the primary channel of RNAP
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Isolates of rhinovirus C (RV-C), a recently identified Enterovirus (EV) species, are the causative agents of severe respiratory infections among children and are linked to childhood asthma exacerbations. The RV-C have been refractory to structure determination because they are difficult to propagate in vitro. Here, we report the cryo-EM atomic structures of the full virion and native empty particle (NEP) of RV-C15a. The virus has 60 "fingers" on the virus outer surface that probably function as dominant immunogens. Because the NEPs also display these fingers, they may have utility as vaccine c
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cryo-focused ion beam scanning electron microscopy (Cryo-FIBSEM) has become essential for preparing cryo-lamellae. Here, we present a series of improvements that speed up and enhance the efficiency of the Serial Lift-Out and SOLIST (Serialized On-grid Lift-In Sectioning for Tomography) procedures. We extend the cryo-FIBSEM session to 5 days and eliminate the need of copper or gold block intermediates and reduce curtaining effects. Finally, we report a routine to target lamellae with a precision of approximately 1 µm in X/Y/Z. We demonstrate the power of our improvements by targeting Casparian
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cryogenic ultrastructural imaging techniques such as cryo-electron tomography have produced a revolution in how the structure of biological systems is investigated by enabling the determination of structures of protein complexes immersed in a complex biological matrix within vitrified cell and model organisms. However, so far, the portfolio of successes has been mostly limited to highly abundant complexes or to structures that are relatively unambiguous and easy to identify through electron microscopy. In order to realize the full potential of this revolution, researchers would have to be able
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A major limiting factor for commercial cryopreservation of boar semen for artificial insemination (AI) is the large individual variation to cooling, where the degree of cell dehydration during ice (re)shaping seems to play a major role. This study investigated, in the frozen state, the degree of dehydration and ice crystal distribution in boar semen doses whose spermatozoa displayed different viability after thawing. Cross-sectioned medium-straws (0.5 mL, n=10) from a total of 10 stud boars classified as "good"(n=5) or sub-standard (e.g., "bad" freezers, n=5) by conventional analyses (computer
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Synucleinopathies are a group of neurodegenerative diseases characterized by the presence of misfolded α-synuclein inclusions which cause progressive disease by spreading throughout the brain in a prion-like manner. Throughout the neurodegenerative disease field, the ability of a single protein to give rise to multiple distinct clinical disorders is explained by the strain hypothesis, or the idea that the misfolded protein conformation determines the resulting disease. This was initially shown using transmission studies in cell lines and mouse models; more recently cryoelectron microscopy (cry…
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pathogenic and commensal bacteria often have to resist the harsh acidity of the host stomach. The inducible lysine decarboxylase LdcI buffers the cytosol and the local extracellular environment to ensure enterobacterial survival at low pH. Here, we investigate the acid stress-response regulation of Escherichia coli LdcI by combining biochemical and biophysical characterization with negative stain and cryoelectron microscopy (cryo-EM) and wide-field and superresolution fluorescence imaging. Due to deleterious effects of fluorescent protein fusions on native LdcI decamers, we opt for three-dimen…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
There is a lack of efficient therapies to treat increasingly prevalent autoimmune diseases, such as inflammatory bowel disease and celiac di … MVs are isolated and characterized for size and protein content. MV morphology is determined using cryoelectron microscopy and is reported for the first time in this study. MVs are nontoxic against macrophage-like dTHP-1 and enterocyte-like Caco-2 cell lines. Subsequently, the MVs are coupled onto the surface of microparticles according to facile aldehyde-group function …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Seneca Valley virus (SVV) is an oncolytic picornavirus with selective tropism for neuroendocrine cancers. SVV mediates cell entry by attachment to the receptor anthrax toxin receptor 1 (ANTXR1). Here we determine atomic structures of mature SVV particles alone and in complex with ANTXR1 in both neutral and acidic conditions, as well as empty "spent" particles in complex with ANTXR1 in acidic conditions by cryoelectron microscopy. SVV engages ANTXR1 mainly by the VP2 DF and VP1 CD loops, leading to structural changes in the VP1 GH loop and VP3 GH loop, which attenuate interprotomer interactions…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Glycine receptors (GlyR) are inhibitory Cys-loop ion channels that contribute to the control of excitability along the central nervous system (CNS). GlyR are found in the spinal cord and brain stem, and more recently they were reported in higher regions of the CNS such as the hippocampus and nucleus accumbens. GlyR are involved in motor coordination, respiratory rhythms, pain transmission, and sensory processing, and they are targets for relevant physiologic and pharmacologic modulators. Several studies with protein crystallography and cryoelectron microscopy have shed light on the residues an…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nonsegmented negative-sense RNA viruses (nsNSVs) rely on a multifunctional RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) complex for transcription and replication. In measles virus (MeV), the nonstructural protein C has long been implicated in regulating RNA synthesis, yet its precise role remains unclear. Here, we show that the MeV C protein directly associates with the RdRP complex. Using cryoelectron microscopy, we determined atomic-resolution structures of the MeV polymerase with and without C, revealing that C binding stabilizes the C-terminal region of L and locks the complex into a replication-co…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The chemokine system, comprising a network of chemokines and their receptors, orchestrates leukocyte migration and plays a central role in i … the molecular mechanisms underlying CCR4 inhibition remain poorly understood. Here, we report five cryoelectron microscopy structures of human CCR4 in its apo state and in complex with four inhibitors. Tivumecirnon (FLX475) and Zelnecirnon (RPT193), two clinical-stage investigational drugs, bind to the orthosteric site of CCR4, blocking the chemokine recognition site 1. …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Amyloid diseases feature pathologic deposition of normally soluble proteins and peptides as insoluble fibrils in vital organs. Amyloid fibri … liver. The structural basis for these interactions is unclear. Here, we exploit the high-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of ex vivo murine and human SAA fibrils in a computational study employing molecular docking, Brownian dynamics simulations, and molecular dynamics simulations to elucidate how heparin, a highly sulfated HS mimetic, recognizes a …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intracellular protein degradation, which must be tightly controlled to protect normal proteins, is carried out by ATP-dependent proteases. These multicomponent enzymes have chaperone-like ATPases that recognize and unfold protein substrates and deliver them to the proteinase components for digestion. In ClpAP, hexameric rings of the ClpA ATPase stack axially on either face of the ClpP proteinase, which consists of two apposed heptameric rings. We have used cryoelectron microscopy to characterize interactions of ClpAP with the model substrate, bacteriophage P1 protein, RepA. In complexes stabil…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Calciprotein particles (CPP) have emerged as nanoscale mediators of phosphate-induced toxicity in Chronic Kidney Disease (CKD). Uraemia favors ripening of the particle mineral content from the amorphous (CPP-I) to the crystalline state (CPP-II) but the pathophysiological significance of this transformation is uncertain. Clinical studies suggest an association between CPP ripening and inflammation, vascular dysfunction and mortality. Although ripening has been modelled in vitro, it is unknown whether particles synthesised in serum resemble their in vivo counterparts. Here we show that in vitro
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The aggregation of α-synuclein is associated with progression of Parkinson's disease. We have identified submicrometer supramolecular structures that mediate the early stages of the overall mechanism. The sequence of structural transformations between metastable intermediates were captured and characterized by atomic force microscopy guided by a fluorescent probe sensitive to preamyloid species. A novel ~0.3-0.6 μm molecular assembly, denoted the acuna, nucleates, expands, and liberates fibers with distinctive segmentation and a filamentous fuzzy fringe. These fuzzy fibers serve as precursors
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Viruses have evolved a myriad of strategies to manipulate their host's protein synthesis machinery, studies of which uncovered many founding principles of translational control. Decades of research have established our now-extensive understanding of how these pathogens target the array of translation factors that recruit ribosomes and regulate scanning, start site selection, decoding, and termination. Meanwhile, the ribosome itself was largely regarded as a code-reading machine that lacks regulatory influence. Recent advances in cryo-electron microscopy and quantitative proteomics have upended
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent advances in structural biology, functional genomics, and artificial intelligence (AI) have expanded understanding of the solute carrier (SLC) transporter superfamily. Emerging evidence indicates that SLC transporters play central roles in the multi-hit pathogenesis of metabolic dysfunction-associated fatty liver disease (MAFLD). In this review, we build upon the classical "two-hit" hypothesis to summarize how CRISPR-based screening, cryo-electron microscopy (cryo-EM), and AI-driven platforms such as AlphaFold and RosettaVS have advanced the study of SLC transporters. These approaches ha
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA viruses, exemplified by the COVID-19 pandemic, pose a significant threat to global health. Their rapid mutation and host adaptability highlight the need for advanced tools for efficient viral studies and timely countermeasure development. Imaging technologies, such as cryo-electron microscopy and super-resolution microscopy, have been pivotal in advancing our understanding of viral structures, infection mechanisms, and virus-host interactions. However, each technique has limitations in the field of view or resolution. Recent advancements have focused on developing integrated multiscale ima
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Contact with the air-water interface can bias the orientation of macromolecules during cryo-electron microscopy sample preparation, leading to uneven sample distribution, preferred orientation and damage to the molecules of interest. To prevent this, we describe a method to encapsulate target proteins within highly hydrophilic, structurally homogeneous and stable protein shells, which we refer to as 'nanocrates' for this purpose. Here we describe the packaging, data acquisition and reconstruction of three proof-of-principle examples, each illuminating a different aspect of the method: apoferri
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования